ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23555

back

Distances from reference structure (by RMSD)

40, 38, 53, 33, 15, 16, 11, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.026, 0.117, 0.208, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.117 std_dev=0.091
C4 B 0, 0.016, 0.126, 0.236, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.126 std_dev=0.110
C5 A 0, 0.068, 0.182, 0.295, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.182 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.085, 0.213, 0.341, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.213 std_dev=0.128
N3 A 0, 0.064, 0.204, 0.344, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.204 std_dev=0.140
N9 A 0, 0.064, 0.221, 0.377, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.221 std_dev=0.156
C6 A 0, 0.064, 0.237, 0.410, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.237 std_dev=0.173
C2 A 0, 0.052, 0.226, 0.400, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.226 std_dev=0.174
N1 A 0, 0.047, 0.224, 0.402, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.224 std_dev=0.177
C5 B 0, 0.064, 0.253, 0.441, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.253 std_dev=0.188
N7 A 0, 0.101, 0.306, 0.511, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.306 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.079, 0.287, 0.494, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.287 std_dev=0.207
C8 A 0, 0.086, 0.296, 0.505, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.296 std_dev=0.209
N9 B 0, 0.044, 0.262, 0.480, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.262 std_dev=0.218
N1 B 0, 0.064, 0.310, 0.556, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.310 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.075, 0.327, 0.579, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.327 std_dev=0.252
C1' A 0, 0.074, 0.334, 0.594, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.334 std_dev=0.260
O6 A 0, 0.095, 0.369, 0.643, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.369 std_dev=0.274
N2 A 0, 0.084, 0.366, 0.648, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.366 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.060, 0.361, 0.662, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.361 std_dev=0.301
N7 B 0, 0.118, 0.421, 0.724, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.421 std_dev=0.303
C8 B 0, 0.097, 0.407, 0.716, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.407 std_dev=0.309
N2 B 0, 0.140, 0.483, 0.826, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.483 std_dev=0.343
C2' A 0, 0.101, 0.452, 0.802, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.452 std_dev=0.350
O6 B 0, 0.116, 0.492, 0.869, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.492 std_dev=0.376
O4' A 0, 0.079, 0.482, 0.884, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.482 std_dev=0.403
C2' B 0, 0.076, 0.527, 0.979, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.527 std_dev=0.451
C3' A 0, 0.144, 0.637, 1.131, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.637 std_dev=0.494
O4' B 0, 0.083, 0.586, 1.089, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.586 std_dev=0.503
C4' A 0, 0.114, 0.621, 1.127, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.621 std_dev=0.506
O2' B 0, 0.097, 0.648, 1.200, 2.582 max_d=2.582 avg_d=0.648 std_dev=0.551
C3' B 0, 0.055, 0.720, 1.385, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.720 std_dev=0.665
C5' A 0, 0.163, 0.829, 1.495, 3.216 max_d=3.216 avg_d=0.829 std_dev=0.666
O5' A 0, 0.151, 0.834, 1.518, 3.102 max_d=3.102 avg_d=0.834 std_dev=0.684
C4' B 0, 0.060, 0.766, 1.473, 3.118 max_d=3.118 avg_d=0.766 std_dev=0.707
O2' A 0, -0.003, 0.706, 1.416, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.706 std_dev=0.709
OP2 A 0, 0.227, 0.974, 1.722, 3.277 max_d=3.277 avg_d=0.974 std_dev=0.747
O3' A 0, 0.149, 0.907, 1.665, 2.883 max_d=2.883 avg_d=0.907 std_dev=0.758
P A 0, 0.144, 0.932, 1.721, 3.447 max_d=3.447 avg_d=0.932 std_dev=0.789
C5' B 0, 0.093, 0.977, 1.861, 3.666 max_d=3.666 avg_d=0.977 std_dev=0.884
O3' B 0, 0.028, 0.975, 1.922, 3.839 max_d=3.839 avg_d=0.975 std_dev=0.947
OP1 A 0, 0.175, 1.139, 2.103, 4.025 max_d=4.025 avg_d=1.139 std_dev=0.964
O5' B 0, 0.003, 1.025, 2.046, 4.787 max_d=4.787 avg_d=1.025 std_dev=1.022
P B 0, 0.049, 1.236, 2.422, 5.166 max_d=5.166 avg_d=1.236 std_dev=1.186
OP2 B 0, -0.064, 1.467, 2.998, 6.489 max_d=6.489 avg_d=1.467 std_dev=1.531
OP1 B 0, 0.115, 1.833, 3.550, 6.957 max_d=6.957 avg_d=1.833 std_dev=1.718

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.21 0.01 0.14 0.03 0.13 0.31 0.16
C2 0.04 0.00 0.24 0.20 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.28 0.14 0.19 0.02 0.16 0.30 0.19
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.02 0.06 0.13 0.11 0.12 0.18 0.29 0.23 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.28 0.09 0.30 0.41 0.30
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.17 0.01 0.23 0.02 0.24 0.25 0.22 0.21 0.17 0.26 0.15 0.02 0.01 0.03 0.17 0.26 0.18 0.18 0.13
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.07 0.21 0.02 0.15 0.29 0.17
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.16 0.06 0.12 0.08 0.15 0.07 0.20 0.03 0.01 0.02 0.10 0.11 0.19 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.23 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.11 0.04 0.28 0.02 0.20 0.29 0.21
C5' 0.05 0.10 0.13 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.18 0.11 0.13 0.10 0.20 0.08 0.09 0.14 0.02 0.01 0.16 0.14 0.16 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.24 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.22 0.14 0.06 0.28 0.01 0.22 0.30 0.23
C8 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.16 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.25 0.17 0.09 0.29 0.04 0.19 0.27 0.20
N1 0.04 0.01 0.18 0.22 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.20 0.10 0.24 0.02 0.19 0.30 0.21
N2 0.05 0.01 0.29 0.21 0.02 0.12 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.36 0.17 0.18 0.03 0.16 0.30 0.19
N3 0.04 0.01 0.23 0.17 0.00 0.08 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.28 0.13 0.17 0.02 0.15 0.30 0.18
N7 0.01 0.01 0.07 0.26 0.01 0.15 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.18 0.06 0.33 0.05 0.24 0.30 0.25
N9 0.01 0.02 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.09 0.02 0.19 0.03 0.13 0.29 0.16
O2' 0.03 0.19 0.01 0.02 0.15 0.20 0.21 0.09 0.22 0.25 0.19 0.24 0.18 0.27 0.14 0.00 0.06 0.14 0.18 0.25 0.22 0.42 0.23
O3' 0.21 0.28 0.03 0.01 0.15 0.03 0.11 0.14 0.14 0.17 0.20 0.36 0.28 0.18 0.09 0.06 0.00 0.14 0.24 0.15 0.36 0.27 0.24
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.10 0.17 0.13 0.06 0.02 0.14 0.14 0.00 0.11 0.06 0.12 0.31 0.17
O5' 0.14 0.19 0.28 0.17 0.21 0.02 0.28 0.01 0.28 0.29 0.24 0.18 0.17 0.33 0.19 0.18 0.24 0.11 0.00 0.32 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.26 0.02 0.10 0.02 0.16 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.25 0.15 0.06 0.32 0.00 0.27 0.33 0.27
OP1 0.13 0.16 0.30 0.18 0.15 0.11 0.20 0.14 0.22 0.19 0.19 0.16 0.15 0.24 0.13 0.22 0.36 0.12 0.02 0.27 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.30 0.41 0.18 0.29 0.19 0.29 0.16 0.30 0.27 0.30 0.30 0.30 0.30 0.29 0.42 0.27 0.31 0.02 0.33 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.19 0.30 0.13 0.17 0.06 0.21 0.02 0.23 0.20 0.21 0.19 0.18 0.25 0.16 0.23 0.24 0.17 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.47 0.38 0.45 0.60 0.40 0.57 0.41 0.67 0.35 0.54 0.37 0.44 0.37 0.53 0.47 0.46 0.59 0.54 0.93 0.35 1.25 1.59 1.09
C2 0.40 0.24 0.40 0.54 0.24 0.56 0.23 0.68 0.28 0.43 0.31 0.28 0.21 0.34 0.36 0.46 0.55 0.51 0.92 0.39 1.24 1.61 1.09
C2' 0.63 0.51 0.63 0.73 0.58 0.72 0.61 0.80 0.55 0.70 0.51 0.51 0.53 0.69 0.64 0.62 0.73 0.71 0.96 0.57 1.25 1.55 1.11
C3' 0.67 0.61 0.62 0.69 0.63 0.72 0.62 0.80 0.57 0.70 0.57 0.65 0.62 0.68 0.66 0.63 0.67 0.75 0.95 0.54 1.22 1.57 1.10
C4 0.40 0.23 0.38 0.54 0.26 0.55 0.25 0.67 0.21 0.46 0.26 0.29 0.21 0.40 0.37 0.43 0.55 0.51 0.92 0.24 1.26 1.64 1.10
C4' 0.61 0.62 0.57 0.65 0.58 0.65 0.58 0.72 0.55 0.64 0.59 0.69 0.60 0.63 0.61 0.58 0.62 0.67 0.95 0.54 1.25 1.60 1.11
C5 0.40 0.21 0.38 0.53 0.24 0.56 0.23 0.69 0.20 0.44 0.25 0.27 0.19 0.36 0.36 0.45 0.54 0.52 0.92 0.26 1.26 1.68 1.11
C5' 0.61 0.63 0.56 0.65 0.58 0.64 0.58 0.73 0.56 0.63 0.61 0.72 0.61 0.62 0.60 0.58 0.61 0.66 0.97 0.54 1.29 1.65 1.15
C6 0.42 0.23 0.41 0.53 0.26 0.58 0.24 0.71 0.26 0.44 0.28 0.27 0.22 0.34 0.37 0.50 0.55 0.55 0.92 0.34 1.24 1.68 1.11
C8 0.40 0.28 0.38 0.54 0.29 0.55 0.29 0.67 0.24 0.47 0.29 0.35 0.26 0.42 0.38 0.44 0.55 0.52 0.92 0.25 1.27 1.67 1.11
N1 0.43 0.27 0.42 0.54 0.28 0.58 0.27 0.70 0.31 0.43 0.33 0.29 0.25 0.34 0.38 0.51 0.55 0.54 0.92 0.41 1.24 1.66 1.10
N2 0.41 0.31 0.42 0.56 0.28 0.57 0.28 0.69 0.39 0.43 0.39 0.33 0.26 0.33 0.36 0.48 0.57 0.50 0.92 0.52 1.23 1.56 1.08
N3 0.40 0.22 0.39 0.55 0.25 0.56 0.25 0.67 0.21 0.47 0.27 0.28 0.20 0.41 0.37 0.43 0.55 0.51 0.92 0.28 1.25 1.59 1.09
N7 0.40 0.23 0.37 0.53 0.25 0.56 0.24 0.69 0.20 0.45 0.26 0.30 0.21 0.38 0.36 0.45 0.54 0.52 0.92 0.23 1.26 1.69 1.12
N9 0.42 0.29 0.40 0.56 0.31 0.55 0.32 0.67 0.26 0.49 0.30 0.36 0.28 0.45 0.40 0.44 0.56 0.52 0.93 0.25 1.26 1.64 1.11
O2' 0.65 0.63 0.68 0.77 0.64 0.71 0.67 0.77 0.67 0.70 0.65 0.65 0.62 0.71 0.66 0.66 0.79 0.70 0.95 0.71 1.20 1.48 1.06
O3' 0.98 0.97 0.93 0.93 0.94 0.98 0.90 1.01 0.86 0.93 0.91 1.01 0.97 0.89 0.95 0.95 0.90 1.03 1.09 0.79 1.25 1.58 1.18
O4' 0.54 0.56 0.51 0.63 0.51 0.59 0.51 0.68 0.49 0.58 0.54 0.64 0.53 0.57 0.53 0.52 0.61 0.59 0.97 0.48 1.29 1.64 1.13
O5' 0.55 0.56 0.51 0.62 0.51 0.62 0.51 0.72 0.49 0.59 0.54 0.64 0.53 0.57 0.54 0.53 0.60 0.61 0.95 0.48 1.28 1.67 1.14
O6 0.46 0.26 0.44 0.54 0.30 0.61 0.28 0.73 0.29 0.45 0.30 0.28 0.26 0.36 0.40 0.54 0.56 0.58 0.92 0.36 1.23 1.68 1.11
OP1 0.56 0.59 0.52 0.62 0.53 0.63 0.53 0.74 0.51 0.59 0.57 0.68 0.56 0.58 0.56 0.53 0.60 0.64 0.98 0.50 1.31 1.74 1.18
OP2 0.62 0.59 0.56 0.70 0.57 0.72 0.56 0.84 0.54 0.65 0.58 0.66 0.57 0.62 0.61 0.56 0.69 0.71 1.08 0.53 1.35 1.85 1.27
P 0.55 0.58 0.51 0.64 0.52 0.64 0.52 0.75 0.51 0.59 0.56 0.66 0.54 0.58 0.55 0.52 0.62 0.63 1.01 0.50 1.32 1.77 1.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.17 0.01 0.19 0.03 0.42 0.23 0.19
C2 0.06 0.00 0.24 0.25 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.28 0.08 0.40 0.02 0.72 0.66 0.44
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.10 0.12 0.14 0.09 0.20 0.27 0.22 0.08 0.04 0.01 0.03 0.02 0.13 0.13 0.31 0.24 0.14
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.28 0.22 0.28 0.26 0.21 0.26 0.15 0.02 0.01 0.02 0.17 0.31 0.30 0.21 0.16
C4 0.03 0.02 0.13 0.21 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.05 0.43 0.02 0.73 0.64 0.46
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.12 0.10 0.10 0.08 0.13 0.07 0.17 0.03 0.00 0.02 0.12 0.14 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.04 0.56 0.02 0.90 0.89 0.62
C5' 0.05 0.12 0.12 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.17 0.14 0.12 0.10 0.19 0.10 0.09 0.12 0.02 0.01 0.20 0.23 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.28 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.25 0.05 0.58 0.01 0.94 0.98 0.65
C8 0.02 0.02 0.09 0.22 0.01 0.12 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.17 0.17 0.06 0.58 0.03 0.87 0.77 0.59
N1 0.05 0.01 0.20 0.28 0.02 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.27 0.07 0.50 0.01 0.84 0.85 0.56
N2 0.07 0.01 0.27 0.26 0.02 0.10 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.22 0.34 0.10 0.34 0.03 0.66 0.59 0.39
N3 0.05 0.01 0.22 0.21 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.26 0.08 0.34 0.01 0.64 0.53 0.37
N7 0.02 0.02 0.08 0.26 0.01 0.13 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.22 0.04 0.64 0.03 0.99 0.99 0.70
N9 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.41 0.03 0.67 0.52 0.41
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.13 0.17 0.17 0.09 0.18 0.17 0.18 0.22 0.16 0.18 0.11 0.00 0.06 0.12 0.11 0.19 0.26 0.25 0.10
O3' 0.17 0.28 0.03 0.01 0.17 0.03 0.20 0.12 0.25 0.17 0.27 0.34 0.26 0.22 0.10 0.06 0.00 0.12 0.18 0.28 0.42 0.24 0.20
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.08 0.04 0.02 0.12 0.12 0.00 0.20 0.05 0.35 0.28 0.21
O5' 0.19 0.40 0.13 0.17 0.43 0.02 0.56 0.01 0.58 0.58 0.50 0.34 0.34 0.64 0.41 0.11 0.18 0.20 0.00 0.64 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.31 0.02 0.12 0.02 0.20 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.19 0.28 0.05 0.64 0.00 1.03 1.12 0.74
OP1 0.42 0.72 0.31 0.30 0.73 0.14 0.90 0.23 0.94 0.87 0.84 0.66 0.64 0.99 0.67 0.26 0.42 0.35 0.03 1.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.66 0.24 0.21 0.64 0.23 0.89 0.32 0.98 0.77 0.85 0.59 0.53 0.99 0.52 0.25 0.24 0.28 0.02 1.12 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.44 0.14 0.16 0.46 0.04 0.62 0.02 0.65 0.59 0.56 0.39 0.37 0.70 0.41 0.10 0.20 0.21 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00