ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 23957

back

Distances from reference structure (by RMSD)

34, 15, 2, 0, 0, 1, 0, 11, 39, 0, 0, 0, 0, 5, 6, 1, 0, 2, 3, 87,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4' B 0, 0.441, 1.563, 2.684, 4.394 max_d=4.394 avg_d=1.563 std_dev=1.122
N9 A 0, 0.347, 1.533, 2.719, 4.206 max_d=4.206 avg_d=1.533 std_dev=1.186
C8 A 0, 0.417, 1.604, 2.792, 4.322 max_d=4.322 avg_d=1.604 std_dev=1.188
C5 A 0, 0.147, 1.362, 2.577, 3.452 max_d=3.452 avg_d=1.362 std_dev=1.215
C2' A 0, 0.752, 1.967, 3.183, 5.258 max_d=5.258 avg_d=1.967 std_dev=1.215
N7 A 0, 0.367, 1.586, 2.805, 3.988 max_d=3.988 avg_d=1.586 std_dev=1.219
C1' B 0, 0.330, 1.588, 2.846, 3.979 max_d=3.979 avg_d=1.588 std_dev=1.258
N1 B 0, 0.124, 1.400, 2.676, 3.528 max_d=3.528 avg_d=1.400 std_dev=1.276
C4 A 0, 0.090, 1.402, 2.714, 4.072 max_d=4.072 avg_d=1.402 std_dev=1.312
C6 B 0, 0.150, 1.486, 2.822, 3.600 max_d=3.600 avg_d=1.486 std_dev=1.336
O2' A 0, 1.281, 2.655, 4.030, 7.646 max_d=7.646 avg_d=2.655 std_dev=1.374
C6 A 0, 0.162, 1.565, 2.967, 3.676 max_d=3.676 avg_d=1.565 std_dev=1.403
C1' A 0, 0.434, 1.891, 3.349, 5.100 max_d=5.100 avg_d=1.891 std_dev=1.457
C2 B 0, 0.104, 1.570, 3.037, 5.562 max_d=5.562 avg_d=1.570 std_dev=1.467
C5 B 0, 0.292, 1.837, 3.382, 4.485 max_d=4.485 avg_d=1.837 std_dev=1.545
O2 B 0, 0.105, 1.670, 3.236, 6.799 max_d=6.799 avg_d=1.670 std_dev=1.566
N6 A 0, 0.242, 1.825, 3.408, 4.831 max_d=4.831 avg_d=1.825 std_dev=1.583
N3 A 0, 0.096, 1.767, 3.439, 4.986 max_d=4.986 avg_d=1.767 std_dev=1.672
N1 A 0, 0.142, 1.822, 3.501, 5.318 max_d=5.318 avg_d=1.822 std_dev=1.680
N3 B 0, 0.226, 1.950, 3.675, 6.795 max_d=6.795 avg_d=1.950 std_dev=1.725
C4 B 0, 0.380, 2.157, 3.934, 6.458 max_d=6.458 avg_d=2.157 std_dev=1.777
C2 A 0, 0.080, 1.913, 3.746, 6.052 max_d=6.052 avg_d=1.913 std_dev=1.833
C4' B 0, 0.396, 2.270, 4.143, 5.262 max_d=5.262 avg_d=2.270 std_dev=1.873
O3' A 0, 0.946, 2.876, 4.806, 6.795 max_d=6.795 avg_d=2.876 std_dev=1.930
C3' A 0, 0.597, 2.569, 4.542, 5.858 max_d=5.858 avg_d=2.569 std_dev=1.973
O4 B 0, 0.626, 2.765, 4.904, 8.290 max_d=8.290 avg_d=2.765 std_dev=2.139
O4' A 0, 0.583, 2.738, 4.893, 7.173 max_d=7.173 avg_d=2.738 std_dev=2.155
C2' B 0, 0.216, 2.371, 4.527, 5.717 max_d=5.717 avg_d=2.371 std_dev=2.156
O5' B 0, 0.330, 2.517, 4.704, 5.964 max_d=5.964 avg_d=2.517 std_dev=2.187
O2' B 0, 0.452, 2.691, 4.931, 8.005 max_d=8.005 avg_d=2.691 std_dev=2.239
C5' B 0, 0.339, 2.596, 4.854, 5.984 max_d=5.984 avg_d=2.596 std_dev=2.258
OP1 B 0, 0.624, 2.916, 5.209, 7.550 max_d=7.550 avg_d=2.916 std_dev=2.292
C3' B 0, 0.244, 2.596, 4.947, 6.198 max_d=6.198 avg_d=2.596 std_dev=2.351
P B 0, 0.392, 2.753, 5.113, 6.939 max_d=6.939 avg_d=2.753 std_dev=2.360
C4' A 0, 0.611, 3.135, 5.659, 7.597 max_d=7.597 avg_d=3.135 std_dev=2.524
O3' B 0, 0.543, 3.134, 5.725, 7.304 max_d=7.304 avg_d=3.134 std_dev=2.591
OP2 B 0, 0.231, 3.252, 6.272, 8.414 max_d=8.414 avg_d=3.252 std_dev=3.021
C5' A 0, 1.365, 4.647, 7.928, 9.942 max_d=9.942 avg_d=4.647 std_dev=3.281
O5' A 0, 1.247, 4.881, 8.516, 11.658 max_d=11.658 avg_d=4.881 std_dev=3.634
OP1 A 0, 2.018, 6.200, 10.382, 12.928 max_d=12.928 avg_d=6.200 std_dev=4.182
P A 0, 1.828, 6.279, 10.731, 13.539 max_d=13.539 avg_d=6.279 std_dev=4.451
OP2 A 0, 2.130, 7.112, 12.094, 14.140 max_d=14.140 avg_d=7.112 std_dev=4.982

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.20 0.57 0.45 0.27
C2 0.05 0.00 0.28 0.35 0.01 0.45 0.02 0.66 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.55 0.59 0.44 0.71 1.68 1.42 1.19
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.20 0.14 0.14 0.22 0.27 0.12 0.08 0.03 0.01 0.03 0.03 0.37 0.70 0.62 0.45
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.23 0.01 0.28 0.04 0.28 0.42 0.30 0.33 0.32 0.40 0.21 0.02 0.01 0.03 0.37 0.63 0.41 0.33
C4 0.02 0.01 0.15 0.23 0.00 0.20 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.31 0.23 0.43 1.16 0.81 0.70
C4' 0.04 0.45 0.02 0.01 0.20 0.00 0.13 0.01 0.19 0.30 0.34 0.44 0.16 0.24 0.08 0.29 0.03 0.01 0.02 0.28 0.43 0.13
C5 0.02 0.02 0.09 0.28 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.20 0.10 0.53 1.12 0.84 0.74
C5' 0.08 0.66 0.20 0.04 0.24 0.01 0.22 0.00 0.26 0.60 0.48 0.61 0.26 0.51 0.20 0.17 0.20 0.02 0.01 0.37 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.28 0.01 0.19 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.28 0.20 0.55 1.37 1.01 0.89
C8 0.02 0.02 0.14 0.42 0.01 0.30 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.36 0.31 0.22 0.77 0.65 0.94 0.76
N1 0.04 0.01 0.22 0.30 0.01 0.34 0.01 0.48 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.50 0.45 0.34 0.62 1.62 1.27 1.09
N3 0.05 0.01 0.27 0.33 0.01 0.44 0.01 0.61 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.51 0.57 0.44 0.64 1.47 1.24 1.04
N6 0.03 0.02 0.12 0.32 0.02 0.16 0.02 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.42 0.24 0.14 0.61 1.35 1.06 0.93
N7 0.01 0.02 0.08 0.40 0.01 0.24 0.01 0.51 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.36 0.27 0.13 0.76 0.84 1.01 0.82
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.15 0.02 0.40 0.76 0.57 0.46
O2' 0.02 0.55 0.01 0.02 0.35 0.29 0.35 0.17 0.42 0.36 0.50 0.51 0.42 0.36 0.20 0.00 0.07 0.19 0.39 0.72 0.65 0.49
O3' 0.28 0.59 0.03 0.01 0.31 0.03 0.20 0.20 0.28 0.31 0.45 0.57 0.24 0.27 0.15 0.07 0.00 0.18 0.35 0.58 0.51 0.30
O4' 0.01 0.44 0.03 0.03 0.23 0.01 0.10 0.02 0.20 0.22 0.34 0.44 0.14 0.13 0.02 0.19 0.18 0.00 0.16 0.55 0.48 0.31
O5' 0.20 0.71 0.37 0.37 0.43 0.02 0.53 0.01 0.55 0.77 0.62 0.64 0.61 0.76 0.40 0.39 0.35 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.57 1.68 0.70 0.63 1.16 0.28 1.12 0.37 1.37 0.65 1.62 1.47 1.35 0.84 0.76 0.72 0.58 0.55 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 1.42 0.62 0.41 0.81 0.43 0.84 0.29 1.01 0.94 1.27 1.24 1.06 1.01 0.57 0.65 0.51 0.48 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 1.19 0.45 0.33 0.70 0.13 0.74 0.02 0.89 0.76 1.09 1.04 0.93 0.82 0.46 0.49 0.30 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 3.00 3.33 3.70 3.04 3.53 2.02 3.36 1.40 3.22 3.18 3.51 3.30 4.06 2.89 3.68 2.13 1.69 0.68 0.88 0.85
C2 2.83 3.58 3.06 1.98 4.02 1.50 3.80 0.89 3.40 3.28 3.91 3.51 3.42 1.66 4.25 2.04 1.09 0.65 0.53 0.35
C2' 2.74 2.99 3.49 3.04 3.17 1.99 3.01 1.45 2.88 2.86 3.15 2.98 3.76 2.94 3.33 1.96 1.69 0.68 0.93 0.86
C3' 3.41 3.56 4.16 3.82 3.63 2.72 3.46 2.10 3.39 3.45 3.66 3.59 4.42 3.79 3.76 2.63 2.31 1.02 1.46 1.40
C4 2.75 3.26 3.25 2.34 3.58 1.58 3.45 1.01 3.22 3.09 3.50 3.16 3.52 2.01 3.72 1.92 1.37 0.67 0.66 0.62
C4' 3.63 3.83 4.34 3.88 3.88 2.74 3.66 2.00 3.58 3.68 3.94 3.87 4.76 3.93 4.02 2.74 2.17 0.86 1.33 1.24
C5 2.42 2.91 2.84 1.93 3.23 1.33 3.15 0.85 2.95 2.78 3.14 2.80 2.95 1.54 3.33 1.70 1.23 0.67 0.64 0.57
C5' 4.07 4.22 4.71 4.35 4.14 3.22 3.88 2.39 3.84 4.04 4.26 4.31 5.13 4.54 4.26 3.20 2.47 1.04 1.71 1.53
C6 2.30 2.94 2.50 1.49 3.34 1.18 3.24 0.73 2.93 2.74 3.21 2.83 2.64 1.11 3.46 1.67 0.95 0.65 0.55 0.33
C8 2.53 2.75 3.21 2.62 2.91 1.77 2.83 1.32 2.75 2.69 2.87 2.69 3.27 2.29 3.00 1.83 1.66 0.66 0.95 0.89
N1 2.59 3.33 2.71 1.64 3.78 1.37 3.60 0.86 3.19 3.05 3.65 3.25 2.97 1.30 3.98 1.92 0.95 0.64 0.57 0.27
N3 2.91 3.56 3.31 2.31 3.94 1.61 3.74 0.97 3.43 3.31 3.86 3.48 3.69 2.02 4.14 2.05 1.28 0.66 0.57 0.50
N6 1.91 2.52 1.96 1.03 2.90 1.00 2.80 0.74 2.48 2.33 2.78 2.43 2.01 0.74 3.01 1.46 0.75 0.64 0.59 0.24
N7 2.23 2.54 2.78 2.07 2.75 1.41 2.70 1.03 2.59 2.48 2.69 2.46 2.74 1.67 2.82 1.59 1.45 0.67 0.84 0.78
N9 2.80 3.14 3.45 2.72 3.37 1.81 3.24 1.25 3.10 3.02 3.32 3.07 3.70 2.45 3.49 1.98 1.59 0.67 0.83 0.79
O2' 2.46 2.74 3.21 2.75 2.90 1.72 2.70 1.21 2.56 2.57 2.90 2.77 3.56 2.76 3.07 1.68 1.33 0.62 0.69 0.57
O3' 3.37 3.51 4.12 3.85 3.52 2.75 3.32 2.14 3.26 3.37 3.59 3.57 4.37 3.89 3.65 2.61 2.28 0.94 1.38 1.33
O4' 3.44 3.74 4.11 3.46 3.88 2.37 3.67 1.64 3.55 3.58 3.89 3.73 4.58 3.39 4.03 2.50 1.88 0.72 1.08 1.00
O5' 4.49 4.53 5.07 4.80 4.39 3.72 4.16 2.88 4.16 4.39 4.52 4.63 5.35 4.93 4.48 3.70 2.93 1.40 2.20 2.01
OP1 4.92 5.03 5.14 4.78 4.67 3.94 4.34 2.98 4.37 4.78 4.94 5.25 5.55 5.21 4.73 4.11 2.86 1.63 2.21 2.05
OP2 4.94 5.01 5.20 5.14 4.72 4.35 4.42 3.43 4.41 4.77 4.94 5.24 5.31 5.52 4.80 4.35 3.33 1.75 2.80 2.48
P 5.01 5.04 5.35 5.19 4.75 4.26 4.46 3.30 4.48 4.84 4.97 5.23 5.54 5.59 4.82 4.31 3.23 1.67 2.60 2.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.33 0.03 0.01 0.26 0.83 0.60 0.46
C2 0.02 0.00 0.28 0.27 0.01 0.08 0.02 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.02 0.23 0.35 1.34 0.90 0.73
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.05 0.02 0.19 0.22 0.26 0.03 0.20 0.47 0.01 0.03 0.07 0.02 0.52 0.90 0.60 0.63
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.39 0.01 0.39 0.03 0.33 0.23 0.34 0.23 0.03 0.01 0.42 0.04 0.26 0.33 0.27 0.23
C4 0.02 0.01 0.05 0.39 0.00 0.17 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.41 0.16 0.01 0.07 0.37 1.46 0.88 0.64
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.17 0.00 0.29 0.01 0.29 0.09 0.07 0.23 0.35 0.03 0.19 0.01 0.02 0.16 0.46 0.11
C5 0.02 0.02 0.19 0.39 0.01 0.29 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.62 0.22 0.02 0.21 0.42 1.33 0.89 0.56
C5' 0.09 0.21 0.22 0.03 0.26 0.01 0.37 0.00 0.34 0.13 0.19 0.34 0.14 0.23 0.29 0.02 0.01 0.37 0.45 0.02
C6 0.02 0.01 0.26 0.33 0.01 0.29 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.59 0.17 0.02 0.26 0.36 1.18 0.69 0.48
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.12 0.02 0.02 0.30 1.16 0.68 0.57
N3 0.02 0.01 0.20 0.34 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.13 0.02 0.15 0.35 1.47 0.90 0.73
O2 0.04 0.01 0.47 0.23 0.02 0.23 0.02 0.34 0.02 0.02 0.02 0.00 0.49 0.33 0.03 0.41 0.42 1.32 1.08 0.82
O2' 0.03 0.17 0.01 0.03 0.41 0.35 0.62 0.14 0.59 0.22 0.19 0.49 0.00 0.06 0.46 0.23 0.35 0.76 0.51 0.48
O3' 0.33 0.18 0.03 0.01 0.16 0.03 0.22 0.23 0.17 0.12 0.13 0.33 0.06 0.00 0.20 0.23 0.35 0.60 0.34 0.38
O4 0.03 0.02 0.07 0.42 0.01 0.19 0.02 0.29 0.02 0.02 0.02 0.03 0.46 0.20 0.00 0.08 0.39 1.48 0.96 0.64
O4' 0.01 0.23 0.02 0.04 0.07 0.01 0.21 0.02 0.26 0.02 0.15 0.41 0.23 0.23 0.08 0.00 0.16 0.51 0.64 0.32
O5' 0.26 0.35 0.52 0.26 0.37 0.02 0.42 0.01 0.36 0.30 0.35 0.42 0.35 0.35 0.39 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.83 1.34 0.90 0.33 1.46 0.16 1.33 0.37 1.18 1.16 1.47 1.32 0.76 0.60 1.48 0.51 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.60 0.90 0.60 0.27 0.88 0.46 0.89 0.45 0.69 0.68 0.90 1.08 0.51 0.34 0.96 0.64 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.46 0.73 0.63 0.23 0.64 0.11 0.56 0.02 0.48 0.57 0.73 0.82 0.48 0.38 0.64 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00