ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23847

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 18, 61, 64, 17, 34, 30, 37, 21, 9, 18, 13, 13, 15, 12, 9, 2, 4, 113,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.147, 0.366, 0.585, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.366 std_dev=0.219
C4 B 0, 0.159, 0.391, 0.623, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.391 std_dev=0.232
N3 A 0, 0.260, 0.685, 1.109, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.685 std_dev=0.424
N3 B 0, 0.218, 0.689, 1.160, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.689 std_dev=0.471
C5 A 0, 0.338, 0.816, 1.293, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.816 std_dev=0.478
C5 B 0, 0.235, 0.845, 1.455, 2.770 max_d=2.770 avg_d=0.845 std_dev=0.610
N9 A 0, 0.330, 0.989, 1.648, 3.073 max_d=3.073 avg_d=0.989 std_dev=0.659
C2 A 0, 0.344, 1.032, 1.719, 2.792 max_d=2.792 avg_d=1.032 std_dev=0.688
N9 B 0, 0.354, 1.077, 1.800, 3.641 max_d=3.641 avg_d=1.077 std_dev=0.723
C2 B 0, 0.276, 1.072, 1.867, 3.441 max_d=3.441 avg_d=1.072 std_dev=0.796
C6 A 0, 0.315, 1.122, 1.929, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.122 std_dev=0.807
N7 A 0, 0.576, 1.420, 2.265, 3.708 max_d=3.708 avg_d=1.420 std_dev=0.844
N1 A 0, 0.309, 1.201, 2.093, 3.592 max_d=3.592 avg_d=1.201 std_dev=0.892
C8 A 0, 0.546, 1.444, 2.342, 4.055 max_d=4.055 avg_d=1.444 std_dev=0.898
C6 B 0, 0.197, 1.151, 2.105, 4.202 max_d=4.202 avg_d=1.151 std_dev=0.954
N1 B 0, 0.246, 1.261, 2.276, 4.411 max_d=4.411 avg_d=1.261 std_dev=1.015
N7 B 0, 0.446, 1.499, 2.551, 4.990 max_d=4.990 avg_d=1.499 std_dev=1.052
C8 B 0, 0.500, 1.562, 2.625, 5.147 max_d=5.147 avg_d=1.562 std_dev=1.063
C1' A 0, 0.341, 1.462, 2.583, 4.998 max_d=4.998 avg_d=1.462 std_dev=1.121
C1' B 0, 0.354, 1.557, 2.760, 5.799 max_d=5.799 avg_d=1.557 std_dev=1.203
C2' B 0, 0.721, 2.000, 3.279, 7.064 max_d=7.064 avg_d=2.000 std_dev=1.279
N6 A 0, 0.474, 1.762, 3.050, 5.241 max_d=5.241 avg_d=1.762 std_dev=1.288
C2' A 0, 0.468, 1.980, 3.492, 5.708 max_d=5.708 avg_d=1.980 std_dev=1.512
N6 B 0, 0.283, 1.801, 3.319, 6.814 max_d=6.814 avg_d=1.801 std_dev=1.518
O4' A 0, 0.559, 2.086, 3.613, 6.979 max_d=6.979 avg_d=2.086 std_dev=1.527
O2' B 0, 0.850, 2.436, 4.022, 8.634 max_d=8.634 avg_d=2.436 std_dev=1.586
C3' A 0, 0.756, 2.517, 4.278, 6.308 max_d=6.308 avg_d=2.517 std_dev=1.761
O2' A 0, 0.848, 2.636, 4.423, 7.659 max_d=7.659 avg_d=2.636 std_dev=1.788
O4' B 0, 0.538, 2.363, 4.188, 7.843 max_d=7.843 avg_d=2.363 std_dev=1.825
C3' B 0, 1.070, 2.896, 4.722, 9.190 max_d=9.190 avg_d=2.896 std_dev=1.826
C4' A 0, 0.780, 2.712, 4.644, 8.115 max_d=8.115 avg_d=2.712 std_dev=1.932
O3' B 0, 1.420, 3.441, 5.463, 11.093 max_d=11.093 avg_d=3.441 std_dev=2.022
O3' A 0, 0.996, 3.114, 5.231, 8.396 max_d=8.396 avg_d=3.114 std_dev=2.117
O5' A 0, 1.106, 3.317, 5.528, 10.195 max_d=10.195 avg_d=3.317 std_dev=2.211
C5' A 0, 1.287, 3.583, 5.879, 9.594 max_d=9.594 avg_d=3.583 std_dev=2.296
C4' B 0, 0.789, 3.094, 5.400, 10.110 max_d=10.110 avg_d=3.094 std_dev=2.305
P A 0, 1.903, 4.291, 6.679, 12.485 max_d=12.485 avg_d=4.291 std_dev=2.388
OP2 A 0, 2.151, 4.776, 7.400, 12.911 max_d=12.911 avg_d=4.776 std_dev=2.625
OP1 A 0, 2.322, 5.045, 7.769, 14.816 max_d=14.816 avg_d=5.045 std_dev=2.723
C5' B 0, 1.474, 4.419, 7.365, 12.138 max_d=12.138 avg_d=4.419 std_dev=2.945
O5' B 0, 1.313, 4.541, 7.769, 12.039 max_d=12.039 avg_d=4.541 std_dev=3.228
P B 0, 1.589, 5.767, 9.946, 14.568 max_d=14.568 avg_d=5.767 std_dev=4.179
OP2 B 0, 1.750, 6.169, 10.588, 15.021 max_d=15.021 avg_d=6.169 std_dev=4.419
OP1 B 0, 1.686, 6.297, 10.908, 16.220 max_d=16.220 avg_d=6.297 std_dev=4.611

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.34 0.01 0.27 0.45 0.47 0.32
C2 0.03 0.00 0.40 0.37 0.01 0.32 0.01 0.53 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.43 0.41 0.38 0.62 0.84 1.03 0.78
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.21 0.02 0.12 0.21 0.20 0.20 0.32 0.40 0.15 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.49 0.66 0.71 0.54
C3' 0.02 0.37 0.00 0.00 0.30 0.01 0.37 0.03 0.40 0.37 0.39 0.33 0.43 0.41 0.24 0.02 0.01 0.03 0.34 0.49 0.47 0.31
C4 0.02 0.01 0.21 0.30 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.24 0.20 0.44 0.63 0.83 0.56
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.17 0.30 0.24 0.31 0.18 0.26 0.11 0.31 0.03 0.01 0.02 0.29 0.27 0.11
C5 0.01 0.01 0.12 0.37 0.00 0.15 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.20 0.09 0.53 0.78 1.08 0.74
C5' 0.09 0.53 0.21 0.03 0.27 0.01 0.28 0.00 0.32 0.45 0.43 0.49 0.34 0.42 0.19 0.12 0.23 0.02 0.01 0.24 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.40 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.25 0.17 0.54 0.81 1.14 0.76
C8 0.02 0.02 0.20 0.37 0.01 0.30 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.45 0.20 0.22 0.71 0.91 1.16 0.91
N1 0.03 0.01 0.32 0.39 0.01 0.24 0.01 0.43 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.33 0.29 0.57 0.82 1.09 0.75
N3 0.04 0.00 0.40 0.33 0.00 0.31 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.41 0.38 0.56 0.74 0.88 0.67
N6 0.02 0.01 0.15 0.43 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.37 0.27 0.11 0.60 0.92 1.30 0.87
N7 0.01 0.01 0.12 0.41 0.01 0.26 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.44 0.23 0.12 0.71 0.99 1.31 0.98
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.15 0.02 0.42 0.59 0.76 0.54
O2' 0.02 0.43 0.00 0.02 0.26 0.31 0.32 0.12 0.33 0.45 0.37 0.41 0.37 0.44 0.22 0.00 0.07 0.22 0.35 0.60 0.70 0.45
O3' 0.34 0.41 0.04 0.01 0.24 0.03 0.20 0.23 0.25 0.20 0.33 0.41 0.27 0.23 0.15 0.07 0.00 0.22 0.39 0.60 0.54 0.38
O4' 0.01 0.38 0.02 0.03 0.20 0.01 0.09 0.02 0.17 0.22 0.29 0.38 0.11 0.12 0.02 0.22 0.22 0.00 0.19 0.40 0.38 0.27
O5' 0.27 0.62 0.49 0.34 0.44 0.02 0.53 0.01 0.54 0.71 0.57 0.56 0.60 0.71 0.42 0.35 0.39 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.84 0.66 0.49 0.63 0.29 0.78 0.24 0.81 0.91 0.82 0.74 0.92 0.99 0.59 0.60 0.60 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 1.03 0.71 0.47 0.83 0.27 1.08 0.31 1.14 1.16 1.09 0.88 1.30 1.31 0.76 0.70 0.54 0.38 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.78 0.54 0.31 0.56 0.11 0.74 0.02 0.76 0.91 0.75 0.67 0.87 0.98 0.54 0.45 0.38 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.71 1.00 1.59 1.79 0.94 2.13 0.87 2.28 1.01 1.44 1.14 0.92 1.39 1.17 1.36 1.74 1.79 2.10 2.18 2.67 2.07 2.26
C2 1.10 0.78 1.15 1.09 0.71 1.16 0.66 1.20 0.62 1.04 0.72 0.78 0.83 0.93 0.94 1.36 1.23 1.17 1.27 1.47 1.52 1.41
C2' 1.75 0.99 1.66 1.89 0.94 2.25 0.86 2.45 0.95 1.49 1.10 0.92 1.30 1.18 1.39 1.81 1.93 2.18 2.38 2.93 2.30 2.50
C3' 2.01 0.98 1.96 2.23 1.02 2.62 0.88 2.85 0.95 1.64 1.10 0.98 1.37 1.27 1.55 2.15 2.28 2.49 2.69 3.24 2.58 2.81
C4 0.99 0.69 0.91 0.95 0.55 1.13 0.52 1.18 0.60 0.89 0.74 0.59 0.79 0.74 0.81 1.05 1.01 1.19 1.18 1.50 1.29 1.24
C4' 2.28 1.21 2.24 2.51 1.18 2.94 0.98 3.15 1.10 1.78 1.31 1.21 1.57 1.35 1.74 2.46 2.56 2.79 2.93 3.52 2.78 3.05
C5 0.97 0.74 0.85 0.89 0.54 1.09 0.48 1.11 0.55 0.84 0.72 0.67 0.76 0.74 0.77 1.02 0.99 1.16 1.12 1.29 1.37 1.17
C5' 2.50 1.37 2.51 2.74 1.32 3.19 1.04 3.32 1.21 1.78 1.42 1.43 1.71 1.34 1.85 2.84 2.85 2.98 2.99 3.57 2.77 3.06
C6 1.05 0.72 0.94 1.06 0.57 1.30 0.53 1.41 0.56 1.02 0.74 0.64 0.77 0.87 0.88 1.07 1.19 1.34 1.47 1.51 1.74 1.57
C8 1.57 0.97 1.44 1.47 0.90 1.73 0.75 1.65 0.89 1.10 0.97 1.05 1.26 0.95 1.17 1.69 1.52 1.78 1.48 1.75 1.45 1.42
N1 1.23 0.66 1.17 1.22 0.69 1.41 0.63 1.46 0.60 1.11 0.67 0.70 0.86 0.94 1.02 1.35 1.37 1.43 1.49 1.54 1.68 1.58
N3 0.96 0.81 1.00 1.01 0.62 1.09 0.64 1.22 0.68 1.01 0.82 0.69 0.83 0.89 0.85 1.16 1.07 1.11 1.30 1.67 1.53 1.47
N6 1.38 1.00 1.25 1.48 0.77 1.81 0.72 2.02 0.78 1.33 1.00 0.88 1.02 1.12 1.14 1.33 1.58 1.81 2.11 2.13 2.43 2.26
N7 1.32 1.00 1.20 1.20 0.80 1.42 0.70 1.38 0.80 1.00 0.91 1.02 1.09 0.94 1.00 1.43 1.28 1.48 1.31 1.48 1.54 1.33
N9 1.41 0.85 1.29 1.38 0.79 1.64 0.70 1.67 0.83 1.12 0.94 0.83 1.14 0.91 1.11 1.45 1.40 1.68 1.56 1.93 1.49 1.57
O2' 1.75 1.14 1.68 1.97 1.00 2.33 0.98 2.62 1.09 1.61 1.27 0.99 1.40 1.32 1.43 1.80 2.02 2.22 2.65 3.34 2.69 2.89
O3' 2.12 1.18 2.15 2.47 1.20 2.83 1.09 3.15 1.12 1.83 1.27 1.16 1.45 1.46 1.70 2.32 2.55 2.62 3.05 3.70 3.03 3.27
O4' 2.12 1.20 2.03 2.23 1.15 2.62 0.96 2.75 1.10 1.65 1.30 1.18 1.57 1.28 1.64 2.22 2.25 2.54 2.56 3.07 2.39 2.63
O5' 2.28 1.45 2.34 2.50 1.25 2.87 0.98 2.96 1.24 1.52 1.46 1.47 1.73 1.18 1.64 2.74 2.65 2.66 2.60 3.18 2.44 2.66
OP1 2.67 1.59 2.86 3.03 1.48 3.37 1.08 3.41 1.23 1.72 1.47 1.74 1.69 1.30 1.92 3.40 3.31 3.03 2.96 3.58 2.76 3.03
OP2 1.98 1.62 2.13 2.25 1.25 2.52 1.24 2.62 1.58 1.41 1.70 1.53 2.09 1.39 1.44 2.61 2.48 2.24 2.24 2.78 2.27 2.30
P 2.23 1.55 2.37 2.48 1.22 2.81 0.98 2.86 1.33 1.37 1.56 1.55 1.86 1.13 1.53 2.88 2.71 2.54 2.44 3.06 2.32 2.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.28 0.49 0.48 0.35
C2 0.03 0.00 0.35 0.36 0.01 0.36 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.41 0.32 0.83 1.15 1.19 1.03
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.02 0.10 0.18 0.17 0.17 0.28 0.35 0.13 0.10 0.03 0.00 0.04 0.02 0.43 0.55 0.57 0.44
C3' 0.02 0.36 0.00 0.00 0.27 0.01 0.34 0.03 0.35 0.41 0.35 0.33 0.39 0.42 0.23 0.02 0.01 0.02 0.38 0.47 0.43 0.30
C4 0.02 0.01 0.18 0.27 0.00 0.16 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.23 0.17 0.52 0.78 0.92 0.67
C4' 0.01 0.36 0.02 0.01 0.16 0.00 0.14 0.01 0.17 0.32 0.27 0.35 0.17 0.26 0.10 0.28 0.03 0.01 0.02 0.40 0.29 0.18
C5 0.01 0.01 0.10 0.34 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.20 0.08 0.60 0.93 1.20 0.84
C5' 0.07 0.72 0.18 0.03 0.34 0.01 0.28 0.00 0.37 0.48 0.57 0.67 0.35 0.42 0.17 0.11 0.21 0.02 0.01 0.28 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.35 0.01 0.17 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.27 0.15 0.63 1.03 1.25 0.89
C8 0.01 0.01 0.17 0.41 0.01 0.32 0.01 0.48 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.18 0.19 0.81 1.03 1.32 1.03
N1 0.03 0.00 0.28 0.35 0.01 0.27 0.01 0.57 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.34 0.25 0.73 1.11 1.21 0.96
N3 0.03 0.00 0.35 0.33 0.00 0.35 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.40 0.32 0.75 0.98 1.01 0.88
N6 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.17 0.01 0.35 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.28 0.10 0.67 1.13 1.43 1.00
N7 0.01 0.01 0.10 0.42 0.01 0.26 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.21 0.10 0.79 1.13 1.49 1.10
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.13 0.02 0.47 0.67 0.84 0.60
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.23 0.28 0.29 0.11 0.30 0.34 0.31 0.31 0.33 0.35 0.19 0.00 0.07 0.20 0.27 0.63 0.50 0.39
O3' 0.31 0.41 0.04 0.01 0.23 0.03 0.20 0.21 0.27 0.18 0.34 0.40 0.28 0.21 0.13 0.07 0.00 0.21 0.42 0.68 0.47 0.38
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.19 0.25 0.32 0.10 0.10 0.02 0.20 0.21 0.00 0.26 0.49 0.43 0.35
O5' 0.28 0.83 0.43 0.38 0.52 0.02 0.60 0.01 0.63 0.81 0.73 0.75 0.67 0.79 0.47 0.27 0.42 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 1.15 0.55 0.47 0.78 0.40 0.93 0.28 1.03 1.03 1.11 0.98 1.13 1.13 0.67 0.63 0.68 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 1.19 0.57 0.43 0.92 0.29 1.20 0.38 1.25 1.32 1.21 1.01 1.43 1.49 0.84 0.50 0.47 0.43 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 1.03 0.44 0.30 0.67 0.18 0.84 0.02 0.89 1.03 0.96 0.88 1.00 1.10 0.60 0.39 0.38 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00