ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 22781

back

Distances from reference structure (by RMSD)

8, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.130, 0.269, 0.667, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.269 std_dev=0.398
C6 B 0, -0.077, 0.344, 0.764, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.344 std_dev=0.420
N1 A 0, -0.145, 0.348, 0.841, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.348 std_dev=0.493
C5 A 0, -0.170, 0.375, 0.921, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.375 std_dev=0.545
C1' B 0, -0.144, 0.416, 0.975, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.416 std_dev=0.560
O4' B 0, -0.131, 0.484, 1.100, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.484 std_dev=0.615
C4 A 0, -0.153, 0.462, 1.078, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.462 std_dev=0.616
C5 B 0, -0.186, 0.459, 1.104, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.459 std_dev=0.645
C2 B 0, -0.185, 0.465, 1.116, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.465 std_dev=0.651
C6 A 0, -0.184, 0.523, 1.230, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.523 std_dev=0.707
C2 A 0, -0.253, 0.491, 1.234, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.491 std_dev=0.744
C4 B 0, -0.241, 0.556, 1.354, 2.576 max_d=2.576 avg_d=0.556 std_dev=0.797
N3 B 0, -0.276, 0.531, 1.338, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.531 std_dev=0.807
C1' A 0, -0.209, 0.605, 1.420, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.605 std_dev=0.814
N4 A 0, -0.216, 0.722, 1.660, 2.352 max_d=2.352 avg_d=0.722 std_dev=0.938
O2 B 0, -0.219, 0.720, 1.659, 2.643 max_d=2.643 avg_d=0.720 std_dev=0.939
N3 A 0, -0.257, 0.685, 1.626, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.685 std_dev=0.942
C4' B 0, -0.308, 0.699, 1.706, 2.860 max_d=2.860 avg_d=0.699 std_dev=1.007
C2' B 0, -0.382, 0.636, 1.653, 3.399 max_d=3.399 avg_d=0.636 std_dev=1.017
O4 B 0, -0.313, 0.804, 1.922, 3.496 max_d=3.496 avg_d=0.804 std_dev=1.117
C2' A 0, -0.299, 0.826, 1.951, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.826 std_dev=1.125
O2 A 0, -0.401, 0.745, 1.891, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.745 std_dev=1.146
C3' B 0, -0.414, 0.776, 1.965, 3.786 max_d=3.786 avg_d=0.776 std_dev=1.190
O2' B 0, -0.446, 0.782, 2.011, 4.195 max_d=4.195 avg_d=0.782 std_dev=1.229
O3' B 0, -0.413, 0.857, 2.127, 4.132 max_d=4.132 avg_d=0.857 std_dev=1.270
O5' B 0, -0.487, 0.801, 2.089, 3.932 max_d=3.932 avg_d=0.801 std_dev=1.288
OP2 B 0, -0.572, 0.724, 2.020, 3.990 max_d=3.990 avg_d=0.724 std_dev=1.296
C5' B 0, -0.495, 0.852, 2.199, 4.117 max_d=4.117 avg_d=0.852 std_dev=1.347
P B 0, -0.651, 0.794, 2.240, 4.477 max_d=4.477 avg_d=0.794 std_dev=1.445
O4' A 0, -0.403, 1.047, 2.497, 4.029 max_d=4.029 avg_d=1.047 std_dev=1.450
O2' A 0, -0.403, 1.078, 2.559, 4.294 max_d=4.294 avg_d=1.078 std_dev=1.481
C3' A 0, -0.555, 1.155, 2.865, 5.348 max_d=5.348 avg_d=1.155 std_dev=1.710
C4' A 0, -0.587, 1.264, 3.115, 5.667 max_d=5.667 avg_d=1.264 std_dev=1.851
OP1 B 0, -0.965, 1.209, 3.383, 6.688 max_d=6.688 avg_d=1.209 std_dev=2.174
O3' A 0, -0.769, 1.504, 3.776, 7.112 max_d=7.112 avg_d=1.504 std_dev=2.273
O5' A 0, -0.906, 1.597, 4.100, 7.852 max_d=7.852 avg_d=1.597 std_dev=2.503
C5' A 0, -0.833, 1.725, 4.283, 8.009 max_d=8.009 avg_d=1.725 std_dev=2.558
OP2 A 0, -1.501, 1.886, 5.272, 9.941 max_d=9.941 avg_d=1.886 std_dev=3.387
P A 0, -1.462, 1.971, 5.403, 10.475 max_d=10.475 avg_d=1.971 std_dev=3.432
OP1 A 0, -1.706, 2.459, 6.623, 12.784 max_d=12.784 avg_d=2.459 std_dev=4.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.18 0.00 0.10 0.22 0.19 0.11
C2 0.02 0.00 0.19 0.23 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.15 0.31 0.49 0.55 0.35
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.06 0.01 0.20 0.10 0.25 0.03 0.13 0.06 0.38 0.01 0.02 0.01 0.24 0.39 0.35 0.29
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.20 0.00 0.17 0.03 0.15 0.13 0.24 0.22 0.29 0.02 0.01 0.01 0.10 0.48 0.25 0.25
C4 0.01 0.00 0.06 0.20 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.10 0.03 0.33 0.39 0.52 0.33
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.14 0.06 0.06 0.09 0.10 0.19 0.02 0.00 0.02 0.17 0.07 0.04
C5 0.01 0.00 0.20 0.17 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.15 0.11 0.28 0.24 0.30 0.21
C5' 0.05 0.16 0.10 0.03 0.19 0.01 0.21 0.00 0.19 0.12 0.18 0.21 0.19 0.08 0.14 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.15 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.15 0.16 0.23 0.19 0.20 0.14
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.06 0.01 0.22 0.30 0.32 0.20
N3 0.01 0.00 0.13 0.24 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.12 0.35 0.51 0.63 0.40
N4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.13 0.04 0.35 0.41 0.56 0.36
O2 0.03 0.00 0.38 0.29 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.30 0.16 0.25 0.32 0.59 0.62 0.41
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.24 0.19 0.39 0.08 0.39 0.14 0.06 0.26 0.30 0.00 0.03 0.15 0.16 0.32 0.36 0.21
O3' 0.18 0.06 0.02 0.01 0.10 0.02 0.15 0.14 0.15 0.06 0.07 0.13 0.16 0.03 0.00 0.13 0.15 0.71 0.34 0.38
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.02 0.16 0.01 0.12 0.04 0.25 0.15 0.13 0.00 0.07 0.07 0.07 0.08
O5' 0.10 0.31 0.24 0.10 0.33 0.02 0.28 0.01 0.23 0.22 0.35 0.35 0.32 0.16 0.15 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.22 0.49 0.39 0.48 0.39 0.17 0.24 0.05 0.19 0.30 0.51 0.41 0.59 0.32 0.71 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.55 0.35 0.25 0.52 0.07 0.30 0.03 0.20 0.32 0.63 0.56 0.62 0.36 0.34 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.35 0.29 0.25 0.33 0.04 0.21 0.01 0.14 0.20 0.40 0.36 0.41 0.21 0.38 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 1.22 0.46 0.28 1.36 0.42 1.13 0.46 0.94 0.94 1.41 1.29 0.69 0.16 1.51 0.66 0.43 0.28 0.58 0.50
C2 0.62 1.12 0.15 0.17 1.13 0.26 0.91 0.28 0.76 0.83 1.23 1.27 0.12 0.17 1.23 0.48 0.22 0.19 0.31 0.25
C2' 0.71 1.11 0.84 0.58 1.22 0.63 1.02 0.66 0.89 0.88 1.28 1.19 1.10 0.39 1.35 0.73 0.64 0.49 0.80 0.68
C3' 0.90 1.54 0.84 0.44 1.71 0.55 1.46 0.60 1.25 1.23 1.78 1.59 1.08 0.21 1.86 0.84 0.67 0.45 1.00 0.75
C4 0.64 0.92 0.21 0.15 0.89 0.25 0.77 0.27 0.70 0.75 0.96 1.04 0.26 0.19 0.93 0.45 0.15 0.22 0.19 0.15
C4' 0.88 1.51 0.73 0.35 1.78 0.62 1.55 0.69 1.31 1.25 1.77 1.49 1.01 0.18 1.95 0.92 0.67 0.54 0.94 0.77
C5 0.62 0.83 0.26 0.24 0.80 0.40 0.70 0.39 0.65 0.70 0.84 0.90 0.34 0.18 0.82 0.60 0.33 0.16 0.34 0.33
C5' 0.97 1.61 0.82 0.39 1.96 0.77 1.74 0.86 1.48 1.37 1.91 1.49 1.12 0.24 2.13 1.04 0.80 0.72 1.08 0.89
C6 0.67 1.03 0.44 0.29 1.06 0.46 0.93 0.47 0.82 0.85 1.10 1.09 0.66 0.16 1.12 0.70 0.42 0.23 0.49 0.45
N1 0.62 1.11 0.33 0.24 1.15 0.37 0.95 0.39 0.81 0.85 1.22 1.22 0.48 0.16 1.25 0.60 0.35 0.20 0.46 0.39
N3 0.68 1.10 0.22 0.13 1.10 0.24 0.92 0.27 0.79 0.85 1.19 1.24 0.26 0.18 1.18 0.46 0.14 0.26 0.22 0.15
N4 0.76 0.99 0.48 0.14 1.02 0.24 0.94 0.28 0.87 0.87 1.03 1.03 0.73 0.21 1.04 0.44 0.10 0.35 0.22 0.10
O2 0.63 1.20 0.14 0.16 1.25 0.25 0.98 0.27 0.81 0.88 1.35 1.36 0.09 0.17 1.38 0.47 0.20 0.21 0.32 0.24
O2' 0.82 1.02 1.03 0.83 1.20 0.90 1.04 0.93 0.95 0.87 1.22 1.06 1.32 0.64 1.36 0.90 0.88 0.80 0.95 0.91
O3' 1.01 1.73 0.94 0.51 2.02 0.63 1.71 0.69 1.45 1.40 2.06 1.74 1.18 0.24 2.23 0.95 0.80 0.58 1.20 0.91
O4' 0.86 1.42 0.56 0.31 1.66 0.60 1.47 0.66 1.25 1.19 1.64 1.40 0.80 0.17 1.81 0.94 0.62 0.52 0.80 0.72
O5' 0.97 1.56 0.91 0.40 1.83 0.69 1.65 0.75 1.43 1.35 1.79 1.44 1.23 0.27 1.94 0.93 0.75 0.61 1.06 0.82
OP1 1.02 1.75 1.14 0.39 2.34 0.48 2.13 0.58 1.77 1.56 2.15 1.50 1.45 0.22 2.55 0.77 0.78 0.72 1.40 0.93
OP2 1.11 1.68 1.27 0.48 2.10 0.45 2.04 0.54 1.81 1.61 1.93 1.39 1.50 0.24 2.17 0.77 0.87 0.79 1.42 1.01
P 0.95 1.58 1.08 0.36 1.99 0.51 1.84 0.59 1.58 1.42 1.87 1.36 1.44 0.22 2.12 0.74 0.72 0.62 1.20 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.06 0.04 0.14 0.09
C2 0.05 0.00 0.14 0.40 0.01 0.24 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.19 0.02 0.06 0.60 0.60 0.75 0.60
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.10 0.01 0.20 0.11 0.22 0.04 0.09 0.28 0.00 0.02 0.10 0.01 0.24 0.28 0.34 0.29
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.28 0.00 0.14 0.01 0.09 0.18 0.39 0.51 0.01 0.01 0.31 0.01 0.06 0.21 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.10 0.28 0.00 0.20 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.03 0.31 0.13 0.00 0.08 0.59 0.63 0.93 0.65
C4' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.20 0.00 0.10 0.00 0.05 0.11 0.26 0.26 0.19 0.02 0.22 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.20 0.14 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.06 0.01 0.12 0.33 0.29 0.59 0.33
C5' 0.02 0.39 0.11 0.01 0.34 0.00 0.15 0.00 0.07 0.17 0.44 0.44 0.07 0.09 0.38 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.22 0.09 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.11 0.01 0.12 0.19 0.11 0.36 0.16
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.02 0.01 0.04 0.30 0.23 0.39 0.28
N3 0.04 0.00 0.09 0.39 0.01 0.26 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.03 0.26 0.22 0.02 0.06 0.70 0.76 0.99 0.75
O2 0.10 0.01 0.28 0.51 0.03 0.26 0.02 0.44 0.01 0.02 0.03 0.00 0.29 0.29 0.04 0.10 0.65 0.70 0.79 0.66
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.31 0.19 0.34 0.07 0.29 0.16 0.26 0.29 0.00 0.04 0.34 0.18 0.19 0.25 0.41 0.25
O3' 0.18 0.19 0.02 0.01 0.13 0.02 0.06 0.09 0.11 0.02 0.22 0.29 0.04 0.00 0.18 0.13 0.07 0.26 0.06 0.08
O4 0.02 0.02 0.10 0.31 0.00 0.22 0.01 0.38 0.01 0.01 0.02 0.04 0.34 0.18 0.00 0.09 0.65 0.76 1.09 0.75
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.04 0.06 0.10 0.18 0.13 0.09 0.00 0.08 0.08 0.17 0.10
O5' 0.06 0.60 0.24 0.06 0.59 0.01 0.33 0.01 0.19 0.30 0.70 0.65 0.19 0.07 0.65 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.60 0.28 0.21 0.63 0.10 0.29 0.09 0.11 0.23 0.76 0.70 0.25 0.26 0.76 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.75 0.34 0.10 0.93 0.05 0.59 0.03 0.36 0.39 0.99 0.79 0.41 0.06 1.09 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.60 0.29 0.08 0.65 0.02 0.33 0.01 0.16 0.28 0.75 0.66 0.25 0.08 0.75 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00