ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 25345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

9, 129, 145, 103, 56, 12, 4, 1, 0, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.030, 0.113, 0.196, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.113 std_dev=0.083
C4 B 0, 0.043, 0.128, 0.214, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.128 std_dev=0.086
N1 B 0, 0.060, 0.199, 0.339, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.199 std_dev=0.139
N9 A 0, 0.066, 0.212, 0.358, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.212 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.087, 0.246, 0.405, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.246 std_dev=0.159
C1' B 0, 0.082, 0.245, 0.407, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.245 std_dev=0.163
N9 B 0, 0.062, 0.227, 0.391, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.227 std_dev=0.165
N3 A 0, 0.050, 0.220, 0.390, 1.682 max_d=1.682 avg_d=0.220 std_dev=0.170
N3 B 0, 0.057, 0.232, 0.408, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.232 std_dev=0.176
C1' A 0, 0.170, 0.354, 0.539, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.354 std_dev=0.185
N1 A 0, 0.172, 0.364, 0.555, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.364 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.165, 0.364, 0.563, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.364 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.060, 0.260, 0.460, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.260 std_dev=0.200
C5 A 0, 0.034, 0.249, 0.465, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.249 std_dev=0.216
C2 B 0, 0.042, 0.265, 0.487, 3.017 max_d=3.017 avg_d=0.265 std_dev=0.223
C6 A 0, 0.123, 0.347, 0.571, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.347 std_dev=0.224
C2 A 0, 0.082, 0.311, 0.541, 2.417 max_d=2.417 avg_d=0.311 std_dev=0.230
O4' B 0, 0.087, 0.366, 0.644, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.366 std_dev=0.279
O2' B 0, 0.208, 0.498, 0.789, 1.982 max_d=1.982 avg_d=0.498 std_dev=0.290
N6 B 0, 0.115, 0.410, 0.704, 2.599 max_d=2.599 avg_d=0.410 std_dev=0.295
C8 A 0, 0.041, 0.357, 0.673, 2.978 max_d=2.978 avg_d=0.357 std_dev=0.316
C8 B 0, 0.057, 0.414, 0.771, 4.332 max_d=4.332 avg_d=0.414 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.100, 0.460, 0.820, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.460 std_dev=0.360
N7 A 0, 0.026, 0.395, 0.764, 2.905 max_d=2.905 avg_d=0.395 std_dev=0.369
N6 A 0, 0.138, 0.515, 0.892, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.515 std_dev=0.377
N7 B 0, 0.061, 0.456, 0.850, 4.625 max_d=4.625 avg_d=0.456 std_dev=0.395
C5' B 0, 0.186, 0.632, 1.079, 2.694 max_d=2.694 avg_d=0.632 std_dev=0.447
C3' B 0, 0.033, 0.548, 1.063, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.548 std_dev=0.515
O5' B 0, 0.210, 0.807, 1.404, 3.900 max_d=3.900 avg_d=0.807 std_dev=0.597
P B 0, 0.368, 1.142, 1.916, 5.499 max_d=5.499 avg_d=1.142 std_dev=0.774
O4' A 0, 1.121, 1.900, 2.680, 3.355 max_d=3.355 avg_d=1.900 std_dev=0.780
O3' B 0, -0.066, 0.875, 1.817, 4.336 max_d=4.336 avg_d=0.875 std_dev=0.942
C2' A 0, 1.306, 2.305, 3.304, 3.684 max_d=3.684 avg_d=2.305 std_dev=0.999
OP1 B 0, 0.393, 1.411, 2.430, 6.546 max_d=6.546 avg_d=1.411 std_dev=1.019
C4' A 0, 1.572, 2.629, 3.686, 4.216 max_d=4.216 avg_d=2.629 std_dev=1.057
OP2 B 0, 0.441, 1.562, 2.683, 6.646 max_d=6.646 avg_d=1.562 std_dev=1.121
C3' A 0, 1.903, 3.191, 4.478, 4.430 max_d=4.430 avg_d=3.191 std_dev=1.287
O2' A 0, 1.541, 3.030, 4.518, 5.201 max_d=5.201 avg_d=3.030 std_dev=1.489
O3' A 0, 2.483, 4.205, 5.926, 6.045 max_d=6.045 avg_d=4.205 std_dev=1.722
C5' A 0, 2.850, 4.805, 6.761, 6.863 max_d=6.863 avg_d=4.805 std_dev=1.955
O5' A 0, 3.166, 5.436, 7.705, 7.939 max_d=7.939 avg_d=5.436 std_dev=2.269
P A 0, 4.185, 7.276, 10.368, 10.892 max_d=10.892 avg_d=7.276 std_dev=3.092
OP1 A 0, 3.980, 7.080, 10.180, 11.718 max_d=11.718 avg_d=7.080 std_dev=3.100
OP2 A 0, 5.217, 8.885, 12.553, 12.779 max_d=12.779 avg_d=8.885 std_dev=3.668

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.22 0.01 0.23 0.41 0.39 0.22
C2 0.04 0.00 0.39 0.69 0.01 0.57 0.01 0.90 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.37 0.54 0.43 0.61 0.79 1.02 0.85
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.15 0.18 0.21 0.30 0.39 0.13 0.13 0.03 0.01 0.03 0.03 0.38 0.49 0.37 0.36
C3' 0.02 0.69 0.01 0.00 0.40 0.01 0.37 0.02 0.45 0.40 0.58 0.66 0.43 0.39 0.23 0.02 0.01 0.03 0.40 0.54 0.37 0.33
C4 0.02 0.01 0.20 0.40 0.00 0.25 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.22 0.22 0.40 0.51 0.81 0.45
C4' 0.02 0.57 0.02 0.01 0.25 0.00 0.15 0.01 0.22 0.40 0.42 0.56 0.18 0.31 0.10 0.28 0.02 0.01 0.02 0.40 0.26 0.14
C5 0.01 0.01 0.10 0.37 0.01 0.15 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.21 0.09 0.64 0.65 1.26 0.68
C5' 0.07 0.90 0.15 0.02 0.36 0.01 0.26 0.00 0.37 0.66 0.67 0.83 0.33 0.55 0.19 0.16 0.18 0.02 0.01 0.33 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.45 0.01 0.22 0.01 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.29 0.18 0.57 0.64 1.24 0.66
C8 0.02 0.02 0.21 0.40 0.01 0.40 0.01 0.66 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.33 0.26 1.07 0.95 1.60 1.09
N1 0.03 0.01 0.30 0.58 0.01 0.42 0.01 0.67 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.42 0.33 0.52 0.69 1.07 0.71
N3 0.04 0.01 0.39 0.66 0.01 0.56 0.01 0.83 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.49 0.43 0.55 0.71 0.85 0.73
N6 0.02 0.02 0.13 0.43 0.01 0.18 0.01 0.33 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.30 0.12 0.71 0.76 1.52 0.82
N7 0.02 0.02 0.13 0.39 0.01 0.31 0.00 0.55 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.31 0.15 1.04 0.97 1.78 1.11
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.10 0.02 0.52 0.52 0.86 0.49
O2' 0.02 0.37 0.01 0.02 0.21 0.28 0.29 0.16 0.30 0.40 0.32 0.35 0.35 0.40 0.20 0.00 0.06 0.20 0.18 0.29 0.28 0.19
O3' 0.22 0.54 0.03 0.01 0.22 0.02 0.21 0.18 0.29 0.33 0.42 0.49 0.30 0.31 0.10 0.06 0.00 0.15 0.37 0.71 0.41 0.32
O4' 0.01 0.43 0.03 0.03 0.22 0.01 0.09 0.02 0.18 0.26 0.33 0.43 0.12 0.15 0.02 0.20 0.15 0.00 0.17 0.44 0.29 0.26
O5' 0.23 0.61 0.38 0.40 0.40 0.02 0.64 0.01 0.57 1.07 0.52 0.55 0.71 1.04 0.52 0.18 0.37 0.17 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.41 0.79 0.49 0.54 0.51 0.40 0.65 0.33 0.64 0.95 0.69 0.71 0.76 0.97 0.52 0.29 0.71 0.44 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 1.02 0.37 0.37 0.81 0.26 1.26 0.40 1.24 1.60 1.07 0.85 1.52 1.78 0.86 0.28 0.41 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.85 0.36 0.33 0.45 0.14 0.68 0.02 0.66 1.09 0.71 0.73 0.82 1.11 0.49 0.19 0.32 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.32 0.28 0.46 0.25 0.40 0.27 0.43 0.28 0.34 0.32 0.28 0.31 0.32 0.29 0.28 0.76 0.43 0.50 0.74 0.57 0.58
C2 0.33 0.28 0.31 0.45 0.29 0.32 0.31 0.34 0.30 0.36 0.28 0.28 0.31 0.35 0.32 0.33 0.75 0.37 0.43 0.57 0.50 0.48
C2' 0.54 0.43 0.48 0.62 0.38 0.70 0.37 0.75 0.37 0.50 0.42 0.39 0.38 0.44 0.46 0.54 0.87 0.69 0.74 0.99 0.79 0.83
C3' 0.75 0.44 0.73 0.79 0.53 0.90 0.51 0.96 0.43 0.69 0.41 0.49 0.42 0.61 0.65 0.80 0.97 0.89 0.91 1.10 0.91 0.98
C4 0.29 0.28 0.25 0.40 0.23 0.31 0.25 0.33 0.25 0.31 0.27 0.25 0.27 0.30 0.26 0.25 0.71 0.36 0.42 0.65 0.47 0.50
C4' 0.59 0.35 0.50 0.59 0.38 0.73 0.37 0.78 0.34 0.53 0.35 0.35 0.36 0.46 0.49 0.56 0.78 0.75 0.74 0.93 0.71 0.81
C5 0.24 0.27 0.23 0.34 0.21 0.25 0.23 0.27 0.24 0.29 0.27 0.23 0.27 0.28 0.23 0.25 0.64 0.30 0.37 0.66 0.40 0.46
C5' 0.92 0.53 0.81 0.95 0.62 1.17 0.61 1.26 0.56 0.83 0.55 0.55 0.58 0.73 0.79 0.89 1.09 1.16 1.17 1.36 1.07 1.24
C6 0.21 0.24 0.22 0.30 0.20 0.20 0.23 0.22 0.23 0.28 0.24 0.22 0.25 0.28 0.22 0.26 0.59 0.25 0.34 0.64 0.37 0.44
C8 0.27 0.33 0.26 0.38 0.22 0.32 0.25 0.33 0.29 0.30 0.34 0.26 0.33 0.30 0.24 0.28 0.69 0.35 0.41 0.71 0.45 0.51
N1 0.26 0.27 0.25 0.36 0.26 0.22 0.28 0.24 0.28 0.32 0.27 0.26 0.29 0.32 0.27 0.28 0.65 0.28 0.36 0.57 0.41 0.44
N3 0.33 0.28 0.29 0.46 0.27 0.36 0.28 0.38 0.27 0.35 0.27 0.26 0.29 0.33 0.31 0.30 0.76 0.40 0.46 0.63 0.53 0.52
N6 0.21 0.24 0.27 0.30 0.18 0.21 0.22 0.23 0.22 0.28 0.23 0.20 0.25 0.28 0.21 0.34 0.52 0.24 0.34 0.71 0.38 0.46
N7 0.25 0.32 0.26 0.35 0.22 0.28 0.25 0.29 0.29 0.29 0.33 0.25 0.32 0.30 0.23 0.30 0.64 0.31 0.38 0.71 0.41 0.48
N9 0.30 0.31 0.25 0.41 0.23 0.34 0.25 0.37 0.27 0.31 0.31 0.26 0.30 0.30 0.26 0.26 0.72 0.38 0.45 0.70 0.49 0.53
O2' 0.70 0.79 0.54 0.82 0.68 0.84 0.70 0.89 0.75 0.70 0.80 0.72 0.77 0.70 0.68 0.51 1.12 0.84 0.92 1.19 0.99 1.01
O3' 0.66 0.42 0.66 0.81 0.47 0.84 0.46 0.91 0.39 0.63 0.39 0.44 0.38 0.56 0.58 0.72 1.07 0.81 0.88 1.09 0.88 0.95
O4' 0.46 0.31 0.34 0.46 0.31 0.52 0.32 0.55 0.31 0.43 0.32 0.30 0.34 0.39 0.39 0.37 0.70 0.59 0.58 0.77 0.58 0.65
O5' 0.82 0.79 0.66 0.75 0.70 0.98 0.73 1.07 0.78 0.79 0.84 0.69 0.83 0.77 0.75 0.69 0.87 1.02 0.98 1.16 0.90 1.06
OP1 0.93 0.80 0.82 0.93 0.75 1.14 0.76 1.26 0.78 0.88 0.84 0.74 0.82 0.82 0.84 0.84 1.08 1.17 1.16 1.32 1.04 1.23
OP2 1.52 1.72 1.30 1.32 1.54 1.67 1.61 1.81 1.73 1.58 1.81 1.55 1.80 1.61 1.52 1.24 1.24 1.74 1.68 1.81 1.65 1.77
P 1.09 0.89 0.88 1.00 0.86 1.33 0.88 1.46 0.90 1.03 0.94 0.82 0.94 0.96 0.98 0.92 1.06 1.37 1.33 1.51 1.23 1.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.21 0.01 0.18 0.56 0.28 0.28
C2 0.04 0.00 0.21 0.22 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.20 0.30 0.11 0.33 0.81 0.56 0.42
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.08 0.15 0.12 0.10 0.17 0.21 0.10 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.37 0.55 0.39 0.46
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.19 0.01 0.24 0.03 0.25 0.26 0.24 0.19 0.28 0.28 0.16 0.02 0.01 0.02 0.27 0.32 0.37 0.25
C4 0.02 0.01 0.11 0.19 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.16 0.06 0.32 0.77 0.52 0.39
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.15 0.09 0.09 0.12 0.15 0.07 0.20 0.03 0.01 0.02 0.21 0.29 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.14 0.04 0.42 0.86 0.70 0.46
C5' 0.06 0.17 0.15 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.18 0.21 0.17 0.16 0.21 0.22 0.11 0.08 0.15 0.02 0.01 0.23 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.25 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.22 0.17 0.06 0.43 0.89 0.76 0.48
C8 0.02 0.02 0.10 0.26 0.01 0.15 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.19 0.18 0.08 0.45 0.85 0.64 0.48
N1 0.03 0.01 0.17 0.24 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.23 0.09 0.38 0.86 0.68 0.45
N3 0.04 0.01 0.21 0.19 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.18 0.30 0.11 0.30 0.75 0.47 0.38
N6 0.02 0.02 0.10 0.28 0.02 0.12 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.24 0.19 0.06 0.48 0.93 0.88 0.54
N7 0.02 0.02 0.07 0.28 0.01 0.15 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.22 0.19 0.06 0.49 0.91 0.80 0.53
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.10 0.02 0.30 0.72 0.43 0.36
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.17 0.20 0.20 0.08 0.22 0.19 0.21 0.18 0.24 0.22 0.13 0.00 0.06 0.14 0.25 0.44 0.39 0.38
O3' 0.21 0.30 0.03 0.01 0.16 0.03 0.14 0.15 0.17 0.18 0.23 0.30 0.19 0.19 0.10 0.06 0.00 0.15 0.27 0.50 0.52 0.32
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.09 0.11 0.06 0.06 0.02 0.14 0.15 0.00 0.12 0.45 0.34 0.21
O5' 0.18 0.33 0.37 0.27 0.32 0.02 0.42 0.01 0.43 0.45 0.38 0.30 0.48 0.49 0.30 0.25 0.27 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 0.81 0.55 0.32 0.77 0.21 0.86 0.23 0.89 0.85 0.86 0.75 0.93 0.91 0.72 0.44 0.50 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.56 0.39 0.37 0.52 0.29 0.70 0.33 0.76 0.64 0.68 0.47 0.88 0.80 0.43 0.39 0.52 0.34 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.42 0.46 0.25 0.39 0.08 0.46 0.02 0.48 0.48 0.45 0.38 0.54 0.53 0.36 0.38 0.32 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00