ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23753

back

Distances from reference structure (by RMSD)

50, 15, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 4, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, -0.058, 0.109, 0.277, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.109 std_dev=0.168
N1 B 0, -0.100, 0.129, 0.357, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.129 std_dev=0.229
C6 A 0, -0.070, 0.171, 0.412, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.171 std_dev=0.241
C5 A 0, -0.099, 0.153, 0.404, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.153 std_dev=0.251
N9 A 0, -0.099, 0.159, 0.417, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.159 std_dev=0.258
C6 B 0, -0.081, 0.183, 0.448, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.183 std_dev=0.265
N1 A 0, -0.116, 0.185, 0.487, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.185 std_dev=0.302
N3 A 0, -0.108, 0.194, 0.496, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.194 std_dev=0.302
C1' A 0, -0.122, 0.186, 0.495, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.186 std_dev=0.308
O6 A 0, -0.107, 0.252, 0.611, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.252 std_dev=0.359
C2 A 0, -0.148, 0.238, 0.624, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.238 std_dev=0.386
O4' A 0, -0.115, 0.301, 0.717, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.301 std_dev=0.416
C8 A 0, -0.203, 0.251, 0.705, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.251 std_dev=0.454
C2' B 0, -0.131, 0.331, 0.794, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.331 std_dev=0.462
N7 A 0, -0.223, 0.253, 0.729, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.253 std_dev=0.476
C2 B 0, -0.227, 0.261, 0.749, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.261 std_dev=0.488
C5 B 0, -0.195, 0.301, 0.796, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.301 std_dev=0.496
C4' A 0, -0.132, 0.390, 0.912, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.390 std_dev=0.522
O3' A 0, -0.064, 0.493, 1.050, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.493 std_dev=0.557
C1' B 0, -0.273, 0.299, 0.870, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.299 std_dev=0.571
C4 B 0, -0.251, 0.332, 0.915, 2.804 max_d=2.804 avg_d=0.332 std_dev=0.583
N3 B 0, -0.264, 0.326, 0.915, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.326 std_dev=0.589
C3' B 0, -0.156, 0.435, 1.026, 3.031 max_d=3.031 avg_d=0.435 std_dev=0.591
C3' A 0, -0.181, 0.411, 1.003, 2.424 max_d=2.424 avg_d=0.411 std_dev=0.592
N2 A 0, -0.243, 0.384, 1.011, 2.284 max_d=2.284 avg_d=0.384 std_dev=0.627
C2' A 0, -0.321, 0.339, 0.999, 3.169 max_d=3.169 avg_d=0.339 std_dev=0.660
O2 B 0, -0.384, 0.444, 1.272, 3.097 max_d=3.097 avg_d=0.444 std_dev=0.828
O4' B 0, -0.375, 0.459, 1.293, 3.271 max_d=3.271 avg_d=0.459 std_dev=0.834
O3' B 0, -0.315, 0.604, 1.522, 4.621 max_d=4.621 avg_d=0.604 std_dev=0.918
C4' B 0, -0.365, 0.560, 1.485, 4.009 max_d=4.009 avg_d=0.560 std_dev=0.925
N4 B 0, -0.408, 0.522, 1.452, 4.360 max_d=4.360 avg_d=0.522 std_dev=0.930
C5' A 0, -0.314, 0.626, 1.567, 4.153 max_d=4.153 avg_d=0.626 std_dev=0.941
O2' A 0, -0.523, 0.477, 1.478, 4.392 max_d=4.392 avg_d=0.477 std_dev=1.001
O2' B 0, -0.373, 0.649, 1.672, 4.338 max_d=4.338 avg_d=0.649 std_dev=1.022
O5' B 0, -0.448, 0.701, 1.849, 5.443 max_d=5.443 avg_d=0.701 std_dev=1.149
C5' B 0, -0.418, 0.738, 1.894, 4.772 max_d=4.772 avg_d=0.738 std_dev=1.156
O5' A 0, -0.507, 0.734, 1.975, 5.544 max_d=5.544 avg_d=0.734 std_dev=1.241
P A 0, -0.651, 0.885, 2.421, 6.539 max_d=6.539 avg_d=0.885 std_dev=1.536
OP1 B 0, -0.514, 1.022, 2.558, 6.736 max_d=6.736 avg_d=1.022 std_dev=1.536
OP2 A 0, -0.699, 0.921, 2.540, 7.469 max_d=7.469 avg_d=0.921 std_dev=1.619
P B 0, -0.695, 0.973, 2.641, 7.683 max_d=7.683 avg_d=0.973 std_dev=1.668
OP1 A 0, -0.755, 1.061, 2.878, 7.820 max_d=7.820 avg_d=1.061 std_dev=1.817
OP2 B 0, -1.037, 1.275, 3.588, 10.045 max_d=10.045 avg_d=1.275 std_dev=2.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.19 0.00 0.18 0.01 0.15 0.29 0.13
C2 0.03 0.00 0.30 0.21 0.01 0.20 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.20 0.34 0.28 0.01 0.25 0.34 0.25
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.12 0.13 0.16 0.23 0.36 0.30 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.20 0.10 0.27 0.56 0.32
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.18 0.00 0.21 0.02 0.23 0.18 0.23 0.22 0.18 0.21 0.13 0.02 0.01 0.01 0.17 0.25 0.22 0.40 0.20
C4 0.02 0.01 0.15 0.18 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.17 0.31 0.01 0.27 0.35 0.27
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.06 0.21 0.13 0.28 0.20 0.17 0.06 0.16 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.25 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.21 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.08 0.06 0.45 0.01 0.42 0.54 0.43
C5' 0.05 0.32 0.12 0.02 0.14 0.01 0.11 0.00 0.13 0.26 0.23 0.42 0.30 0.23 0.07 0.06 0.13 0.01 0.01 0.13 0.17 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.23 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.13 0.44 0.01 0.43 0.60 0.45
C8 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01 0.21 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.10 0.19 0.57 0.02 0.49 0.49 0.49
N1 0.03 0.00 0.23 0.23 0.01 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.25 0.33 0.01 0.32 0.47 0.33
N2 0.04 0.00 0.36 0.22 0.01 0.28 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.25 0.41 0.29 0.01 0.29 0.30 0.26
N3 0.03 0.00 0.30 0.18 0.00 0.20 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.18 0.34 0.25 0.01 0.23 0.29 0.22
N7 0.01 0.01 0.09 0.21 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.09 0.11 0.60 0.03 0.56 0.65 0.58
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.34 0.02 0.27 0.31 0.26
O2' 0.01 0.28 0.00 0.02 0.08 0.16 0.14 0.06 0.11 0.36 0.17 0.41 0.28 0.32 0.12 0.00 0.06 0.12 0.16 0.16 0.24 0.65 0.31
O3' 0.19 0.20 0.03 0.01 0.10 0.01 0.08 0.13 0.13 0.10 0.17 0.25 0.18 0.09 0.07 0.06 0.00 0.12 0.18 0.13 0.29 0.36 0.18
O4' 0.00 0.34 0.01 0.01 0.17 0.00 0.06 0.01 0.13 0.19 0.25 0.41 0.34 0.11 0.01 0.12 0.12 0.00 0.16 0.09 0.16 0.21 0.13
O5' 0.18 0.28 0.20 0.17 0.31 0.01 0.45 0.01 0.44 0.57 0.33 0.29 0.25 0.60 0.34 0.16 0.18 0.16 0.00 0.51 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.10 0.25 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.16 0.13 0.09 0.51 0.00 0.53 0.73 0.55
OP1 0.15 0.25 0.27 0.22 0.27 0.12 0.42 0.17 0.43 0.49 0.32 0.29 0.23 0.56 0.27 0.24 0.29 0.16 0.02 0.53 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.34 0.56 0.40 0.35 0.25 0.54 0.19 0.60 0.49 0.47 0.30 0.29 0.65 0.31 0.65 0.36 0.21 0.02 0.73 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.25 0.32 0.20 0.27 0.06 0.43 0.01 0.45 0.49 0.33 0.26 0.22 0.58 0.26 0.31 0.18 0.13 0.01 0.55 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 0.22 0.34 0.33 0.84 0.54 0.65 0.42 0.32 0.21 0.62 1.24 0.37 0.65 0.65 0.57 0.20 0.35 0.45 0.26
C2 0.67 0.64 0.63 0.50 0.21 0.57 0.23 0.43 0.20 0.48 0.40 0.53 0.97 0.93 0.76 0.60 0.29 0.60 0.55 0.35
C2' 0.52 0.60 0.45 0.36 1.11 0.54 0.91 0.51 0.66 0.53 0.98 1.42 0.41 0.54 0.56 0.58 0.45 0.60 0.73 0.55
C3' 0.61 0.34 0.43 0.61 0.78 0.83 0.53 0.79 0.34 0.32 0.71 1.11 0.27 0.67 0.99 0.81 0.54 0.72 0.65 0.60
C4 0.60 0.36 0.49 0.42 0.49 0.56 0.42 0.42 0.17 0.32 0.21 0.92 0.72 0.82 0.71 0.60 0.24 0.48 0.52 0.32
C4' 0.78 0.37 0.59 0.75 0.64 0.95 0.41 0.87 0.34 0.44 0.57 0.96 0.47 0.90 1.11 0.94 0.61 0.71 0.50 0.59
C5 0.61 0.41 0.50 0.42 0.40 0.57 0.36 0.43 0.18 0.36 0.19 0.78 0.74 0.83 0.71 0.62 0.26 0.52 0.56 0.35
C5' 0.95 0.52 0.80 0.95 0.61 1.10 0.48 1.04 0.54 0.64 0.58 0.88 0.61 1.14 1.29 1.08 0.82 0.91 0.65 0.79
C6 0.65 0.54 0.57 0.46 0.23 0.57 0.25 0.44 0.20 0.44 0.29 0.55 0.86 0.89 0.73 0.62 0.29 0.58 0.59 0.38
C8 0.54 0.24 0.38 0.35 0.64 0.56 0.52 0.44 0.25 0.26 0.37 1.04 0.51 0.72 0.66 0.61 0.23 0.42 0.53 0.32
N1 0.67 0.64 0.63 0.50 0.18 0.57 0.20 0.44 0.23 0.50 0.43 0.42 0.95 0.93 0.75 0.61 0.30 0.62 0.59 0.38
N2 0.70 0.79 0.71 0.56 0.26 0.57 0.19 0.44 0.29 0.58 0.65 0.30 1.07 0.97 0.79 0.60 0.33 0.66 0.57 0.38
N3 0.63 0.48 0.56 0.46 0.41 0.56 0.36 0.42 0.15 0.38 0.21 0.86 0.86 0.87 0.74 0.59 0.25 0.52 0.51 0.31
N7 0.58 0.32 0.43 0.38 0.50 0.57 0.43 0.44 0.21 0.31 0.24 0.89 0.62 0.78 0.68 0.63 0.25 0.48 0.56 0.34
N9 0.54 0.23 0.40 0.36 0.67 0.55 0.54 0.43 0.24 0.24 0.39 1.09 0.53 0.73 0.68 0.60 0.22 0.42 0.50 0.30
O2' 0.78 1.05 0.85 0.63 1.46 0.64 1.29 0.65 1.08 0.95 1.40 1.65 0.83 0.77 0.36 0.70 0.77 0.82 1.00 0.84
O3' 0.63 0.30 0.41 0.68 0.64 0.97 0.42 0.98 0.36 0.33 0.64 0.91 0.26 0.56 1.03 0.94 0.74 0.91 0.92 0.83
O4' 0.75 0.42 0.54 0.61 0.66 0.82 0.48 0.71 0.34 0.45 0.53 1.00 0.63 0.89 0.94 0.86 0.44 0.53 0.29 0.38
O5' 0.98 0.45 0.90 1.07 0.53 1.18 0.38 1.11 0.48 0.61 0.48 0.86 0.58 1.27 1.47 1.11 0.87 1.00 0.68 0.85
O6 0.66 0.56 0.57 0.46 0.20 0.58 0.23 0.44 0.22 0.46 0.34 0.45 0.87 0.90 0.72 0.63 0.30 0.60 0.62 0.40
OP1 1.04 0.45 1.02 1.30 0.49 1.36 0.38 1.34 0.57 0.66 0.49 0.79 0.52 1.34 1.70 1.22 1.13 1.26 0.99 1.15
OP2 1.00 0.47 0.94 1.15 0.52 1.25 0.36 1.18 0.47 0.62 0.46 0.87 0.62 1.29 1.59 1.15 0.92 1.07 0.76 0.91
P 1.00 0.45 0.94 1.15 0.51 1.24 0.37 1.18 0.50 0.62 0.46 0.84 0.57 1.31 1.56 1.15 0.95 1.08 0.76 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16 0.00 0.11 0.20 0.21 0.14
C2 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.07 0.18 0.42 0.31 0.23
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.11 0.11 0.02 0.09 0.05 0.20 0.00 0.02 0.01 0.22 0.29 0.21 0.26
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.19 0.00 0.18 0.02 0.15 0.11 0.17 0.21 0.13 0.02 0.01 0.02 0.07 0.15 0.10 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.19 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.09 0.03 0.29 0.64 0.52 0.37
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.04 0.07 0.05 0.17 0.02 0.00 0.02 0.15 0.21 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.05 0.32 0.66 0.56 0.40
C5' 0.04 0.06 0.11 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.07 0.08 0.11 0.01 0.01 0.25 0.24 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.09 0.07 0.28 0.52 0.45 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.01 0.19 0.38 0.31 0.23
N3 0.01 0.00 0.09 0.17 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.07 0.06 0.23 0.54 0.41 0.29
N4 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.11 0.03 0.32 0.72 0.59 0.41
O2 0.03 0.01 0.20 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.18 0.10 0.13 0.34 0.24 0.17
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.19 0.17 0.23 0.08 0.21 0.12 0.12 0.20 0.11 0.00 0.05 0.11 0.16 0.26 0.21 0.22
O3' 0.16 0.09 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.11 0.09 0.05 0.07 0.11 0.18 0.05 0.00 0.10 0.13 0.38 0.16 0.15
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.10 0.11 0.10 0.00 0.11 0.09 0.27 0.13
O5' 0.11 0.18 0.22 0.07 0.29 0.02 0.32 0.01 0.28 0.19 0.23 0.32 0.13 0.16 0.13 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.42 0.29 0.15 0.64 0.15 0.66 0.25 0.52 0.38 0.54 0.72 0.34 0.26 0.38 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.31 0.21 0.10 0.52 0.21 0.56 0.24 0.45 0.31 0.41 0.59 0.24 0.21 0.16 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.23 0.26 0.09 0.37 0.03 0.40 0.01 0.33 0.23 0.29 0.41 0.17 0.22 0.15 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00