ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2259

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 15, 42, 73, 26, 12, 16, 2, 1, 1, 56, 6, 17, 4, 7, 1, 2, 40, 163,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.238, 0.621, 1.004, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.621 std_dev=0.383
C4 A 0, 0.345, 0.901, 1.457, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.901 std_dev=0.556
N3 A 0, 0.219, 0.799, 1.380, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.799 std_dev=0.580
C6 A 0, 0.269, 0.854, 1.439, 2.725 max_d=2.725 avg_d=0.854 std_dev=0.585
C5 A 0, 0.367, 0.977, 1.586, 3.533 max_d=3.533 avg_d=0.977 std_dev=0.609
C6 B 0, 0.383, 1.095, 1.807, 3.591 max_d=3.591 avg_d=1.095 std_dev=0.712
C2 B 0, 0.250, 1.005, 1.760, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.005 std_dev=0.755
N1 A 0, 0.206, 0.981, 1.757, 3.228 max_d=3.228 avg_d=0.981 std_dev=0.775
C2 A 0, 0.290, 1.080, 1.871, 3.035 max_d=3.035 avg_d=1.080 std_dev=0.791
O4' B 0, 0.731, 1.590, 2.449, 4.317 max_d=4.317 avg_d=1.590 std_dev=0.859
C1' B 0, 0.269, 1.173, 2.077, 3.293 max_d=3.293 avg_d=1.173 std_dev=0.904
O4 A 0, 0.530, 1.448, 2.366, 4.553 max_d=4.553 avg_d=1.448 std_dev=0.918
O2 B 0, 0.573, 1.604, 2.635, 5.188 max_d=5.188 avg_d=1.604 std_dev=1.031
N3 B 0, 0.513, 1.599, 2.684, 4.456 max_d=4.456 avg_d=1.599 std_dev=1.085
C4' B 0, 1.144, 2.319, 3.494, 6.399 max_d=6.399 avg_d=2.319 std_dev=1.175
O2 A 0, 0.516, 1.741, 2.965, 4.233 max_d=4.233 avg_d=1.741 std_dev=1.225
C5 B 0, 0.595, 1.877, 3.158, 5.885 max_d=5.885 avg_d=1.877 std_dev=1.282
C3' B 0, 1.021, 2.331, 3.641, 6.440 max_d=6.440 avg_d=2.331 std_dev=1.310
C1' A 0, 0.329, 1.648, 2.968, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.648 std_dev=1.319
C5' B 0, 1.377, 2.721, 4.065, 7.122 max_d=7.122 avg_d=2.721 std_dev=1.344
O5' B 0, 0.873, 2.247, 3.620, 5.658 max_d=5.658 avg_d=2.247 std_dev=1.374
C2' B 0, 0.491, 1.912, 3.333, 5.060 max_d=5.060 avg_d=1.912 std_dev=1.421
C4 B 0, 0.581, 2.070, 3.559, 6.498 max_d=6.498 avg_d=2.070 std_dev=1.489
O4' A 0, 0.405, 1.895, 3.386, 4.777 max_d=4.777 avg_d=1.895 std_dev=1.490
C2' A 0, 0.294, 1.883, 3.472, 4.770 max_d=4.770 avg_d=1.883 std_dev=1.589
O5' A 0, 0.625, 2.226, 3.827, 6.759 max_d=6.759 avg_d=2.226 std_dev=1.601
P A 0, 1.137, 2.890, 4.643, 8.731 max_d=8.731 avg_d=2.890 std_dev=1.753
O3' B 0, 1.463, 3.238, 5.013, 8.727 max_d=8.727 avg_d=3.238 std_dev=1.775
C4' A 0, 0.313, 2.161, 4.009, 5.758 max_d=5.758 avg_d=2.161 std_dev=1.848
C5' A 0, 0.348, 2.232, 4.116, 6.224 max_d=6.224 avg_d=2.232 std_dev=1.884
OP2 A 0, 1.360, 3.253, 5.145, 9.715 max_d=9.715 avg_d=3.253 std_dev=1.892
C3' A 0, 0.199, 2.101, 4.003, 5.229 max_d=5.229 avg_d=2.101 std_dev=1.902
O2' A 0, 0.541, 2.488, 4.434, 6.248 max_d=6.248 avg_d=2.488 std_dev=1.947
P B 0, 0.462, 2.413, 4.364, 6.619 max_d=6.619 avg_d=2.413 std_dev=1.951
O4 B 0, 0.877, 2.931, 4.986, 8.722 max_d=8.722 avg_d=2.931 std_dev=2.054
OP2 B 0, 0.363, 2.487, 4.610, 7.217 max_d=7.217 avg_d=2.487 std_dev=2.124
O2' B 0, 0.468, 2.713, 4.958, 7.291 max_d=7.291 avg_d=2.713 std_dev=2.245
OP1 A 0, 1.137, 3.388, 5.639, 9.486 max_d=9.486 avg_d=3.388 std_dev=2.251
OP1 B 0, 0.744, 3.100, 5.456, 8.573 max_d=8.573 avg_d=3.100 std_dev=2.356
O3' A 0, 0.206, 2.839, 5.473, 7.175 max_d=7.175 avg_d=2.839 std_dev=2.633

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.29 0.02 0.01 0.22 0.47 0.41 0.27
C2 0.03 0.00 0.15 0.23 0.01 0.10 0.02 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.02 0.11 0.38 0.62 0.59 0.44
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.23 0.14 0.02 0.11 0.26 0.01 0.04 0.06 0.02 0.40 0.50 0.79 0.49
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.34 0.01 0.38 0.02 0.35 0.20 0.28 0.29 0.03 0.01 0.36 0.02 0.33 0.27 0.53 0.29
C4 0.02 0.01 0.05 0.34 0.00 0.12 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.20 0.00 0.04 0.57 0.70 0.88 0.58
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.20 0.07 0.09 0.20 0.29 0.03 0.13 0.01 0.02 0.24 0.27 0.11
C5 0.02 0.02 0.12 0.38 0.01 0.19 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.31 0.01 0.09 0.66 0.70 0.94 0.61
C5' 0.13 0.23 0.23 0.02 0.29 0.01 0.36 0.00 0.35 0.20 0.25 0.32 0.10 0.22 0.30 0.02 0.01 0.31 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.35 0.01 0.20 0.01 0.35 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.26 0.02 0.12 0.59 0.62 0.74 0.50
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.02 0.07 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.12 0.02 0.02 0.39 0.56 0.54 0.37
N3 0.02 0.01 0.11 0.28 0.01 0.09 0.01 0.25 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.16 0.01 0.09 0.47 0.67 0.73 0.51
O2 0.05 0.01 0.26 0.29 0.02 0.20 0.02 0.32 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.42 0.03 0.19 0.36 0.63 0.55 0.47
O2' 0.02 0.22 0.01 0.03 0.31 0.29 0.32 0.10 0.28 0.18 0.27 0.24 0.00 0.08 0.34 0.19 0.23 0.45 0.74 0.38
O3' 0.29 0.22 0.04 0.01 0.20 0.03 0.31 0.22 0.26 0.12 0.16 0.42 0.08 0.00 0.24 0.24 0.31 0.49 0.45 0.31
O4 0.02 0.02 0.06 0.36 0.00 0.13 0.01 0.30 0.02 0.02 0.01 0.03 0.34 0.24 0.00 0.05 0.61 0.74 0.98 0.64
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.09 0.19 0.19 0.24 0.05 0.00 0.26 0.50 0.27 0.30
O5' 0.22 0.38 0.40 0.33 0.57 0.02 0.66 0.01 0.59 0.39 0.47 0.36 0.23 0.31 0.61 0.26 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.47 0.62 0.50 0.27 0.70 0.24 0.70 0.31 0.62 0.56 0.67 0.63 0.45 0.49 0.74 0.50 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.59 0.79 0.53 0.88 0.27 0.94 0.30 0.74 0.54 0.73 0.55 0.74 0.45 0.98 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.44 0.49 0.29 0.58 0.11 0.61 0.02 0.50 0.37 0.51 0.47 0.38 0.31 0.64 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.83 2.53 2.16 1.76 3.23 1.34 2.77 1.12 2.17 2.11 3.04 2.54 2.58 1.90 3.79 1.42 0.86 1.31 0.86 0.53
C2 1.26 1.93 1.58 1.23 2.54 0.99 2.20 0.95 1.66 1.55 2.36 1.94 1.75 1.27 2.95 1.00 0.67 1.30 0.88 0.43
C2' 2.02 2.60 2.39 1.86 3.09 1.41 2.68 1.10 2.21 2.23 2.98 2.66 2.91 2.03 3.56 1.54 0.93 1.28 0.92 0.58
C3' 2.03 2.56 2.44 2.00 3.06 1.53 2.60 1.20 2.11 2.16 2.94 2.66 3.11 2.31 3.60 1.54 0.94 1.28 0.90 0.58
C4 0.79 1.36 1.16 1.05 2.02 1.07 1.73 1.09 1.13 0.98 1.78 1.43 1.45 1.46 2.47 0.75 0.56 1.03 0.95 0.29
C4' 1.91 2.62 2.24 1.88 3.38 1.46 2.83 1.22 2.20 2.16 3.17 2.66 2.82 2.18 4.04 1.47 0.92 1.35 0.89 0.61
C5 0.91 1.54 1.35 1.19 2.31 1.13 1.93 1.12 1.28 1.13 2.04 1.59 1.74 1.63 2.87 0.78 0.58 1.09 0.93 0.34
C5' 1.80 2.47 2.17 1.85 3.26 1.52 2.70 1.34 2.06 2.02 3.03 2.50 2.77 2.20 3.96 1.43 1.01 1.48 0.96 0.78
C6 1.13 1.85 1.55 1.28 2.65 1.07 2.21 1.05 1.56 1.42 2.39 1.86 1.95 1.60 3.25 0.86 0.62 1.21 0.92 0.41
N1 1.38 2.09 1.74 1.39 2.81 1.10 2.39 1.02 1.79 1.68 2.60 2.09 2.07 1.55 3.35 1.06 0.70 1.28 0.89 0.46
N3 0.80 1.49 1.13 0.87 2.10 0.81 1.81 0.89 1.25 1.10 1.89 1.52 1.30 1.08 2.48 0.66 0.51 1.19 0.95 0.31
O2 1.62 2.19 1.87 1.52 2.65 1.24 2.38 1.07 1.94 1.86 2.53 2.20 1.96 1.42 2.95 1.36 0.85 1.30 0.80 0.50
O2' 2.54 3.07 2.88 2.26 3.41 1.80 3.00 1.40 2.64 2.73 3.38 3.15 3.38 2.37 3.80 1.99 1.30 1.51 1.14 0.96
O3' 2.43 2.78 2.88 2.50 3.07 1.94 2.61 1.51 2.24 2.41 3.04 2.96 3.63 2.91 3.55 1.88 1.22 1.50 0.96 0.82
O4 0.98 1.27 1.24 1.26 1.75 1.36 1.55 1.30 1.06 0.98 1.56 1.41 1.55 1.71 2.12 1.05 0.70 0.82 0.95 0.30
O4' 1.79 2.58 2.08 1.75 3.43 1.37 2.88 1.19 2.19 2.11 3.18 2.58 2.55 1.99 4.11 1.40 0.88 1.35 0.87 0.58
O5' 1.70 2.37 2.02 1.60 3.14 1.34 2.64 1.16 2.01 1.94 2.91 2.41 2.66 1.96 3.81 1.33 0.88 1.07 1.13 0.64
OP1 1.70 2.14 2.14 1.85 2.84 1.68 2.35 1.54 1.78 1.76 2.62 2.22 2.89 2.36 3.51 1.43 1.16 1.51 1.10 0.98
OP2 1.88 2.41 2.22 1.74 3.06 1.54 2.64 1.35 2.11 2.06 2.86 2.46 2.83 2.02 3.66 1.53 1.19 1.16 1.56 1.06
P 1.77 2.37 2.09 1.68 3.10 1.51 2.61 1.34 2.02 1.96 2.88 2.41 2.73 2.03 3.76 1.45 1.09 1.21 1.29 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.34 0.02 0.01 0.28 0.56 0.40 0.30
C2 0.03 0.00 0.25 0.29 0.01 0.18 0.02 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.28 0.02 0.20 0.45 0.61 0.64 0.50
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.21 0.22 0.03 0.19 0.44 0.01 0.03 0.09 0.02 0.46 0.91 0.64 0.59
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.42 0.01 0.48 0.02 0.44 0.25 0.35 0.35 0.02 0.01 0.45 0.02 0.23 0.67 0.27 0.29
C4 0.02 0.01 0.07 0.42 0.00 0.18 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.20 0.01 0.04 0.64 0.80 0.98 0.76
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.18 0.00 0.25 0.01 0.25 0.10 0.17 0.30 0.32 0.03 0.19 0.01 0.02 0.30 0.28 0.14
C5 0.02 0.02 0.16 0.48 0.01 0.25 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.40 0.33 0.01 0.15 0.76 0.89 1.06 0.85
C5' 0.08 0.35 0.21 0.02 0.26 0.01 0.32 0.00 0.32 0.13 0.34 0.57 0.13 0.23 0.29 0.02 0.01 0.23 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.44 0.01 0.25 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.29 0.02 0.21 0.71 0.78 0.87 0.72
N1 0.01 0.01 0.03 0.25 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.11 0.02 0.02 0.43 0.59 0.57 0.44
N3 0.02 0.01 0.19 0.35 0.01 0.17 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.19 0.01 0.15 0.54 0.68 0.80 0.62
O2 0.05 0.01 0.44 0.35 0.02 0.30 0.02 0.57 0.02 0.02 0.01 0.00 0.40 0.52 0.02 0.33 0.52 0.67 0.68 0.57
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.38 0.32 0.40 0.13 0.36 0.23 0.36 0.40 0.00 0.06 0.40 0.23 0.32 0.88 0.70 0.53
O3' 0.34 0.28 0.03 0.01 0.20 0.03 0.33 0.23 0.29 0.11 0.19 0.52 0.06 0.00 0.25 0.23 0.31 0.68 0.38 0.35
O4 0.02 0.02 0.09 0.45 0.01 0.19 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.02 0.40 0.25 0.00 0.06 0.68 0.87 1.10 0.85
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.21 0.02 0.15 0.33 0.23 0.23 0.06 0.00 0.20 0.39 0.38 0.29
O5' 0.28 0.45 0.46 0.23 0.64 0.02 0.76 0.01 0.71 0.43 0.54 0.52 0.32 0.31 0.68 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 0.61 0.91 0.67 0.80 0.30 0.89 0.23 0.78 0.59 0.68 0.67 0.88 0.68 0.87 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.64 0.64 0.27 0.98 0.28 1.06 0.28 0.87 0.57 0.80 0.68 0.70 0.38 1.10 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.50 0.59 0.29 0.76 0.14 0.85 0.02 0.72 0.44 0.62 0.57 0.53 0.35 0.85 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00