ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23797

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 258, 126, 48, 15, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.032, 0.079, 0.126, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.079 std_dev=0.047
N1 B 0, 0.023, 0.082, 0.141, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.082 std_dev=0.059
N9 A 0, 0.054, 0.140, 0.226, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.140 std_dev=0.086
N3 A 0, 0.041, 0.143, 0.245, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.143 std_dev=0.102
C1' B 0, 0.047, 0.150, 0.253, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.150 std_dev=0.103
C4 B 0, 0.056, 0.166, 0.276, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.166 std_dev=0.110
C5 A 0, 0.057, 0.169, 0.281, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.169 std_dev=0.112
C6 B 0, 0.066, 0.190, 0.313, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.190 std_dev=0.124
C2 B 0, 0.071, 0.196, 0.321, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.196 std_dev=0.125
C1' A 0, 0.084, 0.210, 0.336, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.210 std_dev=0.126
C5 B 0, 0.081, 0.218, 0.355, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.218 std_dev=0.137
N3 B 0, 0.079, 0.220, 0.361, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.220 std_dev=0.141
C6 A 0, 0.080, 0.222, 0.364, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.222 std_dev=0.142
N1 A 0, 0.080, 0.231, 0.383, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.231 std_dev=0.151
C2 A 0, 0.065, 0.218, 0.370, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.218 std_dev=0.152
N4 B 0, 0.084, 0.249, 0.413, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.249 std_dev=0.164
C8 A 0, 0.067, 0.248, 0.429, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.248 std_dev=0.181
N7 A 0, 0.071, 0.268, 0.464, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.268 std_dev=0.196
O6 A 0, 0.112, 0.317, 0.522, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.317 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.091, 0.302, 0.513, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.302 std_dev=0.211
O2 B 0, 0.116, 0.342, 0.567, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.342 std_dev=0.226
N2 A 0, 0.087, 0.337, 0.587, 2.853 max_d=2.853 avg_d=0.337 std_dev=0.250
C2' B 0, 0.075, 0.331, 0.588, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.331 std_dev=0.257
C4' B 0, 0.132, 0.440, 0.748, 2.760 max_d=2.760 avg_d=0.440 std_dev=0.308
C3' B 0, 0.121, 0.451, 0.782, 3.424 max_d=3.424 avg_d=0.451 std_dev=0.330
O4' A 0, 0.037, 0.397, 0.757, 2.470 max_d=2.470 avg_d=0.397 std_dev=0.360
O2' B 0, 0.060, 0.448, 0.836, 4.107 max_d=4.107 avg_d=0.448 std_dev=0.388
C2' A 0, 0.015, 0.406, 0.797, 2.573 max_d=2.573 avg_d=0.406 std_dev=0.391
O3' B 0, 0.178, 0.622, 1.066, 4.000 max_d=4.000 avg_d=0.622 std_dev=0.444
C3' A 0, 0.104, 0.591, 1.078, 3.632 max_d=3.632 avg_d=0.591 std_dev=0.487
C4' A 0, 0.084, 0.578, 1.073, 3.709 max_d=3.709 avg_d=0.578 std_dev=0.494
C5' B 0, 0.216, 0.724, 1.231, 5.713 max_d=5.713 avg_d=0.724 std_dev=0.507
O2' A 0, -0.016, 0.596, 1.207, 4.140 max_d=4.140 avg_d=0.596 std_dev=0.612
O3' A 0, 0.223, 0.852, 1.482, 4.874 max_d=4.874 avg_d=0.852 std_dev=0.629
O5' B 0, 0.157, 0.856, 1.556, 7.412 max_d=7.412 avg_d=0.856 std_dev=0.699
OP2 B 0, 1.398, 2.196, 2.993, 11.723 max_d=11.723 avg_d=2.196 std_dev=0.797
C5' A 0, -0.013, 0.827, 1.666, 5.569 max_d=5.569 avg_d=0.827 std_dev=0.840
P B 0, 0.495, 1.440, 2.386, 10.327 max_d=10.327 avg_d=1.440 std_dev=0.946
OP1 B 0, 2.267, 3.230, 4.193, 10.938 max_d=10.938 avg_d=3.230 std_dev=0.963
O5' A 0, -0.081, 0.969, 2.020, 7.053 max_d=7.053 avg_d=0.969 std_dev=1.050
P A 0, -0.235, 1.235, 2.705, 9.955 max_d=9.955 avg_d=1.235 std_dev=1.470
OP2 A 0, -0.276, 1.405, 3.086, 10.761 max_d=10.761 avg_d=1.405 std_dev=1.681
OP1 A 0, -0.214, 1.539, 3.293, 11.562 max_d=11.562 avg_d=1.539 std_dev=1.754

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.21 0.02 0.29 0.34 0.19
C2 0.04 0.00 0.25 0.25 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.27 0.21 0.45 0.02 0.64 0.54 0.46
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.10 0.12 0.13 0.20 0.30 0.25 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.27 0.10 0.38 0.36 0.26
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.18 0.01 0.21 0.03 0.24 0.21 0.25 0.28 0.22 0.23 0.14 0.02 0.01 0.02 0.28 0.25 0.39 0.28 0.25
C4 0.02 0.01 0.13 0.18 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.11 0.42 0.01 0.53 0.52 0.40
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.11 0.17 0.13 0.22 0.16 0.16 0.07 0.16 0.03 0.01 0.02 0.12 0.21 0.31 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.21 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.05 0.53 0.01 0.66 0.71 0.55
C5' 0.05 0.30 0.10 0.03 0.19 0.01 0.22 0.00 0.24 0.26 0.27 0.37 0.27 0.27 0.14 0.08 0.11 0.02 0.01 0.26 0.24 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.20 0.09 0.54 0.01 0.72 0.75 0.58
C8 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.23 0.18 0.12 0.60 0.02 0.63 0.73 0.60
N1 0.03 0.01 0.20 0.25 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.20 0.23 0.16 0.50 0.01 0.69 0.65 0.51
N2 0.05 0.01 0.30 0.28 0.01 0.22 0.02 0.37 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.33 0.25 0.48 0.03 0.70 0.56 0.51
N3 0.04 0.01 0.25 0.22 0.01 0.16 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.24 0.20 0.40 0.02 0.55 0.47 0.39
N7 0.01 0.01 0.08 0.23 0.01 0.16 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.19 0.08 0.64 0.02 0.74 0.86 0.68
N9 0.01 0.02 0.03 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.02 0.40 0.02 0.44 0.49 0.36
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.13 0.16 0.16 0.08 0.17 0.23 0.20 0.31 0.23 0.23 0.11 0.00 0.06 0.12 0.15 0.19 0.32 0.39 0.22
O3' 0.14 0.27 0.03 0.01 0.14 0.03 0.16 0.11 0.20 0.18 0.23 0.33 0.24 0.19 0.08 0.06 0.00 0.10 0.28 0.22 0.48 0.37 0.30
O4' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.12 0.16 0.25 0.20 0.08 0.02 0.12 0.10 0.00 0.18 0.07 0.25 0.38 0.22
O5' 0.21 0.45 0.27 0.28 0.42 0.02 0.53 0.01 0.54 0.60 0.50 0.48 0.40 0.64 0.40 0.15 0.28 0.18 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.25 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.19 0.22 0.07 0.60 0.00 0.80 0.87 0.66
OP1 0.29 0.64 0.38 0.39 0.53 0.21 0.66 0.24 0.72 0.63 0.69 0.70 0.55 0.74 0.44 0.32 0.48 0.25 0.02 0.80 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.54 0.36 0.28 0.52 0.31 0.71 0.33 0.75 0.73 0.65 0.56 0.47 0.86 0.49 0.39 0.37 0.38 0.02 0.87 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.46 0.26 0.25 0.40 0.10 0.55 0.02 0.58 0.60 0.51 0.51 0.39 0.68 0.36 0.22 0.30 0.22 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.15 0.28 0.30 0.19 0.22 0.18 0.28 0.15 0.15 0.15 0.26 0.20 0.33 0.37 0.20 0.38 0.54 0.61 0.43
C2 0.20 0.16 0.27 0.28 0.24 0.21 0.21 0.26 0.17 0.16 0.20 0.33 0.23 0.31 0.31 0.20 0.36 0.48 0.56 0.39
C2' 0.35 0.30 0.43 0.42 0.27 0.36 0.26 0.39 0.27 0.30 0.27 0.30 0.35 0.47 0.48 0.35 0.43 0.57 0.60 0.46
C3' 0.35 0.31 0.39 0.38 0.30 0.35 0.31 0.38 0.30 0.31 0.29 0.35 0.35 0.45 0.44 0.36 0.43 0.58 0.61 0.46
C4 0.20 0.16 0.26 0.26 0.18 0.19 0.17 0.25 0.14 0.15 0.14 0.25 0.23 0.31 0.31 0.19 0.37 0.51 0.62 0.42
C4' 0.28 0.22 0.36 0.37 0.22 0.30 0.22 0.34 0.21 0.23 0.20 0.27 0.27 0.43 0.45 0.28 0.41 0.58 0.61 0.46
C5 0.24 0.22 0.27 0.27 0.18 0.22 0.18 0.26 0.18 0.20 0.18 0.23 0.29 0.32 0.29 0.22 0.40 0.53 0.68 0.45
C5' 0.43 0.37 0.48 0.49 0.35 0.45 0.37 0.47 0.37 0.38 0.34 0.37 0.41 0.56 0.58 0.43 0.53 0.67 0.70 0.57
C6 0.27 0.27 0.29 0.29 0.19 0.24 0.19 0.27 0.20 0.24 0.22 0.23 0.34 0.34 0.30 0.25 0.42 0.53 0.69 0.45
C8 0.22 0.20 0.26 0.27 0.19 0.21 0.19 0.26 0.18 0.19 0.17 0.24 0.26 0.31 0.31 0.21 0.41 0.55 0.69 0.46
N1 0.24 0.21 0.28 0.27 0.19 0.21 0.17 0.24 0.15 0.18 0.16 0.30 0.31 0.33 0.29 0.21 0.38 0.48 0.61 0.40
N2 0.22 0.23 0.32 0.33 0.33 0.25 0.29 0.30 0.24 0.22 0.31 0.39 0.24 0.34 0.37 0.23 0.37 0.48 0.53 0.39
N3 0.19 0.15 0.28 0.29 0.22 0.21 0.20 0.27 0.16 0.16 0.18 0.30 0.21 0.32 0.34 0.20 0.36 0.50 0.57 0.40
N7 0.25 0.24 0.28 0.29 0.21 0.23 0.22 0.28 0.21 0.23 0.22 0.24 0.30 0.33 0.31 0.24 0.43 0.57 0.73 0.48
N9 0.19 0.16 0.26 0.27 0.17 0.20 0.17 0.26 0.15 0.15 0.14 0.24 0.22 0.31 0.32 0.19 0.38 0.53 0.63 0.43
O2' 0.39 0.33 0.48 0.47 0.31 0.42 0.31 0.45 0.31 0.34 0.31 0.35 0.38 0.54 0.55 0.40 0.47 0.61 0.61 0.51
O3' 0.40 0.34 0.45 0.43 0.31 0.42 0.32 0.43 0.33 0.35 0.30 0.35 0.38 0.52 0.50 0.42 0.46 0.60 0.59 0.48
O4' 0.30 0.25 0.37 0.38 0.24 0.32 0.25 0.36 0.24 0.26 0.23 0.28 0.30 0.43 0.46 0.30 0.44 0.60 0.65 0.49
O5' 0.57 0.54 0.59 0.59 0.57 0.58 0.58 0.60 0.56 0.55 0.54 0.61 0.56 0.64 0.63 0.58 0.64 0.76 0.82 0.68
O6 0.34 0.35 0.35 0.35 0.26 0.31 0.25 0.33 0.28 0.32 0.33 0.25 0.40 0.39 0.35 0.31 0.48 0.59 0.77 0.52
OP1 0.88 0.81 0.90 0.91 0.82 0.91 0.85 0.92 0.85 0.84 0.79 0.85 0.82 0.97 0.97 0.90 0.91 1.01 1.02 0.93
OP2 0.70 0.69 0.68 0.69 0.79 0.70 0.80 0.73 0.75 0.71 0.72 0.87 0.67 0.73 0.70 0.73 0.80 0.90 1.04 0.86
P 0.64 0.60 0.65 0.66 0.63 0.65 0.64 0.67 0.63 0.61 0.59 0.68 0.61 0.73 0.71 0.66 0.70 0.81 0.89 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.15 0.23 0.26 0.15
C2 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.06 0.28 0.36 0.45 0.28
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.06 0.10 0.03 0.09 0.07 0.18 0.00 0.02 0.01 0.21 0.29 0.27 0.21
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.16 0.01 0.18 0.02 0.18 0.09 0.15 0.17 0.17 0.02 0.01 0.02 0.24 0.32 0.23 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.04 0.42 0.53 0.70 0.46
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.07 0.10 0.10 0.11 0.03 0.00 0.02 0.17 0.21 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.19 0.06 0.46 0.56 0.73 0.51
C5' 0.04 0.13 0.06 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.11 0.16 0.20 0.17 0.07 0.08 0.02 0.01 0.18 0.27 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.18 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.17 0.07 0.41 0.45 0.56 0.41
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.08 0.02 0.28 0.33 0.41 0.27
N3 0.02 0.01 0.09 0.15 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.05 0.35 0.45 0.58 0.37
N4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.18 0.04 0.45 0.59 0.79 0.51
O2 0.04 0.01 0.18 0.17 0.01 0.10 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.22 0.10 0.24 0.34 0.38 0.25
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.13 0.11 0.14 0.07 0.13 0.07 0.12 0.14 0.17 0.00 0.07 0.08 0.12 0.29 0.27 0.18
O3' 0.10 0.14 0.02 0.01 0.16 0.03 0.19 0.08 0.17 0.08 0.15 0.18 0.22 0.07 0.00 0.07 0.23 0.43 0.31 0.26
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.10 0.08 0.07 0.00 0.13 0.22 0.27 0.17
O5' 0.15 0.28 0.21 0.24 0.42 0.02 0.46 0.01 0.41 0.28 0.35 0.45 0.24 0.12 0.23 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.36 0.29 0.32 0.53 0.17 0.56 0.18 0.45 0.33 0.45 0.59 0.34 0.29 0.43 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.45 0.27 0.23 0.70 0.21 0.73 0.27 0.56 0.41 0.58 0.79 0.38 0.27 0.31 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.28 0.21 0.21 0.46 0.07 0.51 0.02 0.41 0.27 0.37 0.51 0.25 0.18 0.26 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00