ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23431

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 66, 92, 18, 3, 2, 16, 8, 34, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.082, 0.180, 0.278, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.180 std_dev=0.098
N3 B 0, 0.095, 0.195, 0.294, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.195 std_dev=0.100
C4 B 0, 0.063, 0.172, 0.282, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.172 std_dev=0.110
C5 B 0, 0.136, 0.277, 0.419, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.277 std_dev=0.142
N3 A 0, 0.032, 0.247, 0.461, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.247 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.127, 0.344, 0.561, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.344 std_dev=0.217
C5 A 0, 0.043, 0.267, 0.491, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.267 std_dev=0.224
C2 A 0, 0.119, 0.370, 0.620, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.370 std_dev=0.250
N9 A 0, 0.120, 0.376, 0.633, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.376 std_dev=0.256
C6 A 0, 0.039, 0.316, 0.592, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.316 std_dev=0.276
N1 A 0, 0.068, 0.361, 0.655, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.361 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.030, 0.326, 0.621, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.326 std_dev=0.295
C2' A 0, 0.452, 0.748, 1.044, 1.938 max_d=1.938 avg_d=0.748 std_dev=0.296
N7 B 0, 0.163, 0.485, 0.808, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.485 std_dev=0.322
N6 B 0, 0.176, 0.506, 0.836, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.506 std_dev=0.330
N9 B 0, 0.031, 0.364, 0.697, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.364 std_dev=0.333
O3' A 0, 1.097, 1.451, 1.804, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.451 std_dev=0.354
N1 B 0, 0.029, 0.384, 0.739, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.384 std_dev=0.355
C1' A 0, 0.084, 0.457, 0.829, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.457 std_dev=0.372
C8 A 0, 0.194, 0.568, 0.942, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.568 std_dev=0.374
C3' A 0, 0.345, 0.749, 1.153, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.749 std_dev=0.404
O2' A 0, 1.032, 1.439, 1.845, 3.139 max_d=3.139 avg_d=1.439 std_dev=0.407
N7 A 0, 0.089, 0.505, 0.920, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.505 std_dev=0.416
O4' A 0, 0.270, 0.693, 1.116, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.693 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.071, 0.502, 0.932, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.502 std_dev=0.430
C8 B 0, 0.078, 0.524, 0.971, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.524 std_dev=0.446
N6 A 0, 0.006, 0.488, 0.970, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.488 std_dev=0.482
C4' A 0, 0.358, 0.890, 1.422, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.890 std_dev=0.532
C2' B 0, 0.042, 0.638, 1.234, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.638 std_dev=0.596
O2' B 0, 0.197, 0.828, 1.458, 3.668 max_d=3.668 avg_d=0.828 std_dev=0.630
C5' A 0, 0.783, 1.573, 2.362, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.573 std_dev=0.789
O4' B 0, 0.002, 0.811, 1.619, 3.079 max_d=3.079 avg_d=0.811 std_dev=0.808
O5' A 0, 0.754, 1.588, 2.421, 3.753 max_d=3.753 avg_d=1.588 std_dev=0.833
C3' B 0, -0.130, 0.867, 1.864, 4.202 max_d=4.202 avg_d=0.867 std_dev=0.997
OP1 A 0, 1.663, 2.727, 3.791, 5.378 max_d=5.378 avg_d=2.727 std_dev=1.064
C4' B 0, -0.108, 0.961, 2.030, 4.298 max_d=4.298 avg_d=0.961 std_dev=1.069
P A 0, 1.246, 2.376, 3.506, 5.168 max_d=5.168 avg_d=2.376 std_dev=1.130
OP2 A 0, 1.526, 2.764, 4.001, 5.863 max_d=5.863 avg_d=2.764 std_dev=1.237
O3' B 0, -0.113, 1.157, 2.426, 5.659 max_d=5.659 avg_d=1.157 std_dev=1.270
C5' B 0, -0.212, 1.380, 2.971, 6.804 max_d=6.804 avg_d=1.380 std_dev=1.592
O5' B 0, 0.002, 1.742, 3.481, 7.064 max_d=7.064 avg_d=1.742 std_dev=1.739
OP1 B 0, 0.072, 2.639, 5.205, 10.814 max_d=10.814 avg_d=2.639 std_dev=2.566
P B 0, -0.566, 2.006, 4.578, 9.604 max_d=9.604 avg_d=2.006 std_dev=2.572
OP2 B 0, 0.084, 2.664, 5.244, 10.219 max_d=10.219 avg_d=2.664 std_dev=2.580

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.27 0.01 0.28 0.23 0.50 0.27
C2 0.04 0.00 0.28 0.25 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.21 0.18 0.31 0.30 0.71 0.42
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.14 0.02 0.07 0.21 0.12 0.18 0.22 0.29 0.09 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.55 0.52 0.72 0.54
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.24 0.01 0.30 0.02 0.31 0.27 0.29 0.22 0.33 0.31 0.20 0.02 0.01 0.02 0.35 0.46 0.36 0.32
C4 0.02 0.01 0.14 0.24 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.12 0.10 0.36 0.33 0.76 0.47
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.07 0.17 0.07 0.09 0.10 0.15 0.07 0.29 0.03 0.01 0.02 0.24 0.25 0.11
C5 0.02 0.01 0.07 0.30 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.13 0.05 0.44 0.51 0.98 0.63
C5' 0.10 0.14 0.21 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.20 0.29 0.16 0.13 0.24 0.29 0.17 0.11 0.21 0.02 0.01 0.13 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.31 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.14 0.09 0.42 0.52 0.99 0.63
C8 0.02 0.02 0.18 0.27 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.34 0.16 0.13 0.53 0.57 1.01 0.71
N1 0.04 0.00 0.22 0.29 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.16 0.14 0.36 0.40 0.86 0.52
N3 0.04 0.00 0.29 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.23 0.18 0.29 0.26 0.64 0.37
N6 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.34 0.18 0.07 0.46 0.65 1.12 0.74
N7 0.01 0.02 0.12 0.31 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.19 0.08 0.53 0.67 1.15 0.79
N9 0.01 0.02 0.03 0.20 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.09 0.02 0.38 0.33 0.73 0.46
O2' 0.03 0.33 0.00 0.02 0.22 0.29 0.29 0.11 0.30 0.34 0.30 0.31 0.34 0.35 0.18 0.00 0.08 0.20 0.51 0.52 0.82 0.53
O3' 0.27 0.21 0.03 0.01 0.12 0.03 0.13 0.21 0.14 0.16 0.16 0.23 0.18 0.19 0.09 0.08 0.00 0.22 0.34 0.67 0.41 0.43
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.13 0.14 0.18 0.07 0.08 0.02 0.20 0.22 0.00 0.13 0.16 0.41 0.22
O5' 0.28 0.31 0.55 0.35 0.36 0.02 0.44 0.01 0.42 0.53 0.36 0.29 0.46 0.53 0.38 0.51 0.34 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.30 0.52 0.46 0.33 0.24 0.51 0.13 0.52 0.57 0.40 0.26 0.65 0.67 0.33 0.52 0.67 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.71 0.72 0.36 0.76 0.25 0.98 0.28 0.99 1.01 0.86 0.64 1.12 1.15 0.73 0.82 0.41 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.42 0.54 0.32 0.47 0.11 0.63 0.02 0.63 0.71 0.52 0.37 0.74 0.79 0.46 0.53 0.43 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 0.25 0.64 0.92 0.35 0.93 0.30 1.18 0.24 0.65 0.28 0.29 0.32 0.51 0.53 0.58 0.98 0.76 1.54 2.00 2.32 2.15
C2 0.37 0.26 0.34 0.44 0.32 0.42 0.33 0.51 0.27 0.40 0.24 0.29 0.24 0.39 0.36 0.34 0.47 0.41 0.93 1.08 1.48 1.27
C2' 0.29 0.40 0.39 0.71 0.29 0.66 0.34 0.99 0.46 0.29 0.47 0.32 0.55 0.28 0.26 0.32 0.83 0.45 1.41 1.96 2.38 2.12
C3' 0.73 0.23 0.87 1.23 0.40 1.25 0.30 1.62 0.23 0.65 0.22 0.35 0.33 0.43 0.60 0.83 1.35 0.97 1.99 2.68 2.92 2.78
C4 0.44 0.18 0.44 0.61 0.30 0.62 0.28 0.77 0.17 0.49 0.18 0.23 0.19 0.43 0.41 0.41 0.66 0.55 1.15 1.48 1.86 1.64
C4' 0.86 0.38 0.90 1.23 0.53 1.34 0.43 1.70 0.32 0.81 0.34 0.48 0.35 0.59 0.74 0.86 1.30 1.14 2.00 2.77 2.77 2.73
C5 0.43 0.19 0.41 0.57 0.29 0.59 0.27 0.74 0.18 0.47 0.20 0.23 0.19 0.41 0.40 0.40 0.62 0.53 1.10 1.49 1.85 1.61
C5' 0.88 0.41 0.91 1.24 0.55 1.36 0.46 1.75 0.34 0.82 0.36 0.50 0.34 0.61 0.75 0.89 1.35 1.16 2.01 2.94 2.90 2.79
C6 0.37 0.22 0.34 0.46 0.28 0.47 0.28 0.59 0.21 0.41 0.22 0.24 0.20 0.38 0.35 0.34 0.50 0.45 0.97 1.30 1.66 1.42
C8 0.55 0.23 0.56 0.79 0.33 0.81 0.29 1.04 0.21 0.58 0.25 0.26 0.26 0.47 0.49 0.53 0.86 0.70 1.36 1.92 2.22 1.98
N1 0.34 0.26 0.31 0.41 0.30 0.39 0.30 0.49 0.25 0.38 0.25 0.27 0.24 0.37 0.34 0.32 0.44 0.39 0.90 1.12 1.50 1.27
N3 0.41 0.21 0.40 0.54 0.32 0.53 0.32 0.64 0.21 0.45 0.19 0.27 0.18 0.42 0.40 0.38 0.57 0.48 1.04 1.23 1.64 1.44
N6 0.37 0.25 0.33 0.44 0.28 0.46 0.27 0.58 0.22 0.40 0.25 0.25 0.21 0.37 0.35 0.34 0.49 0.45 0.94 1.31 1.65 1.40
N7 0.49 0.22 0.49 0.68 0.31 0.71 0.28 0.90 0.20 0.53 0.23 0.25 0.22 0.44 0.44 0.47 0.74 0.63 1.22 1.73 2.05 1.80
N9 0.52 0.21 0.55 0.77 0.32 0.79 0.29 1.00 0.20 0.58 0.23 0.25 0.25 0.47 0.48 0.51 0.83 0.67 1.34 1.80 2.14 1.93
O2' 0.51 0.68 0.42 0.58 0.63 0.43 0.66 0.64 0.68 0.54 0.70 0.65 0.66 0.61 0.56 0.42 0.71 0.47 1.06 1.43 2.10 1.68
O3' 1.11 0.70 1.27 1.56 0.85 1.54 0.72 1.83 0.58 1.00 0.59 0.82 0.47 0.79 1.00 1.21 1.64 1.27 2.26 2.62 2.92 2.92
O4' 0.91 0.48 0.91 1.17 0.64 1.26 0.56 1.53 0.42 0.94 0.44 0.57 0.40 0.76 0.83 0.87 1.21 1.13 1.84 2.42 2.53 2.46
O5' 0.86 0.35 0.90 1.25 0.54 1.36 0.46 1.75 0.30 0.82 0.29 0.47 0.27 0.63 0.74 0.87 1.36 1.14 2.06 2.92 3.03 2.82
OP1 0.89 0.40 0.96 1.23 0.57 1.33 0.48 1.74 0.35 0.79 0.34 0.51 0.33 0.61 0.75 1.03 1.39 1.10 1.99 3.01 3.07 2.78
OP2 0.89 0.50 1.00 1.36 0.65 1.40 0.62 1.80 0.53 0.87 0.49 0.58 0.53 0.75 0.81 0.96 1.52 1.15 2.13 2.97 3.22 2.89
P 0.86 0.34 0.91 1.23 0.54 1.33 0.47 1.73 0.32 0.81 0.29 0.46 0.31 0.64 0.74 0.92 1.37 1.11 2.02 2.95 3.08 2.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.19 0.32 0.37 0.23
C2 0.03 0.00 0.23 0.40 0.01 0.39 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.45 0.28 0.49 0.91 0.60 0.57
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.06 0.11 0.12 0.18 0.23 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.21 0.22 0.54 0.23
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.21 0.00 0.18 0.02 0.23 0.25 0.32 0.39 0.21 0.22 0.10 0.02 0.01 0.01 0.28 0.22 0.63 0.27
C4 0.02 0.01 0.12 0.21 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.15 0.30 0.46 0.50 0.37
C4' 0.01 0.39 0.01 0.00 0.18 0.00 0.10 0.01 0.17 0.24 0.29 0.38 0.13 0.18 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.23 0.39 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.18 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.19 0.07 0.45 0.53 0.72 0.60
C5' 0.03 0.67 0.06 0.02 0.30 0.01 0.20 0.00 0.31 0.38 0.52 0.62 0.25 0.31 0.11 0.06 0.06 0.01 0.01 0.26 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.17 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.26 0.13 0.40 0.57 0.71 0.54
C8 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.24 0.01 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.13 0.22 0.17 0.79 0.85 0.94 0.95
N1 0.03 0.00 0.18 0.32 0.01 0.29 0.01 0.52 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.38 0.22 0.40 0.76 0.61 0.49
N3 0.03 0.00 0.23 0.39 0.01 0.38 0.01 0.62 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.41 0.28 0.44 0.77 0.52 0.48
N6 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.25 0.09 0.48 0.63 0.87 0.69
N7 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.18 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.11 0.21 0.10 0.75 0.83 1.02 0.98
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.39 0.43 0.54 0.48
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.11 0.09 0.09 0.06 0.12 0.13 0.18 0.21 0.11 0.11 0.06 0.00 0.05 0.08 0.12 0.24 0.53 0.14
O3' 0.08 0.45 0.02 0.01 0.22 0.02 0.19 0.06 0.26 0.22 0.38 0.41 0.25 0.21 0.09 0.05 0.00 0.06 0.28 0.22 0.75 0.28
O4' 0.01 0.28 0.01 0.01 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.17 0.22 0.28 0.09 0.10 0.02 0.08 0.06 0.00 0.16 0.35 0.27 0.17
O5' 0.19 0.49 0.21 0.28 0.30 0.02 0.45 0.01 0.40 0.79 0.40 0.44 0.48 0.75 0.39 0.12 0.28 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.91 0.22 0.22 0.46 0.23 0.53 0.26 0.57 0.85 0.76 0.77 0.63 0.83 0.43 0.24 0.22 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.60 0.54 0.63 0.50 0.39 0.72 0.34 0.71 0.94 0.61 0.52 0.87 1.02 0.54 0.53 0.75 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.57 0.23 0.27 0.37 0.06 0.60 0.02 0.54 0.95 0.49 0.48 0.69 0.98 0.48 0.14 0.28 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00