ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23429

back

Distances from reference structure (by RMSD)

13, 7, 2, 4, 17, 1, 0, 6, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.013, 0.151, 0.290, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.151 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.038, 0.189, 0.340, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.189 std_dev=0.151
N1 A 0, 0.126, 0.310, 0.493, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.310 std_dev=0.184
N3 A 0, 0.084, 0.289, 0.494, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.289 std_dev=0.205
C2 A 0, 0.129, 0.336, 0.542, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.336 std_dev=0.207
C2 B 0, 0.048, 0.263, 0.478, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.263 std_dev=0.215
C5 A 0, 0.017, 0.270, 0.522, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.270 std_dev=0.253
N9 A 0, 0.050, 0.322, 0.595, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.322 std_dev=0.272
C6 A 0, 0.017, 0.292, 0.566, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.292 std_dev=0.274
C4 B 0, 0.126, 0.421, 0.715, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.421 std_dev=0.294
N3 B 0, 0.142, 0.443, 0.744, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.443 std_dev=0.301
C1' B 0, 0.135, 0.453, 0.772, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.453 std_dev=0.318
C2' A 0, 0.074, 0.402, 0.730, 1.491 max_d=1.491 avg_d=0.402 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.087, 0.445, 0.804, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.445 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.016, 0.385, 0.755, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.385 std_dev=0.370
C8 A 0, 0.126, 0.516, 0.906, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.516 std_dev=0.390
N7 A 0, 0.091, 0.530, 0.969, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.530 std_dev=0.439
C1' A 0, -0.017, 0.436, 0.889, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.436 std_dev=0.453
N4 B 0, 0.190, 0.663, 1.136, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.663 std_dev=0.473
O2 B 0, -0.040, 0.447, 0.933, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.447 std_dev=0.487
N6 A 0, -0.049, 0.469, 0.986, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.469 std_dev=0.517
O4' B 0, 0.174, 0.734, 1.294, 2.189 max_d=2.189 avg_d=0.734 std_dev=0.560
C2' B 0, 0.166, 0.871, 1.576, 2.874 max_d=2.874 avg_d=0.871 std_dev=0.705
O2' A 0, 0.107, 0.910, 1.712, 2.698 max_d=2.698 avg_d=0.910 std_dev=0.802
O4' A 0, -0.143, 0.681, 1.505, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.681 std_dev=0.824
O2' B 0, 0.310, 1.215, 2.120, 4.103 max_d=4.103 avg_d=1.215 std_dev=0.905
C4' B 0, 0.278, 1.216, 2.154, 3.757 max_d=3.757 avg_d=1.216 std_dev=0.938
C3' A 0, -0.179, 0.762, 1.703, 2.819 max_d=2.819 avg_d=0.762 std_dev=0.941
C3' B 0, 0.250, 1.215, 2.180, 4.020 max_d=4.020 avg_d=1.215 std_dev=0.965
O5' A 0, -0.002, 0.990, 1.983, 3.012 max_d=3.012 avg_d=0.990 std_dev=0.992
C4' A 0, -0.180, 0.829, 1.837, 2.939 max_d=2.939 avg_d=0.829 std_dev=1.009
OP2 A 0, 0.554, 1.628, 2.701, 3.181 max_d=3.181 avg_d=1.628 std_dev=1.074
C5' A 0, -0.045, 1.041, 2.127, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.041 std_dev=1.086
P A 0, 0.305, 1.419, 2.533, 3.485 max_d=3.485 avg_d=1.419 std_dev=1.114
O5' B 0, 0.458, 1.628, 2.799, 4.983 max_d=4.983 avg_d=1.628 std_dev=1.170
P B 0, 0.350, 1.557, 2.763, 6.233 max_d=6.233 avg_d=1.557 std_dev=1.207
OP2 B 0, 0.471, 1.715, 2.958, 6.877 max_d=6.877 avg_d=1.715 std_dev=1.243
OP1 A 0, 0.422, 1.705, 2.989, 4.129 max_d=4.129 avg_d=1.705 std_dev=1.283
C5' B 0, 0.349, 1.670, 2.992, 5.298 max_d=5.298 avg_d=1.670 std_dev=1.321
O3' B 0, 0.423, 1.773, 3.123, 5.742 max_d=5.742 avg_d=1.773 std_dev=1.350
O3' A 0, -0.199, 1.212, 2.624, 4.314 max_d=4.314 avg_d=1.212 std_dev=1.411
OP1 B 0, 0.998, 2.554, 4.110, 6.624 max_d=6.624 avg_d=2.554 std_dev=1.556

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.21 0.43 0.44 0.26
C2 0.03 0.00 0.18 0.09 0.01 0.20 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.39 0.26 0.38 0.44 0.60 0.29
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.08 0.20 0.10 0.12 0.15 0.17 0.09 0.09 0.04 0.00 0.05 0.02 0.43 0.67 0.75 0.56
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.12 0.01 0.20 0.02 0.18 0.28 0.13 0.08 0.22 0.28 0.15 0.02 0.01 0.02 0.13 0.56 0.38 0.28
C4 0.02 0.01 0.10 0.12 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.22 0.15 0.34 0.43 0.58 0.28
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.15 0.15 0.18 0.18 0.15 0.13 0.07 0.23 0.04 0.01 0.03 0.30 0.19 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.20 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.13 0.09 0.37 0.45 0.68 0.29
C5' 0.09 0.34 0.20 0.02 0.25 0.01 0.26 0.00 0.31 0.15 0.35 0.30 0.32 0.21 0.15 0.07 0.21 0.03 0.01 0.16 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.15 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.17 0.15 0.40 0.46 0.72 0.31
C8 0.01 0.01 0.12 0.28 0.01 0.15 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.31 0.18 0.12 0.29 0.45 0.63 0.27
N1 0.03 0.00 0.15 0.13 0.01 0.18 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.29 0.22 0.41 0.44 0.68 0.30
N3 0.03 0.01 0.17 0.08 0.00 0.18 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.40 0.26 0.35 0.44 0.54 0.28
N6 0.03 0.01 0.09 0.22 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.14 0.12 0.42 0.49 0.78 0.33
N7 0.01 0.01 0.09 0.28 0.01 0.13 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.17 0.06 0.35 0.47 0.72 0.29
N9 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.12 0.03 0.28 0.43 0.53 0.26
O2' 0.03 0.29 0.00 0.02 0.20 0.23 0.27 0.07 0.29 0.31 0.29 0.26 0.32 0.33 0.17 0.00 0.11 0.17 0.34 0.68 0.86 0.55
O3' 0.26 0.39 0.05 0.01 0.22 0.04 0.13 0.21 0.17 0.18 0.29 0.40 0.14 0.17 0.12 0.11 0.00 0.21 0.22 0.70 0.37 0.35
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.15 0.01 0.09 0.03 0.15 0.12 0.22 0.26 0.12 0.06 0.03 0.17 0.21 0.00 0.12 0.34 0.28 0.19
O5' 0.21 0.38 0.43 0.13 0.34 0.03 0.37 0.01 0.40 0.29 0.41 0.35 0.42 0.35 0.28 0.34 0.22 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.43 0.44 0.67 0.56 0.43 0.30 0.45 0.16 0.46 0.45 0.44 0.44 0.49 0.47 0.43 0.68 0.70 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.60 0.75 0.38 0.58 0.19 0.68 0.18 0.72 0.63 0.68 0.54 0.78 0.72 0.53 0.86 0.37 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.29 0.56 0.28 0.28 0.07 0.29 0.02 0.31 0.27 0.30 0.28 0.33 0.29 0.26 0.55 0.35 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.74 0.45 0.89 1.15 0.31 1.12 0.58 1.38 0.73 0.64 0.30 0.21 0.42 0.86 1.25 0.85 1.43 1.73 0.96 1.47
C2 0.25 0.21 0.14 0.31 0.19 0.34 0.35 0.59 0.34 0.24 0.22 0.17 0.27 0.15 0.39 0.36 0.78 0.90 0.79 0.72
C2' 0.59 0.37 0.81 1.08 0.31 1.00 0.35 1.26 0.49 0.48 0.31 0.42 0.38 0.78 1.23 0.67 1.33 1.65 1.05 1.43
C3' 1.23 0.83 1.46 1.75 0.53 1.72 0.74 1.98 1.04 1.04 0.60 0.36 0.85 1.47 1.91 1.34 1.96 2.38 1.35 2.06
C4 0.42 0.20 0.42 0.64 0.18 0.69 0.43 0.97 0.49 0.36 0.14 0.13 0.17 0.41 0.70 0.56 1.07 1.34 0.82 1.09
C4' 1.39 0.92 1.55 1.83 0.63 1.88 0.99 2.18 1.29 1.20 0.66 0.34 0.90 1.56 1.93 1.57 2.15 2.61 1.30 2.11
C5 0.39 0.17 0.36 0.58 0.16 0.67 0.41 0.97 0.47 0.33 0.14 0.14 0.15 0.35 0.64 0.55 1.08 1.41 0.85 1.13
C5' 1.47 0.94 1.61 1.89 0.66 2.00 1.03 2.32 1.34 1.25 0.67 0.35 0.92 1.64 2.01 1.70 2.25 2.92 1.44 2.24
C6 0.28 0.16 0.17 0.39 0.16 0.49 0.36 0.79 0.38 0.24 0.18 0.15 0.21 0.19 0.45 0.44 0.93 1.21 0.82 0.96
C8 0.63 0.32 0.69 0.94 0.24 1.01 0.50 1.31 0.63 0.52 0.21 0.17 0.28 0.68 1.03 0.79 1.36 1.80 0.99 1.46
N1 0.24 0.22 0.14 0.29 0.18 0.34 0.33 0.62 0.33 0.22 0.24 0.17 0.30 0.17 0.38 0.36 0.80 0.98 0.81 0.77
N3 0.32 0.17 0.28 0.48 0.17 0.51 0.40 0.76 0.41 0.29 0.15 0.12 0.17 0.26 0.54 0.44 0.90 1.05 0.77 0.86
N6 0.26 0.17 0.14 0.36 0.16 0.48 0.35 0.79 0.37 0.23 0.20 0.16 0.24 0.18 0.43 0.44 0.93 1.25 0.84 0.98
N7 0.51 0.23 0.52 0.76 0.20 0.86 0.45 1.17 0.55 0.43 0.16 0.15 0.19 0.52 0.83 0.69 1.24 1.66 0.93 1.33
N9 0.60 0.32 0.67 0.91 0.24 0.94 0.51 1.22 0.62 0.51 0.21 0.17 0.29 0.65 0.99 0.73 1.29 1.63 0.91 1.34
O2' 0.56 0.55 0.70 0.88 0.61 0.71 0.63 0.88 0.60 0.56 0.57 0.68 0.54 0.65 1.05 0.57 1.04 1.12 1.06 1.07
O3' 1.69 1.37 1.98 2.23 1.02 2.09 1.15 2.23 1.44 1.51 1.15 0.79 1.42 1.98 2.39 1.70 2.21 2.22 1.55 2.22
O4' 1.22 0.82 1.33 1.58 0.64 1.62 1.03 1.89 1.23 1.09 0.61 0.33 0.77 1.31 1.64 1.38 1.89 2.24 1.10 1.83
O5' 1.33 0.84 1.45 1.72 0.61 1.82 0.96 2.12 1.22 1.13 0.60 0.33 0.81 1.48 1.84 1.53 2.06 2.75 1.36 2.12
OP1 1.56 0.98 1.71 2.01 0.69 2.12 1.00 2.44 1.33 1.28 0.73 0.50 0.99 1.79 2.18 1.80 2.41 3.26 1.85 2.52
OP2 1.33 0.86 1.48 1.79 0.71 1.86 1.04 2.18 1.25 1.15 0.66 0.49 0.81 1.49 1.93 1.54 2.14 2.89 1.61 2.30
P 1.40 0.89 1.53 1.81 0.68 1.93 1.02 2.24 1.28 1.19 0.65 0.43 0.85 1.58 1.96 1.62 2.18 2.97 1.55 2.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.30 0.34 0.41 0.20
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.14 0.10 0.36 0.35 0.44 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.04 0.08 0.07 0.17 0.00 0.02 0.02 0.19 0.24 0.46 0.17
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.18 0.01 0.24 0.02 0.24 0.11 0.14 0.19 0.24 0.02 0.01 0.02 0.23 0.30 0.56 0.27
C4 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.17 0.00 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.19 0.04 0.49 0.42 0.67 0.26
C4' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.23 0.10 0.13 0.18 0.20 0.09 0.03 0.00 0.02 0.18 0.40 0.09
C5 0.02 0.01 0.08 0.24 0.00 0.23 0.00 0.50 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.25 0.07 0.59 0.51 0.79 0.40
C5' 0.08 0.26 0.03 0.02 0.41 0.01 0.50 0.00 0.46 0.26 0.32 0.44 0.30 0.08 0.08 0.02 0.01 0.21 0.40 0.04
C6 0.02 0.01 0.09 0.24 0.01 0.23 0.00 0.46 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.22 0.09 0.57 0.47 0.67 0.36
N1 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.03 0.40 0.36 0.46 0.18
N3 0.02 0.00 0.08 0.14 0.00 0.13 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.16 0.08 0.40 0.36 0.52 0.16
N4 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.18 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.23 0.05 0.51 0.45 0.75 0.31
O2 0.04 0.01 0.17 0.24 0.02 0.20 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.25 0.17 0.34 0.38 0.46 0.27
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.06 0.12 0.11 0.18 0.00 0.07 0.09 0.09 0.21 0.51 0.17
O3' 0.03 0.14 0.02 0.01 0.19 0.03 0.25 0.08 0.22 0.09 0.16 0.23 0.25 0.07 0.00 0.03 0.38 0.47 0.82 0.44
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.09 0.03 0.08 0.05 0.17 0.09 0.03 0.00 0.35 0.42 0.51 0.33
O5' 0.30 0.36 0.19 0.23 0.49 0.02 0.59 0.01 0.57 0.40 0.40 0.51 0.34 0.09 0.38 0.35 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.34 0.35 0.24 0.30 0.42 0.18 0.51 0.21 0.47 0.36 0.36 0.45 0.38 0.21 0.47 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.41 0.44 0.46 0.56 0.67 0.40 0.79 0.40 0.67 0.46 0.52 0.75 0.46 0.51 0.82 0.51 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.16 0.17 0.27 0.26 0.09 0.40 0.04 0.36 0.18 0.16 0.31 0.27 0.17 0.44 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00