ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23752

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 8, 1, 5, 59, 13, 4, 17, 58, 1, 9, 68, 21, 13, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.202, 0.307, 0.411, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.307 std_dev=0.105
C4 A 0, 0.227, 0.365, 0.502, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.365 std_dev=0.137
N9 A 0, 0.304, 0.464, 0.624, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.464 std_dev=0.160
N1 A 0, 0.361, 0.561, 0.762, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.561 std_dev=0.201
N3 A 0, 0.291, 0.516, 0.741, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.516 std_dev=0.225
C2 A 0, 0.212, 0.452, 0.693, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.452 std_dev=0.241
C1' A 0, 0.462, 0.725, 0.988, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.725 std_dev=0.263
C8 A 0, 0.393, 0.679, 0.966, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.679 std_dev=0.286
N9 B 0, 0.421, 0.716, 1.010, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.716 std_dev=0.295
C5 A 0, 0.268, 0.603, 0.938, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.603 std_dev=0.335
N2 A 0, 0.341, 0.707, 1.072, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.707 std_dev=0.366
N3 B 0, 0.538, 0.918, 1.298, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.918 std_dev=0.380
C6 A 0, 0.290, 0.744, 1.197, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.744 std_dev=0.453
N7 A 0, 0.320, 0.834, 1.349, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.834 std_dev=0.514
C5 B 0, 0.404, 0.931, 1.458, 1.902 max_d=1.902 avg_d=0.931 std_dev=0.527
O4' A 0, 0.498, 1.031, 1.564, 3.586 max_d=3.586 avg_d=1.031 std_dev=0.533
C1' B 0, 0.714, 1.250, 1.786, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.250 std_dev=0.536
C2' A 0, 0.391, 0.940, 1.490, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.940 std_dev=0.550
C2 B 0, 0.496, 1.172, 1.848, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.172 std_dev=0.676
C8 B 0, 0.647, 1.347, 2.047, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.347 std_dev=0.700
C6 B 0, 0.552, 1.279, 2.006, 2.407 max_d=2.407 avg_d=1.279 std_dev=0.727
O2' A 0, 0.740, 1.483, 2.226, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.483 std_dev=0.743
C4' A 0, 0.634, 1.403, 2.171, 4.397 max_d=4.397 avg_d=1.403 std_dev=0.768
O6 A 0, 0.309, 1.078, 1.847, 2.514 max_d=2.514 avg_d=1.078 std_dev=0.769
N1 B 0, 0.474, 1.245, 2.015, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.245 std_dev=0.770
C3' A 0, 0.585, 1.381, 2.177, 3.202 max_d=3.202 avg_d=1.381 std_dev=0.796
N7 B 0, 0.780, 1.581, 2.383, 3.329 max_d=3.329 avg_d=1.581 std_dev=0.801
O4' B 0, 1.567, 2.460, 3.353, 3.635 max_d=3.635 avg_d=2.460 std_dev=0.893
O5' A 0, 0.828, 1.756, 2.685, 5.366 max_d=5.366 avg_d=1.756 std_dev=0.929
C5' A 0, 0.644, 1.666, 2.689, 6.032 max_d=6.032 avg_d=1.666 std_dev=1.023
N6 B 0, 0.880, 2.016, 3.153, 3.621 max_d=3.621 avg_d=2.016 std_dev=1.136
O3' A 0, 0.719, 1.889, 3.060, 3.572 max_d=3.572 avg_d=1.889 std_dev=1.170
C2' B 0, 1.403, 2.616, 3.829, 4.571 max_d=4.571 avg_d=2.616 std_dev=1.213
C4' B 0, 2.127, 3.411, 4.695, 4.644 max_d=4.644 avg_d=3.411 std_dev=1.284
OP2 A 0, 1.488, 2.871, 4.253, 7.593 max_d=7.593 avg_d=2.871 std_dev=1.382
P A 0, 1.220, 2.608, 3.995, 7.464 max_d=7.464 avg_d=2.608 std_dev=1.388
O2' B 0, 2.174, 3.619, 5.064, 6.291 max_d=6.291 avg_d=3.619 std_dev=1.445
C3' B 0, 1.657, 3.299, 4.940, 5.743 max_d=5.743 avg_d=3.299 std_dev=1.641
OP1 A 0, 1.427, 3.084, 4.741, 8.833 max_d=8.833 avg_d=3.084 std_dev=1.657
O3' B 0, 1.779, 3.707, 5.635, 7.838 max_d=7.838 avg_d=3.707 std_dev=1.928
C5' B 0, 3.017, 5.149, 7.282, 7.303 max_d=7.303 avg_d=5.149 std_dev=2.132
O5' B 0, 4.128, 6.344, 8.559, 8.499 max_d=8.499 avg_d=6.344 std_dev=2.216
OP2 B 0, 6.306, 8.835, 11.365, 11.505 max_d=11.505 avg_d=8.835 std_dev=2.530
P B 0, 5.702, 8.350, 10.998, 10.506 max_d=10.506 avg_d=8.350 std_dev=2.648
OP1 B 0, 6.438, 9.339, 12.239, 11.770 max_d=11.770 avg_d=9.339 std_dev=2.901

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.32 0.01 0.34 0.03 0.33 0.29 0.24
C2 0.03 0.00 0.31 0.29 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.25 0.15 0.52 0.02 0.50 0.46 0.42
C2' 0.01 0.31 0.00 0.01 0.17 0.02 0.11 0.21 0.17 0.13 0.26 0.37 0.30 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.58 0.15 0.69 0.58 0.57
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.29 0.01 0.37 0.02 0.40 0.32 0.36 0.27 0.24 0.39 0.23 0.02 0.01 0.02 0.34 0.44 0.54 0.16 0.29
C4 0.01 0.01 0.17 0.29 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.08 0.55 0.02 0.49 0.42 0.42
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.17 0.09 0.11 0.08 0.17 0.08 0.30 0.03 0.00 0.02 0.14 0.20 0.29 0.05
C5 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.12 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.12 0.04 0.66 0.02 0.60 0.54 0.55
C5' 0.08 0.09 0.21 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.17 0.09 0.12 0.09 0.18 0.08 0.10 0.22 0.01 0.01 0.15 0.28 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.40 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.15 0.07 0.68 0.01 0.63 0.60 0.59
C8 0.02 0.02 0.13 0.32 0.01 0.17 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.10 0.67 0.03 0.55 0.43 0.51
N1 0.03 0.01 0.26 0.36 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.16 0.12 0.61 0.02 0.58 0.55 0.52
N2 0.04 0.01 0.37 0.27 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.34 0.18 0.47 0.03 0.47 0.44 0.38
N3 0.03 0.01 0.30 0.24 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.28 0.14 0.47 0.02 0.45 0.39 0.36
N7 0.02 0.01 0.07 0.39 0.01 0.17 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.20 0.06 0.73 0.03 0.64 0.57 0.62
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.09 0.02 0.52 0.03 0.45 0.35 0.37
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.19 0.30 0.27 0.10 0.26 0.31 0.21 0.23 0.18 0.33 0.19 0.00 0.05 0.21 0.32 0.29 0.45 0.60 0.39
O3' 0.32 0.25 0.03 0.01 0.13 0.03 0.12 0.22 0.15 0.15 0.16 0.34 0.28 0.20 0.09 0.05 0.00 0.23 0.29 0.20 0.62 0.40 0.40
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.12 0.18 0.14 0.06 0.02 0.21 0.23 0.00 0.12 0.06 0.12 0.33 0.15
O5' 0.34 0.52 0.58 0.34 0.55 0.02 0.66 0.01 0.68 0.67 0.61 0.47 0.47 0.73 0.52 0.32 0.29 0.12 0.00 0.74 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.44 0.02 0.14 0.02 0.15 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.29 0.20 0.06 0.74 0.00 0.70 0.69 0.66
OP1 0.33 0.50 0.69 0.54 0.49 0.20 0.60 0.28 0.63 0.55 0.58 0.47 0.45 0.64 0.45 0.45 0.62 0.12 0.02 0.70 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.46 0.58 0.16 0.42 0.29 0.54 0.40 0.60 0.43 0.55 0.44 0.39 0.57 0.35 0.60 0.40 0.33 0.02 0.69 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.42 0.57 0.29 0.42 0.05 0.55 0.02 0.59 0.51 0.52 0.38 0.36 0.62 0.37 0.39 0.40 0.15 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 0.42 1.22 1.74 0.51 2.20 0.83 3.28 1.14 0.69 0.77 0.66 1.76 0.98 0.57 0.89 1.37 1.58 3.13 3.69 3.81 3.89
C2 0.62 1.24 1.02 1.18 0.53 1.33 0.27 2.02 0.24 0.40 0.75 1.08 0.82 0.61 0.39 0.94 0.95 0.94 1.58 1.79 2.45 2.10
C2' 1.02 0.51 1.50 2.02 0.59 2.40 0.75 3.48 1.07 0.67 0.86 0.77 1.62 0.84 0.70 1.17 1.67 1.74 3.38 3.99 4.16 4.21
C3' 1.42 0.45 2.01 2.67 0.76 3.03 0.76 4.18 1.02 0.87 0.83 0.87 1.53 0.86 0.99 1.61 2.30 2.20 4.33 5.23 5.07 5.30
C4 0.75 0.88 1.20 1.57 0.46 1.88 0.50 2.79 0.65 0.50 0.28 0.95 1.40 0.79 0.46 0.97 1.25 1.33 2.49 2.90 3.37 3.16
C4' 1.20 0.65 1.64 2.32 0.80 2.82 1.01 4.00 1.31 0.92 1.15 0.77 1.77 1.06 0.91 1.21 1.94 2.06 4.15 5.09 4.65 5.00
C5 0.84 0.98 1.35 1.72 0.53 1.96 0.44 2.85 0.54 0.48 0.34 1.04 1.25 0.75 0.51 1.15 1.42 1.38 2.60 3.08 3.57 3.30
C5' 1.28 0.76 1.73 2.48 0.87 2.96 1.04 4.14 1.32 0.96 1.17 0.86 1.79 1.08 0.98 1.27 2.10 2.15 4.41 5.64 4.97 5.34
C6 0.83 1.17 1.35 1.62 0.59 1.76 0.31 2.53 0.31 0.42 0.57 1.15 0.95 0.64 0.51 1.26 1.36 1.22 2.22 2.60 3.22 2.85
C8 0.92 0.66 1.41 1.95 0.52 2.32 0.67 3.37 0.89 0.62 0.45 0.88 1.59 0.90 0.59 1.08 1.59 1.64 3.27 4.00 4.19 4.10
N1 0.72 1.27 1.19 1.36 0.60 1.46 0.26 2.14 0.23 0.39 0.78 1.15 0.73 0.58 0.46 1.15 1.14 1.01 1.75 2.00 2.69 2.30
N2 0.54 1.35 0.85 0.92 0.59 0.97 0.31 1.51 0.38 0.42 1.09 1.09 0.42 0.55 0.41 0.85 0.75 0.69 1.07 1.26 1.90 1.49
N3 0.63 1.02 1.02 1.28 0.43 1.55 0.41 2.36 0.50 0.45 0.39 0.96 1.26 0.73 0.37 0.84 1.00 1.10 1.95 2.20 2.76 2.53
N7 0.93 0.83 1.46 1.93 0.54 2.22 0.55 3.20 0.70 0.55 0.32 0.99 1.41 0.82 0.58 1.20 1.61 1.56 3.05 3.72 4.04 3.85
N9 0.83 0.63 1.27 1.75 0.48 2.15 0.68 3.17 0.92 0.60 0.45 0.82 1.62 0.90 0.53 0.95 1.40 1.53 2.98 3.55 3.82 3.75
O2' 0.90 0.72 1.21 1.63 0.62 2.08 0.80 3.09 1.13 0.69 1.11 0.72 1.51 0.85 0.67 0.98 1.33 1.59 2.86 3.31 3.56 3.59
O3' 1.89 0.71 2.49 3.18 1.14 3.52 1.00 4.66 1.03 1.31 0.89 1.17 1.38 1.14 1.45 2.07 2.80 2.64 4.89 5.61 5.41 5.82
O4' 1.02 0.65 1.36 1.95 0.78 2.48 1.06 3.62 1.35 0.92 1.09 0.78 1.87 1.15 0.83 0.98 1.58 1.83 3.59 4.30 4.12 4.35
O5' 1.22 0.63 1.69 2.43 0.79 2.90 0.93 4.10 1.16 0.89 0.94 0.83 1.65 1.02 0.91 1.24 2.05 2.08 4.37 5.71 5.21 5.41
O6 0.90 1.21 1.45 1.72 0.64 1.80 0.30 2.54 0.27 0.43 0.63 1.20 0.85 0.61 0.57 1.41 1.48 1.24 2.26 2.67 3.30 2.90
OP1 1.47 0.73 1.97 2.81 0.93 3.25 0.99 4.41 1.19 1.03 1.00 0.95 1.64 1.08 1.10 1.49 2.48 2.35 4.85 6.49 5.64 5.92
OP2 1.35 0.65 1.91 2.67 0.80 3.04 0.86 4.18 1.07 0.88 0.79 0.94 1.63 0.99 0.95 1.50 2.35 2.16 4.49 5.94 5.48 5.56
P 1.28 0.68 1.75 2.53 0.83 2.99 0.99 4.17 1.22 0.95 0.98 0.87 1.73 1.10 0.96 1.30 2.19 2.14 4.50 5.99 5.36 5.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.33 0.01 0.48 0.73 0.46 0.37
C2 0.04 0.00 0.53 0.53 0.01 0.70 0.01 1.44 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.37 0.34 0.50 1.05 1.23 1.80 1.49
C2' 0.00 0.53 0.00 0.00 0.27 0.02 0.13 0.23 0.24 0.27 0.41 0.52 0.17 0.15 0.03 0.01 0.03 0.02 0.47 0.67 0.90 0.52
C3' 0.02 0.53 0.00 0.00 0.26 0.01 0.30 0.02 0.31 0.53 0.41 0.51 0.34 0.48 0.23 0.03 0.01 0.02 0.21 0.36 0.82 0.35
C4 0.02 0.01 0.27 0.26 0.00 0.29 0.00 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.18 0.26 0.44 0.71 0.81 0.51
C4' 0.01 0.70 0.02 0.01 0.29 0.00 0.13 0.01 0.26 0.45 0.52 0.68 0.18 0.32 0.09 0.29 0.03 0.01 0.02 0.35 0.37 0.13
C5 0.01 0.01 0.13 0.30 0.00 0.13 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.12 0.11 0.69 1.10 0.82 0.65
C5' 0.09 1.44 0.23 0.02 0.63 0.01 0.33 0.00 0.63 0.64 1.12 1.34 0.46 0.44 0.12 0.09 0.21 0.02 0.01 0.39 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.31 0.01 0.26 0.01 0.63 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.15 0.22 0.51 0.87 0.94 0.61
C8 0.02 0.02 0.27 0.53 0.01 0.45 0.01 0.64 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.44 0.23 0.28 1.47 1.97 1.28 1.47
N1 0.03 0.01 0.41 0.41 0.01 0.52 0.01 1.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.30 0.24 0.38 0.70 0.89 1.39 1.06
N3 0.04 0.00 0.52 0.51 0.01 0.68 0.01 1.34 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.36 0.50 0.93 1.03 1.59 1.28
N6 0.02 0.02 0.17 0.34 0.01 0.18 0.02 0.46 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.32 0.18 0.15 0.66 1.11 0.99 0.71
N7 0.02 0.02 0.15 0.48 0.01 0.32 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.43 0.23 0.15 1.33 1.91 1.31 1.37
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.13 0.02 0.74 1.07 0.59 0.63
O2' 0.02 0.37 0.01 0.03 0.21 0.29 0.29 0.09 0.28 0.44 0.30 0.36 0.32 0.43 0.21 0.00 0.07 0.22 0.34 0.68 1.00 0.46
O3' 0.33 0.34 0.03 0.01 0.18 0.03 0.12 0.21 0.15 0.23 0.24 0.36 0.18 0.23 0.13 0.07 0.00 0.25 0.27 0.54 0.89 0.43
O4' 0.01 0.50 0.02 0.02 0.26 0.01 0.11 0.02 0.22 0.28 0.38 0.50 0.15 0.15 0.02 0.22 0.25 0.00 0.42 0.70 0.30 0.37
O5' 0.48 1.05 0.47 0.21 0.44 0.02 0.69 0.01 0.51 1.47 0.70 0.93 0.66 1.33 0.74 0.34 0.27 0.42 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.73 1.23 0.67 0.36 0.71 0.35 1.10 0.39 0.87 1.97 0.89 1.03 1.11 1.91 1.07 0.68 0.54 0.70 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 1.80 0.90 0.82 0.81 0.37 0.82 0.29 0.94 1.28 1.39 1.59 0.99 1.31 0.59 1.00 0.89 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.37 1.49 0.52 0.35 0.51 0.13 0.65 0.02 0.61 1.47 1.06 1.28 0.71 1.37 0.63 0.46 0.43 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00