ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21573

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 46, 9, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 4, 55, 10, 16, 5, 22, 73, 17, 4, 80,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' B 0, 0.580, 1.226, 1.871, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.226 std_dev=0.646
C5 A 0, 0.544, 1.207, 1.869, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.207 std_dev=0.663
N9 B 0, 0.408, 1.086, 1.764, 3.307 max_d=3.307 avg_d=1.086 std_dev=0.678
C4 B 0, 0.296, 1.053, 1.810, 3.778 max_d=3.778 avg_d=1.053 std_dev=0.757
O4' B 0, 0.401, 1.176, 1.950, 4.545 max_d=4.545 avg_d=1.176 std_dev=0.774
N1 A 0, 0.435, 1.254, 2.072, 4.351 max_d=4.351 avg_d=1.254 std_dev=0.819
C6 A 0, 0.296, 1.167, 2.038, 4.388 max_d=4.388 avg_d=1.167 std_dev=0.871
C4 A 0, 0.641, 1.534, 2.426, 4.109 max_d=4.109 avg_d=1.534 std_dev=0.892
N3 B 0, 0.368, 1.264, 2.160, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.264 std_dev=0.896
C4' B 0, 0.569, 1.542, 2.514, 6.492 max_d=6.492 avg_d=1.542 std_dev=0.972
C2 B 0, 0.282, 1.369, 2.456, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.369 std_dev=1.087
C2 A 0, 0.234, 1.348, 2.463, 4.796 max_d=4.796 avg_d=1.348 std_dev=1.114
N3 A 0, 0.525, 1.686, 2.847, 5.160 max_d=5.160 avg_d=1.686 std_dev=1.161
C1' A 0, 0.778, 1.941, 3.103, 5.497 max_d=5.497 avg_d=1.941 std_dev=1.162
C5 B 0, 0.379, 1.550, 2.721, 4.821 max_d=4.821 avg_d=1.550 std_dev=1.171
C8 B 0, 0.443, 1.637, 2.831, 5.117 max_d=5.117 avg_d=1.637 std_dev=1.194
O5' B 0, 0.788, 2.007, 3.226, 7.965 max_d=7.965 avg_d=2.007 std_dev=1.219
C5' B 0, 0.682, 1.910, 3.138, 7.683 max_d=7.683 avg_d=1.910 std_dev=1.228
C2' B 0, 0.630, 1.878, 3.126, 5.345 max_d=5.345 avg_d=1.878 std_dev=1.248
N4 A 0, 0.971, 2.219, 3.468, 5.991 max_d=5.991 avg_d=2.219 std_dev=1.249
C2' A 0, 1.063, 2.327, 3.592, 5.331 max_d=5.331 avg_d=2.327 std_dev=1.265
N1 B 0, 0.111, 1.389, 2.667, 5.601 max_d=5.601 avg_d=1.389 std_dev=1.278
C3' B 0, 0.662, 1.942, 3.222, 6.809 max_d=6.809 avg_d=1.942 std_dev=1.280
C6 B 0, 0.366, 1.773, 3.180, 5.695 max_d=5.695 avg_d=1.773 std_dev=1.407
N2 B 0, 0.403, 1.878, 3.354, 5.891 max_d=5.891 avg_d=1.878 std_dev=1.476
O2 A 0, 0.317, 1.812, 3.307, 6.164 max_d=6.164 avg_d=1.812 std_dev=1.495
N7 B 0, 0.546, 2.053, 3.560, 6.043 max_d=6.043 avg_d=2.053 std_dev=1.507
O2' B 0, 0.937, 2.538, 4.140, 7.676 max_d=7.676 avg_d=2.538 std_dev=1.602
O2' A 0, 1.425, 3.072, 4.719, 7.643 max_d=7.643 avg_d=3.072 std_dev=1.647
P B 0, 1.182, 2.835, 4.488, 10.683 max_d=10.683 avg_d=2.835 std_dev=1.653
C3' A 0, 1.242, 2.955, 4.667, 6.701 max_d=6.701 avg_d=2.955 std_dev=1.712
O4' A 0, 0.737, 2.482, 4.227, 7.326 max_d=7.326 avg_d=2.482 std_dev=1.745
O6 B 0, 0.629, 2.461, 4.294, 6.862 max_d=6.862 avg_d=2.461 std_dev=1.832
O3' B 0, 0.800, 2.666, 4.532, 8.911 max_d=8.911 avg_d=2.666 std_dev=1.866
OP2 B 0, 1.349, 3.255, 5.162, 10.403 max_d=10.403 avg_d=3.255 std_dev=1.907
OP1 B 0, 1.293, 3.316, 5.338, 12.186 max_d=12.186 avg_d=3.316 std_dev=2.023
C4' A 0, 1.032, 3.103, 5.175, 8.061 max_d=8.061 avg_d=3.103 std_dev=2.072
O3' A 0, 1.694, 3.921, 6.148, 9.079 max_d=9.079 avg_d=3.921 std_dev=2.227
C5' A 0, 1.053, 3.635, 6.216, 9.830 max_d=9.830 avg_d=3.635 std_dev=2.581
O5' A 0, 1.012, 3.841, 6.671, 10.997 max_d=10.997 avg_d=3.841 std_dev=2.829
OP1 A 0, 1.986, 5.014, 8.043, 14.677 max_d=14.677 avg_d=5.014 std_dev=3.028
P A 0, 1.581, 4.759, 7.938, 13.011 max_d=13.011 avg_d=4.759 std_dev=3.178
OP2 A 0, 1.740, 5.653, 9.566, 13.474 max_d=13.474 avg_d=5.653 std_dev=3.913

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.27 0.01 0.26 0.53 0.39 0.26
C2 0.03 0.00 0.15 0.22 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.20 0.11 0.53 0.87 0.85 0.58
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.02 0.13 0.18 0.16 0.04 0.13 0.09 0.27 0.01 0.04 0.02 0.37 0.55 0.57 0.37
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.32 0.01 0.33 0.02 0.29 0.20 0.28 0.35 0.20 0.03 0.01 0.03 0.42 0.59 0.60 0.39
C4 0.02 0.01 0.08 0.32 0.00 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.21 0.04 0.74 1.32 1.26 0.95
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.18 0.08 0.11 0.15 0.14 0.26 0.03 0.01 0.02 0.50 0.26 0.22
C5 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.18 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.24 0.09 0.79 1.38 1.25 1.01
C5' 0.08 0.18 0.18 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.26 0.15 0.22 0.28 0.23 0.11 0.19 0.02 0.01 0.42 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.18 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.19 0.12 0.70 1.10 0.97 0.80
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.13 0.02 0.51 0.81 0.73 0.53
N3 0.02 0.01 0.13 0.28 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.29 0.19 0.09 0.65 1.10 1.09 0.77
N4 0.02 0.02 0.09 0.35 0.01 0.15 0.02 0.28 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.33 0.25 0.05 0.79 1.48 1.42 1.07
O2 0.05 0.01 0.27 0.20 0.02 0.14 0.02 0.23 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.30 0.32 0.19 0.45 0.73 0.74 0.47
O2' 0.03 0.24 0.01 0.03 0.31 0.26 0.32 0.11 0.28 0.18 0.29 0.33 0.30 0.00 0.08 0.19 0.25 0.67 0.52 0.45
O3' 0.27 0.20 0.04 0.01 0.21 0.03 0.24 0.19 0.19 0.13 0.19 0.25 0.32 0.08 0.00 0.19 0.38 0.88 0.66 0.49
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.09 0.05 0.19 0.19 0.19 0.00 0.21 0.56 0.26 0.30
O5' 0.26 0.53 0.37 0.42 0.74 0.02 0.79 0.01 0.70 0.51 0.65 0.79 0.45 0.25 0.38 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.87 0.55 0.59 1.32 0.50 1.38 0.42 1.10 0.81 1.10 1.48 0.73 0.67 0.88 0.56 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.85 0.57 0.60 1.26 0.26 1.25 0.43 0.97 0.73 1.09 1.42 0.74 0.52 0.66 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.58 0.37 0.39 0.95 0.22 1.01 0.02 0.80 0.53 0.77 1.07 0.47 0.45 0.49 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.26 2.94 2.68 2.54 2.69 1.97 2.94 1.61 3.21 2.43 3.12 2.99 2.75 2.86 2.40 2.95 2.83 1.86 0.97 3.47 0.87 0.51 0.41
C2 1.63 2.54 1.71 1.58 2.35 1.28 2.84 1.13 3.15 2.40 2.91 2.51 2.25 2.96 2.06 1.88 1.74 1.40 0.62 3.54 0.86 0.44 0.28
C2' 2.00 2.77 2.47 2.42 2.45 1.80 2.77 1.44 3.13 2.19 3.03 2.84 2.53 2.68 2.14 2.77 2.85 1.61 0.89 3.51 1.03 0.53 0.46
C3' 2.29 2.73 2.90 2.90 2.42 2.22 2.53 1.78 2.82 2.09 2.82 2.87 2.59 2.40 2.20 3.24 3.43 1.91 1.24 3.08 1.14 0.66 0.69
C4 1.15 1.88 1.16 1.07 1.79 0.90 2.24 0.89 2.43 2.01 2.19 1.86 1.65 2.45 1.58 1.26 1.16 1.05 0.49 2.75 0.81 0.47 0.24
C4' 2.70 3.10 3.36 3.25 2.75 2.52 2.70 1.99 2.93 2.27 3.05 3.28 3.01 2.45 2.54 3.75 3.75 2.24 1.33 3.04 0.97 0.61 0.63
C5 1.44 1.74 1.77 1.75 1.66 1.38 1.88 1.24 1.98 1.78 1.86 1.79 1.65 2.02 1.56 1.88 1.88 1.27 0.79 2.19 0.80 0.54 0.37
C5' 3.00 3.13 3.73 3.64 2.80 2.86 2.54 2.25 2.67 2.24 2.92 3.37 3.14 2.23 2.66 4.17 4.23 2.53 1.58 2.64 1.03 0.74 0.80
C6 1.89 2.15 2.33 2.28 2.05 1.78 2.18 1.51 2.29 2.01 2.22 2.21 2.09 2.23 1.93 2.50 2.50 1.61 0.96 2.46 0.83 0.55 0.43
N1 1.90 2.49 2.23 2.14 2.34 1.67 2.64 1.41 2.85 2.29 2.71 2.51 2.32 2.71 2.12 2.43 2.36 1.61 0.84 3.13 0.85 0.50 0.37
N3 1.36 2.34 1.26 1.11 2.17 0.96 2.71 0.92 3.00 2.31 2.74 2.29 2.03 2.87 1.88 1.38 1.20 1.22 0.49 3.41 0.85 0.43 0.25
N4 1.03 1.85 0.82 0.64 1.78 0.65 2.26 0.68 2.42 2.05 2.16 1.82 1.61 2.51 1.57 0.83 0.64 0.96 0.46 2.71 0.80 0.47 0.26
O2 1.73 2.89 1.74 1.55 2.61 1.27 3.16 1.12 3.57 2.56 3.34 2.86 2.52 3.21 2.23 1.91 1.72 1.47 0.60 4.06 0.89 0.42 0.28
O2' 2.10 3.12 2.53 2.42 2.70 1.82 3.06 1.46 3.53 2.34 3.44 3.21 2.80 2.89 2.30 2.84 2.85 1.68 0.87 3.97 1.06 0.62 0.55
O3' 2.25 2.75 2.88 2.91 2.37 2.22 2.49 1.77 2.84 1.99 2.87 2.92 2.57 2.32 2.12 3.27 3.53 1.86 1.24 3.16 1.24 0.65 0.74
O4' 2.66 3.14 3.23 3.05 2.86 2.38 2.87 1.91 3.06 2.43 3.14 3.27 3.05 2.66 2.62 3.55 3.39 2.21 1.22 3.15 0.84 0.58 0.53
O5' 3.05 2.96 3.74 3.71 2.67 3.04 2.33 2.50 2.37 2.17 2.66 3.22 3.03 2.05 2.62 4.16 4.26 2.68 1.79 2.28 1.24 1.21 1.18
OP1 3.29 2.98 3.79 3.84 2.74 3.42 2.32 3.00 2.27 2.35 2.59 3.28 3.11 2.13 2.78 4.25 4.47 3.10 2.28 2.10 1.97 2.03 1.95
OP2 3.29 3.11 3.88 3.93 2.79 3.50 2.32 3.06 2.32 2.26 2.71 3.44 3.21 2.02 2.77 4.23 4.47 3.09 2.45 2.10 2.06 2.06 2.06
P 3.20 2.95 3.79 3.83 2.66 3.32 2.21 2.80 2.19 2.17 2.56 3.26 3.07 1.93 2.67 4.20 4.45 2.96 2.13 2.01 1.71 1.69 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.03 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.03 0.26 0.01 0.27 0.03 0.40 0.34 0.27
C2 0.09 0.00 0.34 0.32 0.02 0.28 0.01 0.55 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.35 0.33 0.32 0.81 0.02 1.21 0.96 0.98
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.18 0.16 0.18 0.27 0.41 0.34 0.11 0.04 0.01 0.03 0.02 0.45 0.14 0.55 0.46 0.46
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.25 0.01 0.31 0.02 0.33 0.34 0.32 0.36 0.28 0.36 0.21 0.02 0.01 0.02 0.36 0.36 0.46 0.33 0.31
C4 0.03 0.02 0.18 0.25 0.00 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.16 0.58 0.02 0.84 0.75 0.63
C4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.13 0.24 0.20 0.36 0.26 0.21 0.09 0.27 0.03 0.01 0.02 0.14 0.26 0.26 0.13
C5 0.02 0.01 0.10 0.31 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.19 0.08 0.66 0.02 0.95 1.01 0.75
C5' 0.09 0.55 0.18 0.02 0.28 0.01 0.26 0.00 0.31 0.38 0.44 0.70 0.51 0.35 0.17 0.11 0.18 0.02 0.01 0.31 0.26 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.33 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.27 0.24 0.14 0.70 0.01 1.08 1.07 0.83
C8 0.03 0.03 0.18 0.34 0.01 0.24 0.01 0.38 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.32 0.19 0.17 0.76 0.04 0.89 1.09 0.82
N1 0.07 0.01 0.27 0.32 0.03 0.20 0.02 0.44 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.29 0.28 0.25 0.75 0.02 1.17 0.99 0.90
N2 0.11 0.01 0.41 0.36 0.03 0.36 0.02 0.70 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.43 0.41 0.38 0.96 0.03 1.44 1.15 1.21
N3 0.08 0.01 0.34 0.28 0.01 0.26 0.01 0.51 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.33 0.31 0.31 0.73 0.02 1.03 0.81 0.84
N7 0.02 0.02 0.11 0.36 0.01 0.21 0.01 0.35 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.22 0.10 0.78 0.04 1.02 1.26 0.91
N9 0.01 0.04 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.17 0.11 0.02 0.49 0.03 0.64 0.67 0.50
O2' 0.03 0.35 0.01 0.02 0.21 0.27 0.26 0.11 0.27 0.32 0.29 0.43 0.33 0.33 0.17 0.00 0.07 0.19 0.30 0.30 0.40 0.43 0.32
O3' 0.26 0.33 0.03 0.01 0.19 0.03 0.19 0.18 0.24 0.19 0.28 0.41 0.31 0.22 0.11 0.07 0.00 0.20 0.28 0.26 0.56 0.33 0.28
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.17 0.25 0.38 0.31 0.10 0.02 0.19 0.20 0.00 0.17 0.11 0.23 0.33 0.21
O5' 0.27 0.81 0.45 0.36 0.58 0.02 0.66 0.01 0.70 0.76 0.75 0.96 0.73 0.78 0.49 0.30 0.28 0.17 0.00 0.74 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.36 0.02 0.14 0.02 0.31 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.30 0.26 0.11 0.74 0.00 1.15 1.22 0.90
OP1 0.40 1.21 0.55 0.46 0.84 0.26 0.95 0.26 1.08 0.89 1.17 1.44 1.03 1.02 0.64 0.40 0.56 0.23 0.02 1.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.96 0.46 0.33 0.75 0.26 1.01 0.39 1.07 1.09 0.99 1.15 0.81 1.26 0.67 0.43 0.33 0.33 0.03 1.22 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.98 0.46 0.31 0.63 0.13 0.75 0.02 0.83 0.82 0.90 1.21 0.84 0.91 0.50 0.32 0.28 0.21 0.01 0.90 0.01 0.01 0.00