ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 24453

back

Distances from reference structure (by RMSD)

16, 30, 102, 77, 38, 44, 18, 22, 3, 5, 6, 8, 37, 14, 26, 8, 0, 1, 5, 39,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.097, 0.213, 0.328, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.213 std_dev=0.115
C5 A 0, 0.109, 0.422, 0.736, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.422 std_dev=0.314
N1 B 0, 0.021, 0.365, 0.709, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.365 std_dev=0.344
N3 A 0, 0.167, 0.516, 0.866, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.516 std_dev=0.349
N9 A 0, 0.088, 0.504, 0.919, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.504 std_dev=0.416
C6 A 0, 0.142, 0.613, 1.084, 2.057 max_d=2.057 avg_d=0.613 std_dev=0.471
C2 A 0, 0.180, 0.752, 1.324, 2.562 max_d=2.562 avg_d=0.752 std_dev=0.572
C2 B 0, 0.073, 0.664, 1.255, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.664 std_dev=0.591
C6 B 0, 0.069, 0.679, 1.290, 2.420 max_d=2.420 avg_d=0.679 std_dev=0.610
C1' A 0, 0.101, 0.718, 1.335, 2.399 max_d=2.399 avg_d=0.718 std_dev=0.617
N1 A 0, 0.140, 0.760, 1.381, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.760 std_dev=0.620
N7 A 0, 0.166, 0.789, 1.412, 2.683 max_d=2.683 avg_d=0.789 std_dev=0.623
C2' A 0, 0.174, 0.826, 1.478, 3.255 max_d=3.255 avg_d=0.826 std_dev=0.652
C8 A 0, 0.124, 0.804, 1.484, 2.943 max_d=2.943 avg_d=0.804 std_dev=0.680
N6 A 0, 0.214, 0.931, 1.648, 3.096 max_d=3.096 avg_d=0.931 std_dev=0.717
N3 B 0, 0.066, 0.848, 1.629, 3.180 max_d=3.180 avg_d=0.848 std_dev=0.781
O2' A 0, 0.460, 1.249, 2.037, 4.591 max_d=4.591 avg_d=1.249 std_dev=0.789
C5 B 0, 0.050, 0.938, 1.826, 3.533 max_d=3.533 avg_d=0.938 std_dev=0.888
C4 B 0, 0.006, 0.949, 1.892, 3.686 max_d=3.686 avg_d=0.949 std_dev=0.943
O4' A 0, -0.029, 0.971, 1.971, 4.773 max_d=4.773 avg_d=0.971 std_dev=1.000
C1' B 0, -0.161, 0.873, 1.907, 3.855 max_d=3.855 avg_d=0.873 std_dev=1.034
C3' A 0, 0.167, 1.246, 2.325, 5.715 max_d=5.715 avg_d=1.246 std_dev=1.079
O4' B 0, 0.026, 1.171, 2.316, 5.500 max_d=5.500 avg_d=1.171 std_dev=1.145
O2 B 0, 0.041, 1.219, 2.396, 4.727 max_d=4.727 avg_d=1.219 std_dev=1.177
C4' A 0, -0.037, 1.184, 2.406, 6.180 max_d=6.180 avg_d=1.184 std_dev=1.221
O3' A 0, 0.240, 1.691, 3.142, 6.696 max_d=6.696 avg_d=1.691 std_dev=1.451
O4 B 0, -0.058, 1.446, 2.950, 5.800 max_d=5.800 avg_d=1.446 std_dev=1.504
C2' B 0, -0.488, 1.160, 2.807, 6.288 max_d=6.288 avg_d=1.160 std_dev=1.648
C5' A 0, -0.241, 1.445, 3.130, 8.855 max_d=8.855 avg_d=1.445 std_dev=1.685
O5' A 0, -0.213, 1.530, 3.273, 10.497 max_d=10.497 avg_d=1.530 std_dev=1.743
C4' B 0, -0.201, 1.619, 3.438, 7.528 max_d=7.528 avg_d=1.619 std_dev=1.819
C5' B 0, -0.043, 2.069, 4.182, 9.010 max_d=9.010 avg_d=2.069 std_dev=2.112
O5' B 0, 0.047, 2.160, 4.273, 9.361 max_d=9.361 avg_d=2.160 std_dev=2.113
C3' B 0, -0.561, 1.559, 3.680, 7.714 max_d=7.714 avg_d=1.559 std_dev=2.121
O2' B 0, -0.478, 1.652, 3.781, 8.081 max_d=8.081 avg_d=1.652 std_dev=2.130
P A 0, -0.363, 1.975, 4.313, 13.206 max_d=13.206 avg_d=1.975 std_dev=2.338
OP2 A 0, -0.244, 2.218, 4.679, 13.499 max_d=13.499 avg_d=2.218 std_dev=2.462
P B 0, 0.166, 2.754, 5.342, 11.617 max_d=11.617 avg_d=2.754 std_dev=2.588
OP1 A 0, -0.382, 2.323, 5.029, 15.351 max_d=15.351 avg_d=2.323 std_dev=2.706
OP1 B 0, 0.715, 3.429, 6.143, 12.427 max_d=12.427 avg_d=3.429 std_dev=2.714
O3' B 0, -0.726, 2.023, 4.772, 10.062 max_d=10.062 avg_d=2.023 std_dev=2.749
OP2 B 0, 0.310, 3.279, 6.248, 12.487 max_d=12.487 avg_d=3.279 std_dev=2.969

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.29 0.01 0.27 0.33 0.41 0.29
C2 0.05 0.00 0.38 0.30 0.01 0.24 0.01 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.28 0.34 0.33 0.31 0.50 0.65 0.42
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.21 0.02 0.13 0.20 0.20 0.17 0.31 0.37 0.16 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.46 0.56 0.59 0.49
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.28 0.01 0.36 0.03 0.38 0.35 0.35 0.26 0.42 0.39 0.23 0.02 0.01 0.03 0.21 0.33 0.25 0.20
C4 0.02 0.01 0.21 0.28 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.17 0.37 0.49 0.68 0.45
C4' 0.03 0.24 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.09 0.30 0.16 0.24 0.12 0.26 0.10 0.28 0.04 0.01 0.02 0.19 0.21 0.07
C5 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.11 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.23 0.08 0.56 0.73 0.95 0.69
C5' 0.09 0.33 0.20 0.03 0.16 0.01 0.25 0.00 0.21 0.51 0.23 0.32 0.28 0.47 0.21 0.10 0.20 0.02 0.01 0.19 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.38 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.26 0.15 0.50 0.70 0.94 0.64
C8 0.02 0.02 0.17 0.35 0.01 0.30 0.01 0.51 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.41 0.22 0.20 0.82 0.93 1.09 0.94
N1 0.04 0.01 0.31 0.35 0.01 0.16 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.22 0.30 0.26 0.36 0.55 0.77 0.48
N3 0.05 0.01 0.37 0.26 0.01 0.24 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.28 0.34 0.33 0.30 0.45 0.57 0.38
N6 0.03 0.02 0.16 0.42 0.01 0.12 0.02 0.28 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.27 0.30 0.11 0.61 0.87 1.12 0.79
N7 0.02 0.02 0.09 0.39 0.01 0.26 0.01 0.47 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.27 0.11 0.82 1.02 1.24 1.00
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.14 0.02 0.46 0.54 0.68 0.52
O2' 0.03 0.28 0.01 0.02 0.16 0.28 0.25 0.10 0.22 0.41 0.22 0.28 0.27 0.39 0.19 0.00 0.08 0.20 0.32 0.47 0.62 0.40
O3' 0.29 0.34 0.03 0.01 0.22 0.04 0.23 0.20 0.26 0.22 0.30 0.34 0.30 0.27 0.14 0.08 0.00 0.21 0.27 0.45 0.40 0.31
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.20 0.26 0.33 0.11 0.11 0.02 0.20 0.21 0.00 0.14 0.26 0.28 0.21
O5' 0.27 0.31 0.46 0.21 0.37 0.02 0.56 0.01 0.50 0.82 0.36 0.30 0.61 0.82 0.46 0.32 0.27 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.50 0.56 0.33 0.49 0.19 0.73 0.19 0.70 0.93 0.55 0.45 0.87 1.02 0.54 0.47 0.45 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.65 0.59 0.25 0.68 0.21 0.95 0.27 0.94 1.09 0.77 0.57 1.12 1.24 0.68 0.62 0.40 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.42 0.49 0.20 0.45 0.07 0.69 0.02 0.64 0.94 0.48 0.38 0.79 1.00 0.52 0.40 0.31 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.85 0.75 1.17 1.34 0.74 1.04 0.83 0.91 0.68 0.62 0.66 1.12 1.11 1.54 1.01 0.81 0.88 1.00 0.96 0.90
C2 1.05 0.70 1.01 0.82 0.66 0.98 0.89 1.07 0.98 0.89 0.55 0.80 1.45 0.83 0.80 1.07 1.11 1.46 1.30 1.26
C2' 0.80 0.66 1.18 1.41 0.74 1.09 0.80 1.00 0.67 0.55 0.64 1.02 1.14 1.69 1.04 0.80 0.97 1.02 1.12 0.96
C3' 1.10 0.72 1.58 1.88 0.70 1.49 0.77 1.27 0.69 0.70 0.56 1.12 1.57 2.31 1.08 1.09 1.09 1.03 1.09 0.95
C4 0.43 0.33 0.51 0.71 0.53 0.59 0.60 0.65 0.51 0.34 0.41 0.50 0.62 0.73 0.67 0.53 0.72 1.00 1.01 0.80
C4' 1.32 0.84 1.85 2.07 0.79 1.64 0.84 1.32 0.73 0.83 0.61 1.29 1.95 2.53 1.24 1.24 1.08 1.01 0.99 0.93
C5 0.51 0.40 0.62 0.93 0.40 0.78 0.42 0.89 0.42 0.37 0.42 0.55 0.72 0.93 0.58 0.63 0.99 1.13 1.41 1.04
C5' 1.64 0.92 2.26 2.62 0.82 2.14 0.78 1.78 0.80 1.02 0.64 1.33 2.42 3.25 1.35 1.60 1.38 1.14 1.13 1.03
C6 0.85 0.63 0.87 0.91 0.38 0.89 0.55 0.99 0.63 0.66 0.47 0.81 1.25 0.96 0.58 0.86 1.08 1.34 1.56 1.21
C8 0.93 0.69 1.30 1.73 0.63 1.39 0.59 1.36 0.60 0.69 0.62 0.86 1.02 1.83 0.89 1.02 1.33 1.12 1.47 1.15
N1 1.12 0.76 1.14 0.99 0.53 1.06 0.76 1.12 0.90 0.91 0.52 0.92 1.62 1.06 0.73 1.10 1.14 1.46 1.44 1.27
N3 0.76 0.51 0.69 0.57 0.67 0.70 0.85 0.80 0.85 0.67 0.52 0.61 1.03 0.54 0.78 0.81 0.88 1.26 1.08 1.05
N6 1.07 0.82 1.13 1.21 0.52 1.16 0.67 1.27 0.73 0.80 0.64 1.11 1.52 1.33 0.79 1.06 1.36 1.59 1.98 1.55
N7 0.78 0.60 1.05 1.52 0.59 1.27 0.56 1.37 0.61 0.61 0.61 0.73 0.83 1.55 0.82 0.93 1.45 1.32 1.78 1.38
N9 0.63 0.55 0.94 1.22 0.62 0.93 0.63 0.86 0.49 0.45 0.54 0.80 0.77 1.33 0.85 0.68 0.85 0.90 1.00 0.78
O2' 0.83 0.79 1.11 1.23 0.83 1.03 0.94 1.03 0.82 0.66 0.77 1.17 1.16 1.44 1.07 0.84 1.11 1.22 1.35 1.23
O3' 1.03 0.75 1.46 1.74 0.74 1.39 0.78 1.17 0.64 0.64 0.63 1.18 1.51 2.23 1.11 1.01 1.00 1.05 1.03 0.94
O4' 1.21 0.86 1.67 1.81 0.80 1.41 0.89 1.13 0.76 0.81 0.63 1.29 1.68 2.10 1.19 1.09 0.97 1.01 0.95 0.91
O5' 1.75 0.94 2.40 2.94 0.74 2.41 0.69 2.16 0.94 1.15 0.66 1.23 2.38 3.53 1.25 1.78 1.80 1.47 1.58 1.40
OP1 2.09 1.03 2.71 3.45 0.76 3.07 0.78 2.91 1.13 1.36 0.68 1.32 2.84 4.31 1.27 2.27 2.40 2.16 2.12 1.99
OP2 2.10 1.08 2.66 3.53 0.78 3.12 1.05 3.18 1.51 1.54 0.75 1.17 2.48 4.02 1.10 2.35 2.93 2.65 2.90 2.63
P 2.11 1.03 2.75 3.53 0.66 3.05 0.76 2.90 1.22 1.42 0.61 1.26 2.75 4.27 1.16 2.28 2.47 2.08 2.22 2.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.24 0.03 0.01 0.18 0.62 0.29 0.26
C2 0.03 0.00 0.21 0.22 0.02 0.14 0.02 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.21 0.02 0.19 0.35 0.93 0.66 0.43
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.17 0.20 0.03 0.16 0.37 0.00 0.03 0.08 0.02 0.36 0.49 0.37 0.40
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.31 0.01 0.34 0.02 0.32 0.19 0.26 0.26 0.02 0.01 0.32 0.02 0.20 0.40 0.22 0.19
C4 0.03 0.02 0.06 0.31 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.18 0.01 0.05 0.43 1.09 0.93 0.49
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.22 0.08 0.13 0.26 0.25 0.03 0.14 0.01 0.02 0.23 0.24 0.07
C5 0.02 0.02 0.15 0.34 0.01 0.20 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.27 0.01 0.14 0.52 1.11 0.94 0.60
C5' 0.07 0.28 0.17 0.02 0.22 0.01 0.29 0.00 0.29 0.12 0.27 0.46 0.10 0.17 0.25 0.02 0.01 0.23 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.32 0.01 0.22 0.01 0.29 0.00 0.01 0.02 0.02 0.34 0.24 0.02 0.20 0.49 0.99 0.72 0.54
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.10 0.02 0.02 0.27 0.83 0.50 0.33
N3 0.03 0.01 0.16 0.26 0.01 0.13 0.01 0.27 0.02 0.01 0.00 0.02 0.24 0.16 0.02 0.14 0.39 1.04 0.82 0.46
O2 0.05 0.01 0.37 0.26 0.02 0.26 0.02 0.46 0.02 0.02 0.02 0.00 0.36 0.37 0.03 0.32 0.50 0.98 0.76 0.60
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.29 0.25 0.36 0.10 0.34 0.17 0.24 0.36 0.00 0.06 0.31 0.18 0.26 0.39 0.35 0.32
O3' 0.24 0.21 0.03 0.01 0.18 0.03 0.27 0.17 0.24 0.10 0.16 0.37 0.06 0.00 0.21 0.17 0.26 0.69 0.34 0.34
O4 0.03 0.02 0.08 0.32 0.01 0.14 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.03 0.31 0.21 0.00 0.06 0.46 1.14 1.04 0.54
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.05 0.01 0.14 0.02 0.20 0.02 0.14 0.32 0.18 0.17 0.06 0.00 0.13 0.58 0.32 0.23
O5' 0.18 0.35 0.36 0.20 0.43 0.02 0.52 0.01 0.49 0.27 0.39 0.50 0.26 0.26 0.46 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 0.93 0.49 0.40 1.09 0.23 1.11 0.23 0.99 0.83 1.04 0.98 0.39 0.69 1.14 0.58 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.66 0.37 0.22 0.93 0.24 0.94 0.37 0.72 0.50 0.82 0.76 0.35 0.34 1.04 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.43 0.40 0.19 0.49 0.07 0.60 0.02 0.54 0.33 0.46 0.60 0.32 0.34 0.54 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00