ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 25670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

23, 52, 99, 90, 23, 13, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.050, 0.112, 0.174, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.112 std_dev=0.062
N1 A 0, 0.063, 0.128, 0.193, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.128 std_dev=0.065
N3 B 0, 0.110, 0.195, 0.279, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.195 std_dev=0.084
C5 B 0, 0.113, 0.202, 0.290, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.202 std_dev=0.089
N9 B 0, 0.092, 0.205, 0.317, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.205 std_dev=0.112
C2 B 0, 0.110, 0.228, 0.346, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.228 std_dev=0.118
N1 B 0, 0.102, 0.227, 0.352, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.227 std_dev=0.125
C6 B 0, 0.119, 0.249, 0.379, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.249 std_dev=0.130
C1' A 0, 0.108, 0.250, 0.392, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.250 std_dev=0.142
C8 B 0, 0.163, 0.313, 0.464, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.313 std_dev=0.150
N7 B 0, 0.176, 0.334, 0.492, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.334 std_dev=0.158
C6 A 0, 0.151, 0.311, 0.471, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.311 std_dev=0.160
C2 A 0, 0.171, 0.332, 0.493, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.332 std_dev=0.161
C5 A 0, 0.176, 0.339, 0.503, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.339 std_dev=0.164
C2' A 0, 0.126, 0.291, 0.456, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.291 std_dev=0.165
C4 A 0, 0.103, 0.274, 0.446, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.274 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.126, 0.310, 0.495, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.310 std_dev=0.184
N2 B 0, 0.171, 0.374, 0.577, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.374 std_dev=0.203
O2' A 0, 0.173, 0.376, 0.580, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.376 std_dev=0.204
O6 B 0, 0.174, 0.381, 0.587, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.381 std_dev=0.206
N3 A 0, 0.146, 0.363, 0.581, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.363 std_dev=0.218
O4 A 0, 0.161, 0.426, 0.691, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.426 std_dev=0.265
C3' A 0, 0.166, 0.451, 0.736, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.451 std_dev=0.285
O2 A 0, 0.291, 0.589, 0.887, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.589 std_dev=0.298
O4' A 0, 0.099, 0.403, 0.707, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.403 std_dev=0.304
C4' A 0, 0.160, 0.502, 0.844, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.502 std_dev=0.342
O3' A 0, 0.263, 0.626, 0.989, 2.056 max_d=2.056 avg_d=0.626 std_dev=0.363
C2' B 0, 0.271, 0.714, 1.157, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.714 std_dev=0.443
O4' B 0, 0.342, 0.813, 1.285, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.813 std_dev=0.472
C5' A 0, 0.162, 0.683, 1.204, 2.549 max_d=2.549 avg_d=0.683 std_dev=0.521
O5' A 0, 0.148, 0.693, 1.238, 2.749 max_d=2.749 avg_d=0.693 std_dev=0.545
C4' B 0, 0.406, 1.126, 1.846, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.126 std_dev=0.720
C3' B 0, 0.328, 1.049, 1.770, 1.987 max_d=1.987 avg_d=1.049 std_dev=0.721
P A 0, 0.182, 0.913, 1.644, 4.730 max_d=4.730 avg_d=0.913 std_dev=0.731
OP2 B 0, 0.573, 1.345, 2.118, 3.958 max_d=3.958 avg_d=1.345 std_dev=0.773
O5' B 0, 0.436, 1.223, 2.009, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.223 std_dev=0.787
O2' B 0, 0.377, 1.203, 2.030, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.203 std_dev=0.826
P B 0, 0.566, 1.458, 2.351, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.458 std_dev=0.892
C5' B 0, 0.468, 1.426, 2.385, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.426 std_dev=0.958
O3' B 0, 0.479, 1.506, 2.534, 3.031 max_d=3.031 avg_d=1.506 std_dev=1.028
OP1 A 0, 0.478, 1.577, 2.676, 5.487 max_d=5.487 avg_d=1.577 std_dev=1.099
OP1 B 0, 0.641, 1.807, 2.973, 5.063 max_d=5.063 avg_d=1.807 std_dev=1.166
OP2 A 0, 0.101, 1.307, 2.512, 6.375 max_d=6.375 avg_d=1.307 std_dev=1.206

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.08 0.26 0.19 0.14
C2 0.02 0.00 0.12 0.13 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.02 0.05 0.16 0.45 0.49 0.26
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.09 0.22 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.17 0.14 0.10
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.12 0.05 0.12 0.20 0.02 0.01 0.09 0.01 0.10 0.22 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.00 0.03 0.22 0.66 0.79 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.00 0.02 0.14 0.21 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.11 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.22 0.68 0.78 0.37
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.10 0.06 0.05 0.03 0.13 0.01 0.01 0.22 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.13 0.01 0.06 0.19 0.55 0.58 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.14 0.42 0.42 0.23
N3 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.01 0.03 0.20 0.57 0.66 0.32
O2 0.04 0.01 0.22 0.20 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.25 0.02 0.08 0.14 0.39 0.40 0.22
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.07 0.05 0.08 0.02 0.07 0.18 0.00 0.04 0.06 0.04 0.05 0.18 0.15 0.07
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.13 0.05 0.15 0.25 0.04 0.00 0.12 0.02 0.13 0.41 0.32 0.15
O4 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.03 0.24 0.72 0.88 0.41
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.08 0.25 0.14 0.12
O5' 0.08 0.16 0.08 0.10 0.22 0.02 0.22 0.01 0.19 0.14 0.20 0.14 0.05 0.13 0.24 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.45 0.17 0.22 0.66 0.14 0.68 0.22 0.55 0.42 0.57 0.39 0.18 0.41 0.72 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.49 0.14 0.16 0.79 0.21 0.78 0.35 0.58 0.42 0.66 0.40 0.15 0.32 0.88 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.10 0.11 0.37 0.03 0.37 0.02 0.29 0.23 0.32 0.22 0.07 0.15 0.41 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.25 0.46 0.50 0.21 0.72 0.22 0.74 0.30 0.22 0.33 0.29 0.21 0.21 0.25 0.60 1.06 0.72 0.55 0.37 0.60 0.39 0.52
C2 0.43 0.21 0.47 0.56 0.25 0.81 0.22 0.84 0.22 0.31 0.24 0.25 0.24 0.24 0.33 0.68 1.08 0.83 0.67 0.24 0.72 0.54 0.66
C2' 0.30 0.22 0.44 0.47 0.18 0.74 0.19 0.79 0.26 0.20 0.29 0.27 0.18 0.18 0.22 0.67 1.05 0.73 0.59 0.32 0.65 0.43 0.57
C3' 0.25 0.22 0.45 0.36 0.17 0.63 0.21 0.68 0.29 0.18 0.30 0.26 0.17 0.20 0.18 0.63 0.94 0.64 0.48 0.36 0.51 0.33 0.45
C4 0.32 0.21 0.45 0.35 0.23 0.58 0.21 0.61 0.21 0.25 0.23 0.23 0.23 0.22 0.26 0.57 0.86 0.65 0.48 0.23 0.49 0.38 0.46
C4' 0.26 0.28 0.45 0.36 0.21 0.59 0.28 0.61 0.38 0.21 0.38 0.29 0.21 0.26 0.20 0.54 0.94 0.62 0.42 0.46 0.43 0.27 0.37
C5 0.26 0.27 0.46 0.30 0.23 0.47 0.26 0.48 0.31 0.23 0.32 0.29 0.23 0.25 0.23 0.48 0.80 0.53 0.36 0.35 0.36 0.27 0.32
C5' 0.25 0.32 0.45 0.29 0.27 0.51 0.35 0.52 0.45 0.27 0.43 0.31 0.26 0.34 0.24 0.46 0.85 0.56 0.35 0.54 0.34 0.26 0.31
C6 0.27 0.28 0.46 0.35 0.23 0.53 0.27 0.54 0.34 0.23 0.36 0.31 0.23 0.25 0.23 0.50 0.89 0.57 0.40 0.40 0.41 0.28 0.35
N1 0.34 0.24 0.46 0.46 0.21 0.68 0.22 0.70 0.28 0.23 0.30 0.28 0.21 0.21 0.25 0.59 1.01 0.70 0.53 0.33 0.57 0.39 0.50
N3 0.43 0.21 0.46 0.51 0.27 0.77 0.24 0.80 0.21 0.33 0.22 0.23 0.25 0.27 0.34 0.68 1.02 0.82 0.66 0.22 0.69 0.54 0.64
O2 0.51 0.21 0.49 0.67 0.29 0.94 0.25 0.99 0.21 0.38 0.23 0.24 0.26 0.29 0.39 0.75 1.18 0.94 0.81 0.23 0.88 0.66 0.81
O2' 0.35 0.22 0.44 0.56 0.19 0.82 0.19 0.87 0.26 0.23 0.29 0.27 0.19 0.20 0.25 0.69 1.14 0.78 0.67 0.32 0.74 0.50 0.65
O3' 0.27 0.22 0.46 0.37 0.18 0.65 0.21 0.72 0.28 0.20 0.29 0.25 0.17 0.20 0.20 0.69 0.95 0.65 0.51 0.35 0.56 0.36 0.50
O4 0.31 0.22 0.44 0.30 0.26 0.53 0.24 0.56 0.22 0.28 0.22 0.21 0.25 0.26 0.29 0.57 0.77 0.63 0.47 0.22 0.47 0.40 0.45
O4' 0.31 0.31 0.48 0.43 0.24 0.62 0.30 0.62 0.40 0.23 0.41 0.32 0.24 0.28 0.24 0.54 0.98 0.64 0.45 0.49 0.47 0.30 0.39
O5' 0.29 0.36 0.47 0.27 0.33 0.49 0.40 0.51 0.48 0.34 0.46 0.34 0.31 0.40 0.30 0.45 0.77 0.57 0.38 0.57 0.36 0.32 0.35
OP1 0.68 0.63 0.54 0.68 0.62 0.82 0.61 0.81 0.62 0.62 0.62 0.67 0.65 0.61 0.63 0.62 1.22 0.88 0.73 0.66 0.69 0.61 0.67
OP2 1.14 1.29 1.35 1.09 1.28 1.02 1.39 1.07 1.45 1.32 1.41 1.23 1.22 1.40 1.25 1.19 0.76 1.06 1.16 1.52 1.17 1.31 1.22
P 0.46 0.52 0.55 0.43 0.51 0.56 0.57 0.58 0.64 0.52 0.60 0.52 0.49 0.58 0.49 0.45 0.79 0.65 0.51 0.72 0.48 0.49 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.20 0.03 0.20 0.28 0.18
C2 0.03 0.00 0.34 0.26 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.27 0.22 0.17 0.01 0.14 0.20 0.13
C2' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.17 0.02 0.07 0.24 0.14 0.19 0.25 0.41 0.33 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.53 0.10 0.59 0.66 0.57
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.28 0.01 0.36 0.02 0.38 0.33 0.33 0.23 0.22 0.38 0.24 0.02 0.01 0.02 0.15 0.41 0.21 0.11 0.11
C4 0.02 0.01 0.17 0.28 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.16 0.11 0.18 0.02 0.14 0.20 0.14
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.09 0.21 0.05 0.13 0.08 0.19 0.09 0.32 0.03 0.00 0.02 0.12 0.08 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.36 0.00 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.13 0.05 0.23 0.01 0.21 0.24 0.20
C5' 0.09 0.13 0.24 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.16 0.09 0.17 0.14 0.17 0.06 0.09 0.23 0.01 0.01 0.12 0.10 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.15 0.09 0.24 0.01 0.23 0.28 0.22
C8 0.01 0.01 0.19 0.33 0.01 0.21 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.45 0.17 0.15 0.25 0.02 0.19 0.22 0.19
N1 0.03 0.01 0.25 0.33 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.18 0.17 0.20 0.01 0.18 0.24 0.17
N2 0.04 0.00 0.41 0.23 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.36 0.27 0.17 0.02 0.14 0.20 0.13
N3 0.03 0.01 0.33 0.22 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.30 0.22 0.17 0.01 0.14 0.20 0.13
N7 0.01 0.01 0.12 0.38 0.01 0.19 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.47 0.21 0.09 0.29 0.02 0.26 0.27 0.25
N9 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.01 0.17 0.02 0.14 0.21 0.14
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.17 0.32 0.34 0.09 0.31 0.45 0.18 0.25 0.16 0.47 0.23 0.00 0.05 0.23 0.39 0.39 0.49 0.75 0.49
O3' 0.33 0.27 0.03 0.01 0.16 0.03 0.13 0.23 0.15 0.17 0.18 0.36 0.30 0.21 0.12 0.05 0.00 0.23 0.24 0.19 0.38 0.28 0.27
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.15 0.17 0.27 0.22 0.09 0.01 0.23 0.23 0.00 0.08 0.06 0.10 0.21 0.12
O5' 0.20 0.17 0.53 0.15 0.18 0.02 0.23 0.01 0.24 0.25 0.20 0.17 0.17 0.29 0.17 0.39 0.24 0.08 0.00 0.28 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.41 0.02 0.12 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.39 0.19 0.06 0.28 0.00 0.29 0.33 0.27
OP1 0.20 0.14 0.59 0.21 0.14 0.08 0.21 0.10 0.23 0.19 0.18 0.14 0.14 0.26 0.14 0.49 0.38 0.10 0.02 0.29 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.20 0.66 0.11 0.20 0.15 0.24 0.15 0.28 0.22 0.24 0.20 0.20 0.27 0.21 0.75 0.28 0.21 0.02 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.13 0.57 0.11 0.14 0.03 0.20 0.02 0.22 0.19 0.17 0.13 0.13 0.25 0.14 0.49 0.27 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00