ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21574

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 13, 49, 39, 33, 42, 34, 46, 41, 25, 13, 16, 3, 6, 5, 10, 6, 13, 105,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.219, 0.608, 0.997, 2.483 max_d=2.483 avg_d=0.608 std_dev=0.389
C4 B 0, 0.157, 0.602, 1.047, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.602 std_dev=0.445
C4 A 0, 0.125, 0.603, 1.082, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.603 std_dev=0.479
C8 A 0, 0.356, 0.897, 1.437, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.897 std_dev=0.540
N3 A 0, 0.253, 0.861, 1.468, 2.826 max_d=2.826 avg_d=0.861 std_dev=0.607
C5 A 0, 0.333, 0.984, 1.634, 2.833 max_d=2.833 avg_d=0.984 std_dev=0.651
C2 A 0, 0.271, 0.938, 1.605, 3.157 max_d=3.157 avg_d=0.938 std_dev=0.667
C5 B 0, 0.318, 0.993, 1.668, 4.141 max_d=4.141 avg_d=0.993 std_dev=0.675
N3 B 0, 0.334, 1.020, 1.706, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.020 std_dev=0.686
O4' A 0, 0.358, 1.049, 1.741, 4.546 max_d=4.546 avg_d=1.049 std_dev=0.691
N9 B 0, 0.089, 0.797, 1.506, 3.031 max_d=3.031 avg_d=0.797 std_dev=0.709
N1 A 0, 0.360, 1.106, 1.851, 3.903 max_d=3.903 avg_d=1.106 std_dev=0.745
C1' A 0, 0.089, 0.861, 1.633, 4.150 max_d=4.150 avg_d=0.861 std_dev=0.772
C6 B 0, 0.445, 1.308, 2.171, 4.882 max_d=4.882 avg_d=1.308 std_dev=0.863
N7 A 0, 0.342, 1.210, 2.079, 3.745 max_d=3.745 avg_d=1.210 std_dev=0.869
C6 A 0, 0.359, 1.237, 2.115, 3.908 max_d=3.908 avg_d=1.237 std_dev=0.878
C1' B 0, 0.157, 1.061, 1.966, 3.563 max_d=3.563 avg_d=1.061 std_dev=0.905
C4' A 0, 0.355, 1.375, 2.395, 5.921 max_d=5.921 avg_d=1.375 std_dev=1.020
N1 B 0, 0.319, 1.382, 2.444, 4.098 max_d=4.098 avg_d=1.382 std_dev=1.062
C2 B 0, 0.281, 1.358, 2.435, 4.499 max_d=4.499 avg_d=1.358 std_dev=1.077
OP2 A 0, 1.930, 3.036, 4.142, 9.158 max_d=9.158 avg_d=3.036 std_dev=1.106
N7 B 0, 0.328, 1.463, 2.598, 5.734 max_d=5.734 avg_d=1.463 std_dev=1.135
O6 B 0, 0.703, 1.839, 2.975, 6.928 max_d=6.928 avg_d=1.839 std_dev=1.136
O4' B 0, 0.258, 1.445, 2.631, 5.440 max_d=5.440 avg_d=1.445 std_dev=1.187
C8 B 0, 0.084, 1.292, 2.500, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.292 std_dev=1.208
C5' A 0, 0.600, 1.835, 3.070, 8.063 max_d=8.063 avg_d=1.835 std_dev=1.235
O5' A 0, 0.785, 2.055, 3.324, 8.433 max_d=8.433 avg_d=2.055 std_dev=1.270
C2' A 0, 0.227, 1.501, 2.774, 5.514 max_d=5.514 avg_d=1.501 std_dev=1.274
C2' B 0, 0.233, 1.512, 2.791, 5.768 max_d=5.768 avg_d=1.512 std_dev=1.279
C3' A 0, 0.303, 1.609, 2.915, 6.965 max_d=6.965 avg_d=1.609 std_dev=1.306
N6 A 0, 0.347, 1.717, 3.086, 5.477 max_d=5.477 avg_d=1.717 std_dev=1.370
O2' B 0, 0.907, 2.363, 3.819, 5.796 max_d=5.796 avg_d=2.363 std_dev=1.456
C3' B 0, 0.167, 1.630, 3.092, 7.940 max_d=7.940 avg_d=1.630 std_dev=1.462
C4' B 0, 0.245, 1.724, 3.203, 7.656 max_d=7.656 avg_d=1.724 std_dev=1.479
O3' B 0, 0.710, 2.261, 3.812, 10.026 max_d=10.026 avg_d=2.261 std_dev=1.551
P A 0, 0.370, 1.922, 3.474, 9.852 max_d=9.852 avg_d=1.922 std_dev=1.552
N2 B 0, 0.362, 2.022, 3.681, 6.981 max_d=6.981 avg_d=2.022 std_dev=1.660
O2' A 0, 0.455, 2.285, 4.115, 7.262 max_d=7.262 avg_d=2.285 std_dev=1.830
O3' A 0, 0.372, 2.213, 4.054, 9.432 max_d=9.432 avg_d=2.213 std_dev=1.841
C5' B 0, 0.405, 2.433, 4.461, 9.996 max_d=9.996 avg_d=2.433 std_dev=2.028
O5' B 0, 0.277, 2.450, 4.623, 10.413 max_d=10.413 avg_d=2.450 std_dev=2.173
OP1 A 0, 0.309, 2.565, 4.821, 11.083 max_d=11.083 avg_d=2.565 std_dev=2.256
P B 0, 0.624, 3.343, 6.062, 13.027 max_d=13.027 avg_d=3.343 std_dev=2.719
OP2 B 0, 0.708, 3.538, 6.368, 13.393 max_d=13.393 avg_d=3.538 std_dev=2.830
OP1 B 0, 1.098, 4.103, 7.107, 15.392 max_d=15.392 avg_d=4.103 std_dev=3.004

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.20 0.39 0.35 0.25
C2 0.04 0.00 0.33 0.39 0.01 0.28 0.01 0.46 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.34 0.26 0.53 0.75 0.89 0.63
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.17 0.02 0.09 0.18 0.16 0.16 0.26 0.33 0.12 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.43 0.43 0.61 0.47
C3' 0.01 0.39 0.01 0.00 0.30 0.01 0.35 0.02 0.39 0.33 0.40 0.35 0.41 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.27 0.33 0.33 0.20
C4 0.02 0.01 0.17 0.30 0.00 0.15 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.18 0.14 0.38 0.58 0.70 0.45
C4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.17 0.25 0.22 0.27 0.18 0.22 0.10 0.27 0.02 0.01 0.02 0.20 0.33 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.35 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.17 0.06 0.49 0.69 0.95 0.61
C5' 0.07 0.46 0.18 0.02 0.23 0.01 0.24 0.00 0.29 0.35 0.38 0.42 0.30 0.34 0.14 0.10 0.19 0.02 0.01 0.25 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.39 0.01 0.17 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.22 0.11 0.51 0.73 1.05 0.65
C8 0.02 0.02 0.16 0.33 0.01 0.25 0.01 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.21 0.16 0.61 0.76 0.89 0.72
N1 0.03 0.00 0.26 0.40 0.01 0.22 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.28 0.20 0.52 0.75 0.99 0.63
N3 0.04 0.00 0.33 0.35 0.00 0.27 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.34 0.26 0.47 0.66 0.73 0.53
N6 0.02 0.01 0.12 0.41 0.01 0.18 0.01 0.30 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.34 0.25 0.08 0.57 0.80 1.22 0.75
N7 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.22 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.23 0.10 0.64 0.82 1.11 0.79
N9 0.01 0.01 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.02 0.35 0.53 0.57 0.42
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.22 0.27 0.29 0.10 0.30 0.34 0.28 0.25 0.34 0.36 0.20 0.00 0.06 0.20 0.34 0.38 0.68 0.43
O3' 0.29 0.34 0.03 0.01 0.18 0.02 0.17 0.19 0.22 0.21 0.28 0.34 0.25 0.23 0.11 0.06 0.00 0.20 0.31 0.54 0.45 0.30
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.11 0.16 0.20 0.26 0.08 0.10 0.02 0.20 0.20 0.00 0.13 0.40 0.30 0.24
O5' 0.20 0.53 0.43 0.27 0.38 0.02 0.49 0.01 0.51 0.61 0.52 0.47 0.57 0.64 0.35 0.34 0.31 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.75 0.43 0.33 0.58 0.20 0.69 0.25 0.73 0.76 0.75 0.66 0.80 0.82 0.53 0.38 0.54 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.89 0.61 0.33 0.70 0.33 0.95 0.32 1.05 0.89 0.99 0.73 1.22 1.11 0.57 0.68 0.45 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.63 0.47 0.20 0.45 0.10 0.61 0.02 0.65 0.72 0.63 0.53 0.75 0.79 0.42 0.43 0.30 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.74 1.62 0.82 0.47 1.19 0.76 1.26 0.97 1.46 0.95 1.61 1.84 1.42 1.13 0.91 1.20 0.60 0.85 0.96 1.52 1.41 1.11 1.12
C2 0.78 2.32 0.85 0.53 1.61 0.68 1.82 0.95 2.24 1.27 2.45 2.65 1.87 1.61 1.16 1.08 0.63 0.79 1.02 2.40 1.48 1.35 1.24
C2' 0.93 1.78 1.01 0.59 1.38 0.73 1.49 0.92 1.71 1.17 1.82 1.96 1.55 1.37 1.12 1.35 0.66 0.87 0.96 1.79 1.44 1.17 1.15
C3' 0.70 1.59 0.85 0.49 1.25 0.56 1.42 0.82 1.64 1.09 1.69 1.73 1.37 1.34 0.97 1.07 0.61 0.62 0.87 1.75 1.44 1.19 1.10
C4 0.75 2.00 0.80 0.49 1.45 0.65 1.58 0.87 1.88 1.14 2.05 2.24 1.68 1.40 1.07 1.05 0.63 0.78 0.92 1.96 1.32 1.17 1.09
C4' 0.58 1.26 0.71 0.61 0.93 0.81 1.07 1.07 1.25 0.84 1.30 1.42 1.08 1.03 0.71 1.05 0.79 0.72 1.02 1.36 1.59 1.27 1.24
C5 0.80 2.08 0.79 0.54 1.55 0.67 1.72 0.93 2.02 1.26 2.16 2.29 1.76 1.56 1.15 0.98 0.69 0.78 1.00 2.12 1.36 1.31 1.19
C5' 0.65 1.00 0.77 0.90 0.80 0.95 0.96 1.16 1.08 0.86 1.07 1.12 0.87 1.00 0.69 0.95 1.10 0.77 1.08 1.21 1.60 1.34 1.28
C6 0.84 2.35 0.82 0.59 1.70 0.74 1.95 1.04 2.34 1.41 2.50 2.63 1.93 1.77 1.26 1.00 0.71 0.81 1.12 2.51 1.54 1.52 1.37
C8 0.75 1.53 0.71 0.45 1.22 0.60 1.28 0.77 1.44 1.00 1.53 1.65 1.38 1.17 0.96 0.94 0.67 0.76 0.79 1.47 1.10 0.99 0.91
N1 0.82 2.42 0.84 0.57 1.70 0.71 1.95 1.01 2.40 1.38 2.59 2.75 1.95 1.75 1.24 1.03 0.67 0.80 1.09 2.59 1.55 1.50 1.35
N3 0.76 2.15 0.84 0.49 1.50 0.67 1.66 0.91 2.02 1.16 2.22 2.45 1.76 1.46 1.09 1.11 0.61 0.80 0.97 2.13 1.41 1.23 1.16
N6 0.91 2.50 0.84 0.66 1.82 0.84 2.13 1.19 2.55 1.56 2.69 2.79 2.03 1.96 1.36 1.00 0.75 0.87 1.28 2.77 1.74 1.76 1.59
N7 0.81 1.81 0.74 0.54 1.43 0.68 1.57 0.91 1.77 1.22 1.86 1.95 1.60 1.45 1.12 0.93 0.72 0.79 0.97 1.83 1.27 1.23 1.13
N9 0.73 1.70 0.78 0.45 1.27 0.65 1.35 0.83 1.56 1.00 1.71 1.89 1.48 1.21 0.96 1.07 0.62 0.79 0.85 1.61 1.23 1.04 0.99
O2' 1.06 1.97 1.13 0.68 1.53 0.88 1.64 1.13 1.88 1.31 2.01 2.19 1.72 1.51 1.25 1.52 0.63 1.02 1.17 1.98 1.72 1.38 1.39
O3' 0.81 1.86 0.90 0.53 1.48 0.58 1.71 0.89 1.98 1.30 2.01 1.98 1.58 1.62 1.16 1.07 0.56 0.67 0.97 2.13 1.62 1.40 1.25
O4' 0.76 1.36 0.82 0.68 1.02 0.96 1.06 1.15 1.22 0.86 1.33 1.55 1.22 0.98 0.82 1.20 0.81 0.95 1.08 1.27 1.51 1.18 1.22
O5' 0.77 0.88 0.94 1.11 0.82 0.99 0.96 1.10 1.02 0.94 0.96 0.94 0.81 1.04 0.80 0.93 1.33 0.81 1.12 1.12 1.47 1.32 1.24
OP1 1.09 0.80 1.17 1.53 0.89 1.45 0.98 1.62 0.94 1.17 0.85 0.84 0.81 1.15 1.01 1.05 1.61 1.23 1.65 1.02 2.01 1.83 1.80
OP2 1.17 1.02 1.30 1.55 1.16 1.36 1.33 1.56 1.31 1.47 1.14 0.97 1.01 1.52 1.23 1.31 1.64 1.18 1.78 1.42 1.98 1.97 1.88
P 1.06 0.73 1.17 1.52 0.87 1.35 0.97 1.46 0.92 1.14 0.80 0.72 0.76 1.13 0.99 1.05 1.72 1.14 1.51 1.01 1.74 1.62 1.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.35 0.01 0.33 0.03 0.42 0.49 0.33
C2 0.04 0.00 0.42 0.40 0.01 0.33 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.34 0.37 0.70 0.01 0.80 1.04 0.82
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.22 0.02 0.11 0.24 0.19 0.23 0.32 0.51 0.42 0.14 0.03 0.00 0.03 0.02 0.59 0.14 0.80 0.77 0.67
C3' 0.02 0.40 0.01 0.00 0.31 0.01 0.37 0.02 0.41 0.37 0.41 0.44 0.36 0.41 0.24 0.02 0.01 0.02 0.29 0.44 0.58 0.33 0.32
C4 0.02 0.01 0.22 0.31 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.18 0.19 0.47 0.02 0.49 0.72 0.49
C4' 0.01 0.33 0.02 0.01 0.14 0.00 0.13 0.01 0.15 0.29 0.24 0.43 0.32 0.24 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.15 0.29 0.28 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.15 0.08 0.54 0.02 0.59 0.89 0.61
C5' 0.10 0.57 0.24 0.02 0.26 0.01 0.23 0.00 0.29 0.40 0.44 0.74 0.52 0.35 0.15 0.10 0.24 0.02 0.01 0.28 0.24 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.41 0.01 0.15 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.19 0.16 0.55 0.01 0.62 0.94 0.64
C8 0.02 0.01 0.23 0.37 0.01 0.29 0.01 0.40 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.49 0.22 0.21 0.76 0.03 0.80 1.07 0.84
N1 0.04 0.01 0.32 0.41 0.01 0.24 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.25 0.28 0.61 0.01 0.69 0.98 0.71
N2 0.05 0.01 0.51 0.44 0.01 0.43 0.01 0.74 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.47 0.45 0.45 0.89 0.02 1.08 1.34 1.10
N3 0.05 0.01 0.42 0.36 0.02 0.32 0.02 0.52 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.33 0.36 0.37 0.63 0.01 0.68 0.87 0.70
N7 0.01 0.01 0.14 0.41 0.01 0.24 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.49 0.24 0.12 0.73 0.03 0.82 1.14 0.85
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.13 0.02 0.47 0.02 0.48 0.68 0.48
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.19 0.33 0.32 0.10 0.30 0.49 0.26 0.47 0.33 0.49 0.23 0.00 0.06 0.23 0.43 0.37 0.75 0.87 0.60
O3' 0.35 0.34 0.03 0.01 0.18 0.03 0.15 0.24 0.19 0.22 0.25 0.45 0.36 0.24 0.13 0.06 0.00 0.25 0.31 0.22 0.63 0.40 0.36
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.19 0.01 0.08 0.02 0.16 0.21 0.28 0.45 0.37 0.12 0.02 0.23 0.25 0.00 0.23 0.11 0.28 0.42 0.27
O5' 0.33 0.70 0.59 0.29 0.47 0.02 0.54 0.01 0.55 0.76 0.61 0.89 0.63 0.73 0.47 0.43 0.31 0.23 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.14 0.44 0.02 0.15 0.02 0.28 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.37 0.22 0.11 0.60 0.00 0.70 1.05 0.71
OP1 0.42 0.80 0.80 0.58 0.49 0.29 0.59 0.24 0.62 0.80 0.69 1.08 0.68 0.82 0.48 0.75 0.63 0.28 0.02 0.70 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 1.04 0.77 0.33 0.72 0.28 0.89 0.32 0.94 1.07 0.98 1.34 0.87 1.14 0.68 0.87 0.40 0.42 0.02 1.05 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.82 0.67 0.32 0.49 0.11 0.61 0.02 0.64 0.84 0.71 1.10 0.70 0.85 0.48 0.60 0.36 0.27 0.01 0.71 0.01 0.01 0.00