ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2308

back

Distances from reference structure (by RMSD)

51, 16, 36, 20, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.022, 0.069, 0.116, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.069 std_dev=0.047
N1 B 0, 0.019, 0.072, 0.125, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.072 std_dev=0.053
C6 A 0, 0.019, 0.129, 0.238, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.129 std_dev=0.110
C2 B 0, 0.040, 0.154, 0.268, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.154 std_dev=0.114
C4 B 0, 0.060, 0.179, 0.298, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.179 std_dev=0.119
C2 A 0, 0.030, 0.150, 0.270, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.150 std_dev=0.120
C1' B 0, 0.045, 0.167, 0.289, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.167 std_dev=0.122
C1' A 0, 0.046, 0.177, 0.308, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.177 std_dev=0.131
C6 B 0, 0.035, 0.166, 0.298, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.166 std_dev=0.132
C5 A 0, 0.032, 0.167, 0.302, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.167 std_dev=0.135
N3 B 0, 0.063, 0.199, 0.334, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.199 std_dev=0.136
C5 B 0, 0.058, 0.195, 0.332, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.195 std_dev=0.137
C4 A 0, 0.035, 0.174, 0.313, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.174 std_dev=0.139
N3 A 0, 0.040, 0.189, 0.339, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.189 std_dev=0.149
O4 B 0, 0.117, 0.280, 0.442, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.280 std_dev=0.163
O4 A 0, 0.052, 0.248, 0.444, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.248 std_dev=0.196
O2 B 0, 0.067, 0.278, 0.490, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.278 std_dev=0.212
O2 A 0, 0.031, 0.245, 0.458, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.245 std_dev=0.214
O4' B 0, 0.036, 0.425, 0.814, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.425 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.041, 0.445, 0.849, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.445 std_dev=0.404
O3' B 0, 0.039, 0.449, 0.859, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.449 std_dev=0.410
C3' B 0, 0.074, 0.513, 0.953, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.513 std_dev=0.440
C4' B 0, 0.073, 0.603, 1.132, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.603 std_dev=0.530
O2' B 0, 0.034, 0.663, 1.292, 2.745 max_d=2.745 avg_d=0.663 std_dev=0.629
O4' A 0, -0.184, 0.543, 1.270, 2.364 max_d=2.364 avg_d=0.543 std_dev=0.727
C5' B 0, 0.073, 0.913, 1.753, 3.536 max_d=3.536 avg_d=0.913 std_dev=0.840
C2' A 0, -0.302, 0.711, 1.724, 3.204 max_d=3.204 avg_d=0.711 std_dev=1.013
C4' A 0, -0.263, 0.795, 1.854, 3.251 max_d=3.251 avg_d=0.795 std_dev=1.058
O5' B 0, 0.012, 1.288, 2.565, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.288 std_dev=1.276
O2' A 0, -0.370, 0.997, 2.363, 4.408 max_d=4.408 avg_d=0.997 std_dev=1.367
C3' A 0, -0.425, 0.979, 2.382, 4.348 max_d=4.348 avg_d=0.979 std_dev=1.404
OP2 B 0, 0.068, 1.699, 3.331, 5.155 max_d=5.155 avg_d=1.699 std_dev=1.631
P B 0, -0.016, 1.843, 3.702, 4.850 max_d=4.850 avg_d=1.843 std_dev=1.859
O3' A 0, -0.567, 1.403, 3.372, 6.187 max_d=6.187 avg_d=1.403 std_dev=1.970
C5' A 0, -0.734, 1.255, 3.243, 5.964 max_d=5.964 avg_d=1.255 std_dev=1.989
O5' A 0, -0.985, 1.521, 4.027, 7.447 max_d=7.447 avg_d=1.521 std_dev=2.506
OP1 B 0, -0.091, 2.700, 5.491, 7.030 max_d=7.030 avg_d=2.700 std_dev=2.791
P A 0, -1.525, 2.001, 5.528, 10.497 max_d=10.497 avg_d=2.001 std_dev=3.527
OP2 A 0, -1.705, 2.176, 6.056, 11.637 max_d=11.637 avg_d=2.176 std_dev=3.881
OP1 A 0, -1.673, 2.323, 6.319, 11.737 max_d=11.737 avg_d=2.323 std_dev=3.996

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.18 0.02 0.01 0.10 0.11 0.24 0.14
C2 0.03 0.00 0.10 0.22 0.01 0.27 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.18 0.02 0.29 0.50 0.48 0.47 0.50
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.13 0.08 0.03 0.09 0.17 0.01 0.02 0.08 0.01 0.13 0.15 0.35 0.20
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.31 0.00 0.46 0.02 0.45 0.18 0.21 0.46 0.02 0.01 0.33 0.01 0.20 0.24 0.11 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.31 0.00 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.29 0.01 0.03 0.46 0.50 0.68 0.52
C4' 0.01 0.27 0.02 0.00 0.15 0.00 0.38 0.01 0.42 0.08 0.17 0.59 0.18 0.03 0.15 0.01 0.01 0.11 0.17 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.46 0.01 0.38 0.00 0.64 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.41 0.01 0.21 0.94 1.06 1.35 1.13
C5' 0.05 0.38 0.13 0.02 0.24 0.01 0.64 0.00 0.67 0.13 0.23 0.89 0.10 0.11 0.25 0.01 0.01 0.13 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.45 0.01 0.42 0.00 0.67 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.37 0.02 0.28 0.94 0.98 1.20 1.06
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.02 0.01 0.26 0.25 0.36 0.28
N3 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.17 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.17 0.02 0.20 0.36 0.32 0.32 0.34
O2 0.05 0.00 0.17 0.46 0.02 0.59 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.40 0.03 0.51 1.14 1.16 1.24 1.21
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.21 0.18 0.28 0.10 0.27 0.12 0.19 0.32 0.00 0.07 0.23 0.14 0.11 0.12 0.36 0.14
O3' 0.18 0.18 0.02 0.01 0.29 0.03 0.41 0.11 0.37 0.14 0.17 0.40 0.07 0.00 0.33 0.13 0.25 0.40 0.15 0.23
O4 0.02 0.02 0.08 0.33 0.01 0.15 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.03 0.23 0.33 0.00 0.04 0.47 0.54 0.73 0.54
O4' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.03 0.01 0.21 0.01 0.28 0.01 0.20 0.51 0.14 0.13 0.04 0.00 0.09 0.09 0.20 0.11
O5' 0.10 0.50 0.13 0.20 0.46 0.01 0.94 0.01 0.94 0.26 0.36 1.14 0.11 0.25 0.47 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.48 0.15 0.24 0.50 0.11 1.06 0.13 0.98 0.25 0.32 1.16 0.12 0.40 0.54 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.47 0.35 0.11 0.68 0.17 1.35 0.21 1.20 0.36 0.32 1.24 0.36 0.15 0.73 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.50 0.20 0.14 0.52 0.03 1.13 0.01 1.06 0.28 0.34 1.21 0.14 0.23 0.54 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.18 0.15 0.19 0.16 0.23 0.16 0.40 0.15 0.14 0.19 0.22 0.29 0.20 0.18 0.19 1.24 2.25 1.09 1.68
C2 0.14 0.16 0.16 0.20 0.14 0.22 0.16 0.37 0.16 0.14 0.17 0.18 0.28 0.20 0.16 0.18 1.20 2.20 0.99 1.62
C2' 0.24 0.25 0.29 0.33 0.23 0.36 0.24 0.52 0.25 0.23 0.27 0.28 0.33 0.25 0.26 0.31 1.34 2.47 1.20 1.80
C3' 0.39 0.38 0.44 0.44 0.35 0.47 0.36 0.64 0.37 0.38 0.38 0.41 0.50 0.39 0.34 0.42 1.45 2.65 1.29 1.95
C4 0.20 0.14 0.23 0.23 0.14 0.32 0.18 0.48 0.20 0.17 0.14 0.14 0.38 0.24 0.17 0.29 1.30 2.22 1.07 1.72
C4' 0.34 0.41 0.32 0.32 0.37 0.37 0.31 0.50 0.31 0.35 0.42 0.45 0.41 0.32 0.39 0.37 1.33 2.41 1.17 1.80
C5 0.22 0.15 0.26 0.25 0.14 0.36 0.18 0.53 0.22 0.19 0.14 0.15 0.43 0.26 0.16 0.33 1.34 2.24 1.16 1.77
C5' 0.52 0.72 0.43 0.40 0.63 0.45 0.42 0.52 0.42 0.55 0.76 0.82 0.56 0.46 0.69 0.51 1.33 2.41 1.18 1.82
C6 0.18 0.13 0.21 0.22 0.13 0.31 0.17 0.50 0.19 0.15 0.14 0.14 0.38 0.23 0.15 0.28 1.32 2.26 1.15 1.76
N1 0.13 0.14 0.16 0.19 0.13 0.25 0.15 0.42 0.16 0.13 0.15 0.16 0.30 0.19 0.15 0.21 1.26 2.24 1.08 1.69
N3 0.15 0.13 0.18 0.20 0.13 0.24 0.16 0.39 0.17 0.14 0.14 0.14 0.29 0.20 0.15 0.21 1.23 2.20 0.98 1.63
O2 0.20 0.23 0.22 0.25 0.19 0.22 0.19 0.34 0.19 0.20 0.23 0.26 0.30 0.25 0.20 0.20 1.14 2.16 0.92 1.54
O2' 0.21 0.32 0.25 0.30 0.28 0.29 0.23 0.44 0.23 0.22 0.38 0.41 0.29 0.25 0.36 0.26 1.28 2.35 1.24 1.72
O3' 0.35 0.32 0.43 0.42 0.30 0.44 0.33 0.62 0.35 0.34 0.31 0.34 0.55 0.40 0.28 0.39 1.48 2.76 1.33 1.99
O4 0.25 0.19 0.29 0.27 0.18 0.36 0.21 0.51 0.24 0.22 0.18 0.19 0.44 0.29 0.21 0.35 1.32 2.20 1.06 1.73
O4' 0.28 0.33 0.23 0.26 0.32 0.32 0.28 0.43 0.27 0.29 0.35 0.36 0.36 0.29 0.35 0.35 1.24 2.21 1.08 1.68
O5' 0.70 0.97 0.58 0.52 0.84 0.57 0.56 0.63 0.55 0.73 1.04 1.11 0.72 0.61 0.94 0.65 1.37 2.49 1.23 1.90
OP1 0.87 1.25 0.71 0.59 1.01 0.59 0.62 0.55 0.62 0.90 1.32 1.48 0.95 0.80 1.12 0.74 1.32 2.46 1.28 1.88
OP2 0.99 1.46 0.80 0.67 1.19 0.70 0.70 0.69 0.70 1.04 1.56 1.72 1.03 0.86 1.32 0.84 1.37 2.50 1.40 1.95
P 0.88 1.28 0.70 0.59 1.06 0.62 0.65 0.57 0.64 0.93 1.36 1.49 0.91 0.77 1.18 0.77 1.33 2.41 1.26 1.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.15 0.02 0.00 0.48 0.79 0.16 0.50
C2 0.02 0.00 0.11 0.09 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.02 0.13 0.66 1.33 0.31 0.81
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.11 0.10 0.02 0.09 0.18 0.00 0.03 0.05 0.02 0.53 0.51 0.29 0.46
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.10 0.07 0.11 0.09 0.02 0.01 0.13 0.01 0.18 0.30 0.20 0.15
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.11 0.01 0.03 0.92 1.80 0.56 1.20
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.14 0.04 0.07 0.17 0.09 0.03 0.08 0.00 0.01 0.28 0.19 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.10 0.01 0.10 1.01 1.77 0.62 1.28
C5' 0.06 0.14 0.11 0.02 0.19 0.01 0.25 0.00 0.24 0.12 0.15 0.21 0.08 0.11 0.20 0.02 0.01 0.33 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.10 0.01 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.09 0.01 0.14 0.95 1.50 0.51 1.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.11 0.02 0.01 0.72 1.25 0.32 0.83
N3 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.01 0.10 0.78 1.60 0.43 1.01
O2 0.04 0.01 0.18 0.09 0.02 0.17 0.02 0.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.31 0.19 0.02 0.23 0.50 1.15 0.23 0.63
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.13 0.09 0.22 0.08 0.23 0.07 0.13 0.31 0.00 0.06 0.14 0.06 0.48 0.43 0.37 0.44
O3' 0.15 0.14 0.03 0.01 0.11 0.03 0.10 0.11 0.09 0.11 0.13 0.19 0.06 0.00 0.12 0.11 0.18 0.38 0.27 0.22
O4 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.12 0.00 0.04 0.96 1.93 0.62 1.28
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.02 0.14 0.01 0.10 0.23 0.06 0.11 0.04 0.00 0.32 0.79 0.16 0.38
O5' 0.48 0.66 0.53 0.18 0.92 0.01 1.01 0.01 0.95 0.72 0.78 0.50 0.48 0.18 0.96 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.79 1.33 0.51 0.30 1.80 0.28 1.77 0.33 1.50 1.25 1.60 1.15 0.43 0.38 1.93 0.79 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.31 0.29 0.20 0.56 0.19 0.62 0.30 0.51 0.32 0.43 0.23 0.37 0.27 0.62 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.50 0.81 0.46 0.15 1.20 0.05 1.28 0.02 1.12 0.83 1.01 0.63 0.44 0.22 1.28 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00