ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23552

back

Distances from reference structure (by RMSD)

24, 135, 88, 62, 60, 82, 36, 9, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.051, 0.131, 0.211, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.131 std_dev=0.080
C4 A 0, 0.058, 0.148, 0.238, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.148 std_dev=0.090
C2 A 0, 0.092, 0.217, 0.341, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.217 std_dev=0.124
N1 A 0, 0.101, 0.236, 0.371, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.236 std_dev=0.135
N3 B 0, 0.082, 0.225, 0.368, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.225 std_dev=0.143
C5 B 0, 0.092, 0.244, 0.396, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.244 std_dev=0.152
N9 A 0, 0.106, 0.263, 0.420, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.263 std_dev=0.157
N3 A 0, 0.086, 0.246, 0.406, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.246 std_dev=0.160
C5 A 0, 0.082, 0.257, 0.432, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.257 std_dev=0.175
N9 B 0, 0.100, 0.301, 0.502, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.301 std_dev=0.201
C8 A 0, 0.145, 0.348, 0.552, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.348 std_dev=0.203
N2 A 0, 0.150, 0.387, 0.625, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.387 std_dev=0.238
C6 A 0, 0.095, 0.335, 0.575, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.335 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.103, 0.345, 0.586, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.345 std_dev=0.241
C1' B 0, 0.162, 0.410, 0.658, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.410 std_dev=0.248
C2 B 0, 0.142, 0.401, 0.660, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.401 std_dev=0.259
N7 A 0, 0.137, 0.412, 0.686, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.412 std_dev=0.274
N1 B 0, 0.167, 0.457, 0.748, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.457 std_dev=0.291
N7 B 0, 0.129, 0.420, 0.712, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.420 std_dev=0.292
C1' A 0, 0.170, 0.465, 0.760, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.465 std_dev=0.295
C8 B 0, 0.136, 0.464, 0.792, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.464 std_dev=0.328
N6 B 0, 0.124, 0.482, 0.840, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.482 std_dev=0.358
O6 A 0, 0.141, 0.541, 0.941, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.541 std_dev=0.400
C2' A 0, 0.300, 0.728, 1.155, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.728 std_dev=0.428
C3' A 0, 0.410, 0.906, 1.401, 3.459 max_d=3.459 avg_d=0.906 std_dev=0.496
O4' A 0, 0.275, 0.773, 1.270, 2.120 max_d=2.120 avg_d=0.773 std_dev=0.498
O4' B 0, 0.160, 0.715, 1.270, 2.821 max_d=2.821 avg_d=0.715 std_dev=0.555
C2' B 0, 0.183, 0.740, 1.297, 3.428 max_d=3.428 avg_d=0.740 std_dev=0.557
C4' A 0, 0.352, 0.946, 1.540, 3.187 max_d=3.187 avg_d=0.946 std_dev=0.594
O3' A 0, 0.591, 1.255, 1.919, 4.930 max_d=4.930 avg_d=1.255 std_dev=0.664
C3' B 0, 0.284, 1.026, 1.768, 3.980 max_d=3.980 avg_d=1.026 std_dev=0.742
O2' B 0, 0.216, 0.960, 1.704, 5.282 max_d=5.282 avg_d=0.960 std_dev=0.744
C4' B 0, 0.236, 0.987, 1.739, 3.755 max_d=3.755 avg_d=0.987 std_dev=0.752
C5' A 0, 0.443, 1.299, 2.155, 3.785 max_d=3.785 avg_d=1.299 std_dev=0.856
O3' B 0, 0.521, 1.409, 2.297, 5.204 max_d=5.204 avg_d=1.409 std_dev=0.888
O5' A 0, 0.346, 1.314, 2.283, 5.390 max_d=5.390 avg_d=1.314 std_dev=0.969
O2' A 0, 0.173, 1.169, 2.165, 3.440 max_d=3.440 avg_d=1.169 std_dev=0.996
C5' B 0, 0.132, 1.352, 2.573, 6.222 max_d=6.222 avg_d=1.352 std_dev=1.221
P A 0, 0.323, 1.597, 2.870, 6.982 max_d=6.982 avg_d=1.597 std_dev=1.273
OP2 A 0, 0.351, 1.701, 3.052, 8.667 max_d=8.667 avg_d=1.701 std_dev=1.351
O5' B 0, 0.046, 1.466, 2.887, 7.605 max_d=7.605 avg_d=1.466 std_dev=1.420
OP1 A 0, 0.335, 1.856, 3.377, 8.913 max_d=8.913 avg_d=1.856 std_dev=1.521
P B 0, -0.004, 1.758, 3.520, 10.089 max_d=10.089 avg_d=1.758 std_dev=1.762
OP1 B 0, 0.357, 2.223, 4.089, 11.385 max_d=11.385 avg_d=2.223 std_dev=1.866
OP2 B 0, -0.030, 2.058, 4.146, 11.465 max_d=11.465 avg_d=2.058 std_dev=2.088

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.23 0.03 0.30 0.40 0.26
C2 0.04 0.00 0.32 0.26 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.33 0.22 0.29 0.02 0.34 0.47 0.33
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.02 0.10 0.20 0.16 0.16 0.25 0.38 0.31 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.44 0.13 0.58 0.62 0.51
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.25 0.01 0.33 0.02 0.35 0.32 0.31 0.25 0.22 0.36 0.22 0.02 0.01 0.02 0.23 0.39 0.40 0.22 0.21
C4 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.11 0.31 0.02 0.30 0.47 0.32
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.22 0.07 0.16 0.11 0.20 0.09 0.28 0.03 0.00 0.02 0.13 0.21 0.23 0.09
C5 0.02 0.01 0.10 0.33 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.18 0.05 0.39 0.02 0.36 0.57 0.39
C5' 0.09 0.18 0.20 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.19 0.24 0.18 0.22 0.18 0.26 0.13 0.09 0.20 0.02 0.01 0.22 0.19 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.22 0.09 0.39 0.01 0.38 0.60 0.41
C8 0.01 0.01 0.16 0.32 0.01 0.22 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.38 0.20 0.15 0.44 0.03 0.37 0.54 0.40
N1 0.03 0.01 0.25 0.31 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.26 0.17 0.34 0.01 0.35 0.54 0.37
N2 0.05 0.01 0.38 0.25 0.01 0.16 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.42 0.27 0.28 0.03 0.36 0.45 0.34
N3 0.04 0.01 0.31 0.22 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.33 0.22 0.27 0.02 0.32 0.44 0.31
N7 0.01 0.01 0.10 0.36 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.24 0.09 0.48 0.03 0.42 0.63 0.47
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.31 0.02 0.28 0.44 0.29
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.14 0.28 0.27 0.09 0.25 0.38 0.17 0.28 0.19 0.39 0.19 0.00 0.06 0.19 0.31 0.31 0.52 0.70 0.44
O3' 0.28 0.33 0.03 0.01 0.19 0.03 0.18 0.20 0.22 0.20 0.26 0.42 0.33 0.24 0.11 0.06 0.00 0.20 0.29 0.26 0.52 0.32 0.31
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.02 0.09 0.15 0.17 0.27 0.22 0.09 0.02 0.19 0.20 0.00 0.13 0.07 0.21 0.34 0.22
O5' 0.23 0.29 0.44 0.23 0.31 0.02 0.39 0.01 0.39 0.44 0.34 0.28 0.27 0.48 0.31 0.31 0.29 0.13 0.00 0.44 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.39 0.02 0.13 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.31 0.26 0.07 0.44 0.00 0.44 0.67 0.47
OP1 0.30 0.34 0.58 0.40 0.30 0.21 0.36 0.19 0.38 0.37 0.35 0.36 0.32 0.42 0.28 0.52 0.52 0.21 0.02 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.47 0.62 0.22 0.47 0.23 0.57 0.23 0.60 0.54 0.54 0.45 0.44 0.63 0.44 0.70 0.32 0.34 0.02 0.67 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.33 0.51 0.21 0.32 0.09 0.39 0.02 0.41 0.40 0.37 0.34 0.31 0.47 0.29 0.44 0.31 0.22 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.45 0.30 0.39 0.32 0.36 0.30 0.52 0.37 0.33 0.48 0.38 0.39 0.31 0.31 0.42 0.35 0.37 0.79 0.91 1.49 1.02
C2 0.30 0.27 0.37 0.50 0.21 0.49 0.22 0.69 0.32 0.29 0.33 0.22 0.43 0.22 0.26 0.54 0.52 0.38 0.99 1.20 1.79 1.29
C2' 0.41 0.66 0.46 0.55 0.46 0.44 0.44 0.56 0.57 0.39 0.71 0.55 0.62 0.39 0.41 0.45 0.47 0.41 0.82 0.92 1.48 1.02
C3' 0.45 0.67 0.43 0.42 0.46 0.46 0.40 0.60 0.50 0.38 0.67 0.58 0.47 0.35 0.41 0.55 0.41 0.49 0.81 0.99 1.47 1.05
C4 0.28 0.35 0.30 0.44 0.24 0.42 0.25 0.61 0.35 0.30 0.40 0.27 0.43 0.26 0.26 0.48 0.43 0.34 0.91 1.10 1.70 1.19
C4' 0.64 0.83 0.61 0.57 0.66 0.61 0.61 0.69 0.67 0.56 0.81 0.76 0.61 0.54 0.62 0.75 0.61 0.66 0.88 1.01 1.48 1.08
C5 0.29 0.35 0.35 0.49 0.24 0.48 0.24 0.69 0.35 0.30 0.41 0.27 0.44 0.24 0.26 0.55 0.51 0.36 0.98 1.24 1.81 1.29
C5' 0.70 0.93 0.69 0.65 0.74 0.66 0.68 0.73 0.75 0.61 0.91 0.85 0.69 0.59 0.68 0.85 0.70 0.70 0.92 1.06 1.54 1.12
C6 0.33 0.31 0.43 0.56 0.23 0.55 0.23 0.78 0.33 0.30 0.37 0.25 0.43 0.23 0.27 0.64 0.61 0.41 1.06 1.39 1.90 1.41
C8 0.29 0.43 0.30 0.43 0.28 0.41 0.28 0.60 0.38 0.31 0.47 0.34 0.42 0.28 0.27 0.49 0.43 0.34 0.89 1.11 1.69 1.18
N1 0.34 0.28 0.44 0.57 0.22 0.56 0.22 0.79 0.32 0.30 0.34 0.23 0.42 0.22 0.28 0.64 0.62 0.43 1.07 1.38 1.91 1.41
N2 0.33 0.26 0.40 0.52 0.23 0.51 0.24 0.70 0.32 0.30 0.31 0.23 0.41 0.23 0.28 0.55 0.54 0.41 1.01 1.18 1.76 1.29
N3 0.27 0.30 0.29 0.43 0.22 0.42 0.23 0.59 0.33 0.30 0.37 0.24 0.44 0.25 0.25 0.45 0.42 0.34 0.90 1.05 1.66 1.16
N7 0.29 0.39 0.34 0.48 0.26 0.46 0.26 0.67 0.37 0.30 0.45 0.31 0.43 0.26 0.26 0.54 0.50 0.35 0.96 1.22 1.79 1.27
N9 0.29 0.41 0.28 0.41 0.28 0.39 0.28 0.56 0.37 0.31 0.45 0.33 0.42 0.28 0.28 0.44 0.39 0.34 0.86 1.02 1.63 1.12
O2' 0.62 1.11 0.73 0.72 0.76 0.53 0.71 0.56 0.93 0.50 1.17 0.93 0.94 0.51 0.61 0.73 0.68 0.51 0.79 0.84 1.36 0.94
O3' 0.91 1.01 0.87 0.80 0.89 0.92 0.82 1.00 0.85 0.81 0.98 0.97 0.76 0.76 0.87 0.98 0.87 0.96 1.09 1.26 1.53 1.29
O4' 0.66 0.79 0.62 0.60 0.69 0.64 0.66 0.71 0.72 0.62 0.80 0.74 0.70 0.61 0.65 0.77 0.62 0.68 0.92 1.02 1.54 1.11
O5' 0.62 0.87 0.63 0.60 0.67 0.59 0.62 0.69 0.71 0.54 0.86 0.78 0.68 0.53 0.60 0.79 0.65 0.60 0.92 1.07 1.62 1.15
O6 0.36 0.32 0.49 0.61 0.24 0.60 0.23 0.85 0.34 0.31 0.38 0.26 0.43 0.23 0.29 0.70 0.69 0.45 1.11 1.51 1.95 1.48
OP1 0.79 1.05 0.83 0.79 0.83 0.77 0.76 0.83 0.84 0.68 1.02 0.96 0.78 0.66 0.76 1.00 0.88 0.77 1.02 1.17 1.67 1.23
OP2 0.67 0.92 0.70 0.73 0.72 0.69 0.69 0.81 0.78 0.62 0.92 0.82 0.77 0.62 0.66 0.83 0.77 0.64 1.04 1.23 1.79 1.29
P 0.71 0.97 0.75 0.74 0.76 0.70 0.71 0.79 0.80 0.63 0.95 0.88 0.76 0.62 0.69 0.89 0.80 0.68 1.01 1.18 1.71 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.23 0.23 0.41 0.25
C2 0.03 0.00 0.29 0.30 0.01 0.21 0.01 0.38 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.36 0.23 0.52 0.61 0.83 0.60
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.15 0.02 0.09 0.13 0.14 0.14 0.23 0.29 0.11 0.08 0.03 0.00 0.03 0.01 0.33 0.36 0.43 0.33
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.27 0.29 0.29 0.27 0.29 0.29 0.16 0.02 0.01 0.02 0.28 0.37 0.27 0.22
C4 0.02 0.01 0.15 0.21 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.12 0.42 0.39 0.74 0.46
C4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.21 0.16 0.20 0.13 0.18 0.08 0.19 0.03 0.00 0.02 0.19 0.26 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.06 0.53 0.48 0.97 0.60
C5' 0.06 0.38 0.13 0.02 0.21 0.01 0.22 0.00 0.26 0.32 0.32 0.35 0.27 0.31 0.14 0.08 0.14 0.02 0.01 0.21 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.22 0.10 0.54 0.54 1.02 0.63
C8 0.02 0.02 0.14 0.29 0.01 0.21 0.01 0.32 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.21 0.13 0.63 0.54 0.96 0.67
N1 0.03 0.00 0.23 0.29 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.30 0.18 0.52 0.58 0.94 0.62
N3 0.03 0.00 0.29 0.27 0.01 0.20 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.34 0.23 0.46 0.51 0.71 0.51
N6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.13 0.01 0.27 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.22 0.22 0.08 0.59 0.61 1.17 0.72
N7 0.01 0.02 0.08 0.29 0.01 0.18 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.23 0.21 0.08 0.65 0.60 1.13 0.75
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.09 0.01 0.40 0.32 0.66 0.42
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.17 0.19 0.19 0.08 0.21 0.23 0.24 0.26 0.22 0.23 0.13 0.00 0.06 0.14 0.21 0.35 0.44 0.27
O3' 0.20 0.36 0.03 0.01 0.19 0.03 0.16 0.14 0.22 0.21 0.30 0.34 0.22 0.21 0.09 0.06 0.00 0.14 0.30 0.56 0.38 0.33
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.10 0.13 0.18 0.23 0.08 0.08 0.01 0.14 0.14 0.00 0.19 0.24 0.38 0.24
O5' 0.23 0.52 0.33 0.28 0.42 0.02 0.53 0.01 0.54 0.63 0.52 0.46 0.59 0.65 0.40 0.21 0.30 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.61 0.36 0.37 0.39 0.19 0.48 0.21 0.54 0.54 0.58 0.51 0.61 0.60 0.32 0.35 0.56 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.83 0.43 0.27 0.74 0.26 0.97 0.27 1.02 0.96 0.94 0.71 1.17 1.13 0.66 0.44 0.38 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.60 0.33 0.22 0.46 0.08 0.60 0.02 0.63 0.67 0.62 0.51 0.72 0.75 0.42 0.27 0.33 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00