ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 25969

back

Distances from reference structure (by RMSD)

40, 85, 121, 136, 55, 32, 22, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.050, 0.139, 0.228, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.139 std_dev=0.089
C4 B 0, 0.035, 0.126, 0.216, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.126 std_dev=0.090
N3 A 0, 0.060, 0.170, 0.280, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.170 std_dev=0.110
N1 A 0, 0.044, 0.186, 0.328, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.186 std_dev=0.142
C2 A 0, 0.064, 0.214, 0.364, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.214 std_dev=0.150
C6 A 0, 0.054, 0.219, 0.384, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.219 std_dev=0.165
C5 A 0, 0.054, 0.224, 0.394, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.224 std_dev=0.170
N9 A 0, 0.062, 0.253, 0.444, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.253 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.188, 0.407, 0.626, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.407 std_dev=0.219
C1' A 0, 0.043, 0.296, 0.548, 2.381 max_d=2.381 avg_d=0.296 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.111, 0.371, 0.631, 2.618 max_d=2.618 avg_d=0.371 std_dev=0.260
C6 B 0, 0.070, 0.329, 0.589, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.329 std_dev=0.260
O6 A 0, 0.073, 0.337, 0.601, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.337 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.132, 0.401, 0.670, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.401 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.104, 0.387, 0.671, 2.952 max_d=2.952 avg_d=0.387 std_dev=0.284
N2 A 0, 0.086, 0.378, 0.670, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.378 std_dev=0.292
C8 A 0, 0.081, 0.389, 0.698, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.389 std_dev=0.308
N7 A 0, 0.077, 0.390, 0.704, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.390 std_dev=0.314
C1' B 0, -0.001, 0.315, 0.632, 3.487 max_d=3.487 avg_d=0.315 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.227, 0.553, 0.879, 2.744 max_d=2.744 avg_d=0.553 std_dev=0.326
O4' A 0, 0.095, 0.511, 0.926, 4.334 max_d=4.334 avg_d=0.511 std_dev=0.416
C2' B 0, 0.132, 0.566, 0.999, 3.692 max_d=3.692 avg_d=0.566 std_dev=0.433
N6 B 0, 0.147, 0.585, 1.024, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.585 std_dev=0.439
C2' A 0, -0.099, 0.358, 0.814, 4.778 max_d=4.778 avg_d=0.358 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.136, 0.600, 1.065, 4.576 max_d=4.576 avg_d=0.600 std_dev=0.465
C8 B 0, 0.299, 0.791, 1.283, 3.654 max_d=3.654 avg_d=0.791 std_dev=0.492
N7 B 0, 0.317, 0.831, 1.346, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.831 std_dev=0.514
O2' B 0, 0.118, 0.674, 1.230, 4.034 max_d=4.034 avg_d=0.674 std_dev=0.556
C3' A 0, 0.007, 0.570, 1.134, 6.328 max_d=6.328 avg_d=0.570 std_dev=0.564
O2' A 0, -0.163, 0.409, 0.982, 4.958 max_d=4.958 avg_d=0.409 std_dev=0.573
C4' A 0, 0.022, 0.598, 1.173, 6.253 max_d=6.253 avg_d=0.598 std_dev=0.575
C4' B 0, 0.130, 0.753, 1.376, 5.353 max_d=5.353 avg_d=0.753 std_dev=0.623
C3' B 0, 0.228, 0.880, 1.531, 4.825 max_d=4.825 avg_d=0.880 std_dev=0.651
O3' A 0, 0.080, 0.744, 1.408, 6.765 max_d=6.765 avg_d=0.744 std_dev=0.664
C5' A 0, 0.106, 0.897, 1.688, 8.731 max_d=8.731 avg_d=0.897 std_dev=0.791
C5' B 0, 0.295, 1.159, 2.022, 6.226 max_d=6.226 avg_d=1.159 std_dev=0.864
O5' B 0, 0.426, 1.343, 2.261, 6.368 max_d=6.368 avg_d=1.343 std_dev=0.918
O5' A 0, 0.204, 1.177, 2.150, 8.771 max_d=8.771 avg_d=1.177 std_dev=0.973
O3' B 0, 0.273, 1.260, 2.246, 5.691 max_d=5.691 avg_d=1.260 std_dev=0.986
P A 0, 0.254, 1.538, 2.822, 10.505 max_d=10.505 avg_d=1.538 std_dev=1.284
P B 0, 0.479, 1.920, 3.361, 9.469 max_d=9.469 avg_d=1.920 std_dev=1.441
OP2 A 0, 0.272, 1.716, 3.160, 10.177 max_d=10.177 avg_d=1.716 std_dev=1.444
OP1 A 0, 0.334, 1.862, 3.390, 11.894 max_d=11.894 avg_d=1.862 std_dev=1.528
OP2 B 0, 0.455, 2.155, 3.854, 10.873 max_d=10.873 avg_d=2.155 std_dev=1.700
OP1 B 0, 0.528, 2.271, 4.013, 9.850 max_d=9.850 avg_d=2.271 std_dev=1.742

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.21 0.02 0.27 0.30 0.21
C2 0.03 0.00 0.17 0.20 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.11 0.43 0.01 0.62 0.50 0.40
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.05 0.09 0.10 0.14 0.21 0.17 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.09 0.35 0.29 0.23
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.14 0.01 0.15 0.02 0.17 0.15 0.19 0.22 0.18 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.32 0.18 0.41 0.26 0.25
C4 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.06 0.43 0.01 0.56 0.50 0.39
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.06 0.10 0.02 0.00 0.02 0.11 0.21 0.29 0.12
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.14 0.03 0.52 0.01 0.71 0.67 0.51
C5' 0.04 0.18 0.05 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.21 0.20 0.19 0.18 0.15 0.22 0.12 0.07 0.07 0.01 0.01 0.23 0.28 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.05 0.54 0.01 0.79 0.72 0.54
C8 0.01 0.01 0.10 0.15 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.07 0.51 0.02 0.59 0.61 0.47
N1 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.08 0.50 0.01 0.73 0.63 0.48
N2 0.05 0.01 0.21 0.22 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.27 0.13 0.40 0.02 0.60 0.46 0.38
N3 0.03 0.01 0.17 0.18 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.19 0.11 0.38 0.01 0.52 0.43 0.34
N7 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.16 0.05 0.57 0.02 0.75 0.76 0.57
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.39 0.02 0.46 0.44 0.33
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.07 0.10 0.09 0.07 0.10 0.15 0.12 0.20 0.15 0.14 0.06 0.00 0.05 0.08 0.11 0.12 0.32 0.33 0.23
O3' 0.07 0.22 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.07 0.18 0.15 0.21 0.27 0.19 0.16 0.07 0.05 0.00 0.05 0.28 0.20 0.51 0.40 0.30
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.13 0.11 0.05 0.01 0.08 0.05 0.00 0.15 0.05 0.24 0.36 0.25
O5' 0.21 0.43 0.26 0.32 0.43 0.02 0.52 0.01 0.54 0.51 0.50 0.40 0.38 0.57 0.39 0.11 0.28 0.15 0.00 0.58 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.11 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.20 0.05 0.58 0.00 0.88 0.82 0.61
OP1 0.27 0.62 0.35 0.41 0.56 0.21 0.71 0.28 0.79 0.59 0.73 0.60 0.52 0.75 0.46 0.32 0.51 0.24 0.02 0.88 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.50 0.29 0.26 0.50 0.29 0.67 0.37 0.72 0.61 0.63 0.46 0.43 0.76 0.44 0.33 0.40 0.36 0.02 0.82 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.40 0.23 0.25 0.39 0.12 0.51 0.02 0.54 0.47 0.48 0.38 0.34 0.57 0.33 0.23 0.30 0.25 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.33 0.42 0.43 0.24 0.45 0.34 0.54 0.43 0.38 0.46 0.20 0.54 0.38 0.31 0.50 0.63 0.49 0.60 0.73 0.87 0.70
C2 0.29 0.19 0.44 0.44 0.18 0.33 0.22 0.34 0.25 0.24 0.26 0.14 0.30 0.24 0.22 0.52 0.73 0.33 0.41 0.56 0.56 0.43
C2' 0.32 0.47 0.42 0.44 0.33 0.39 0.44 0.47 0.57 0.39 0.60 0.33 0.68 0.45 0.31 0.51 0.58 0.39 0.57 0.80 0.86 0.68
C3' 0.42 0.36 0.53 0.57 0.33 0.53 0.44 0.62 0.51 0.51 0.48 0.27 0.66 0.53 0.40 0.61 0.69 0.52 0.70 0.96 0.95 0.79
C4 0.33 0.26 0.45 0.46 0.21 0.39 0.28 0.42 0.35 0.30 0.36 0.17 0.43 0.32 0.26 0.55 0.73 0.41 0.48 0.62 0.67 0.53
C4' 0.49 0.25 0.53 0.59 0.26 0.64 0.33 0.74 0.38 0.48 0.37 0.18 0.53 0.43 0.41 0.61 0.71 0.65 0.78 0.96 1.03 0.87
C5 0.34 0.24 0.49 0.52 0.21 0.41 0.29 0.44 0.35 0.32 0.35 0.16 0.44 0.33 0.27 0.59 0.82 0.42 0.48 0.66 0.66 0.53
C5' 0.58 0.23 0.64 0.72 0.31 0.78 0.36 0.89 0.38 0.55 0.35 0.21 0.53 0.48 0.48 0.72 0.86 0.76 0.89 1.08 1.11 0.97
C6 0.33 0.20 0.51 0.55 0.20 0.41 0.27 0.42 0.31 0.30 0.30 0.15 0.39 0.31 0.26 0.61 0.88 0.40 0.47 0.69 0.63 0.51
C8 0.37 0.29 0.48 0.50 0.24 0.46 0.33 0.52 0.42 0.37 0.41 0.19 0.53 0.39 0.30 0.58 0.77 0.48 0.56 0.72 0.77 0.63
N1 0.32 0.18 0.49 0.52 0.19 0.38 0.24 0.38 0.27 0.27 0.26 0.15 0.32 0.27 0.25 0.58 0.84 0.37 0.44 0.65 0.59 0.47
N2 0.28 0.17 0.41 0.41 0.18 0.31 0.19 0.32 0.21 0.22 0.21 0.14 0.23 0.21 0.22 0.48 0.70 0.32 0.39 0.53 0.52 0.41
N3 0.30 0.25 0.42 0.40 0.19 0.33 0.24 0.36 0.30 0.25 0.32 0.16 0.35 0.26 0.23 0.50 0.67 0.36 0.43 0.56 0.63 0.48
N7 0.36 0.26 0.50 0.53 0.23 0.45 0.32 0.49 0.39 0.35 0.38 0.17 0.50 0.37 0.29 0.61 0.83 0.46 0.52 0.71 0.72 0.58
N9 0.36 0.30 0.45 0.46 0.23 0.43 0.32 0.49 0.41 0.35 0.42 0.19 0.50 0.36 0.29 0.54 0.70 0.46 0.54 0.68 0.77 0.61
O2' 0.26 0.55 0.33 0.34 0.38 0.30 0.51 0.42 0.67 0.38 0.70 0.39 0.79 0.48 0.31 0.41 0.46 0.35 0.58 0.81 0.95 0.74
O3' 0.51 0.34 0.59 0.65 0.43 0.60 0.58 0.69 0.60 0.67 0.47 0.30 0.79 0.71 0.52 0.65 0.72 0.58 0.81 1.12 1.08 0.93
O4' 0.54 0.26 0.55 0.59 0.32 0.65 0.38 0.74 0.42 0.52 0.39 0.22 0.55 0.48 0.45 0.61 0.74 0.68 0.77 0.89 1.02 0.86
O5' 0.59 0.27 0.70 0.77 0.32 0.79 0.39 0.87 0.43 0.54 0.38 0.27 0.61 0.51 0.47 0.83 0.97 0.74 0.88 1.07 1.08 0.94
O6 0.35 0.19 0.54 0.61 0.21 0.44 0.27 0.45 0.31 0.32 0.29 0.15 0.39 0.32 0.28 0.64 0.94 0.42 0.49 0.76 0.66 0.54
OP1 0.76 0.40 0.90 0.98 0.53 0.96 0.60 1.05 0.59 0.77 0.49 0.44 0.77 0.74 0.67 1.01 1.18 0.87 1.08 1.32 1.28 1.17
OP2 0.65 0.41 0.76 0.84 0.48 0.83 0.59 0.93 0.64 0.70 0.55 0.39 0.82 0.71 0.59 0.82 1.01 0.78 0.95 1.19 1.18 1.06
P 0.66 0.33 0.78 0.87 0.46 0.86 0.56 0.97 0.59 0.71 0.48 0.33 0.77 0.70 0.59 0.87 1.05 0.80 1.00 1.23 1.24 1.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.25 0.31 0.34 0.26
C2 0.03 0.00 0.28 0.26 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.41 0.20 0.43 0.58 0.73 0.54
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.02 0.09 0.15 0.15 0.13 0.23 0.28 0.12 0.08 0.03 0.00 0.03 0.02 0.39 0.49 0.54 0.43
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.20 0.01 0.25 0.02 0.27 0.29 0.27 0.24 0.29 0.29 0.17 0.02 0.01 0.02 0.25 0.40 0.32 0.24
C4 0.02 0.01 0.15 0.20 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.23 0.11 0.44 0.54 0.71 0.53
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.18 0.11 0.12 0.13 0.17 0.08 0.20 0.03 0.00 0.02 0.22 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.18 0.06 0.55 0.72 0.95 0.70
C5' 0.08 0.26 0.15 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.28 0.29 0.27 0.23 0.31 0.31 0.18 0.07 0.16 0.02 0.01 0.28 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.27 0.01 0.11 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.24 0.10 0.55 0.77 1.01 0.73
C8 0.01 0.01 0.13 0.29 0.01 0.18 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.24 0.20 0.12 0.60 0.69 0.89 0.70
N1 0.03 0.00 0.23 0.27 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.34 0.16 0.49 0.68 0.89 0.64
N3 0.03 0.00 0.28 0.24 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.40 0.19 0.38 0.50 0.61 0.46
N6 0.02 0.01 0.12 0.29 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.24 0.08 0.62 0.90 1.16 0.84
N7 0.01 0.01 0.08 0.29 0.01 0.17 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.20 0.07 0.64 0.84 1.09 0.82
N9 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.42 0.47 0.62 0.47
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.18 0.20 0.21 0.07 0.24 0.24 0.26 0.26 0.25 0.25 0.14 0.00 0.06 0.15 0.25 0.46 0.55 0.36
O3' 0.21 0.41 0.03 0.01 0.23 0.03 0.18 0.16 0.24 0.20 0.34 0.40 0.24 0.20 0.10 0.06 0.00 0.16 0.27 0.50 0.34 0.28
O4' 0.01 0.20 0.02 0.02 0.11 0.00 0.06 0.02 0.10 0.12 0.16 0.19 0.08 0.07 0.01 0.15 0.16 0.00 0.18 0.28 0.23 0.23
O5' 0.25 0.43 0.39 0.25 0.44 0.02 0.55 0.01 0.55 0.60 0.49 0.38 0.62 0.64 0.42 0.25 0.27 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.58 0.49 0.40 0.54 0.22 0.72 0.28 0.77 0.69 0.68 0.50 0.90 0.84 0.47 0.46 0.50 0.28 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.73 0.54 0.32 0.71 0.23 0.95 0.32 1.01 0.89 0.89 0.61 1.16 1.09 0.62 0.55 0.34 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.54 0.43 0.24 0.53 0.08 0.70 0.02 0.73 0.70 0.64 0.46 0.84 0.82 0.47 0.36 0.28 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00