ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21575

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 29, 19, 28, 44, 37, 5, 20, 45, 74, 30, 36, 11, 22, 43, 5, 50,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.324, 0.617, 0.910, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.617 std_dev=0.293
N9 A 0, 0.396, 0.692, 0.987, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.692 std_dev=0.296
C1' A 0, 0.632, 0.988, 1.345, 2.724 max_d=2.724 avg_d=0.988 std_dev=0.356
C8 A 0, 0.765, 1.153, 1.541, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.153 std_dev=0.388
C4 A 0, 0.253, 0.641, 1.029, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.641 std_dev=0.388
C5 A 0, 0.674, 1.130, 1.587, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.130 std_dev=0.457
C1' B 0, 0.553, 1.043, 1.534, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.043 std_dev=0.490
N3 A 0, 0.344, 0.857, 1.370, 2.913 max_d=2.913 avg_d=0.857 std_dev=0.513
N7 A 0, 0.940, 1.515, 2.090, 3.029 max_d=3.029 avg_d=1.515 std_dev=0.575
C6 A 0, 0.764, 1.364, 1.964, 3.459 max_d=3.459 avg_d=1.364 std_dev=0.600
C2 A 0, 0.327, 0.937, 1.548, 3.022 max_d=3.022 avg_d=0.937 std_dev=0.610
N1 A 0, 0.497, 1.113, 1.730, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.113 std_dev=0.616
C6 B 0, 0.521, 1.177, 1.833, 3.634 max_d=3.634 avg_d=1.177 std_dev=0.656
O4' A 0, 0.737, 1.412, 2.087, 3.979 max_d=3.979 avg_d=1.412 std_dev=0.675
C2' B 0, 0.639, 1.342, 2.045, 3.891 max_d=3.891 avg_d=1.342 std_dev=0.703
C2 B 0, 0.751, 1.473, 2.194, 3.609 max_d=3.609 avg_d=1.473 std_dev=0.722
C2' A 0, 0.672, 1.488, 2.304, 4.171 max_d=4.171 avg_d=1.488 std_dev=0.816
O2' B 0, 1.258, 2.095, 2.931, 5.541 max_d=5.541 avg_d=2.095 std_dev=0.836
C4' A 0, 0.794, 1.650, 2.507, 5.417 max_d=5.417 avg_d=1.650 std_dev=0.857
N6 A 0, 1.124, 1.984, 2.845, 5.020 max_d=5.020 avg_d=1.984 std_dev=0.861
C5 B 0, 0.497, 1.376, 2.254, 4.966 max_d=4.966 avg_d=1.376 std_dev=0.878
C3' A 0, 1.023, 1.922, 2.820, 4.806 max_d=4.806 avg_d=1.922 std_dev=0.899
C4 B 0, 0.512, 1.465, 2.418, 4.326 max_d=4.326 avg_d=1.465 std_dev=0.953
N3 B 0, 0.826, 1.842, 2.859, 4.358 max_d=4.358 avg_d=1.842 std_dev=1.017
O4' B 0, 0.889, 1.945, 3.000, 4.597 max_d=4.597 avg_d=1.945 std_dev=1.055
O2 B 0, 1.173, 2.314, 3.455, 5.136 max_d=5.136 avg_d=2.314 std_dev=1.141
C3' B 0, 0.703, 1.909, 3.115, 5.095 max_d=5.095 avg_d=1.909 std_dev=1.206
N4 B 0, 0.780, 2.116, 3.453, 5.891 max_d=5.891 avg_d=2.116 std_dev=1.337
O2' A 0, 0.690, 2.039, 3.388, 5.929 max_d=5.929 avg_d=2.039 std_dev=1.349
C4' B 0, 1.043, 2.418, 3.792, 5.908 max_d=5.908 avg_d=2.418 std_dev=1.375
O3' A 0, 1.233, 2.658, 4.083, 6.495 max_d=6.495 avg_d=2.658 std_dev=1.425
O3' B 0, 0.855, 2.377, 3.898, 6.705 max_d=6.705 avg_d=2.377 std_dev=1.522
C5' A 0, 0.594, 2.185, 3.776, 7.194 max_d=7.194 avg_d=2.185 std_dev=1.591
O5' A 0, 0.663, 2.607, 4.550, 7.540 max_d=7.540 avg_d=2.607 std_dev=1.943
C5' B 0, 1.527, 3.539, 5.551, 7.814 max_d=7.814 avg_d=3.539 std_dev=2.012
O5' B 0, 2.448, 4.620, 6.793, 8.729 max_d=8.729 avg_d=4.620 std_dev=2.172
OP2 B 0, 3.291, 5.610, 7.928, 9.938 max_d=9.938 avg_d=5.610 std_dev=2.319
P B 0, 3.047, 5.662, 8.277, 10.329 max_d=10.329 avg_d=5.662 std_dev=2.615
P A 0, 0.572, 3.437, 6.302, 10.625 max_d=10.625 avg_d=3.437 std_dev=2.865
OP1 B 0, 4.053, 7.000, 9.947, 13.032 max_d=13.032 avg_d=7.000 std_dev=2.947
OP1 A 0, 0.877, 3.937, 6.997, 11.315 max_d=11.315 avg_d=3.937 std_dev=3.060
OP2 A 0, 1.016, 4.103, 7.191, 12.063 max_d=12.063 avg_d=4.103 std_dev=3.087

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.22 0.28 0.42 0.26
C2 0.04 0.00 0.37 0.64 0.01 0.51 0.01 0.79 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.42 0.59 0.39 1.08 1.20 1.40 1.25
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.19 0.02 0.09 0.18 0.16 0.20 0.28 0.38 0.12 0.13 0.04 0.00 0.03 0.02 0.42 0.43 0.54 0.41
C3' 0.02 0.64 0.01 0.00 0.36 0.01 0.33 0.03 0.40 0.41 0.53 0.61 0.39 0.39 0.21 0.02 0.01 0.02 0.26 0.32 0.42 0.23
C4 0.02 0.01 0.19 0.36 0.00 0.22 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.25 0.21 0.50 0.56 0.74 0.54
C4' 0.02 0.51 0.02 0.01 0.22 0.00 0.14 0.01 0.21 0.36 0.38 0.49 0.17 0.28 0.10 0.27 0.03 0.01 0.02 0.20 0.31 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.19 0.09 0.45 0.62 0.93 0.57
C5' 0.08 0.79 0.18 0.03 0.31 0.01 0.23 0.00 0.33 0.61 0.60 0.72 0.29 0.50 0.18 0.09 0.20 0.02 0.01 0.25 0.33 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.40 0.01 0.21 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.37 0.28 0.18 0.56 0.73 0.98 0.67
C8 0.02 0.02 0.20 0.41 0.01 0.36 0.01 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.33 0.23 0.85 0.97 1.32 1.06
N1 0.04 0.01 0.28 0.53 0.01 0.38 0.01 0.60 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.40 0.45 0.31 0.86 1.02 1.20 1.01
N3 0.05 0.00 0.38 0.61 0.01 0.49 0.01 0.72 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.39 0.55 0.39 0.97 1.01 1.18 1.06
N6 0.03 0.01 0.12 0.39 0.01 0.17 0.01 0.29 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.39 0.26 0.13 0.53 0.77 1.10 0.69
N7 0.01 0.02 0.13 0.39 0.01 0.28 0.00 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.30 0.12 0.75 0.95 1.38 0.99
N9 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.14 0.02 0.36 0.44 0.68 0.44
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.29 0.27 0.33 0.09 0.37 0.34 0.40 0.39 0.39 0.36 0.20 0.00 0.08 0.19 0.30 0.34 0.58 0.35
O3' 0.29 0.59 0.03 0.01 0.25 0.03 0.19 0.20 0.28 0.33 0.45 0.55 0.26 0.30 0.14 0.08 0.00 0.20 0.32 0.49 0.72 0.41
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.21 0.01 0.09 0.02 0.18 0.23 0.31 0.39 0.13 0.12 0.02 0.19 0.20 0.00 0.19 0.31 0.39 0.26
O5' 0.22 1.08 0.42 0.26 0.50 0.02 0.45 0.01 0.56 0.85 0.86 0.97 0.53 0.75 0.36 0.30 0.32 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 1.20 0.43 0.32 0.56 0.20 0.62 0.25 0.73 0.97 1.02 1.01 0.77 0.95 0.44 0.34 0.49 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 1.40 0.54 0.42 0.74 0.31 0.93 0.33 0.98 1.32 1.20 1.18 1.10 1.38 0.68 0.58 0.72 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 1.25 0.41 0.23 0.54 0.08 0.57 0.02 0.67 1.06 1.01 1.06 0.69 0.99 0.44 0.35 0.41 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.90 1.48 1.01 0.61 1.57 0.56 1.36 0.67 1.16 1.17 1.65 1.70 1.59 1.25 0.60 0.74 0.79 1.24 1.17 1.13
C2 0.90 1.86 0.77 0.69 2.43 0.78 2.10 1.01 1.63 1.43 2.35 2.81 1.85 0.85 0.83 0.96 1.27 1.98 1.91 1.77
C2' 0.92 1.31 1.00 0.85 1.44 0.80 1.29 0.98 1.13 1.08 1.47 1.57 1.41 1.16 0.84 0.87 1.09 1.51 1.50 1.45
C3' 0.67 1.04 0.77 0.88 1.14 0.65 1.03 0.78 0.87 0.82 1.17 1.26 1.17 0.82 1.21 0.64 0.91 1.39 1.32 1.22
C4 0.80 1.62 0.76 0.65 2.01 0.70 1.77 0.90 1.41 1.26 1.98 2.25 1.63 0.87 0.81 0.84 1.13 1.73 1.65 1.56
C4' 0.81 1.21 0.95 0.94 1.20 0.73 1.07 0.87 0.95 0.97 1.29 1.28 1.37 1.10 1.24 0.71 0.95 1.42 1.25 1.20
C5 0.84 1.65 0.71 0.73 2.13 0.88 1.92 1.10 1.52 1.30 2.04 2.39 1.68 0.93 0.96 0.99 1.32 1.99 1.85 1.76
C5' 1.10 1.20 1.25 1.61 1.24 1.36 1.25 1.50 1.21 1.14 1.25 1.28 1.30 1.21 1.98 1.16 1.59 2.00 1.85 1.78
C6 0.97 1.86 0.77 0.79 2.48 0.99 2.21 1.24 1.72 1.46 2.33 2.85 1.89 1.01 1.00 1.12 1.48 2.27 2.09 1.98
C8 0.67 1.27 0.68 0.62 1.50 0.70 1.37 0.86 1.13 1.00 1.48 1.63 1.33 0.90 0.88 0.75 1.03 1.51 1.39 1.36
N1 0.96 1.92 0.77 0.76 2.58 0.92 2.26 1.17 1.74 1.49 2.44 3.01 1.92 0.92 0.93 1.08 1.43 2.22 2.09 1.95
N3 0.85 1.75 0.80 0.65 2.18 0.68 1.88 0.88 1.48 1.34 2.16 2.48 1.76 0.88 0.76 0.86 1.12 1.75 1.70 1.58
N6 1.12 1.99 0.88 0.88 2.63 1.15 2.38 1.43 1.84 1.57 2.46 3.06 2.10 1.22 1.10 1.28 1.65 2.53 2.29 2.17
N7 0.79 1.44 0.67 0.74 1.81 0.93 1.68 1.12 1.36 1.15 1.73 1.99 1.52 1.00 1.03 0.98 1.30 1.90 1.72 1.68
N9 0.76 1.44 0.81 0.60 1.67 0.60 1.48 0.76 1.21 1.13 1.67 1.82 1.49 0.96 0.74 0.73 0.95 1.45 1.38 1.32
O2' 1.34 1.65 1.36 1.04 1.72 1.21 1.57 1.35 1.44 1.43 1.78 1.85 1.77 1.60 0.80 1.32 1.36 1.77 1.73 1.72
O3' 0.75 1.08 0.81 0.88 1.16 0.74 1.02 0.85 0.87 0.85 1.21 1.29 1.23 0.90 1.20 0.74 0.92 1.48 1.28 1.23
O4' 0.99 1.50 1.10 0.81 1.48 0.65 1.30 0.75 1.16 1.22 1.59 1.56 1.64 1.31 0.95 0.80 0.85 1.24 1.13 1.09
O5' 1.41 1.29 1.59 2.12 1.43 1.80 1.56 1.92 1.56 1.40 1.32 1.44 1.24 1.30 2.50 1.54 2.04 2.33 2.34 2.21
OP1 1.91 1.62 2.00 2.79 1.82 2.60 2.05 2.86 2.08 1.84 1.65 1.82 1.52 1.55 3.09 2.20 2.97 3.39 3.26 3.16
OP2 2.18 1.93 2.51 3.18 2.32 2.73 2.60 2.99 2.58 2.24 2.01 2.34 1.61 2.07 3.41 2.31 3.23 3.54 3.68 3.45
P 2.03 1.66 2.25 2.99 1.88 2.62 2.15 2.78 2.21 1.96 1.66 1.86 1.46 1.80 3.38 2.22 2.92 3.18 3.19 3.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.35 0.01 0.26 0.51 0.35 0.27
C2 0.02 0.00 0.22 0.27 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.25 0.19 0.33 0.74 0.58 0.31
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.08 0.02 0.14 0.25 0.19 0.04 0.18 0.09 0.36 0.01 0.03 0.02 0.53 0.68 0.68 0.64
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.41 0.01 0.43 0.02 0.37 0.25 0.35 0.45 0.21 0.02 0.01 0.03 0.25 0.39 0.36 0.27
C4 0.02 0.01 0.08 0.41 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.22 0.04 0.46 0.98 0.89 0.47
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.25 0.09 0.11 0.17 0.22 0.33 0.04 0.01 0.02 0.22 0.30 0.07
C5 0.02 0.01 0.14 0.43 0.00 0.24 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.47 0.29 0.15 0.55 1.05 0.92 0.58
C5' 0.12 0.22 0.25 0.02 0.27 0.01 0.36 0.00 0.35 0.19 0.23 0.30 0.31 0.12 0.24 0.02 0.01 0.30 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.37 0.01 0.25 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.22 0.20 0.51 0.91 0.69 0.49
N1 0.01 0.01 0.04 0.25 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.14 0.02 0.33 0.71 0.49 0.30
N3 0.02 0.01 0.18 0.35 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.20 0.14 0.38 0.86 0.75 0.37
N4 0.02 0.02 0.09 0.45 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.41 0.27 0.05 0.50 1.06 1.03 0.53
O2 0.04 0.01 0.36 0.21 0.02 0.22 0.02 0.31 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.37 0.44 0.33 0.35 0.68 0.54 0.36
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.38 0.33 0.47 0.12 0.43 0.23 0.30 0.41 0.37 0.00 0.06 0.22 0.38 0.56 0.75 0.56
O3' 0.35 0.25 0.03 0.01 0.22 0.04 0.29 0.24 0.22 0.14 0.20 0.27 0.44 0.06 0.00 0.27 0.31 0.70 0.38 0.37
O4' 0.01 0.19 0.02 0.03 0.04 0.01 0.15 0.02 0.20 0.02 0.14 0.05 0.33 0.22 0.27 0.00 0.21 0.40 0.32 0.23
O5' 0.26 0.33 0.53 0.25 0.46 0.02 0.55 0.01 0.51 0.33 0.38 0.50 0.35 0.38 0.31 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 0.74 0.68 0.39 0.98 0.22 1.05 0.30 0.91 0.71 0.86 1.06 0.68 0.56 0.70 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.58 0.68 0.36 0.89 0.30 0.92 0.40 0.69 0.49 0.75 1.03 0.54 0.75 0.38 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.31 0.64 0.27 0.47 0.07 0.58 0.02 0.49 0.30 0.37 0.53 0.36 0.56 0.37 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00