ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 21576

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 11, 10, 15, 71, 20, 8, 3, 1, 1, 4, 29, 15, 38, 18, 11, 240,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.477, 0.971, 1.466, 2.107 max_d=2.107 avg_d=0.971 std_dev=0.495
C4 B 0, 0.371, 0.963, 1.556, 2.248 max_d=2.248 avg_d=0.963 std_dev=0.593
C4 A 0, 0.362, 1.007, 1.652, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.007 std_dev=0.645
N9 B 0, 0.497, 1.176, 1.854, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.176 std_dev=0.678
C1' A 0, 0.627, 1.347, 2.068, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.347 std_dev=0.720
N3 A 0, 0.651, 1.395, 2.139, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.395 std_dev=0.744
C8 A 0, 0.638, 1.409, 2.181, 3.318 max_d=3.318 avg_d=1.409 std_dev=0.772
C1' B 0, 0.647, 1.421, 2.196, 3.623 max_d=3.623 avg_d=1.421 std_dev=0.775
O4' A 0, 0.840, 1.650, 2.460, 4.093 max_d=4.093 avg_d=1.650 std_dev=0.810
C5 A 0, 0.752, 1.572, 2.392, 3.561 max_d=3.561 avg_d=1.572 std_dev=0.820
C2' B 0, 1.082, 1.906, 2.731, 4.626 max_d=4.626 avg_d=1.906 std_dev=0.824
C2 A 0, 0.735, 1.614, 2.493, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.614 std_dev=0.879
O2' B 0, 1.676, 2.598, 3.521, 5.814 max_d=5.814 avg_d=2.598 std_dev=0.922
C5 B 0, 0.623, 1.545, 2.468, 3.456 max_d=3.456 avg_d=1.545 std_dev=0.923
N1 A 0, 0.930, 1.873, 2.816, 3.861 max_d=3.861 avg_d=1.873 std_dev=0.943
C4' A 0, 0.918, 1.924, 2.931, 4.181 max_d=4.181 avg_d=1.924 std_dev=1.007
C6 A 0, 0.999, 2.022, 3.045, 4.569 max_d=4.569 avg_d=2.022 std_dev=1.023
N3 B 0, 0.727, 1.757, 2.786, 3.956 max_d=3.956 avg_d=1.757 std_dev=1.029
N7 A 0, 0.812, 1.897, 2.981, 4.575 max_d=4.575 avg_d=1.897 std_dev=1.084
C6 B 0, 0.796, 1.909, 3.022, 4.198 max_d=4.198 avg_d=1.909 std_dev=1.113
C3' A 0, 1.018, 2.167, 3.316, 4.837 max_d=4.837 avg_d=2.167 std_dev=1.149
C2' A 0, 0.828, 2.023, 3.217, 4.736 max_d=4.736 avg_d=2.023 std_dev=1.194
C8 B 0, 1.067, 2.279, 3.490, 4.833 max_d=4.833 avg_d=2.279 std_dev=1.211
N1 B 0, 0.948, 2.228, 3.508, 4.575 max_d=4.575 avg_d=2.228 std_dev=1.280
N7 B 0, 1.207, 2.525, 3.842, 5.333 max_d=5.333 avg_d=2.525 std_dev=1.318
C2 B 0, 0.998, 2.340, 3.681, 5.181 max_d=5.181 avg_d=2.340 std_dev=1.342
C5' A 0, 0.946, 2.317, 3.689, 5.839 max_d=5.839 avg_d=2.317 std_dev=1.371
O4' B 0, 0.969, 2.451, 3.933, 6.024 max_d=6.024 avg_d=2.451 std_dev=1.482
O5' A 0, 1.090, 2.595, 4.100, 6.457 max_d=6.457 avg_d=2.595 std_dev=1.505
N6 A 0, 1.284, 2.795, 4.306, 6.914 max_d=6.914 avg_d=2.795 std_dev=1.511
N6 B 0, 1.094, 2.659, 4.224, 6.042 max_d=6.042 avg_d=2.659 std_dev=1.565
C3' B 0, 0.873, 2.453, 4.034, 7.319 max_d=7.319 avg_d=2.453 std_dev=1.581
O3' A 0, 1.308, 2.914, 4.520, 7.216 max_d=7.216 avg_d=2.914 std_dev=1.606
O3' B 0, 1.254, 3.058, 4.861, 9.042 max_d=9.042 avg_d=3.058 std_dev=1.804
C4' B 0, 1.045, 2.910, 4.775, 7.560 max_d=7.560 avg_d=2.910 std_dev=1.865
O2' A 0, 0.943, 2.883, 4.823, 7.195 max_d=7.195 avg_d=2.883 std_dev=1.940
P A 0, 1.360, 3.490, 5.619, 8.713 max_d=8.713 avg_d=3.490 std_dev=2.129
OP2 A 0, 1.753, 3.977, 6.202, 10.068 max_d=10.068 avg_d=3.977 std_dev=2.225
C5' B 0, 1.578, 4.147, 6.715, 10.242 max_d=10.242 avg_d=4.147 std_dev=2.568
O5' B 0, 1.838, 4.438, 7.038, 10.516 max_d=10.516 avg_d=4.438 std_dev=2.600
OP1 A 0, 2.020, 4.700, 7.379, 10.436 max_d=10.436 avg_d=4.700 std_dev=2.679
OP2 B 0, 3.157, 6.556, 9.954, 13.068 max_d=13.068 avg_d=6.556 std_dev=3.399
P B 0, 2.468, 5.911, 9.353, 13.268 max_d=13.268 avg_d=5.911 std_dev=3.442
OP1 B 0, 2.899, 6.695, 10.491, 15.428 max_d=15.428 avg_d=6.695 std_dev=3.796

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.29 0.52 0.40 0.30
C2 0.04 0.00 0.47 0.44 0.01 0.22 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.35 0.40 0.32 0.58 0.89 1.04 0.64
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.22 0.22 0.24 0.37 0.47 0.16 0.14 0.03 0.00 0.04 0.02 0.51 0.63 0.54 0.51
C3' 0.02 0.44 0.01 0.00 0.34 0.01 0.38 0.03 0.43 0.31 0.45 0.39 0.45 0.36 0.23 0.02 0.01 0.03 0.29 0.61 0.41 0.32
C4 0.02 0.01 0.24 0.34 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.22 0.17 0.47 0.80 0.85 0.52
C4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.14 0.25 0.17 0.22 0.16 0.23 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.32 0.29 0.11
C5 0.02 0.01 0.12 0.38 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.20 0.08 0.58 0.98 1.09 0.70
C5' 0.09 0.42 0.22 0.03 0.23 0.01 0.25 0.00 0.27 0.40 0.35 0.40 0.30 0.38 0.17 0.11 0.24 0.02 0.01 0.29 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.43 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.27 0.15 0.59 1.02 1.20 0.72
C8 0.02 0.02 0.24 0.31 0.01 0.25 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.17 0.20 0.70 1.02 0.99 0.82
N1 0.04 0.01 0.37 0.45 0.02 0.17 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.35 0.25 0.58 0.96 1.15 0.67
N3 0.05 0.01 0.47 0.39 0.01 0.22 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.34 0.38 0.32 0.52 0.79 0.88 0.55
N6 0.03 0.02 0.16 0.45 0.02 0.16 0.02 0.30 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.33 0.29 0.10 0.65 1.13 1.35 0.83
N7 0.02 0.02 0.14 0.36 0.01 0.23 0.01 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.42 0.20 0.11 0.72 1.13 1.21 0.90
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.13 0.02 0.45 0.75 0.69 0.50
O2' 0.03 0.35 0.00 0.02 0.21 0.30 0.29 0.11 0.29 0.42 0.29 0.34 0.33 0.42 0.21 0.00 0.08 0.22 0.35 0.52 0.54 0.40
O3' 0.32 0.40 0.04 0.01 0.22 0.03 0.20 0.24 0.27 0.17 0.35 0.38 0.29 0.20 0.13 0.08 0.00 0.23 0.38 0.91 0.60 0.52
O4' 0.01 0.32 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.20 0.25 0.32 0.10 0.11 0.02 0.22 0.23 0.00 0.16 0.45 0.37 0.29
O5' 0.29 0.58 0.51 0.29 0.47 0.02 0.58 0.01 0.59 0.70 0.58 0.52 0.65 0.72 0.45 0.35 0.38 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 0.89 0.63 0.61 0.80 0.32 0.98 0.29 1.02 1.02 0.96 0.79 1.13 1.13 0.75 0.52 0.91 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 1.04 0.54 0.41 0.85 0.29 1.09 0.37 1.20 0.99 1.15 0.88 1.35 1.21 0.69 0.54 0.60 0.37 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.64 0.51 0.32 0.52 0.11 0.70 0.02 0.72 0.82 0.67 0.55 0.83 0.90 0.50 0.40 0.52 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.90 2.49 0.95 0.66 1.74 0.70 1.85 1.06 2.17 1.45 2.45 2.15 2.23 1.72 1.28 1.18 0.97 0.89 1.30 1.78 1.76 1.74
C2 1.18 3.58 0.91 0.75 2.50 0.84 2.84 1.30 3.50 1.88 3.81 2.94 3.78 2.49 1.76 0.97 0.87 1.10 1.55 1.97 2.47 2.07
C2' 1.18 2.36 1.20 0.90 1.77 1.06 1.92 1.43 2.17 1.74 2.38 2.04 2.26 1.89 1.49 1.40 1.02 1.22 1.72 2.24 2.12 2.16
C3' 0.97 1.97 0.91 0.67 1.51 0.90 1.69 1.41 1.88 1.63 2.01 1.69 1.98 1.76 1.30 1.04 0.82 1.09 1.71 2.17 2.14 2.17
C4 1.05 3.04 0.85 0.68 2.19 0.77 2.42 1.15 2.88 1.67 3.13 2.58 3.00 2.15 1.56 0.95 0.89 1.02 1.36 1.68 2.08 1.79
C4' 0.75 1.80 0.78 0.64 1.30 0.68 1.43 1.09 1.61 1.34 1.77 1.57 1.70 1.50 1.04 1.10 1.11 0.79 1.29 1.83 1.78 1.77
C5 1.17 3.05 0.89 0.81 2.29 0.92 2.56 1.34 2.99 1.77 3.17 2.63 3.13 2.28 1.67 0.99 0.91 1.13 1.55 1.79 2.33 1.95
C5' 0.72 1.35 0.71 0.80 1.01 0.72 1.15 0.95 1.25 1.17 1.32 1.21 1.36 1.30 0.86 1.10 1.38 0.72 1.00 1.45 1.51 1.40
C6 1.30 3.46 0.98 0.90 2.55 1.04 2.91 1.52 3.46 1.98 3.66 2.93 3.72 2.59 1.86 1.06 0.91 1.24 1.78 2.11 2.73 2.27
C8 0.90 2.20 0.74 0.66 1.70 0.76 1.81 1.05 2.05 1.34 2.20 1.97 2.09 1.64 1.26 0.95 0.94 0.97 1.19 1.34 1.65 1.47
N1 1.27 3.66 0.95 0.85 2.61 0.97 2.99 1.46 3.66 1.99 3.91 3.02 3.99 2.65 1.86 1.02 0.89 1.20 1.72 2.13 2.72 2.25
N3 1.09 3.34 0.89 0.68 2.32 0.75 2.59 1.17 3.16 1.74 3.48 2.77 3.35 2.28 1.62 0.98 0.88 1.02 1.40 1.82 2.20 1.90
N6 1.43 3.65 1.11 1.04 2.69 1.20 3.05 1.75 3.62 2.15 3.83 3.09 3.91 2.77 2.00 1.21 0.96 1.36 2.05 2.44 3.12 2.59
N7 1.13 2.56 0.88 0.84 2.02 0.96 2.19 1.32 2.47 1.60 2.60 2.29 2.54 1.98 1.53 1.02 0.95 1.13 1.49 1.61 2.11 1.80
N9 0.92 2.58 0.82 0.62 1.87 0.69 2.01 1.02 2.35 1.46 2.58 2.24 2.41 1.81 1.35 1.00 0.92 0.93 1.22 1.53 1.75 1.59
O2' 1.46 2.76 1.49 1.14 2.11 1.27 2.28 1.64 2.56 2.08 2.78 2.38 2.66 2.26 1.81 1.68 1.12 1.42 1.92 2.59 2.39 2.43
O3' 1.16 2.08 1.08 0.89 1.65 1.22 1.86 1.81 2.05 1.84 2.16 1.78 2.19 1.96 1.49 1.06 0.79 1.32 2.14 2.67 2.66 2.73
O4' 0.99 2.22 1.02 0.81 1.63 0.84 1.70 1.08 1.93 1.43 2.14 1.99 1.98 1.66 1.26 1.27 1.19 0.98 1.20 1.64 1.59 1.59
O5' 0.76 1.13 0.72 0.87 0.89 0.79 0.99 0.96 1.04 1.09 1.08 1.04 1.12 1.15 0.82 0.97 1.44 0.79 0.92 1.20 1.38 1.22
OP1 0.91 0.93 0.84 1.33 0.75 1.33 0.79 1.46 0.82 0.94 0.86 0.89 0.91 0.96 0.77 0.94 1.81 1.09 1.34 1.70 1.58 1.55
OP2 0.95 1.10 1.00 1.15 0.99 1.13 1.08 1.32 1.12 1.11 1.12 1.03 1.18 1.16 0.97 1.15 1.42 1.02 1.17 1.25 1.56 1.27
P 0.89 0.85 0.86 1.28 0.72 1.18 0.74 1.21 0.74 0.89 0.78 0.84 0.80 0.89 0.75 0.95 1.83 1.00 1.06 1.22 1.33 1.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.29 0.57 0.51 0.32
C2 0.04 0.00 0.39 0.33 0.01 0.35 0.02 0.50 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.48 0.43 0.41 0.55 1.30 1.13 0.82
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.22 0.19 0.21 0.31 0.39 0.14 0.13 0.04 0.00 0.04 0.03 0.58 0.71 0.83 0.63
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.28 0.01 0.34 0.03 0.36 0.35 0.35 0.29 0.40 0.39 0.23 0.02 0.01 0.03 0.34 0.51 0.52 0.36
C4 0.02 0.01 0.21 0.28 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.25 0.22 0.43 1.00 0.90 0.56
C4' 0.02 0.35 0.02 0.01 0.15 0.00 0.14 0.01 0.16 0.32 0.25 0.34 0.16 0.27 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.32 0.32 0.12
C5 0.02 0.02 0.11 0.34 0.01 0.14 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.20 0.10 0.56 1.13 1.16 0.72
C5' 0.09 0.50 0.22 0.03 0.22 0.01 0.27 0.00 0.27 0.55 0.38 0.46 0.32 0.50 0.22 0.13 0.23 0.02 0.01 0.37 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.36 0.01 0.16 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.37 0.25 0.18 0.54 1.24 1.21 0.74
C8 0.02 0.02 0.21 0.35 0.01 0.32 0.01 0.55 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.47 0.20 0.23 0.84 1.10 1.29 0.94
N1 0.04 0.01 0.31 0.35 0.02 0.25 0.01 0.38 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.42 0.34 0.32 0.52 1.30 1.16 0.77
N3 0.05 0.01 0.39 0.29 0.01 0.34 0.01 0.46 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.45 0.43 0.42 0.50 1.15 0.98 0.72
N6 0.03 0.02 0.14 0.40 0.02 0.16 0.02 0.32 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.41 0.25 0.13 0.62 1.33 1.38 0.85
N7 0.02 0.02 0.13 0.39 0.01 0.27 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.46 0.22 0.13 0.81 1.24 1.45 0.98
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.22 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.16 0.02 0.48 0.81 0.82 0.53
O2' 0.03 0.48 0.00 0.02 0.29 0.30 0.35 0.13 0.37 0.47 0.42 0.45 0.41 0.46 0.23 0.00 0.07 0.22 0.47 0.71 0.87 0.60
O3' 0.32 0.43 0.04 0.01 0.25 0.03 0.20 0.23 0.25 0.20 0.34 0.43 0.25 0.22 0.16 0.07 0.00 0.22 0.30 0.59 0.52 0.38
O4' 0.01 0.41 0.03 0.03 0.22 0.01 0.10 0.02 0.18 0.23 0.32 0.42 0.13 0.13 0.02 0.22 0.22 0.00 0.17 0.52 0.40 0.28
O5' 0.29 0.55 0.58 0.34 0.43 0.02 0.56 0.01 0.54 0.84 0.52 0.50 0.62 0.81 0.48 0.47 0.30 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.57 1.30 0.71 0.51 1.00 0.32 1.13 0.37 1.24 1.10 1.30 1.15 1.33 1.24 0.81 0.71 0.59 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 1.13 0.83 0.52 0.90 0.32 1.16 0.40 1.21 1.29 1.16 0.98 1.38 1.45 0.82 0.87 0.52 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.82 0.63 0.36 0.56 0.12 0.72 0.02 0.74 0.94 0.77 0.72 0.85 0.98 0.53 0.60 0.38 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00