ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23796

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 92, 187, 78, 48, 56, 26, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.056, 0.133, 0.210, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.133 std_dev=0.077
C4 B 0, 0.051, 0.134, 0.217, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.134 std_dev=0.083
C5 A 0, 0.078, 0.206, 0.334, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.206 std_dev=0.128
N3 A 0, 0.114, 0.253, 0.393, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.253 std_dev=0.140
C6 B 0, 0.095, 0.244, 0.393, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.244 std_dev=0.149
C6 A 0, 0.077, 0.233, 0.388, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.233 std_dev=0.155
C5 B 0, 0.053, 0.235, 0.417, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.235 std_dev=0.182
N9 A 0, 0.121, 0.304, 0.488, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.304 std_dev=0.184
N3 B 0, 0.086, 0.280, 0.474, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.280 std_dev=0.194
N9 B 0, 0.103, 0.302, 0.500, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.302 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.148, 0.352, 0.556, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.352 std_dev=0.204
O6 A 0, 0.113, 0.332, 0.552, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.332 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.149, 0.369, 0.589, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.369 std_dev=0.220
N1 A 0, 0.136, 0.357, 0.577, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.357 std_dev=0.221
C1' A 0, 0.147, 0.376, 0.605, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.376 std_dev=0.229
C2 A 0, 0.164, 0.395, 0.626, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.395 std_dev=0.231
N6 B 0, 0.114, 0.374, 0.634, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.374 std_dev=0.260
C2 B 0, 0.138, 0.402, 0.667, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.402 std_dev=0.264
N7 A 0, 0.139, 0.422, 0.706, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.422 std_dev=0.283
C8 A 0, 0.163, 0.476, 0.788, 2.269 max_d=2.269 avg_d=0.476 std_dev=0.312
N2 A 0, 0.245, 0.637, 1.029, 2.803 max_d=2.803 avg_d=0.637 std_dev=0.392
C8 B 0, 0.101, 0.496, 0.890, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.496 std_dev=0.394
N7 B 0, 0.071, 0.471, 0.872, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.471 std_dev=0.401
C2' A 0, 0.250, 0.658, 1.066, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.658 std_dev=0.408
O4' B 0, 0.223, 0.667, 1.111, 3.233 max_d=3.233 avg_d=0.667 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.268, 0.724, 1.180, 3.892 max_d=3.892 avg_d=0.724 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.180, 0.637, 1.095, 3.055 max_d=3.055 avg_d=0.637 std_dev=0.457
C4' B 0, 0.325, 0.896, 1.467, 4.369 max_d=4.369 avg_d=0.896 std_dev=0.571
C3' B 0, 0.316, 0.933, 1.551, 4.540 max_d=4.540 avg_d=0.933 std_dev=0.618
O2' A 0, 0.187, 0.808, 1.430, 2.545 max_d=2.545 avg_d=0.808 std_dev=0.621
O2' B 0, 0.245, 0.869, 1.494, 4.178 max_d=4.178 avg_d=0.869 std_dev=0.625
C3' A 0, 0.381, 1.052, 1.722, 3.969 max_d=3.969 avg_d=1.052 std_dev=0.670
C4' A 0, 0.350, 1.029, 1.709, 4.765 max_d=4.765 avg_d=1.029 std_dev=0.679
O5' A 0, 1.545, 2.311, 3.077, 8.107 max_d=8.107 avg_d=2.311 std_dev=0.766
O3' B 0, 0.447, 1.261, 2.076, 5.153 max_d=5.153 avg_d=1.261 std_dev=0.815
C5' A 0, 0.584, 1.468, 2.353, 7.135 max_d=7.135 avg_d=1.468 std_dev=0.885
C5' B 0, 0.477, 1.365, 2.252, 6.144 max_d=6.144 avg_d=1.365 std_dev=0.887
O3' A 0, 0.511, 1.457, 2.403, 4.630 max_d=4.630 avg_d=1.457 std_dev=0.946
P A 0, 2.509, 3.539, 4.568, 10.184 max_d=10.184 avg_d=3.539 std_dev=1.029
O5' B 0, 0.207, 1.251, 2.295, 8.233 max_d=8.233 avg_d=1.251 std_dev=1.044
OP2 A 0, 4.356, 5.788, 7.219, 10.684 max_d=10.684 avg_d=5.788 std_dev=1.432
P B 0, 0.429, 1.917, 3.404, 10.259 max_d=10.259 avg_d=1.917 std_dev=1.487
OP1 A 0, 1.563, 3.136, 4.708, 10.029 max_d=10.029 avg_d=3.136 std_dev=1.572
OP2 B 0, 0.644, 2.245, 3.846, 12.609 max_d=12.609 avg_d=2.245 std_dev=1.601
OP1 B 0, 0.647, 2.394, 4.141, 9.937 max_d=9.937 avg_d=2.394 std_dev=1.747

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.28 0.03 0.27 0.44 0.29
C2 0.05 0.00 0.37 0.37 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.39 0.19 0.49 0.02 0.45 0.83 0.58
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.16 0.18 0.17 0.29 0.44 0.36 0.10 0.03 0.01 0.04 0.02 0.37 0.14 0.45 0.52 0.38
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.30 0.01 0.36 0.03 0.40 0.32 0.39 0.39 0.33 0.37 0.22 0.03 0.01 0.02 0.30 0.42 0.46 0.39 0.30
C4 0.02 0.01 0.20 0.30 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.10 0.52 0.02 0.43 0.83 0.60
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.20 0.12 0.16 0.11 0.19 0.09 0.27 0.04 0.01 0.02 0.16 0.29 0.27 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.36 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.20 0.05 0.65 0.02 0.60 1.10 0.79
C5' 0.07 0.18 0.16 0.03 0.14 0.01 0.20 0.00 0.21 0.23 0.19 0.20 0.16 0.25 0.12 0.12 0.19 0.02 0.01 0.25 0.21 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.40 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.26 0.09 0.67 0.01 0.65 1.17 0.83
C8 0.02 0.02 0.17 0.32 0.01 0.20 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.34 0.22 0.12 0.68 0.03 0.60 1.03 0.78
N1 0.04 0.01 0.29 0.39 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.33 0.15 0.59 0.02 0.56 1.02 0.72
N2 0.06 0.01 0.44 0.39 0.02 0.16 0.02 0.20 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.29 0.50 0.23 0.45 0.03 0.45 0.75 0.53
N3 0.04 0.01 0.36 0.33 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.37 0.19 0.43 0.02 0.39 0.70 0.50
N7 0.02 0.01 0.10 0.37 0.01 0.19 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.24 0.07 0.74 0.03 0.72 1.24 0.91
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.49 0.02 0.38 0.74 0.54
O2' 0.03 0.23 0.01 0.03 0.19 0.27 0.27 0.12 0.27 0.34 0.23 0.29 0.21 0.36 0.19 0.00 0.07 0.19 0.22 0.31 0.43 0.50 0.28
O3' 0.28 0.39 0.04 0.01 0.21 0.04 0.20 0.19 0.26 0.22 0.33 0.50 0.37 0.24 0.11 0.07 0.00 0.19 0.34 0.28 0.65 0.52 0.42
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.12 0.15 0.23 0.19 0.07 0.02 0.19 0.19 0.00 0.25 0.07 0.27 0.42 0.30
O5' 0.28 0.49 0.37 0.30 0.52 0.02 0.65 0.01 0.67 0.68 0.59 0.45 0.43 0.74 0.49 0.22 0.34 0.25 0.00 0.74 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.42 0.02 0.16 0.02 0.25 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.31 0.28 0.07 0.74 0.00 0.76 1.33 0.94
OP1 0.27 0.45 0.45 0.46 0.43 0.29 0.60 0.21 0.65 0.60 0.56 0.45 0.39 0.72 0.38 0.43 0.65 0.27 0.02 0.76 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.83 0.52 0.39 0.83 0.27 1.10 0.29 1.17 1.03 1.02 0.75 0.70 1.24 0.74 0.50 0.52 0.42 0.02 1.33 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.58 0.38 0.30 0.60 0.11 0.79 0.02 0.83 0.78 0.72 0.53 0.50 0.91 0.54 0.28 0.42 0.30 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.37 0.57 0.62 0.30 0.46 0.22 0.52 0.21 0.25 0.24 0.40 0.29 0.24 0.31 0.64 0.73 0.39 0.71 0.97 1.00 0.80
C2 0.35 0.32 0.51 0.56 0.28 0.40 0.24 0.45 0.24 0.25 0.23 0.35 0.33 0.24 0.29 0.53 0.62 0.33 0.65 0.84 0.90 0.71
C2' 0.66 0.59 0.74 0.71 0.52 0.64 0.41 0.61 0.36 0.46 0.43 0.64 0.36 0.40 0.54 0.86 0.82 0.65 0.71 0.84 0.87 0.70
C3' 0.78 0.68 0.78 0.75 0.66 0.75 0.57 0.73 0.52 0.63 0.56 0.73 0.50 0.57 0.69 0.90 0.82 0.80 0.78 0.88 0.90 0.76
C4 0.32 0.33 0.47 0.52 0.24 0.36 0.18 0.43 0.18 0.19 0.21 0.34 0.28 0.20 0.24 0.51 0.59 0.29 0.64 0.87 0.94 0.73
C4' 0.53 0.45 0.62 0.64 0.40 0.53 0.30 0.56 0.27 0.35 0.31 0.50 0.30 0.31 0.42 0.72 0.74 0.53 0.70 0.93 0.96 0.76
C5 0.26 0.33 0.37 0.43 0.22 0.28 0.18 0.38 0.18 0.18 0.23 0.32 0.28 0.20 0.21 0.41 0.47 0.23 0.59 0.83 0.92 0.71
C5' 0.58 0.50 0.63 0.65 0.46 0.58 0.38 0.61 0.34 0.43 0.38 0.55 0.36 0.40 0.49 0.72 0.72 0.60 0.71 0.95 0.98 0.78
C6 0.24 0.34 0.33 0.39 0.22 0.26 0.18 0.35 0.19 0.18 0.26 0.31 0.27 0.20 0.20 0.37 0.40 0.22 0.56 0.76 0.88 0.67
C8 0.29 0.34 0.40 0.47 0.24 0.32 0.20 0.42 0.19 0.21 0.23 0.34 0.29 0.23 0.23 0.46 0.53 0.28 0.63 0.90 0.97 0.76
N1 0.27 0.32 0.39 0.44 0.23 0.30 0.18 0.37 0.19 0.19 0.21 0.31 0.30 0.20 0.22 0.41 0.47 0.25 0.58 0.76 0.87 0.66
N2 0.44 0.36 0.62 0.65 0.37 0.50 0.33 0.53 0.33 0.36 0.32 0.41 0.39 0.34 0.39 0.63 0.73 0.42 0.71 0.87 0.90 0.74
N3 0.38 0.34 0.55 0.59 0.29 0.43 0.23 0.48 0.22 0.25 0.23 0.37 0.31 0.23 0.30 0.58 0.68 0.35 0.67 0.89 0.93 0.74
N7 0.26 0.34 0.35 0.42 0.23 0.28 0.21 0.39 0.21 0.22 0.26 0.32 0.30 0.25 0.22 0.40 0.45 0.25 0.59 0.86 0.95 0.73
N9 0.34 0.35 0.48 0.54 0.26 0.38 0.19 0.45 0.19 0.21 0.22 0.36 0.28 0.21 0.26 0.54 0.62 0.31 0.66 0.91 0.97 0.76
O2' 0.58 0.42 0.65 0.65 0.45 0.59 0.44 0.63 0.41 0.52 0.33 0.49 0.53 0.52 0.50 0.76 0.75 0.62 0.78 0.94 1.00 0.82
O3' 0.82 0.63 0.78 0.72 0.66 0.78 0.57 0.75 0.49 0.66 0.50 0.71 0.48 0.60 0.71 0.91 0.77 0.87 0.77 0.82 0.85 0.73
O4' 0.43 0.39 0.61 0.68 0.32 0.50 0.25 0.58 0.24 0.28 0.27 0.42 0.31 0.26 0.34 0.65 0.78 0.40 0.76 1.06 1.07 0.87
O5' 0.70 0.72 0.77 0.80 0.66 0.71 0.63 0.77 0.63 0.63 0.66 0.72 0.66 0.63 0.66 0.81 0.88 0.70 0.88 1.09 1.17 0.97
O6 0.28 0.39 0.31 0.37 0.28 0.28 0.26 0.36 0.27 0.25 0.35 0.35 0.30 0.27 0.26 0.36 0.36 0.27 0.54 0.74 0.87 0.67
OP1 0.79 0.73 0.78 0.81 0.72 0.80 0.70 0.87 0.68 0.74 0.67 0.76 0.72 0.73 0.74 0.84 0.84 0.84 0.92 1.13 1.22 1.04
OP2 1.12 1.11 1.16 1.22 1.13 1.16 1.16 1.24 1.17 1.17 1.13 1.11 1.25 1.20 1.13 1.13 1.25 1.14 1.31 1.52 1.62 1.44
P 0.83 0.83 0.90 0.95 0.81 0.86 0.81 0.94 0.82 0.82 0.81 0.84 0.86 0.83 0.81 0.91 1.01 0.84 1.02 1.25 1.34 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.18 0.23 0.36 0.22
C2 0.04 0.00 0.24 0.28 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.32 0.11 0.41 0.51 0.64 0.45
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.12 0.02 0.07 0.10 0.11 0.12 0.18 0.24 0.09 0.08 0.03 0.01 0.02 0.01 0.29 0.37 0.37 0.27
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.19 0.01 0.21 0.02 0.23 0.21 0.26 0.25 0.24 0.22 0.13 0.02 0.01 0.02 0.27 0.39 0.26 0.22
C4 0.02 0.01 0.12 0.19 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.06 0.38 0.41 0.55 0.38
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.06 0.16 0.02 0.01 0.02 0.21 0.25 0.11
C5 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.04 0.46 0.49 0.66 0.48
C5' 0.05 0.21 0.10 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.22 0.19 0.22 0.18 0.25 0.22 0.12 0.07 0.11 0.02 0.01 0.18 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.06 0.48 0.56 0.73 0.53
C8 0.02 0.02 0.12 0.21 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.17 0.08 0.43 0.38 0.54 0.41
N1 0.04 0.01 0.18 0.26 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.26 0.09 0.46 0.56 0.71 0.51
N3 0.04 0.01 0.24 0.25 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.30 0.11 0.36 0.43 0.55 0.38
N6 0.02 0.02 0.09 0.24 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.19 0.05 0.52 0.62 0.80 0.59
N7 0.02 0.02 0.08 0.22 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.17 0.05 0.48 0.49 0.66 0.50
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.02 0.33 0.30 0.46 0.31
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.12 0.16 0.15 0.07 0.16 0.19 0.17 0.18 0.18 0.19 0.10 0.00 0.05 0.12 0.17 0.34 0.37 0.22
O3' 0.16 0.32 0.02 0.01 0.16 0.02 0.14 0.11 0.18 0.17 0.26 0.30 0.19 0.17 0.08 0.05 0.00 0.11 0.27 0.55 0.35 0.32
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.09 0.11 0.05 0.05 0.02 0.12 0.11 0.00 0.14 0.24 0.39 0.27
O5' 0.18 0.41 0.29 0.27 0.38 0.02 0.46 0.01 0.48 0.43 0.46 0.36 0.52 0.48 0.33 0.17 0.27 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.51 0.37 0.39 0.41 0.21 0.49 0.18 0.56 0.38 0.56 0.43 0.62 0.49 0.30 0.34 0.55 0.24 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.64 0.37 0.26 0.55 0.25 0.66 0.25 0.73 0.54 0.71 0.55 0.80 0.66 0.46 0.37 0.35 0.39 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.45 0.27 0.22 0.38 0.11 0.48 0.02 0.53 0.41 0.51 0.38 0.59 0.50 0.31 0.22 0.32 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00