ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21570

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 14, 12, 2, 1, 8, 28, 39, 5, 2, 9, 7, 10, 7, 4, 4, 7, 28, 309,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.657, 1.302, 1.947, 2.918 max_d=2.918 avg_d=1.302 std_dev=0.645
C1' B 0, 0.680, 1.359, 2.039, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.359 std_dev=0.680
C5 A 0, 0.833, 1.532, 2.232, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.532 std_dev=0.699
C2' B 0, 1.298, 2.047, 2.796, 4.128 max_d=4.128 avg_d=2.047 std_dev=0.749
C4 A 0, 0.968, 1.780, 2.592, 3.158 max_d=3.158 avg_d=1.780 std_dev=0.812
C4 B 0, 0.437, 1.287, 2.137, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.287 std_dev=0.850
C5 B 0, 1.120, 2.029, 2.939, 4.334 max_d=4.334 avg_d=2.029 std_dev=0.910
C8 B 0, 1.174, 2.153, 3.131, 4.509 max_d=4.509 avg_d=2.153 std_dev=0.979
C6 A 0, 0.755, 1.739, 2.723, 4.063 max_d=4.063 avg_d=1.739 std_dev=0.984
N3 B 0, 0.743, 1.748, 2.752, 4.136 max_d=4.136 avg_d=1.748 std_dev=1.005
O4' B 0, 0.853, 1.887, 2.920, 4.718 max_d=4.718 avg_d=1.887 std_dev=1.034
N1 A 0, 0.389, 1.467, 2.545, 3.402 max_d=3.402 avg_d=1.467 std_dev=1.078
C6 B 0, 1.192, 2.287, 3.381, 4.807 max_d=4.807 avg_d=2.287 std_dev=1.095
O5' B 0, 1.139, 2.246, 3.352, 7.364 max_d=7.364 avg_d=2.246 std_dev=1.107
C2 B 0, 0.812, 1.962, 3.111, 5.082 max_d=5.082 avg_d=1.962 std_dev=1.150
O2' B 0, 1.525, 2.676, 3.828, 5.938 max_d=5.938 avg_d=2.676 std_dev=1.151
C4' B 0, 1.216, 2.377, 3.538, 6.728 max_d=6.728 avg_d=2.377 std_dev=1.161
N4 A 0, 1.310, 2.489, 3.668, 4.654 max_d=4.654 avg_d=2.489 std_dev=1.179
C5' B 0, 1.614, 2.794, 3.973, 8.341 max_d=8.341 avg_d=2.794 std_dev=1.179
N1 B 0, 0.671, 1.919, 3.168, 4.474 max_d=4.474 avg_d=1.919 std_dev=1.248
N3 A 0, 1.270, 2.530, 3.790, 4.690 max_d=4.690 avg_d=2.530 std_dev=1.260
C2 A 0, 0.912, 2.184, 3.456, 4.584 max_d=4.584 avg_d=2.184 std_dev=1.272
N7 B 0, 1.385, 2.676, 3.967, 5.322 max_d=5.322 avg_d=2.676 std_dev=1.291
C3' B 0, 1.026, 2.365, 3.703, 6.300 max_d=6.300 avg_d=2.365 std_dev=1.338
C2' A 0, 1.817, 3.216, 4.616, 5.383 max_d=5.383 avg_d=3.216 std_dev=1.400
C1' A 0, 0.638, 2.148, 3.659, 5.044 max_d=5.044 avg_d=2.148 std_dev=1.511
OP2 B 0, 1.732, 3.254, 4.776, 9.577 max_d=9.577 avg_d=3.254 std_dev=1.522
N6 B 0, 1.629, 3.165, 4.701, 6.104 max_d=6.104 avg_d=3.165 std_dev=1.536
P B 0, 1.087, 2.679, 4.272, 8.249 max_d=8.249 avg_d=2.679 std_dev=1.592
O2' A 0, 2.056, 3.762, 5.469, 6.376 max_d=6.376 avg_d=3.762 std_dev=1.706
O2 A 0, 1.109, 3.099, 5.088, 6.401 max_d=6.401 avg_d=3.099 std_dev=1.990
C3' A 0, 2.077, 4.100, 6.124, 7.586 max_d=7.586 avg_d=4.100 std_dev=2.023
O4' A 0, 1.260, 3.286, 5.312, 7.270 max_d=7.270 avg_d=3.286 std_dev=2.026
OP1 B 0, 1.402, 3.476, 5.551, 9.554 max_d=9.554 avg_d=3.476 std_dev=2.074
O3' B 0, 1.021, 3.230, 5.439, 7.530 max_d=7.530 avg_d=3.230 std_dev=2.209
C4' A 0, 1.617, 4.112, 6.606, 8.519 max_d=8.519 avg_d=4.112 std_dev=2.495
O3' A 0, 2.388, 5.095, 7.802, 9.537 max_d=9.537 avg_d=5.095 std_dev=2.707
O5' A 0, 3.344, 6.086, 8.829, 11.537 max_d=11.537 avg_d=6.086 std_dev=2.743
C5' A 0, 2.771, 5.759, 8.747, 10.834 max_d=10.834 avg_d=5.759 std_dev=2.988
P A 0, 4.600, 7.861, 11.123, 13.837 max_d=13.837 avg_d=7.861 std_dev=3.262
OP2 A 0, 4.553, 7.932, 11.310, 13.152 max_d=13.152 avg_d=7.932 std_dev=3.379
OP1 A 0, 5.459, 9.143, 12.828, 15.952 max_d=15.952 avg_d=9.143 std_dev=3.685

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.28 0.01 0.32 0.52 0.45 0.33
C2 0.03 0.00 0.20 0.23 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.22 0.19 0.54 0.83 0.84 0.64
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.18 0.19 0.03 0.16 0.08 0.34 0.00 0.03 0.02 0.50 0.52 0.54 0.49
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.34 0.01 0.36 0.03 0.32 0.21 0.29 0.36 0.21 0.02 0.01 0.03 0.35 0.40 0.28 0.28
C4 0.02 0.01 0.07 0.34 0.00 0.16 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.19 0.04 0.73 1.06 1.33 0.91
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.27 0.09 0.10 0.17 0.23 0.26 0.03 0.01 0.02 0.29 0.36 0.12
C5 0.02 0.01 0.14 0.36 0.01 0.26 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.25 0.14 0.81 1.11 1.40 0.97
C5' 0.07 0.19 0.18 0.03 0.29 0.01 0.41 0.00 0.39 0.17 0.22 0.32 0.30 0.11 0.19 0.02 0.01 0.31 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.32 0.01 0.27 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.20 0.20 0.72 0.93 1.09 0.80
N1 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.13 0.02 0.52 0.73 0.77 0.57
N3 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.19 0.15 0.63 0.96 1.10 0.79
N4 0.02 0.02 0.08 0.36 0.01 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.36 0.23 0.05 0.78 1.16 1.51 1.01
O2 0.04 0.01 0.34 0.21 0.02 0.23 0.02 0.30 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.34 0.37 0.34 0.50 0.84 0.68 0.60
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.33 0.26 0.43 0.11 0.41 0.19 0.24 0.36 0.34 0.00 0.08 0.19 0.30 0.43 0.57 0.35
O3' 0.28 0.22 0.03 0.01 0.19 0.03 0.25 0.19 0.20 0.13 0.19 0.23 0.37 0.08 0.00 0.19 0.36 0.48 0.51 0.36
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.04 0.01 0.14 0.02 0.20 0.02 0.15 0.05 0.34 0.19 0.19 0.00 0.24 0.52 0.48 0.28
O5' 0.32 0.54 0.50 0.35 0.73 0.02 0.81 0.01 0.72 0.52 0.63 0.78 0.50 0.30 0.36 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 0.83 0.52 0.40 1.06 0.29 1.11 0.31 0.93 0.73 0.96 1.16 0.84 0.43 0.48 0.52 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.84 0.54 0.28 1.33 0.36 1.40 0.39 1.09 0.77 1.10 1.51 0.68 0.57 0.51 0.48 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.64 0.49 0.28 0.91 0.12 0.97 0.02 0.80 0.57 0.79 1.01 0.60 0.35 0.36 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.93 4.15 3.22 2.97 3.55 2.39 3.60 1.74 3.95 2.90 4.17 3.88 4.06 3.26 3.09 3.35 3.35 2.48 1.35 0.97 1.07 0.66
C2 2.29 3.83 2.27 2.01 3.33 1.65 3.76 1.16 4.20 2.96 4.17 3.41 4.56 3.60 2.80 2.28 2.26 1.92 0.94 0.94 0.95 0.39
C2' 2.73 4.00 3.08 2.89 3.33 2.28 3.40 1.67 3.80 2.71 4.04 3.69 3.96 3.09 2.87 3.26 3.36 2.32 1.26 1.00 1.04 0.62
C3' 2.92 3.77 3.44 3.36 3.18 2.67 3.09 2.04 3.37 2.58 3.66 3.59 3.44 2.79 2.85 3.70 3.97 2.53 1.58 1.20 1.24 0.90
C4 1.71 2.85 1.61 1.47 2.58 1.31 3.01 0.98 3.28 2.51 3.14 2.55 3.60 3.07 2.20 1.58 1.69 1.52 0.76 0.95 0.95 0.32
C4' 3.38 4.09 3.92 3.77 3.51 3.06 3.25 2.34 3.48 2.76 3.85 3.98 3.42 2.86 3.20 4.23 4.37 2.95 1.80 1.24 1.22 1.02
C5 1.96 2.66 2.05 2.09 2.41 1.81 2.60 1.43 2.76 2.27 2.75 2.50 2.94 2.60 2.16 2.04 2.38 1.84 1.12 0.93 1.10 0.57
C5' 3.65 4.01 4.27 4.21 3.51 3.49 3.11 2.75 3.25 2.78 3.67 4.01 3.08 2.71 3.31 4.65 4.93 3.28 2.13 1.48 1.34 1.31
C6 2.47 3.19 2.69 2.68 2.86 2.21 2.92 1.70 3.10 2.53 3.20 3.05 3.20 2.79 2.59 2.72 3.00 2.22 1.33 0.96 1.12 0.69
N1 2.56 3.71 2.73 2.56 3.25 2.08 3.44 1.53 3.75 2.81 3.84 3.44 3.94 3.23 2.83 2.77 2.87 2.20 1.20 0.94 1.05 0.57
N3 1.97 3.47 1.82 1.53 3.08 1.33 3.62 0.93 4.02 2.88 3.88 3.06 4.44 3.58 2.58 1.80 1.73 1.66 0.76 0.98 0.90 0.31
N4 1.46 2.55 1.28 0.99 2.35 1.02 2.83 0.81 3.06 2.40 2.88 2.26 3.40 2.96 2.01 1.24 1.13 1.30 0.63 1.05 0.85 0.32
O2 2.42 4.26 2.36 1.99 3.62 1.63 4.11 1.11 4.70 3.14 4.70 3.74 5.14 3.86 2.99 2.40 2.23 1.97 0.91 0.96 0.93 0.37
O2' 2.85 4.34 3.16 2.88 3.55 2.27 3.64 1.66 4.11 2.85 4.41 3.95 4.30 3.28 3.03 3.38 3.33 2.38 1.28 1.13 1.10 0.81
O3' 2.84 3.73 3.40 3.34 3.09 2.62 3.01 2.00 3.32 2.49 3.63 3.53 3.43 2.72 2.75 3.72 4.04 2.45 1.52 1.21 1.22 0.87
O4' 3.36 4.20 3.78 3.53 3.66 2.89 3.48 2.17 3.72 2.92 4.03 4.08 3.68 3.09 3.31 3.98 3.97 2.90 1.68 1.10 1.15 0.90
O5' 3.59 3.70 4.14 4.22 3.34 3.58 2.95 2.94 3.01 2.78 3.36 3.75 2.83 2.65 3.24 4.43 4.89 3.35 2.31 1.85 1.41 1.57
OP1 4.04 3.85 4.51 4.67 3.58 4.23 3.11 3.66 3.10 3.07 3.46 3.97 2.86 2.83 3.57 4.91 5.52 3.95 2.88 2.48 1.79 2.16
OP2 3.55 3.46 3.84 4.10 3.23 3.76 2.88 3.40 2.86 2.88 3.14 3.54 2.67 2.70 3.21 4.08 4.70 3.51 2.84 2.77 2.18 2.39
P 3.82 3.70 4.28 4.49 3.43 3.98 3.01 3.40 3.00 2.94 3.34 3.81 2.77 2.73 3.40 4.59 5.27 3.70 2.69 2.30 1.71 1.99

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.40 0.48 0.63 0.42
C2 0.04 0.00 0.39 0.35 0.01 0.24 0.01 0.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.39 0.32 0.72 0.89 1.23 0.81
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.22 0.18 0.21 0.30 0.39 0.13 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.49 0.60 0.69 0.50
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.03 0.38 0.34 0.37 0.31 0.40 0.38 0.23 0.02 0.01 0.03 0.28 0.52 0.38 0.28
C4 0.02 0.01 0.20 0.29 0.00 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.23 0.17 0.70 0.83 1.16 0.76
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.15 0.26 0.19 0.23 0.16 0.23 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.31 0.29 0.11
C5 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.14 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.20 0.08 0.87 1.07 1.48 0.99
C5' 0.10 0.43 0.22 0.03 0.26 0.01 0.28 0.00 0.31 0.39 0.38 0.40 0.33 0.38 0.19 0.12 0.23 0.03 0.01 0.34 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.38 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.25 0.14 0.88 1.12 1.56 1.02
C8 0.02 0.02 0.21 0.34 0.01 0.26 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.44 0.20 0.19 0.97 1.09 1.42 1.04
N1 0.03 0.01 0.30 0.37 0.01 0.19 0.01 0.38 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.37 0.32 0.25 0.80 1.02 1.42 0.92
N3 0.04 0.01 0.39 0.31 0.01 0.23 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.41 0.39 0.32 0.64 0.77 1.06 0.70
N6 0.03 0.01 0.13 0.40 0.02 0.16 0.02 0.33 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.38 0.26 0.10 0.97 1.28 1.76 1.16
N7 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.23 0.00 0.38 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.23 0.11 1.02 1.25 1.67 1.17
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.15 0.02 0.68 0.76 1.03 0.71
O2' 0.03 0.43 0.01 0.02 0.27 0.31 0.33 0.12 0.34 0.44 0.37 0.41 0.38 0.44 0.22 0.00 0.07 0.22 0.33 0.53 0.67 0.42
O3' 0.32 0.39 0.04 0.01 0.23 0.03 0.20 0.23 0.25 0.20 0.32 0.39 0.26 0.23 0.15 0.07 0.00 0.22 0.40 0.64 0.56 0.45
O4' 0.01 0.32 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.03 0.14 0.19 0.25 0.32 0.10 0.11 0.02 0.22 0.22 0.00 0.37 0.44 0.56 0.41
O5' 0.40 0.72 0.49 0.28 0.70 0.02 0.87 0.01 0.88 0.97 0.80 0.64 0.97 1.02 0.68 0.33 0.40 0.37 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.48 0.89 0.60 0.52 0.83 0.31 1.07 0.34 1.12 1.09 1.02 0.77 1.28 1.25 0.76 0.53 0.64 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.63 1.23 0.69 0.38 1.16 0.29 1.48 0.35 1.56 1.42 1.42 1.06 1.76 1.67 1.03 0.67 0.56 0.56 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.42 0.81 0.50 0.28 0.76 0.11 0.99 0.02 1.02 1.04 0.92 0.70 1.16 1.17 0.71 0.42 0.45 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00