ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23788

back

Distances from reference structure (by RMSD)

41, 252, 143, 33, 10, 3, 3, 0, 0, 0, 7, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 B 0, 0.059, 0.161, 0.264, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.161 std_dev=0.102
C4 A 0, 0.002, 0.108, 0.213, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.108 std_dev=0.105
N9 A 0, 0.064, 0.190, 0.315, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.190 std_dev=0.125
N3 A 0, 0.034, 0.165, 0.297, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.165 std_dev=0.131
N1 B 0, -0.035, 0.112, 0.258, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.112 std_dev=0.146
C1' A 0, 0.075, 0.229, 0.384, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.229 std_dev=0.155
C5 B 0, 0.026, 0.200, 0.373, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.200 std_dev=0.174
C5 A 0, -0.023, 0.188, 0.400, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.188 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.150, 0.368, 0.585, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.368 std_dev=0.218
C2 A 0, 0.037, 0.267, 0.498, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.267 std_dev=0.230
C8 A 0, 0.084, 0.325, 0.565, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.325 std_dev=0.240
C2 B 0, -0.039, 0.218, 0.475, 2.093 max_d=2.093 avg_d=0.218 std_dev=0.257
C4 B 0, -0.069, 0.194, 0.457, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.194 std_dev=0.263
C1' B 0, -0.077, 0.197, 0.472, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.197 std_dev=0.275
N7 A 0, 0.041, 0.317, 0.592, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.317 std_dev=0.276
N3 B 0, -0.043, 0.243, 0.528, 2.391 max_d=2.391 avg_d=0.243 std_dev=0.285
N1 A 0, 0.013, 0.300, 0.588, 2.378 max_d=2.378 avg_d=0.300 std_dev=0.287
C6 A 0, -0.041, 0.255, 0.551, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.255 std_dev=0.296
O2' A 0, 0.200, 0.504, 0.808, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.504 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.009, 0.314, 0.619, 2.777 max_d=2.777 avg_d=0.314 std_dev=0.305
O4' A 0, 0.062, 0.382, 0.702, 2.550 max_d=2.550 avg_d=0.382 std_dev=0.320
N2 A 0, 0.073, 0.402, 0.731, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.402 std_dev=0.329
C2' B 0, -0.027, 0.336, 0.699, 3.188 max_d=3.188 avg_d=0.336 std_dev=0.363
C3' B 0, 0.112, 0.485, 0.858, 3.188 max_d=3.188 avg_d=0.485 std_dev=0.373
C4' B 0, 0.098, 0.493, 0.888, 3.738 max_d=3.738 avg_d=0.493 std_dev=0.395
O4 B 0, -0.108, 0.288, 0.684, 3.578 max_d=3.578 avg_d=0.288 std_dev=0.396
O2 B 0, -0.043, 0.355, 0.752, 3.265 max_d=3.265 avg_d=0.355 std_dev=0.397
O6 A 0, -0.043, 0.360, 0.763, 3.311 max_d=3.311 avg_d=0.360 std_dev=0.403
C3' A 0, 0.174, 0.584, 0.994, 3.538 max_d=3.538 avg_d=0.584 std_dev=0.410
C4' A 0, 0.121, 0.577, 1.034, 3.841 max_d=3.841 avg_d=0.577 std_dev=0.457
C5' B 0, 0.218, 0.677, 1.136, 4.199 max_d=4.199 avg_d=0.677 std_dev=0.459
O5' B 0, 0.218, 0.720, 1.223, 3.465 max_d=3.465 avg_d=0.720 std_dev=0.502
O3' B 0, 0.209, 0.737, 1.264, 4.230 max_d=4.230 avg_d=0.737 std_dev=0.527
O2' B 0, -0.061, 0.477, 1.014, 4.764 max_d=4.764 avg_d=0.477 std_dev=0.537
O3' A 0, 0.284, 0.832, 1.380, 4.401 max_d=4.401 avg_d=0.832 std_dev=0.548
P B 0, 0.374, 0.991, 1.607, 4.692 max_d=4.692 avg_d=0.991 std_dev=0.616
C5' A 0, 0.252, 0.872, 1.492, 4.959 max_d=4.959 avg_d=0.872 std_dev=0.620
OP2 B 0, 0.451, 1.145, 1.839, 4.668 max_d=4.668 avg_d=1.145 std_dev=0.694
OP1 B 0, 0.345, 1.134, 1.923, 6.046 max_d=6.046 avg_d=1.134 std_dev=0.789
O5' A 0, 0.383, 1.201, 2.019, 4.962 max_d=4.962 avg_d=1.201 std_dev=0.818
P A 0, 0.587, 1.717, 2.847, 7.476 max_d=7.476 avg_d=1.717 std_dev=1.130
OP1 A 0, 0.632, 1.896, 3.161, 8.720 max_d=8.720 avg_d=1.896 std_dev=1.264
OP2 A 0, 0.762, 2.082, 3.403, 8.670 max_d=8.670 avg_d=2.082 std_dev=1.320

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.20 0.02 0.28 0.30 0.19
C2 0.04 0.00 0.18 0.21 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.23 0.06 0.41 0.02 0.50 0.61 0.44
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.06 0.09 0.09 0.14 0.21 0.18 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.08 0.32 0.30 0.23
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.03 0.17 0.16 0.20 0.24 0.19 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.33 0.18 0.36 0.25 0.25
C4 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.42 0.01 0.49 0.58 0.43
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.12 0.09 0.11 0.08 0.12 0.06 0.10 0.02 0.00 0.02 0.11 0.22 0.26 0.09
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.03 0.53 0.01 0.62 0.75 0.57
C5' 0.05 0.17 0.06 0.03 0.16 0.01 0.22 0.00 0.23 0.23 0.20 0.16 0.14 0.26 0.14 0.07 0.07 0.02 0.01 0.26 0.21 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.03 0.55 0.01 0.67 0.82 0.62
C8 0.01 0.02 0.09 0.16 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.15 0.05 0.52 0.02 0.57 0.64 0.52
N1 0.04 0.01 0.14 0.20 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.20 0.05 0.49 0.02 0.60 0.73 0.54
N2 0.05 0.01 0.21 0.24 0.02 0.11 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.29 0.08 0.38 0.03 0.47 0.57 0.40
N3 0.04 0.01 0.18 0.19 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.21 0.06 0.36 0.02 0.44 0.51 0.37
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.16 0.04 0.58 0.03 0.69 0.81 0.64
N9 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.39 0.02 0.43 0.48 0.37
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.09 0.10 0.10 0.07 0.12 0.11 0.14 0.20 0.15 0.12 0.06 0.00 0.05 0.08 0.12 0.12 0.29 0.28 0.16
O3' 0.08 0.23 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.07 0.17 0.15 0.20 0.29 0.21 0.16 0.07 0.05 0.00 0.06 0.30 0.18 0.43 0.33 0.28
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.08 0.06 0.04 0.02 0.08 0.06 0.00 0.16 0.04 0.27 0.31 0.19
O5' 0.20 0.41 0.27 0.33 0.42 0.02 0.53 0.01 0.55 0.52 0.49 0.38 0.36 0.58 0.39 0.12 0.30 0.16 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.18 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.12 0.18 0.04 0.59 0.00 0.75 0.92 0.70
OP1 0.28 0.50 0.32 0.36 0.49 0.22 0.62 0.21 0.67 0.57 0.60 0.47 0.44 0.69 0.43 0.29 0.43 0.27 0.02 0.75 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.61 0.30 0.25 0.58 0.26 0.75 0.33 0.82 0.64 0.73 0.57 0.51 0.81 0.48 0.28 0.33 0.31 0.02 0.92 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.44 0.23 0.25 0.43 0.09 0.57 0.02 0.62 0.52 0.54 0.40 0.37 0.64 0.37 0.16 0.28 0.19 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.26 0.47 0.42 0.26 0.34 0.23 0.28 0.18 0.24 0.20 0.38 0.57 0.51 0.39 0.31 0.30 0.35 0.42 0.28
C2 0.39 0.30 0.52 0.44 0.41 0.37 0.34 0.29 0.24 0.27 0.30 0.45 0.63 0.52 0.58 0.33 0.31 0.35 0.43 0.30
C2' 0.45 0.33 0.57 0.50 0.28 0.44 0.26 0.36 0.25 0.32 0.26 0.46 0.68 0.59 0.40 0.41 0.33 0.36 0.39 0.28
C3' 0.47 0.36 0.56 0.49 0.27 0.45 0.26 0.38 0.27 0.35 0.27 0.48 0.67 0.57 0.36 0.44 0.34 0.37 0.39 0.29
C4 0.41 0.33 0.51 0.44 0.25 0.37 0.22 0.29 0.19 0.29 0.24 0.50 0.62 0.51 0.39 0.35 0.31 0.35 0.42 0.28
C4' 0.36 0.27 0.46 0.41 0.24 0.34 0.22 0.28 0.19 0.25 0.20 0.39 0.56 0.50 0.35 0.33 0.29 0.35 0.41 0.27
C5 0.49 0.46 0.56 0.47 0.24 0.42 0.22 0.34 0.26 0.39 0.35 0.63 0.67 0.53 0.31 0.43 0.35 0.38 0.44 0.32
C5' 0.44 0.38 0.49 0.44 0.32 0.40 0.31 0.36 0.30 0.36 0.32 0.48 0.59 0.51 0.39 0.41 0.36 0.41 0.48 0.36
C6 0.55 0.54 0.60 0.50 0.26 0.46 0.22 0.36 0.29 0.45 0.41 0.72 0.71 0.55 0.33 0.47 0.37 0.38 0.43 0.32
C8 0.47 0.43 0.53 0.46 0.26 0.41 0.24 0.33 0.26 0.37 0.33 0.57 0.64 0.52 0.30 0.41 0.36 0.39 0.46 0.33
N1 0.47 0.42 0.57 0.47 0.32 0.41 0.26 0.31 0.22 0.35 0.31 0.63 0.68 0.53 0.49 0.40 0.32 0.35 0.41 0.28
N2 0.37 0.34 0.53 0.46 0.58 0.38 0.49 0.33 0.36 0.32 0.47 0.39 0.63 0.55 0.74 0.33 0.35 0.40 0.48 0.36
N3 0.36 0.27 0.49 0.43 0.36 0.35 0.31 0.28 0.22 0.25 0.26 0.40 0.60 0.52 0.52 0.31 0.30 0.35 0.43 0.29
N7 0.53 0.52 0.58 0.49 0.30 0.45 0.27 0.37 0.32 0.45 0.42 0.66 0.68 0.54 0.31 0.46 0.40 0.42 0.48 0.37
N9 0.40 0.33 0.50 0.43 0.23 0.37 0.21 0.29 0.20 0.29 0.23 0.48 0.60 0.51 0.35 0.35 0.31 0.36 0.43 0.29
O2' 0.39 0.28 0.54 0.49 0.37 0.41 0.34 0.35 0.27 0.29 0.29 0.37 0.64 0.59 0.50 0.36 0.34 0.39 0.43 0.32
O3' 0.45 0.32 0.56 0.50 0.31 0.45 0.30 0.39 0.29 0.33 0.26 0.42 0.66 0.59 0.41 0.42 0.35 0.39 0.40 0.30
O4' 0.32 0.24 0.43 0.39 0.25 0.31 0.23 0.26 0.18 0.22 0.19 0.36 0.53 0.48 0.37 0.28 0.30 0.37 0.45 0.31
O5' 0.66 0.65 0.63 0.59 0.64 0.62 0.64 0.61 0.62 0.64 0.64 0.71 0.71 0.62 0.68 0.67 0.63 0.63 0.71 0.63
O6 0.65 0.69 0.68 0.57 0.37 0.54 0.31 0.44 0.41 0.58 0.59 0.84 0.77 0.59 0.32 0.56 0.45 0.44 0.47 0.39
OP1 0.82 0.83 0.78 0.75 0.86 0.79 0.86 0.80 0.83 0.82 0.83 0.85 0.83 0.76 0.90 0.85 0.83 0.84 0.92 0.85
OP2 0.98 1.00 0.90 0.88 1.05 0.94 1.04 0.96 1.01 0.99 1.02 1.01 0.94 0.86 1.09 1.01 1.00 1.01 1.12 1.03
P 0.76 0.77 0.70 0.67 0.80 0.72 0.79 0.73 0.76 0.76 0.78 0.80 0.76 0.68 0.84 0.78 0.76 0.77 0.86 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.10 0.03 0.01 0.15 0.22 0.24 0.15
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.02 0.05 0.27 0.31 0.35 0.25
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.09 0.07 0.10 0.03 0.09 0.19 0.01 0.02 0.07 0.01 0.21 0.25 0.27 0.20
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.16 0.01 0.18 0.02 0.17 0.10 0.15 0.17 0.02 0.01 0.18 0.02 0.19 0.23 0.17 0.15
C4 0.03 0.01 0.06 0.16 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.15 0.01 0.04 0.38 0.42 0.50 0.38
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.07 0.11 0.03 0.09 0.00 0.02 0.14 0.17 0.06
C5 0.02 0.02 0.09 0.18 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.18 0.01 0.06 0.40 0.43 0.50 0.39
C5' 0.04 0.09 0.07 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.16 0.02 0.01 0.14 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.16 0.02 0.06 0.36 0.35 0.40 0.32
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.08 0.02 0.02 0.26 0.29 0.32 0.24
N3 0.03 0.01 0.09 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.14 0.01 0.05 0.33 0.37 0.43 0.32
O2 0.05 0.01 0.19 0.17 0.02 0.07 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.23 0.03 0.09 0.22 0.29 0.32 0.22
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.13 0.11 0.15 0.07 0.13 0.07 0.11 0.17 0.00 0.07 0.15 0.08 0.12 0.21 0.26 0.15
O3' 0.10 0.14 0.02 0.01 0.15 0.03 0.18 0.08 0.16 0.08 0.14 0.23 0.07 0.00 0.18 0.07 0.20 0.30 0.24 0.21
O4 0.03 0.02 0.07 0.18 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.03 0.15 0.18 0.00 0.05 0.40 0.46 0.55 0.42
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.09 0.08 0.07 0.05 0.00 0.12 0.21 0.25 0.16
O5' 0.15 0.27 0.21 0.19 0.38 0.02 0.40 0.01 0.36 0.26 0.33 0.22 0.12 0.20 0.40 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.31 0.25 0.23 0.42 0.14 0.43 0.14 0.35 0.29 0.37 0.29 0.21 0.30 0.46 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.35 0.27 0.17 0.50 0.17 0.50 0.19 0.40 0.32 0.43 0.32 0.26 0.24 0.55 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.25 0.20 0.15 0.38 0.06 0.39 0.02 0.32 0.24 0.32 0.22 0.15 0.21 0.42 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00