ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23799

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 14, 5, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O6 B 0, -0.299, 0.635, 1.569, 3.990 max_d=3.990 avg_d=0.635 std_dev=0.934
O6 A 0, -0.286, 0.710, 1.706, 3.448 max_d=3.448 avg_d=0.710 std_dev=0.996
N1 A 0, -0.404, 0.696, 1.795, 4.074 max_d=4.074 avg_d=0.696 std_dev=1.099
N1 B 0, -0.431, 0.669, 1.768, 4.234 max_d=4.234 avg_d=0.669 std_dev=1.100
N2 A 0, -0.284, 0.888, 2.060, 4.560 max_d=4.560 avg_d=0.888 std_dev=1.172
C6 B 0, -0.632, 0.657, 1.947, 4.976 max_d=4.976 avg_d=0.657 std_dev=1.290
C6 A 0, -0.580, 0.711, 2.001, 4.607 max_d=4.607 avg_d=0.711 std_dev=1.291
N2 B 0, -0.413, 0.923, 2.260, 4.772 max_d=4.772 avg_d=0.923 std_dev=1.336
C2 A 0, -0.630, 0.795, 2.220, 5.283 max_d=5.283 avg_d=0.795 std_dev=1.425
C2 B 0, -0.667, 0.795, 2.257, 5.326 max_d=5.326 avg_d=0.795 std_dev=1.462
C5 A 0, -1.118, 0.877, 2.871, 7.089 max_d=7.089 avg_d=0.877 std_dev=1.994
C5 B 0, -1.141, 0.884, 2.909, 7.335 max_d=7.335 avg_d=0.884 std_dev=2.025
N3 B 0, -1.223, 0.881, 2.985, 7.482 max_d=7.482 avg_d=0.881 std_dev=2.104
N3 A 0, -1.234, 0.875, 2.984, 7.460 max_d=7.460 avg_d=0.875 std_dev=2.109
C4 B 0, -1.473, 0.913, 3.299, 8.361 max_d=8.361 avg_d=0.913 std_dev=2.386
C4 A 0, -1.502, 0.888, 3.278, 8.374 max_d=8.374 avg_d=0.888 std_dev=2.390
N7 A 0, -1.272, 1.169, 3.609, 8.750 max_d=8.750 avg_d=1.169 std_dev=2.440
N7 B 0, -1.288, 1.235, 3.759, 9.200 max_d=9.200 avg_d=1.235 std_dev=2.523
C8 A 0, -1.701, 1.389, 4.478, 11.022 max_d=11.022 avg_d=1.389 std_dev=3.089
N9 B 0, -1.822, 1.276, 4.374, 10.880 max_d=10.880 avg_d=1.276 std_dev=3.098
N9 A 0, -1.870, 1.230, 4.331, 10.927 max_d=10.927 avg_d=1.230 std_dev=3.100
C8 B 0, -1.676, 1.473, 4.622, 11.251 max_d=11.251 avg_d=1.473 std_dev=3.149
C1' B 0, -2.234, 1.468, 5.169, 13.149 max_d=13.149 avg_d=1.468 std_dev=3.702
C1' A 0, -2.231, 1.499, 5.228, 13.123 max_d=13.123 avg_d=1.499 std_dev=3.729
C2' A 0, -2.265, 1.642, 5.548, 13.930 max_d=13.930 avg_d=1.642 std_dev=3.906
C2' B 0, -2.338, 1.606, 5.550, 14.094 max_d=14.094 avg_d=1.606 std_dev=3.944
O2' A 0, -2.328, 1.827, 5.983, 14.760 max_d=14.760 avg_d=1.827 std_dev=4.155
O2' B 0, -2.445, 1.714, 5.872, 14.893 max_d=14.893 avg_d=1.714 std_dev=4.159
O4' B 0, -2.529, 1.798, 6.125, 15.487 max_d=15.487 avg_d=1.798 std_dev=4.327
O4' A 0, -2.528, 1.837, 6.202, 15.425 max_d=15.425 avg_d=1.837 std_dev=4.365
C3' A 0, -2.557, 1.983, 6.524, 16.264 max_d=16.264 avg_d=1.983 std_dev=4.540
C3' B 0, -2.599, 1.964, 6.526, 16.290 max_d=16.290 avg_d=1.964 std_dev=4.562
C4' B 0, -2.838, 2.048, 6.934, 17.241 max_d=17.241 avg_d=2.048 std_dev=4.886
C4' A 0, -2.838, 2.065, 6.967, 17.399 max_d=17.399 avg_d=2.065 std_dev=4.902
O5' B 0, -2.781, 2.265, 7.311, 18.268 max_d=18.268 avg_d=2.265 std_dev=5.046
OP2 B 0, -2.595, 2.489, 7.572, 19.154 max_d=19.154 avg_d=2.489 std_dev=5.084
O3' A 0, -2.759, 2.348, 7.455, 18.357 max_d=18.357 avg_d=2.348 std_dev=5.107
O3' B 0, -2.853, 2.268, 7.388, 18.363 max_d=18.363 avg_d=2.268 std_dev=5.120
OP2 A 0, -2.567, 2.672, 7.912, 20.611 max_d=20.611 avg_d=2.672 std_dev=5.239
C5' A 0, -2.981, 2.321, 7.623, 18.955 max_d=18.955 avg_d=2.321 std_dev=5.302
O5' A 0, -2.913, 2.407, 7.728, 18.828 max_d=18.828 avg_d=2.407 std_dev=5.321
C5' B 0, -2.953, 2.380, 7.713, 18.874 max_d=18.874 avg_d=2.380 std_dev=5.333
P B 0, -3.025, 2.494, 8.013, 20.309 max_d=20.309 avg_d=2.494 std_dev=5.519
P A 0, -2.935, 2.698, 8.332, 21.041 max_d=21.041 avg_d=2.698 std_dev=5.634
OP1 B 0, -3.393, 2.771, 8.936, 22.449 max_d=22.449 avg_d=2.771 std_dev=6.165
OP1 A 0, -3.278, 3.023, 9.324, 23.039 max_d=23.039 avg_d=3.023 std_dev=6.301

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.14 0.03 0.21 0.39 0.17
C2 0.04 0.00 0.20 0.26 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.31 0.05 0.24 0.01 0.24 0.58 0.29
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.09 0.03 0.06 0.07 0.09 0.13 0.15 0.26 0.21 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.22 0.09 0.23 0.32 0.12
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.13 0.01 0.12 0.02 0.14 0.24 0.20 0.33 0.25 0.20 0.09 0.02 0.01 0.02 0.31 0.15 0.30 0.31 0.20
C4 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.03 0.27 0.02 0.21 0.60 0.32
C4' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.10 0.15 0.11 0.17 0.12 0.14 0.06 0.13 0.02 0.00 0.02 0.12 0.26 0.25 0.10
C5 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.03 0.36 0.02 0.32 0.77 0.45
C5' 0.08 0.26 0.07 0.02 0.23 0.01 0.28 0.00 0.30 0.31 0.29 0.27 0.22 0.32 0.20 0.09 0.10 0.02 0.01 0.33 0.18 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.10 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.16 0.03 0.37 0.01 0.35 0.81 0.48
C8 0.01 0.01 0.13 0.24 0.01 0.15 0.01 0.31 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.26 0.03 0.41 0.03 0.33 0.76 0.47
N1 0.03 0.01 0.15 0.20 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.23 0.05 0.31 0.01 0.28 0.70 0.39
N2 0.06 0.01 0.26 0.33 0.01 0.17 0.02 0.27 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.43 0.07 0.21 0.02 0.28 0.53 0.26
N3 0.04 0.01 0.21 0.25 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.29 0.05 0.21 0.02 0.23 0.51 0.25
N7 0.01 0.01 0.10 0.20 0.01 0.14 0.00 0.32 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.25 0.03 0.44 0.03 0.43 0.89 0.56
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.26 0.02 0.18 0.56 0.29
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.11 0.13 0.08 0.09 0.13 0.08 0.18 0.29 0.21 0.06 0.03 0.00 0.05 0.07 0.16 0.12 0.37 0.28 0.16
O3' 0.06 0.31 0.02 0.01 0.13 0.02 0.13 0.10 0.16 0.26 0.23 0.43 0.29 0.25 0.08 0.05 0.00 0.09 0.31 0.17 0.44 0.31 0.25
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.07 0.09 0.00 0.15 0.04 0.28 0.38 0.22
O5' 0.14 0.24 0.22 0.31 0.27 0.02 0.36 0.01 0.37 0.41 0.31 0.21 0.21 0.44 0.26 0.16 0.31 0.15 0.00 0.41 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.15 0.02 0.12 0.02 0.33 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.17 0.04 0.41 0.00 0.43 0.91 0.56
OP1 0.21 0.24 0.23 0.30 0.21 0.26 0.32 0.18 0.35 0.33 0.28 0.28 0.23 0.43 0.18 0.37 0.44 0.28 0.02 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.58 0.32 0.31 0.60 0.25 0.77 0.25 0.81 0.76 0.70 0.53 0.51 0.89 0.56 0.28 0.31 0.38 0.02 0.91 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.29 0.12 0.20 0.32 0.10 0.45 0.02 0.48 0.47 0.39 0.26 0.25 0.56 0.29 0.16 0.25 0.22 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.32 0.23 0.26 0.18 0.20 0.29 0.28 0.36 0.28 0.31 0.50 0.27 0.38 0.18 0.36 0.31 0.22 0.44 0.54 0.58 0.86 0.60
C2 0.28 0.46 0.36 0.40 0.38 0.28 0.58 0.35 0.72 0.50 0.58 0.62 0.38 0.66 0.34 0.44 0.44 0.25 0.57 0.99 0.71 0.96 0.72
C2' 0.31 0.41 0.31 0.28 0.28 0.27 0.34 0.26 0.43 0.28 0.41 0.54 0.37 0.37 0.25 0.47 0.34 0.32 0.37 0.59 0.49 0.73 0.48
C3' 0.39 0.46 0.35 0.27 0.31 0.33 0.26 0.30 0.32 0.24 0.37 0.62 0.44 0.28 0.29 0.54 0.31 0.41 0.30 0.44 0.40 0.63 0.39
C4 0.30 0.45 0.32 0.29 0.27 0.25 0.31 0.28 0.39 0.29 0.37 0.66 0.41 0.39 0.24 0.47 0.33 0.27 0.39 0.59 0.57 0.86 0.57
C4' 0.27 0.36 0.26 0.24 0.20 0.25 0.19 0.29 0.24 0.21 0.28 0.54 0.33 0.27 0.19 0.42 0.29 0.30 0.35 0.37 0.48 0.73 0.49
C5 0.54 0.72 0.54 0.47 0.51 0.46 0.42 0.43 0.45 0.40 0.58 0.92 0.67 0.42 0.46 0.68 0.50 0.49 0.39 0.52 0.56 0.84 0.54
C5' 0.42 0.50 0.35 0.28 0.35 0.37 0.26 0.39 0.26 0.30 0.38 0.66 0.47 0.28 0.34 0.52 0.30 0.45 0.32 0.27 0.42 0.65 0.44
C6 0.65 0.89 0.70 0.62 0.64 0.57 0.54 0.51 0.58 0.49 0.74 1.11 0.82 0.51 0.58 0.83 0.66 0.57 0.46 0.66 0.60 0.87 0.58
C8 0.50 0.62 0.46 0.39 0.46 0.44 0.38 0.43 0.38 0.38 0.50 0.79 0.59 0.38 0.43 0.60 0.39 0.49 0.37 0.41 0.53 0.81 0.53
N1 0.46 0.68 0.55 0.51 0.46 0.41 0.51 0.39 0.63 0.45 0.60 0.93 0.62 0.57 0.41 0.68 0.56 0.38 0.49 0.88 0.64 0.92 0.63
N2 0.41 0.61 0.47 0.54 0.62 0.43 0.87 0.53 1.04 0.76 0.89 0.60 0.50 0.93 0.57 0.42 0.55 0.41 0.77 1.29 0.87 1.09 0.89
N3 0.22 0.37 0.28 0.33 0.30 0.23 0.49 0.32 0.61 0.43 0.48 0.52 0.31 0.58 0.28 0.37 0.36 0.21 0.53 0.85 0.67 0.93 0.68
N7 0.65 0.82 0.63 0.55 0.64 0.58 0.54 0.55 0.55 0.51 0.70 0.97 0.78 0.49 0.59 0.76 0.55 0.62 0.44 0.51 0.57 0.84 0.56
N9 0.29 0.42 0.28 0.25 0.25 0.25 0.25 0.29 0.31 0.25 0.32 0.61 0.39 0.33 0.23 0.44 0.28 0.29 0.37 0.48 0.54 0.83 0.55
O2' 0.39 0.51 0.43 0.45 0.43 0.38 0.52 0.40 0.61 0.45 0.58 0.59 0.46 0.55 0.40 0.51 0.50 0.39 0.54 0.76 0.65 0.86 0.64
O3' 0.44 0.51 0.42 0.34 0.36 0.39 0.31 0.34 0.37 0.27 0.43 0.67 0.49 0.31 0.34 0.60 0.39 0.46 0.32 0.48 0.39 0.58 0.37
O4' 0.22 0.31 0.23 0.28 0.15 0.24 0.22 0.34 0.25 0.28 0.24 0.51 0.27 0.35 0.17 0.36 0.32 0.25 0.45 0.42 0.60 0.86 0.61
O5' 0.39 0.46 0.38 0.40 0.38 0.40 0.41 0.46 0.42 0.44 0.42 0.60 0.43 0.48 0.38 0.47 0.41 0.41 0.54 0.50 0.72 0.94 0.71
O6 0.91 1.20 0.96 0.87 0.93 0.81 0.80 0.72 0.83 0.73 1.07 1.37 1.11 0.71 0.84 1.07 0.90 0.81 0.61 0.77 0.70 0.92 0.66
OP1 0.47 0.61 0.39 0.30 0.45 0.41 0.39 0.44 0.39 0.41 0.50 0.78 0.57 0.41 0.42 0.56 0.28 0.48 0.46 0.38 0.62 0.86 0.63
OP2 0.97 0.98 0.89 0.86 0.94 0.95 0.92 0.98 0.90 0.96 0.92 1.06 0.97 0.95 0.95 0.95 0.82 1.00 1.07 0.89 1.18 1.32 1.18
P 0.58 0.65 0.49 0.45 0.55 0.55 0.51 0.59 0.50 0.55 0.57 0.80 0.63 0.55 0.55 0.61 0.41 0.61 0.65 0.50 0.81 1.02 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.02 0.18 0.21 0.17
C2 0.04 0.00 0.18 0.20 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.26 0.05 0.19 0.02 0.24 0.30 0.24
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.07 0.02 0.09 0.09 0.14 0.22 0.18 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.13 0.09 0.18 0.13 0.07
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.02 0.15 0.15 0.18 0.23 0.18 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.21 0.16 0.28 0.19 0.16
C4 0.02 0.01 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.14 0.03 0.19 0.01 0.23 0.29 0.24
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.11 0.17 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.02 0.25 0.01 0.29 0.41 0.31
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.10 0.10 0.08 0.13 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.13 0.10 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.03 0.26 0.01 0.31 0.45 0.34
C8 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.17 0.03 0.25 0.02 0.27 0.35 0.29
N1 0.03 0.01 0.14 0.18 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.23 0.04 0.23 0.02 0.28 0.38 0.29
N2 0.05 0.01 0.22 0.23 0.02 0.10 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.24 0.32 0.06 0.17 0.03 0.22 0.28 0.22
N3 0.04 0.00 0.18 0.18 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.22 0.05 0.17 0.02 0.21 0.25 0.21
N7 0.01 0.01 0.07 0.14 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.18 0.03 0.28 0.02 0.32 0.46 0.36
N9 0.00 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.18 0.02 0.22 0.25 0.21
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.09 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.15 0.24 0.17 0.04 0.02 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.15 0.17 0.10
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.04 0.19 0.17 0.23 0.32 0.22 0.18 0.08 0.05 0.00 0.02 0.25 0.21 0.44 0.24 0.26
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.04 0.24 0.28 0.22
O5' 0.11 0.19 0.13 0.21 0.19 0.01 0.25 0.01 0.26 0.25 0.23 0.17 0.17 0.28 0.18 0.06 0.25 0.13 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.16 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.08 0.21 0.04 0.29 0.00 0.36 0.54 0.39
OP1 0.18 0.24 0.18 0.28 0.23 0.11 0.29 0.10 0.31 0.27 0.28 0.22 0.21 0.32 0.22 0.15 0.44 0.24 0.02 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.30 0.13 0.19 0.29 0.17 0.41 0.16 0.45 0.35 0.38 0.28 0.25 0.46 0.25 0.17 0.24 0.28 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.24 0.07 0.16 0.24 0.09 0.31 0.02 0.34 0.29 0.29 0.22 0.21 0.36 0.21 0.10 0.26 0.22 0.01 0.39 0.01 0.01 0.00