ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 24225

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.043 std_dev=0.028
N1 A 0, 0.020, 0.048, 0.076, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.048 std_dev=0.028
N9 B 0, 0.020, 0.048, 0.077, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.048 std_dev=0.028
N3 B 0, 0.034, 0.063, 0.093, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.063 std_dev=0.030
C1' B 0, 0.028, 0.057, 0.087, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.057 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.018, 0.051, 0.084, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.051 std_dev=0.033
C6 A 0, 0.022, 0.057, 0.092, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.021, 0.056, 0.091, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.056 std_dev=0.035
C5 A 0, 0.014, 0.051, 0.087, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.051 std_dev=0.036
C5 B 0, 0.033, 0.069, 0.106, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.069 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.027, 0.064, 0.102, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.064 std_dev=0.038
C8 B 0, 0.049, 0.088, 0.127, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.088 std_dev=0.039
N9 A 0, 0.019, 0.058, 0.098, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.058 std_dev=0.040
C2 B 0, 0.040, 0.079, 0.119, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.079 std_dev=0.040
C1' A 0, 0.030, 0.073, 0.116, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.073 std_dev=0.043
C6 B 0, 0.046, 0.092, 0.139, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.092 std_dev=0.047
N7 B 0, 0.055, 0.102, 0.149, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.102 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.046, 0.093, 0.140, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.093 std_dev=0.047
N1 B 0, 0.038, 0.085, 0.133, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.085 std_dev=0.048
C3' B 0, 0.038, 0.087, 0.135, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.087 std_dev=0.048
C8 A 0, 0.025, 0.075, 0.125, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.075 std_dev=0.050
O4' B 0, 0.033, 0.088, 0.142, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.088 std_dev=0.054
N7 A 0, 0.022, 0.076, 0.130, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.076 std_dev=0.054
C4' B 0, 0.028, 0.087, 0.145, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.087 std_dev=0.058
N6 A 0, 0.025, 0.085, 0.145, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.085 std_dev=0.060
N2 B 0, 0.056, 0.118, 0.180, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.118 std_dev=0.062
O6 B 0, 0.070, 0.133, 0.196, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.133 std_dev=0.063
C2' B 0, 0.010, 0.074, 0.138, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.074 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.040, 0.105, 0.170, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.105 std_dev=0.065
O3' B 0, 0.059, 0.125, 0.191, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.125 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.042, 0.114, 0.185, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.114 std_dev=0.072
O5' B 0, 0.062, 0.135, 0.208, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.135 std_dev=0.073
P B 0, 0.078, 0.157, 0.236, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.157 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.033, 0.115, 0.197, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.115 std_dev=0.082
P A 0, 0.083, 0.173, 0.263, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.173 std_dev=0.090
C5' B 0, 0.038, 0.131, 0.223, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.131 std_dev=0.093
O2' B 0, 0.038, 0.131, 0.225, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.131 std_dev=0.093
OP2 B 0, 0.072, 0.168, 0.264, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.168 std_dev=0.096
OP2 A 0, 0.093, 0.189, 0.285, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.189 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.062, 0.160, 0.258, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.160 std_dev=0.098
OP1 A 0, 0.090, 0.190, 0.290, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.190 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.072, 0.183, 0.294, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.183 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.086, 0.205, 0.324, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.205 std_dev=0.119
OP1 B 0, 0.127, 0.262, 0.397, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.262 std_dev=0.135

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.08 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.09 0.12 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.09 0.09 0.10 0.10
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.08 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.10 0.12 0.15 0.12
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.10 0.12 0.14 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.08 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.10 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05
O5' 0.03 0.05 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.10 0.10 0.06 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.09 0.04 0.10 0.09 0.08 0.05 0.12 0.12 0.06 0.07 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.08 0.03 0.06 0.08 0.02 0.12 0.01 0.13 0.10 0.11 0.07 0.15 0.14 0.07 0.04 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.01 0.04 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.06 0.12 0.12 0.06 0.03 0.08 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.10 0.15 0.07 0.09 0.07
C2 0.05 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.06 0.12 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.05 0.06 0.14 0.05 0.07 0.05
C2' 0.05 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.12 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.06 0.08 0.14 0.06 0.08 0.06
C3' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.06 0.12 0.07 0.10 0.06 0.08 0.05 0.07 0.09 0.13 0.07 0.09 0.07
C4 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.07 0.09 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.14 0.06 0.08 0.05
C4' 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.07 0.12 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08 0.09 0.12 0.13 0.10 0.11 0.10
C5 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07 0.08 0.14 0.06 0.08 0.06
C5' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.12 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12
C6 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.10 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.06 0.07 0.14 0.05 0.08 0.05
C8 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.10 0.15 0.07 0.10 0.08
N1 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.11 0.06 0.11 0.08 0.06 0.08 0.05 0.09 0.08 0.06 0.06 0.14 0.05 0.07 0.05
N3 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.12 0.07 0.11 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.14 0.05 0.07 0.05
N6 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.10 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.07 0.08 0.13 0.06 0.08 0.06
N7 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.08 0.10 0.14 0.07 0.09 0.07
N9 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.09 0.14 0.07 0.09 0.07
O2' 0.05 0.07 0.06 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.04 0.12 0.06 0.08 0.05 0.09 0.05 0.05 0.08 0.13 0.06 0.08 0.05
O3' 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.08 0.08 0.05 0.12 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.06 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09
O4' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.13 0.13 0.10 0.11 0.10 0.14 0.11 0.12 0.10 0.11 0.12 0.15 0.09 0.11 0.10
O5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.07 0.10 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.13 0.09 0.12 0.10
OP1 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.13 0.12 0.10 0.14 0.11
OP2 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.13 0.07 0.10 0.07
P 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.12 0.07 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.08 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.01 0.05 0.06 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.10 0.01 0.09 0.10 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.09 0.06 0.03 0.03 0.10 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.11 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.11 0.00 0.11 0.13 0.11
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.07 0.06 0.06
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.09 0.00 0.08 0.11 0.08
N2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.11 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.03
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.01 0.09 0.12 0.09 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.08 0.08
O5' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.09 0.05 0.05 0.12 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.13 0.00 0.14 0.16 0.14
OP1 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.09 0.03 0.11 0.07 0.08 0.04 0.04 0.11 0.04 0.05 0.06 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.10 0.01 0.13 0.06 0.11 0.07 0.06 0.11 0.04 0.04 0.06 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.11 0.06 0.08 0.04 0.03 0.10 0.03 0.03 0.05 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00