ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 25339

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 15, 48, 63, 45, 6, 4, 69, 8, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.075, 0.171, 0.266, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.171 std_dev=0.095
N3 B 0, 0.155, 0.271, 0.388, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.271 std_dev=0.117
N1 B 0, 0.044, 0.162, 0.281, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.162 std_dev=0.119
N9 A 0, 0.200, 0.349, 0.497, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.349 std_dev=0.149
N3 A 0, 0.134, 0.288, 0.443, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.288 std_dev=0.155
C2 B 0, 0.197, 0.372, 0.548, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.372 std_dev=0.175
C2 A 0, 0.163, 0.358, 0.553, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.358 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.187, 0.382, 0.578, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.382 std_dev=0.195
C3' B 0, 0.247, 0.457, 0.666, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.457 std_dev=0.210
C8 A 0, 0.258, 0.493, 0.728, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.493 std_dev=0.235
N1 A 0, 0.329, 0.573, 0.816, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.573 std_dev=0.244
C1' B 0, 0.090, 0.334, 0.578, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.334 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.246, 0.498, 0.750, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.498 std_dev=0.252
O4 B 0, 0.261, 0.521, 0.782, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.521 std_dev=0.260
C4' B 0, 0.125, 0.387, 0.650, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.387 std_dev=0.262
C5 A 0, 0.117, 0.408, 0.698, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.408 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.189, 0.492, 0.795, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.492 std_dev=0.303
C1' A 0, 0.347, 0.682, 1.016, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.682 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.131, 0.479, 0.827, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.479 std_dev=0.348
C5 B 0, 0.294, 0.642, 0.990, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.642 std_dev=0.348
N7 A 0, 0.218, 0.596, 0.974, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.596 std_dev=0.378
O3' B 0, 0.395, 0.780, 1.165, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.780 std_dev=0.385
C6 A 0, 0.223, 0.611, 1.000, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.611 std_dev=0.388
O2 B 0, 0.372, 0.763, 1.154, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.763 std_dev=0.391
O2' B 0, 0.265, 0.819, 1.373, 2.469 max_d=2.469 avg_d=0.819 std_dev=0.554
C5' B 0, 0.260, 0.827, 1.393, 3.371 max_d=3.371 avg_d=0.827 std_dev=0.567
C2' A 0, 0.705, 1.299, 1.892, 2.708 max_d=2.708 avg_d=1.299 std_dev=0.594
N6 A 0, 0.297, 0.928, 1.560, 2.180 max_d=2.180 avg_d=0.928 std_dev=0.632
O4' A 0, 0.597, 1.270, 1.944, 3.266 max_d=3.266 avg_d=1.270 std_dev=0.673
O5' B 0, 0.252, 1.084, 1.916, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.084 std_dev=0.832
C3' A 0, 0.639, 1.526, 2.413, 3.837 max_d=3.837 avg_d=1.526 std_dev=0.887
O3' A 0, 1.007, 1.987, 2.968, 5.137 max_d=5.137 avg_d=1.987 std_dev=0.980
C4' A 0, 0.622, 1.678, 2.735, 4.066 max_d=4.066 avg_d=1.678 std_dev=1.057
OP1 B 0, 0.916, 2.071, 3.226, 6.412 max_d=6.412 avg_d=2.071 std_dev=1.155
P B 0, 0.420, 1.629, 2.838, 6.103 max_d=6.103 avg_d=1.629 std_dev=1.209
O2' A 0, 0.610, 1.987, 3.365, 4.228 max_d=4.228 avg_d=1.987 std_dev=1.378
OP2 B 0, 0.857, 2.318, 3.779, 7.875 max_d=7.875 avg_d=2.318 std_dev=1.461
OP1 A 0, 3.318, 4.900, 6.483, 10.584 max_d=10.584 avg_d=4.900 std_dev=1.582
C5' A 0, 0.613, 2.277, 3.940, 5.830 max_d=5.830 avg_d=2.277 std_dev=1.663
O5' A 0, 1.838, 3.507, 5.176, 7.807 max_d=7.807 avg_d=3.507 std_dev=1.669
P A 0, 2.712, 4.614, 6.517, 9.756 max_d=9.756 avg_d=4.614 std_dev=1.903
OP2 A 0, 2.743, 4.963, 7.182, 10.546 max_d=10.546 avg_d=4.963 std_dev=2.219

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.37 0.01 0.36 0.45 0.50 0.35
C2 0.04 0.00 0.36 0.23 0.01 0.18 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.48 0.46 0.31 0.58 0.82 1.02 0.76
C2' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.20 0.02 0.12 0.23 0.19 0.17 0.30 0.35 0.16 0.10 0.04 0.00 0.03 0.02 0.60 0.77 0.61 0.60
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.24 0.01 0.34 0.02 0.35 0.39 0.29 0.19 0.40 0.42 0.24 0.02 0.01 0.02 0.42 0.48 0.52 0.37
C4 0.02 0.01 0.20 0.24 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.26 0.17 0.56 0.75 0.91 0.67
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.26 0.14 0.18 0.16 0.24 0.11 0.33 0.03 0.01 0.02 0.31 0.29 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.34 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.15 0.08 0.65 0.91 1.08 0.81
C5' 0.07 0.26 0.23 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.21 0.29 0.23 0.24 0.24 0.29 0.12 0.10 0.24 0.02 0.01 0.36 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.35 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.44 0.21 0.14 0.67 0.97 1.17 0.87
C8 0.02 0.02 0.17 0.39 0.01 0.26 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.45 0.20 0.19 0.64 0.87 0.95 0.73
N1 0.03 0.01 0.30 0.29 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.46 0.33 0.25 0.63 0.92 1.13 0.84
N3 0.04 0.00 0.35 0.19 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.48 0.31 0.52 0.72 0.90 0.66
N6 0.02 0.01 0.16 0.40 0.01 0.16 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.48 0.19 0.10 0.72 1.07 1.29 0.95
N7 0.02 0.02 0.10 0.42 0.01 0.24 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.47 0.21 0.11 0.70 1.00 1.14 0.86
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.25 0.16 0.02 0.52 0.67 0.77 0.57
O2' 0.03 0.48 0.00 0.02 0.33 0.33 0.40 0.10 0.44 0.45 0.46 0.44 0.48 0.47 0.25 0.00 0.06 0.23 0.49 0.72 0.64 0.52
O3' 0.37 0.46 0.03 0.01 0.26 0.03 0.15 0.24 0.21 0.20 0.33 0.48 0.19 0.21 0.16 0.06 0.00 0.24 0.44 0.69 0.71 0.49
O4' 0.01 0.31 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.02 0.14 0.19 0.25 0.31 0.10 0.11 0.02 0.23 0.24 0.00 0.28 0.39 0.40 0.26
O5' 0.36 0.58 0.60 0.42 0.56 0.02 0.65 0.01 0.67 0.64 0.63 0.52 0.72 0.70 0.52 0.49 0.44 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.82 0.77 0.48 0.75 0.31 0.91 0.36 0.97 0.87 0.92 0.72 1.07 1.00 0.67 0.72 0.69 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 1.02 0.61 0.52 0.91 0.29 1.08 0.38 1.17 0.95 1.13 0.90 1.29 1.14 0.77 0.64 0.71 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.76 0.60 0.37 0.67 0.10 0.81 0.02 0.87 0.73 0.84 0.66 0.95 0.86 0.57 0.52 0.49 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.29 0.31 0.43 0.32 0.34 0.31 0.42 0.30 0.30 0.31 0.31 0.28 0.79 0.37 0.60 0.30 0.41 0.50 0.36
C2 0.36 0.27 0.30 0.30 0.25 0.32 0.25 0.41 0.27 0.28 0.26 0.30 0.37 0.60 0.25 0.52 0.27 0.40 0.44 0.36
C2' 0.60 0.56 0.35 0.42 0.60 0.49 0.62 0.59 0.62 0.59 0.57 0.53 0.32 0.77 0.61 0.80 0.49 0.56 0.57 0.59
C3' 0.47 0.48 0.33 0.38 0.53 0.40 0.48 0.51 0.45 0.45 0.54 0.51 0.29 0.76 0.59 0.70 0.34 0.52 0.45 0.45
C4 0.34 0.25 0.26 0.35 0.27 0.31 0.25 0.38 0.25 0.26 0.27 0.28 0.22 0.65 0.31 0.52 0.28 0.32 0.47 0.33
C4' 0.39 0.23 0.48 0.64 0.30 0.49 0.27 0.55 0.27 0.25 0.30 0.27 0.47 1.01 0.39 0.61 0.46 0.68 0.63 0.50
C5 0.32 0.27 0.24 0.34 0.31 0.33 0.28 0.38 0.26 0.26 0.30 0.29 0.16 0.55 0.36 0.49 0.32 0.32 0.48 0.36
C5' 0.45 0.30 0.56 0.76 0.39 0.59 0.36 0.65 0.35 0.32 0.37 0.34 0.54 1.12 0.48 0.65 0.60 0.78 0.77 0.63
C6 0.30 0.23 0.23 0.31 0.26 0.35 0.24 0.40 0.23 0.23 0.26 0.25 0.20 0.46 0.29 0.46 0.32 0.35 0.47 0.37
C8 0.35 0.32 0.27 0.40 0.40 0.32 0.36 0.38 0.32 0.30 0.38 0.33 0.15 0.64 0.47 0.52 0.35 0.33 0.51 0.39
N1 0.29 0.23 0.21 0.25 0.22 0.32 0.20 0.40 0.21 0.22 0.24 0.28 0.25 0.46 0.24 0.46 0.27 0.31 0.45 0.34
N3 0.37 0.26 0.32 0.36 0.24 0.32 0.25 0.41 0.27 0.28 0.25 0.29 0.35 0.70 0.26 0.55 0.27 0.41 0.46 0.36
N6 0.36 0.29 0.33 0.38 0.32 0.42 0.31 0.44 0.31 0.31 0.31 0.29 0.33 0.44 0.34 0.46 0.40 0.50 0.52 0.44
N7 0.35 0.34 0.27 0.39 0.42 0.35 0.38 0.40 0.33 0.32 0.39 0.34 0.17 0.56 0.47 0.50 0.37 0.38 0.51 0.42
N9 0.35 0.28 0.27 0.39 0.33 0.31 0.30 0.38 0.28 0.28 0.32 0.30 0.21 0.70 0.38 0.54 0.30 0.32 0.49 0.35
O2' 1.05 0.98 0.50 0.49 1.06 0.91 1.13 1.04 1.13 1.06 0.99 0.89 0.45 0.64 1.05 1.28 0.94 1.10 0.94 1.08
O3' 0.75 0.46 0.39 0.44 0.46 0.85 0.58 0.99 0.66 0.61 0.42 0.42 0.51 0.66 0.44 1.06 0.76 1.13 0.66 0.91
O4' 0.45 0.23 0.56 0.72 0.33 0.57 0.35 0.62 0.36 0.31 0.28 0.23 0.56 1.05 0.40 0.63 0.58 0.72 0.76 0.60
O5' 0.66 0.60 0.83 0.96 0.67 0.73 0.66 0.75 0.64 0.61 0.64 0.62 0.79 1.26 0.74 0.75 0.81 0.84 1.00 0.81
OP1 1.03 1.00 1.16 1.31 1.09 1.11 1.10 1.16 1.07 1.02 1.04 0.99 1.10 1.56 1.14 1.09 1.26 1.24 1.40 1.27
OP2 1.29 1.24 1.32 1.44 1.27 1.34 1.29 1.37 1.29 1.26 1.25 1.25 1.26 1.62 1.29 1.37 1.42 1.49 1.67 1.46
P 0.93 0.86 1.05 1.19 0.91 1.02 0.92 1.05 0.91 0.88 0.88 0.88 1.01 1.45 0.96 1.02 1.10 1.11 1.30 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.11 0.39 0.23 0.14
C2 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.02 0.05 0.21 0.61 0.57 0.27
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.10 0.20 0.01 0.02 0.08 0.01 0.10 0.15 0.19 0.10
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.03 0.13 0.07 0.13 0.18 0.02 0.01 0.14 0.02 0.12 0.21 0.18 0.11
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.01 0.05 0.32 0.84 0.89 0.42
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.07 0.08 0.07 0.03 0.11 0.01 0.02 0.12 0.22 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.02 0.07 0.34 0.86 0.86 0.43
C5' 0.04 0.12 0.02 0.03 0.22 0.01 0.25 0.00 0.21 0.12 0.17 0.10 0.07 0.04 0.24 0.02 0.01 0.19 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.02 0.07 0.29 0.73 0.64 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.20 0.58 0.48 0.24
N3 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.17 0.01 0.05 0.27 0.73 0.75 0.35
O2 0.05 0.01 0.20 0.18 0.02 0.08 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.20 0.23 0.02 0.08 0.17 0.53 0.49 0.23
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.03 0.11 0.20 0.00 0.05 0.08 0.06 0.06 0.13 0.15 0.06
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.15 0.03 0.16 0.04 0.15 0.07 0.17 0.23 0.05 0.00 0.18 0.02 0.15 0.48 0.29 0.17
O4 0.03 0.02 0.08 0.14 0.01 0.11 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.18 0.00 0.06 0.34 0.90 0.99 0.46
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.06 0.00 0.11 0.41 0.18 0.14
O5' 0.11 0.21 0.10 0.12 0.32 0.02 0.34 0.01 0.29 0.20 0.27 0.17 0.06 0.15 0.34 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.61 0.15 0.21 0.84 0.12 0.86 0.19 0.73 0.58 0.73 0.53 0.13 0.48 0.90 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.57 0.19 0.18 0.89 0.22 0.86 0.37 0.64 0.48 0.75 0.49 0.15 0.29 0.99 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.10 0.11 0.42 0.03 0.43 0.02 0.33 0.24 0.35 0.23 0.06 0.17 0.46 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00