ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 24443

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 123, 134, 65, 42, 48, 29, 14, 4, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 3, 15,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.073, 0.180, 0.288, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.180 std_dev=0.107
N1 B 0, 0.005, 0.210, 0.415, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.210 std_dev=0.205
C5 A 0, 0.062, 0.274, 0.487, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.274 std_dev=0.213
N3 A 0, 0.037, 0.298, 0.560, 1.873 max_d=1.873 avg_d=0.298 std_dev=0.262
C6 A 0, 0.081, 0.372, 0.664, 2.373 max_d=2.373 avg_d=0.372 std_dev=0.292
N9 A 0, -0.008, 0.307, 0.623, 2.215 max_d=2.215 avg_d=0.307 std_dev=0.316
C2 A 0, 0.007, 0.419, 0.832, 3.393 max_d=3.393 avg_d=0.419 std_dev=0.413
N1 A 0, 0.026, 0.441, 0.856, 3.616 max_d=3.616 avg_d=0.441 std_dev=0.415
C6 B 0, -0.046, 0.370, 0.785, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.370 std_dev=0.416
C2 B 0, -0.017, 0.411, 0.839, 2.498 max_d=2.498 avg_d=0.411 std_dev=0.428
N6 A 0, 0.100, 0.542, 0.984, 3.349 max_d=3.349 avg_d=0.542 std_dev=0.442
C1' A 0, -0.012, 0.432, 0.876, 3.229 max_d=3.229 avg_d=0.432 std_dev=0.444
N7 A 0, 0.011, 0.455, 0.899, 2.958 max_d=2.958 avg_d=0.455 std_dev=0.444
C2' A 0, 0.082, 0.536, 0.990, 3.298 max_d=3.298 avg_d=0.536 std_dev=0.454
C8 A 0, -0.041, 0.457, 0.955, 3.585 max_d=3.585 avg_d=0.457 std_dev=0.498
N3 B 0, -0.030, 0.521, 1.073, 3.234 max_d=3.234 avg_d=0.521 std_dev=0.551
C4 B 0, -0.066, 0.516, 1.098, 3.366 max_d=3.366 avg_d=0.516 std_dev=0.582
C5 B 0, -0.087, 0.507, 1.101, 3.317 max_d=3.317 avg_d=0.507 std_dev=0.594
C1' B 0, -0.189, 0.416, 1.022, 3.517 max_d=3.517 avg_d=0.416 std_dev=0.606
O4' A 0, -0.081, 0.542, 1.164, 3.815 max_d=3.815 avg_d=0.542 std_dev=0.622
C3' A 0, 0.013, 0.663, 1.313, 4.590 max_d=4.590 avg_d=0.663 std_dev=0.650
O4' B 0, -0.095, 0.562, 1.218, 3.833 max_d=3.833 avg_d=0.562 std_dev=0.657
O2' A 0, 0.005, 0.778, 1.550, 5.477 max_d=5.477 avg_d=0.778 std_dev=0.773
C4' A 0, -0.129, 0.658, 1.445, 4.574 max_d=4.574 avg_d=0.658 std_dev=0.787
O2 B 0, -0.145, 0.685, 1.514, 4.793 max_d=4.793 avg_d=0.685 std_dev=0.829
O3' A 0, 0.045, 0.934, 1.822, 6.053 max_d=6.053 avg_d=0.934 std_dev=0.889
N4 B 0, -0.178, 0.781, 1.740, 5.611 max_d=5.611 avg_d=0.781 std_dev=0.959
C5' A 0, -0.304, 0.779, 1.862, 6.294 max_d=6.294 avg_d=0.779 std_dev=1.083
O5' A 0, -0.357, 0.733, 1.822, 6.003 max_d=6.003 avg_d=0.733 std_dev=1.089
C2' B 0, -0.539, 0.563, 1.665, 6.179 max_d=6.179 avg_d=0.563 std_dev=1.102
C4' B 0, -0.406, 0.754, 1.914, 6.627 max_d=6.627 avg_d=0.754 std_dev=1.160
C3' B 0, -0.681, 0.667, 2.014, 7.527 max_d=7.527 avg_d=0.667 std_dev=1.347
OP1 A 0, -0.516, 0.852, 2.221, 8.500 max_d=8.500 avg_d=0.852 std_dev=1.369
C5' B 0, -0.380, 1.020, 2.419, 7.972 max_d=7.972 avg_d=1.020 std_dev=1.400
P A 0, -0.613, 0.804, 2.220, 7.909 max_d=7.909 avg_d=0.804 std_dev=1.416
O2' B 0, -0.598, 0.843, 2.284, 8.109 max_d=8.109 avg_d=0.843 std_dev=1.441
O5' B 0, -0.303, 1.145, 2.593, 8.067 max_d=8.067 avg_d=1.145 std_dev=1.448
P B 0, -0.205, 1.502, 3.210, 9.839 max_d=9.839 avg_d=1.502 std_dev=1.708
OP2 A 0, -0.752, 1.054, 2.861, 9.954 max_d=9.954 avg_d=1.054 std_dev=1.806
OP2 B 0, 0.229, 2.048, 3.867, 10.198 max_d=10.198 avg_d=2.048 std_dev=1.819
O3' B 0, -0.978, 0.865, 2.708, 10.198 max_d=10.198 avg_d=0.865 std_dev=1.843
OP1 B 0, 0.225, 2.111, 3.997, 10.944 max_d=10.944 avg_d=2.111 std_dev=1.886

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.15 0.26 0.36 0.17
C2 0.03 0.00 0.27 0.25 0.01 0.22 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.30 0.26 0.36 0.75 0.59 0.48
C2' 0.00 0.27 0.00 0.01 0.14 0.02 0.09 0.11 0.13 0.14 0.21 0.26 0.11 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.28 0.36 0.43 0.30
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.20 0.00 0.25 0.03 0.26 0.27 0.26 0.22 0.29 0.29 0.17 0.02 0.01 0.02 0.22 0.28 0.25 0.17
C4 0.02 0.01 0.14 0.20 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.17 0.14 0.27 0.47 0.44 0.26
C4' 0.02 0.22 0.02 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.10 0.22 0.16 0.21 0.11 0.19 0.07 0.20 0.03 0.01 0.02 0.16 0.29 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.19 0.06 0.38 0.46 0.57 0.34
C5' 0.05 0.33 0.11 0.03 0.14 0.01 0.17 0.00 0.17 0.36 0.24 0.30 0.20 0.33 0.14 0.10 0.13 0.02 0.01 0.17 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.26 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.23 0.12 0.37 0.56 0.56 0.35
C8 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.22 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.21 0.14 0.56 0.40 0.73 0.53
N1 0.03 0.00 0.21 0.26 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.27 0.20 0.34 0.69 0.54 0.40
N3 0.03 0.00 0.26 0.22 0.00 0.21 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.28 0.26 0.32 0.67 0.54 0.43
N6 0.02 0.01 0.11 0.29 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.25 0.26 0.09 0.43 0.56 0.67 0.42
N7 0.01 0.01 0.09 0.29 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.28 0.24 0.08 0.56 0.46 0.80 0.55
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.30 0.31 0.44 0.24
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.16 0.20 0.21 0.10 0.22 0.29 0.24 0.26 0.25 0.28 0.14 0.00 0.07 0.14 0.19 0.31 0.46 0.25
O3' 0.17 0.30 0.03 0.01 0.17 0.03 0.19 0.13 0.23 0.21 0.27 0.28 0.26 0.24 0.10 0.07 0.00 0.12 0.25 0.44 0.34 0.26
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.12 0.14 0.20 0.26 0.09 0.08 0.01 0.14 0.12 0.00 0.11 0.29 0.39 0.22
O5' 0.15 0.36 0.28 0.22 0.27 0.02 0.38 0.01 0.37 0.56 0.34 0.32 0.43 0.56 0.30 0.19 0.25 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.75 0.36 0.28 0.47 0.16 0.46 0.17 0.56 0.40 0.69 0.67 0.56 0.46 0.31 0.31 0.44 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.59 0.43 0.25 0.44 0.29 0.57 0.28 0.56 0.73 0.54 0.54 0.67 0.80 0.44 0.46 0.34 0.39 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.48 0.30 0.17 0.26 0.09 0.34 0.02 0.35 0.53 0.40 0.43 0.42 0.55 0.24 0.25 0.26 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 0.61 0.87 0.87 0.57 0.75 0.58 0.72 0.48 0.52 0.57 0.75 0.83 0.99 1.01 0.60 0.85 0.92 0.91 0.82
C2 0.67 0.54 0.70 0.66 0.60 0.68 0.75 0.73 0.74 0.63 0.52 0.71 0.60 0.78 0.64 0.69 0.90 1.24 1.14 1.00
C2' 0.62 0.53 0.88 0.93 0.57 0.78 0.57 0.77 0.46 0.45 0.52 0.81 0.75 1.02 1.13 0.58 0.91 0.99 0.98 0.88
C3' 0.75 0.56 1.08 1.14 0.55 0.96 0.59 0.92 0.51 0.53 0.50 0.80 0.79 1.24 1.41 0.71 1.01 1.09 0.99 0.96
C4 0.31 0.32 0.38 0.41 0.44 0.38 0.51 0.49 0.41 0.28 0.35 0.56 0.47 0.47 0.42 0.33 0.74 0.94 1.00 0.81
C4' 0.85 0.64 1.17 1.18 0.61 1.02 0.67 0.94 0.58 0.62 0.55 0.83 0.89 1.38 1.45 0.80 0.99 1.12 0.95 0.96
C5 0.34 0.35 0.40 0.44 0.29 0.44 0.38 0.60 0.36 0.30 0.34 0.39 0.48 0.47 0.44 0.37 0.84 0.99 1.18 0.94
C5' 0.97 0.64 1.33 1.38 0.60 1.20 0.70 1.09 0.64 0.68 0.52 0.82 0.88 1.56 1.73 0.93 1.08 1.22 0.99 1.03
C6 0.54 0.50 0.57 0.49 0.35 0.53 0.49 0.65 0.51 0.49 0.44 0.38 0.61 0.70 0.47 0.53 0.85 1.14 1.28 1.01
C8 0.67 0.54 0.85 0.99 0.45 0.88 0.47 0.95 0.52 0.55 0.47 0.60 0.65 0.83 1.07 0.69 1.08 0.95 1.20 1.03
N1 0.72 0.59 0.78 0.68 0.52 0.71 0.67 0.75 0.70 0.66 0.51 0.58 0.67 0.89 0.68 0.71 0.89 1.25 1.24 1.02
N3 0.47 0.42 0.48 0.48 0.59 0.49 0.70 0.57 0.61 0.46 0.47 0.71 0.52 0.57 0.45 0.50 0.80 1.11 1.01 0.88
N6 0.66 0.63 0.72 0.64 0.42 0.68 0.52 0.81 0.56 0.58 0.56 0.49 0.78 0.88 0.65 0.64 0.97 1.28 1.50 1.18
N7 0.53 0.46 0.64 0.80 0.40 0.75 0.44 0.90 0.48 0.45 0.46 0.52 0.56 0.63 0.83 0.59 1.09 1.04 1.35 1.13
N9 0.50 0.46 0.67 0.73 0.47 0.62 0.48 0.66 0.40 0.40 0.44 0.64 0.63 0.73 0.82 0.48 0.84 0.87 0.98 0.82
O2' 0.69 0.63 0.91 0.93 0.62 0.81 0.60 0.79 0.49 0.52 0.61 0.85 0.87 1.10 1.13 0.64 0.91 1.01 1.03 0.91
O3' 0.76 0.57 1.08 1.15 0.56 0.99 0.59 0.96 0.51 0.53 0.52 0.81 0.83 1.29 1.46 0.73 1.04 1.17 1.05 1.01
O4' 0.79 0.66 1.06 1.04 0.63 0.89 0.68 0.82 0.58 0.61 0.57 0.82 0.89 1.22 1.21 0.72 0.90 1.00 0.87 0.87
O5' 0.93 0.57 1.30 1.45 0.60 1.24 0.69 1.17 0.65 0.66 0.47 0.82 0.74 1.43 1.80 0.93 1.17 1.22 1.04 1.07
OP1 0.71 0.55 0.99 1.23 0.91 1.14 0.95 1.16 0.74 0.58 0.69 1.13 0.60 1.17 1.72 0.82 1.10 1.46 1.11 1.12
OP2 1.05 0.68 1.25 1.57 0.76 1.50 0.96 1.60 1.00 0.88 0.60 0.84 0.68 1.27 1.84 1.20 1.67 1.77 1.60 1.63
P 0.95 0.51 1.26 1.55 0.62 1.40 0.75 1.38 0.73 0.68 0.43 0.81 0.62 1.38 1.99 1.04 1.33 1.43 1.19 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.18 0.56 0.30 0.23
C2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.06 0.35 0.83 0.57 0.41
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.04 0.11 0.03 0.10 0.07 0.20 0.00 0.03 0.01 0.21 0.35 0.25 0.20
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.16 0.08 0.15 0.15 0.19 0.02 0.01 0.02 0.26 0.33 0.23 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.15 0.04 0.49 1.03 0.90 0.59
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.06 0.09 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.19 0.29 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.18 0.05 0.52 1.04 0.94 0.61
C5' 0.03 0.10 0.04 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.11 0.14 0.20 0.08 0.06 0.06 0.02 0.01 0.24 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.16 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.06 0.46 0.91 0.71 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.34 0.78 0.51 0.38
N3 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.05 0.42 0.95 0.75 0.50
N4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.18 0.04 0.52 1.09 1.03 0.64
O2 0.04 0.01 0.20 0.19 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.23 0.09 0.28 0.75 0.48 0.35
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.09 0.08 0.10 0.06 0.10 0.05 0.10 0.10 0.17 0.00 0.06 0.06 0.09 0.27 0.28 0.13
O3' 0.06 0.15 0.03 0.01 0.15 0.02 0.18 0.06 0.17 0.07 0.16 0.18 0.23 0.06 0.00 0.04 0.24 0.52 0.38 0.27
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.09 0.06 0.04 0.00 0.15 0.55 0.33 0.23
O5' 0.18 0.35 0.21 0.26 0.49 0.02 0.52 0.01 0.46 0.34 0.42 0.52 0.28 0.09 0.24 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 0.83 0.35 0.33 1.03 0.19 1.04 0.24 0.91 0.78 0.95 1.09 0.75 0.27 0.52 0.55 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.57 0.25 0.23 0.90 0.29 0.94 0.39 0.71 0.51 0.75 1.03 0.48 0.28 0.38 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.41 0.20 0.21 0.59 0.07 0.61 0.02 0.50 0.38 0.50 0.64 0.35 0.13 0.27 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00