ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 25344

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 82, 164, 145, 67, 11, 23, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.038, 0.112, 0.187, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.112 std_dev=0.075
N1 B 0, 0.069, 0.148, 0.228, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.148 std_dev=0.079
C4 B 0, 0.142, 0.255, 0.367, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.255 std_dev=0.113
N3 B 0, 0.154, 0.282, 0.410, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.282 std_dev=0.128
C1' B 0, 0.158, 0.286, 0.415, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.286 std_dev=0.128
N9 A 0, 0.117, 0.251, 0.385, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.251 std_dev=0.134
C2 B 0, 0.179, 0.331, 0.482, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.331 std_dev=0.152
N3 A 0, 0.059, 0.213, 0.367, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.213 std_dev=0.154
C5 A 0, 0.100, 0.276, 0.451, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.276 std_dev=0.176
N4 B 0, 0.229, 0.405, 0.581, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.405 std_dev=0.176
C6 B 0, 0.149, 0.356, 0.564, 2.182 max_d=2.182 avg_d=0.356 std_dev=0.208
C2 A 0, 0.095, 0.307, 0.518, 2.415 max_d=2.415 avg_d=0.307 std_dev=0.212
N1 A 0, 0.129, 0.349, 0.569, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.349 std_dev=0.220
C1' A 0, 0.132, 0.357, 0.583, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.357 std_dev=0.225
C6 A 0, 0.112, 0.345, 0.577, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.345 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.222, 0.459, 0.695, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.459 std_dev=0.237
C2' B 0, 0.185, 0.435, 0.685, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.435 std_dev=0.250
C8 A 0, 0.156, 0.418, 0.680, 2.947 max_d=2.947 avg_d=0.418 std_dev=0.262
O4' B 0, 0.170, 0.439, 0.708, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.439 std_dev=0.269
N7 A 0, 0.139, 0.447, 0.755, 2.610 max_d=2.610 avg_d=0.447 std_dev=0.308
O2' B 0, 0.306, 0.625, 0.945, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.625 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.316, 0.644, 0.971, 2.760 max_d=2.760 avg_d=0.644 std_dev=0.328
C4' B 0, 0.147, 0.490, 0.834, 3.916 max_d=3.916 avg_d=0.490 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.176, 0.529, 0.883, 3.409 max_d=3.409 avg_d=0.529 std_dev=0.353
N6 A 0, 0.154, 0.524, 0.894, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.524 std_dev=0.370
C2' A 0, 0.446, 0.888, 1.330, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.888 std_dev=0.442
O3' B 0, 0.283, 0.774, 1.266, 4.275 max_d=4.275 avg_d=0.774 std_dev=0.491
O4' A 0, 0.377, 0.892, 1.406, 4.710 max_d=4.710 avg_d=0.892 std_dev=0.514
C5' B 0, 0.165, 0.785, 1.404, 5.451 max_d=5.451 avg_d=0.785 std_dev=0.620
O2' A 0, 0.783, 1.515, 2.246, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.515 std_dev=0.731
C4' A 0, 0.635, 1.378, 2.122, 5.547 max_d=5.547 avg_d=1.378 std_dev=0.743
C3' A 0, 0.740, 1.548, 2.356, 4.540 max_d=4.540 avg_d=1.548 std_dev=0.808
O5' B 0, 0.344, 1.210, 2.075, 7.380 max_d=7.380 avg_d=1.210 std_dev=0.866
C5' A 0, 0.928, 1.810, 2.692, 8.156 max_d=8.156 avg_d=1.810 std_dev=0.882
O5' A 0, 0.931, 2.078, 3.225, 9.220 max_d=9.220 avg_d=2.078 std_dev=1.147
P B 0, 0.580, 1.774, 2.968, 9.036 max_d=9.036 avg_d=1.774 std_dev=1.194
O3' A 0, 1.137, 2.497, 3.858, 5.385 max_d=5.385 avg_d=2.497 std_dev=1.361
OP1 B 0, 0.703, 2.121, 3.538, 9.212 max_d=9.212 avg_d=2.121 std_dev=1.417
OP2 B 0, 0.699, 2.264, 3.828, 9.589 max_d=9.589 avg_d=2.264 std_dev=1.565
P A 0, 1.159, 2.911, 4.663, 11.734 max_d=11.734 avg_d=2.911 std_dev=1.752
OP1 A 0, 2.011, 4.010, 6.010, 13.572 max_d=13.572 avg_d=4.010 std_dev=2.000
OP2 A 0, 0.983, 3.219, 5.456, 11.867 max_d=11.867 avg_d=3.219 std_dev=2.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.32 0.52 0.55 0.33
C2 0.04 0.00 0.45 0.43 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.33 0.49 0.30 0.58 0.98 0.89 0.64
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.24 0.02 0.13 0.19 0.22 0.21 0.36 0.45 0.17 0.12 0.03 0.01 0.03 0.02 0.45 0.58 0.82 0.50
C3' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.33 0.01 0.38 0.03 0.43 0.34 0.45 0.38 0.45 0.38 0.23 0.02 0.01 0.02 0.34 0.49 0.72 0.38
C4 0.02 0.01 0.24 0.33 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.26 0.15 0.61 0.99 0.91 0.69
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.24 0.15 0.17 0.17 0.23 0.10 0.28 0.03 0.01 0.02 0.31 0.39 0.11
C5 0.02 0.01 0.13 0.38 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.28 0.23 0.06 0.79 1.31 1.17 0.96
C5' 0.08 0.25 0.19 0.03 0.15 0.01 0.21 0.00 0.22 0.33 0.22 0.23 0.26 0.32 0.14 0.09 0.21 0.02 0.01 0.38 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.43 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.31 0.13 0.79 1.35 1.22 0.98
C8 0.02 0.02 0.21 0.34 0.01 0.24 0.01 0.33 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.25 0.19 0.92 1.37 1.17 1.06
N1 0.03 0.01 0.36 0.45 0.01 0.15 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.41 0.23 0.68 1.17 1.07 0.81
N3 0.04 0.00 0.45 0.38 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.46 0.30 0.51 0.85 0.78 0.54
N6 0.03 0.01 0.17 0.45 0.02 0.17 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.32 0.33 0.08 0.89 1.56 1.39 1.15
N7 0.01 0.02 0.12 0.38 0.01 0.23 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.26 0.11 0.97 1.57 1.36 1.20
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.12 0.01 0.61 0.93 0.84 0.67
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.21 0.28 0.28 0.09 0.28 0.39 0.29 0.32 0.32 0.39 0.20 0.00 0.07 0.20 0.29 0.49 0.76 0.36
O3' 0.29 0.49 0.03 0.01 0.26 0.03 0.23 0.21 0.31 0.25 0.41 0.46 0.33 0.26 0.12 0.07 0.00 0.20 0.30 0.58 0.87 0.41
O4' 0.01 0.30 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.02 0.13 0.19 0.23 0.30 0.08 0.11 0.01 0.20 0.20 0.00 0.28 0.50 0.40 0.28
O5' 0.32 0.58 0.45 0.34 0.61 0.02 0.79 0.01 0.79 0.92 0.68 0.51 0.89 0.97 0.61 0.29 0.30 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 0.98 0.58 0.49 0.99 0.31 1.31 0.38 1.35 1.37 1.17 0.85 1.56 1.57 0.93 0.49 0.58 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.55 0.89 0.82 0.72 0.91 0.39 1.17 0.38 1.22 1.17 1.07 0.78 1.39 1.36 0.84 0.76 0.87 0.40 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.64 0.50 0.38 0.69 0.11 0.96 0.02 0.98 1.06 0.81 0.54 1.15 1.20 0.67 0.36 0.41 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.22 0.33 0.43 0.26 0.38 0.26 0.41 0.28 0.25 0.25 0.29 0.24 0.34 0.66 0.46 0.39 0.49 0.48 0.44
C2 0.33 0.29 0.41 0.46 0.31 0.36 0.32 0.37 0.32 0.30 0.30 0.32 0.31 0.39 0.62 0.38 0.36 0.46 0.51 0.40
C2' 0.46 0.35 0.49 0.55 0.38 0.53 0.42 0.56 0.44 0.40 0.36 0.39 0.34 0.53 0.76 0.59 0.54 0.64 0.71 0.63
C3' 0.64 0.59 0.53 0.56 0.63 0.62 0.64 0.65 0.65 0.61 0.61 0.65 0.57 0.58 0.74 0.76 0.62 0.71 0.78 0.71
C4 0.30 0.22 0.30 0.37 0.24 0.32 0.24 0.34 0.26 0.24 0.24 0.27 0.24 0.31 0.56 0.42 0.30 0.39 0.39 0.34
C4' 0.44 0.34 0.41 0.52 0.36 0.50 0.36 0.54 0.38 0.36 0.37 0.40 0.35 0.46 0.77 0.58 0.50 0.63 0.58 0.55
C5 0.32 0.23 0.23 0.28 0.26 0.31 0.27 0.33 0.28 0.26 0.26 0.29 0.23 0.24 0.44 0.44 0.29 0.35 0.35 0.33
C5' 0.53 0.45 0.47 0.56 0.50 0.58 0.49 0.62 0.50 0.48 0.49 0.54 0.45 0.53 0.79 0.67 0.58 0.70 0.62 0.62
C6 0.30 0.22 0.22 0.25 0.24 0.28 0.24 0.28 0.25 0.24 0.24 0.26 0.23 0.23 0.38 0.39 0.25 0.31 0.31 0.28
C8 0.35 0.27 0.24 0.31 0.33 0.36 0.34 0.40 0.34 0.31 0.32 0.37 0.26 0.25 0.50 0.51 0.38 0.44 0.43 0.44
N1 0.29 0.27 0.31 0.34 0.28 0.28 0.27 0.29 0.27 0.26 0.28 0.29 0.29 0.29 0.46 0.34 0.27 0.35 0.37 0.29
N3 0.32 0.25 0.39 0.46 0.27 0.37 0.28 0.38 0.29 0.27 0.27 0.29 0.27 0.38 0.65 0.40 0.36 0.46 0.50 0.40
N6 0.36 0.26 0.23 0.25 0.29 0.33 0.31 0.34 0.32 0.30 0.28 0.30 0.25 0.26 0.31 0.45 0.34 0.37 0.39 0.37
N7 0.37 0.30 0.22 0.27 0.35 0.36 0.36 0.40 0.37 0.33 0.33 0.38 0.28 0.23 0.43 0.51 0.38 0.43 0.43 0.44
N9 0.32 0.23 0.29 0.36 0.26 0.35 0.27 0.37 0.28 0.25 0.26 0.30 0.24 0.30 0.58 0.46 0.34 0.43 0.42 0.39
O2' 0.37 0.36 0.53 0.61 0.37 0.46 0.36 0.48 0.36 0.34 0.39 0.40 0.40 0.55 0.86 0.45 0.51 0.63 0.70 0.59
O3' 0.57 0.50 0.62 0.72 0.54 0.66 0.56 0.70 0.57 0.53 0.53 0.57 0.49 0.69 1.00 0.69 0.67 0.84 0.84 0.74
O4' 0.43 0.28 0.47 0.60 0.30 0.56 0.32 0.59 0.35 0.34 0.29 0.33 0.29 0.51 0.83 0.57 0.57 0.69 0.60 0.59
O5' 0.90 0.95 0.72 0.70 1.01 0.80 0.98 0.80 0.94 0.93 1.01 1.06 0.95 0.75 0.78 0.97 0.81 0.81 0.86 0.87
OP1 1.52 1.63 1.28 1.24 1.73 1.37 1.68 1.39 1.62 1.59 1.71 1.79 1.60 1.24 1.17 1.57 1.42 1.40 1.46 1.45
OP2 1.33 1.52 1.20 1.17 1.63 1.17 1.57 1.18 1.48 1.44 1.62 1.71 1.49 1.14 1.18 1.34 1.26 1.25 1.38 1.32
P 1.13 1.27 0.90 0.87 1.38 0.98 1.32 1.00 1.25 1.22 1.36 1.45 1.24 0.87 0.86 1.19 1.05 1.04 1.14 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.20 0.19 0.34 0.23
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.11 0.04 0.40 0.33 0.71 0.45
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.03 0.07 0.06 0.16 0.00 0.02 0.01 0.21 0.25 0.33 0.19
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.15 0.06 0.10 0.12 0.16 0.02 0.01 0.01 0.27 0.33 0.40 0.24
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.03 0.56 0.47 1.12 0.68
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.14 0.26 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.04 0.59 0.48 1.16 0.71
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.19 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.16 0.05 0.52 0.39 0.91 0.59
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.39 0.30 0.65 0.43
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.04 0.49 0.41 0.92 0.58
N4 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.15 0.04 0.60 0.53 1.26 0.75
O2 0.04 0.01 0.16 0.16 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.19 0.07 0.32 0.28 0.55 0.35
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.07 0.06 0.15 0.00 0.05 0.05 0.06 0.20 0.28 0.12
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.04 0.16 0.06 0.12 0.15 0.19 0.05 0.00 0.02 0.22 0.45 0.51 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.15 0.20 0.30 0.22
O5' 0.20 0.40 0.21 0.27 0.56 0.02 0.59 0.01 0.52 0.39 0.49 0.60 0.32 0.06 0.22 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.33 0.25 0.33 0.47 0.14 0.48 0.19 0.39 0.30 0.41 0.53 0.28 0.20 0.45 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.71 0.33 0.40 1.12 0.26 1.16 0.29 0.91 0.65 0.92 1.26 0.55 0.28 0.51 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.45 0.19 0.24 0.68 0.07 0.71 0.02 0.59 0.43 0.58 0.75 0.35 0.12 0.27 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00