ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23954

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 8, 5, 4, 26, 47, 40, 28, 36, 15, 28, 30, 19, 39, 33, 26, 51, 6, 10, 48,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.377, 0.718, 1.060, 2.245 max_d=2.245 avg_d=0.718 std_dev=0.342
N1 B 0, 0.331, 0.679, 1.027, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.679 std_dev=0.348
C6 B 0, 0.480, 0.883, 1.287, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.883 std_dev=0.404
C1' A 0, 0.480, 0.945, 1.409, 3.705 max_d=3.705 avg_d=0.945 std_dev=0.465
C6 A 0, 0.350, 0.821, 1.292, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.821 std_dev=0.471
C2 A 0, 0.534, 1.066, 1.599, 2.993 max_d=2.993 avg_d=1.066 std_dev=0.533
C5 B 0, 0.593, 1.251, 1.908, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.251 std_dev=0.658
C1' B 0, 0.158, 0.819, 1.479, 3.406 max_d=3.406 avg_d=0.819 std_dev=0.661
O4' A 0, 0.341, 1.057, 1.773, 4.500 max_d=4.500 avg_d=1.057 std_dev=0.716
O2 A 0, 0.585, 1.305, 2.025, 3.310 max_d=3.310 avg_d=1.305 std_dev=0.720
C2' A 0, 0.587, 1.311, 2.036, 5.373 max_d=5.373 avg_d=1.311 std_dev=0.724
C5 A 0, 0.373, 1.174, 1.974, 3.765 max_d=3.765 avg_d=1.174 std_dev=0.800
N3 A 0, 0.571, 1.397, 2.223, 4.060 max_d=4.060 avg_d=1.397 std_dev=0.826
C2 B 0, 0.469, 1.371, 2.272, 3.586 max_d=3.586 avg_d=1.371 std_dev=0.901
O4' B 0, 0.360, 1.274, 2.187, 5.112 max_d=5.112 avg_d=1.274 std_dev=0.914
C4 A 0, 0.500, 1.442, 2.384, 4.631 max_d=4.631 avg_d=1.442 std_dev=0.942
C4 B 0, 0.661, 1.607, 2.553, 4.347 max_d=4.347 avg_d=1.607 std_dev=0.946
C2' B 0, 0.201, 1.165, 2.129, 4.424 max_d=4.424 avg_d=1.165 std_dev=0.964
C3' B 0, 0.363, 1.354, 2.344, 5.613 max_d=5.613 avg_d=1.354 std_dev=0.990
C3' A 0, 0.483, 1.488, 2.493, 5.922 max_d=5.922 avg_d=1.488 std_dev=1.005
O2' A 0, 0.767, 1.821, 2.875, 7.654 max_d=7.654 avg_d=1.821 std_dev=1.054
C4' A 0, 0.289, 1.354, 2.419, 6.128 max_d=6.128 avg_d=1.354 std_dev=1.065
N3 B 0, 0.669, 1.747, 2.825, 4.769 max_d=4.769 avg_d=1.747 std_dev=1.078
O5' A 0, 0.392, 1.581, 2.770, 8.655 max_d=8.655 avg_d=1.581 std_dev=1.189
C4' B 0, 0.416, 1.637, 2.857, 6.735 max_d=6.735 avg_d=1.637 std_dev=1.220
C5' A 0, 0.293, 1.538, 2.784, 8.352 max_d=8.352 avg_d=1.538 std_dev=1.246
N4 A 0, 0.587, 1.940, 3.292, 7.243 max_d=7.243 avg_d=1.940 std_dev=1.352
O3' B 0, 0.367, 1.758, 3.149, 7.256 max_d=7.256 avg_d=1.758 std_dev=1.391
O4 B 0, 0.767, 2.170, 3.572, 6.281 max_d=6.281 avg_d=2.170 std_dev=1.402
O3' A 0, 0.749, 2.156, 3.563, 8.635 max_d=8.635 avg_d=2.156 std_dev=1.407
O2 B 0, 0.429, 1.867, 3.305, 5.418 max_d=5.418 avg_d=1.867 std_dev=1.438
O2' B 0, 0.250, 1.842, 3.434, 6.322 max_d=6.322 avg_d=1.842 std_dev=1.592
P A 0, 0.250, 1.914, 3.579, 11.432 max_d=11.432 avg_d=1.914 std_dev=1.665
C5' B 0, 0.698, 2.433, 4.169, 8.830 max_d=8.830 avg_d=2.433 std_dev=1.735
O5' B 0, 0.603, 2.404, 4.205, 9.137 max_d=9.137 avg_d=2.404 std_dev=1.801
OP2 A 0, 0.508, 2.398, 4.288, 11.297 max_d=11.297 avg_d=2.398 std_dev=1.890
OP1 A 0, 0.334, 2.669, 5.004, 13.556 max_d=13.556 avg_d=2.669 std_dev=2.335
P B 0, 0.785, 3.319, 5.854, 11.247 max_d=11.247 avg_d=3.319 std_dev=2.535
OP2 B 0, 0.927, 3.489, 6.051, 11.130 max_d=11.130 avg_d=3.489 std_dev=2.562
OP1 B 0, 0.889, 3.877, 6.865, 12.779 max_d=12.779 avg_d=3.877 std_dev=2.988

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.17 0.31 0.39 0.24
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.13 0.06 0.33 0.35 0.69 0.35
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.09 0.11 0.03 0.09 0.07 0.19 0.01 0.03 0.01 0.25 0.31 0.41 0.27
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.21 0.01 0.22 0.03 0.20 0.13 0.19 0.23 0.17 0.02 0.01 0.02 0.27 0.37 0.33 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.21 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.17 0.04 0.48 0.45 1.02 0.53
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.12 0.07 0.15 0.03 0.01 0.02 0.20 0.25 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.22 0.01 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.06 0.50 0.48 1.04 0.56
C5' 0.05 0.13 0.09 0.03 0.21 0.01 0.23 0.00 0.20 0.12 0.17 0.23 0.11 0.08 0.11 0.02 0.01 0.28 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.16 0.08 0.43 0.40 0.81 0.46
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.09 0.02 0.31 0.33 0.62 0.34
N3 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.14 0.05 0.41 0.39 0.88 0.44
N4 0.02 0.02 0.07 0.23 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.20 0.04 0.51 0.51 1.14 0.58
O2 0.04 0.01 0.19 0.17 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.19 0.22 0.10 0.27 0.35 0.58 0.29
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.18 0.15 0.19 0.08 0.17 0.11 0.17 0.20 0.19 0.00 0.07 0.11 0.17 0.29 0.39 0.21
O3' 0.14 0.13 0.03 0.01 0.17 0.03 0.20 0.11 0.16 0.09 0.14 0.20 0.22 0.07 0.00 0.09 0.29 0.53 0.45 0.30
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.05 0.04 0.10 0.11 0.09 0.00 0.16 0.36 0.35 0.28
O5' 0.17 0.33 0.25 0.27 0.48 0.02 0.50 0.01 0.43 0.31 0.41 0.51 0.27 0.17 0.29 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.35 0.31 0.37 0.45 0.20 0.48 0.28 0.40 0.33 0.39 0.51 0.35 0.29 0.53 0.36 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 0.69 0.41 0.33 1.02 0.25 1.04 0.31 0.81 0.62 0.88 1.14 0.58 0.39 0.45 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.35 0.27 0.24 0.53 0.10 0.56 0.02 0.46 0.34 0.44 0.58 0.29 0.21 0.30 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.99 1.75 1.02 0.60 1.58 0.64 1.24 0.96 1.06 1.24 1.83 2.09 1.00 0.60 1.68 0.78 1.02 1.77 1.57 1.41
C2 1.05 2.23 1.00 0.68 2.34 0.65 1.85 1.15 1.49 1.57 2.55 2.48 0.84 0.61 2.57 0.73 1.38 2.25 2.20 1.91
C2' 0.87 1.61 0.88 0.46 1.51 0.55 1.16 0.88 0.95 1.11 1.74 1.94 0.96 0.49 1.65 0.68 1.00 1.83 1.53 1.41
C3' 0.67 1.26 0.73 0.33 1.25 0.45 0.99 0.72 0.79 0.87 1.38 1.51 0.87 0.38 1.38 0.58 0.84 1.54 1.26 1.17
C4 1.02 2.27 0.89 0.77 2.78 0.80 2.32 1.42 1.84 1.70 2.78 2.30 0.77 0.62 3.07 0.82 1.78 2.58 2.72 2.35
C4' 0.75 1.14 0.78 0.43 1.03 0.63 0.89 0.83 0.77 0.84 1.16 1.38 0.97 0.48 1.10 0.77 0.88 1.44 1.23 1.15
C5 0.93 1.97 0.85 0.74 2.33 0.75 2.02 1.29 1.65 1.53 2.33 1.98 0.78 0.62 2.51 0.74 1.60 2.16 2.33 2.01
C5' 0.63 0.79 0.65 0.41 0.81 0.63 0.78 0.73 0.69 0.65 0.82 0.95 0.91 0.45 0.87 0.73 0.77 1.11 1.02 0.93
C6 0.86 1.76 0.88 0.65 1.86 0.57 1.56 1.00 1.30 1.32 1.97 1.87 0.77 0.61 1.98 0.60 1.20 1.75 1.81 1.55
N1 0.97 1.93 0.98 0.64 1.92 0.59 1.54 1.01 1.27 1.38 2.13 2.18 0.84 0.60 2.07 0.67 1.17 1.90 1.84 1.59
N3 1.06 2.36 0.95 0.74 2.72 0.73 2.19 1.32 1.73 1.69 2.83 2.50 0.78 0.61 3.03 0.78 1.64 2.54 2.58 2.23
N4 1.08 2.36 0.87 0.82 3.15 0.95 2.66 1.64 2.06 1.81 3.01 2.34 0.82 0.63 3.57 0.96 2.07 2.95 3.17 2.75
O2 1.11 2.27 1.05 0.67 2.31 0.67 1.79 1.15 1.45 1.58 2.57 2.61 0.92 0.61 2.56 0.79 1.35 2.31 2.17 1.91
O2' 0.99 1.69 0.95 0.50 1.51 0.66 1.17 0.97 1.00 1.18 1.77 2.07 1.07 0.50 1.63 0.86 1.07 1.95 1.64 1.52
O3' 0.66 1.20 0.67 0.31 1.23 0.50 1.01 0.72 0.81 0.84 1.33 1.43 0.87 0.35 1.38 0.66 0.85 1.54 1.27 1.17
O4' 0.96 1.44 1.01 0.63 1.24 0.74 1.03 0.96 0.93 1.08 1.44 1.73 1.09 0.66 1.29 0.86 0.95 1.52 1.33 1.22
O5' 0.49 0.71 0.66 0.44 0.84 0.39 0.78 0.46 0.65 0.57 0.81 0.80 0.79 0.44 0.92 0.44 0.57 0.86 0.88 0.70
OP1 0.71 0.69 0.63 0.62 0.75 0.82 0.80 0.92 0.72 0.64 0.71 0.83 0.75 0.60 0.81 0.80 0.81 1.10 1.10 0.97
OP2 0.42 0.83 0.51 0.58 1.27 0.64 1.27 0.86 1.04 0.74 1.08 0.76 0.54 0.54 1.40 0.51 0.93 1.04 1.29 1.04
P 0.35 0.38 0.41 0.50 0.63 0.53 0.67 0.60 0.55 0.33 0.50 0.47 0.46 0.60 0.72 0.45 0.57 0.75 0.86 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.33 0.03 0.01 0.28 0.37 0.38 0.23
C2 0.03 0.00 0.20 0.31 0.02 0.18 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.25 0.02 0.17 0.45 0.58 0.59 0.45
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.07 0.02 0.17 0.23 0.21 0.03 0.14 0.36 0.01 0.05 0.08 0.03 0.51 0.63 0.68 0.55
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.38 0.01 0.40 0.03 0.36 0.23 0.35 0.38 0.03 0.01 0.40 0.02 0.29 0.43 0.36 0.28
C4 0.03 0.02 0.07 0.38 0.00 0.17 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.22 0.01 0.05 0.57 0.69 0.78 0.57
C4' 0.02 0.18 0.02 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.25 0.09 0.16 0.32 0.30 0.04 0.18 0.01 0.02 0.24 0.31 0.09
C5 0.02 0.01 0.17 0.40 0.01 0.25 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.30 0.01 0.14 0.69 0.76 0.92 0.71
C5' 0.12 0.33 0.23 0.03 0.35 0.01 0.45 0.00 0.44 0.22 0.34 0.51 0.14 0.24 0.38 0.02 0.01 0.27 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.36 0.01 0.25 0.01 0.44 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.26 0.02 0.18 0.66 0.65 0.78 0.63
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.09 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.14 0.02 0.03 0.41 0.45 0.49 0.34
N3 0.03 0.01 0.14 0.35 0.01 0.16 0.01 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.20 0.02 0.12 0.50 0.65 0.68 0.50
O2 0.05 0.01 0.36 0.38 0.02 0.32 0.02 0.51 0.02 0.02 0.01 0.00 0.33 0.46 0.03 0.30 0.59 0.76 0.76 0.66
O2' 0.02 0.26 0.01 0.03 0.39 0.30 0.43 0.14 0.37 0.23 0.33 0.33 0.00 0.09 0.43 0.21 0.33 0.54 0.73 0.45
O3' 0.33 0.25 0.05 0.01 0.22 0.04 0.30 0.24 0.26 0.14 0.20 0.46 0.09 0.00 0.25 0.24 0.32 0.53 0.53 0.40
O4 0.03 0.02 0.08 0.40 0.01 0.18 0.01 0.38 0.02 0.02 0.02 0.03 0.43 0.25 0.00 0.06 0.60 0.76 0.86 0.62
O4' 0.01 0.17 0.03 0.02 0.05 0.01 0.14 0.02 0.18 0.03 0.12 0.30 0.21 0.24 0.06 0.00 0.23 0.35 0.38 0.27
O5' 0.28 0.45 0.51 0.29 0.57 0.02 0.69 0.01 0.66 0.41 0.50 0.59 0.33 0.32 0.60 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.58 0.63 0.43 0.69 0.24 0.76 0.27 0.65 0.45 0.65 0.76 0.54 0.53 0.76 0.35 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.59 0.68 0.36 0.78 0.31 0.92 0.35 0.78 0.49 0.68 0.76 0.73 0.53 0.86 0.38 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.45 0.55 0.28 0.57 0.09 0.71 0.02 0.63 0.34 0.50 0.66 0.45 0.40 0.62 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00