ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 25980

back

Distances from reference structure (by RMSD)

17, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, -0.071, 0.191, 0.453, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.191 std_dev=0.262
C5 A 0, -0.152, 0.281, 0.715, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.281 std_dev=0.433
C4 A 0, -0.163, 0.284, 0.732, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.284 std_dev=0.448
C6 A 0, -0.140, 0.309, 0.758, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.309 std_dev=0.449
C2 A 0, -0.129, 0.326, 0.781, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.326 std_dev=0.455
N1 A 0, -0.134, 0.326, 0.785, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.326 std_dev=0.459
N3 A 0, -0.157, 0.319, 0.796, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.319 std_dev=0.476
C2 B 0, -0.190, 0.364, 0.919, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.364 std_dev=0.554
C6 B 0, -0.224, 0.373, 0.970, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.373 std_dev=0.597
O6 A 0, -0.260, 0.518, 1.297, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.518 std_dev=0.778
C1' B 0, -0.313, 0.492, 1.296, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.492 std_dev=0.804
N7 A 0, -0.284, 0.523, 1.330, 2.331 max_d=2.331 avg_d=0.523 std_dev=0.807
N2 A 0, -0.256, 0.568, 1.392, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.568 std_dev=0.824
N9 A 0, -0.320, 0.518, 1.355, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.518 std_dev=0.837
O2 B 0, -0.315, 0.557, 1.430, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.557 std_dev=0.872
C8 A 0, -0.353, 0.621, 1.596, 2.718 max_d=2.718 avg_d=0.621 std_dev=0.974
N3 B 0, -0.397, 0.624, 1.644, 2.897 max_d=2.897 avg_d=0.624 std_dev=1.020
C5 B 0, -0.431, 0.613, 1.656, 3.007 max_d=3.007 avg_d=0.613 std_dev=1.044
O2' B 0, -0.360, 0.741, 1.842, 2.965 max_d=2.965 avg_d=0.741 std_dev=1.101
C2' B 0, -0.468, 0.674, 1.816, 3.258 max_d=3.258 avg_d=0.674 std_dev=1.142
O4' B 0, -0.453, 0.713, 1.879, 3.210 max_d=3.210 avg_d=0.713 std_dev=1.166
C1' A 0, -0.469, 0.707, 1.883, 3.208 max_d=3.208 avg_d=0.707 std_dev=1.176
O4' A 0, -0.442, 0.747, 1.936, 3.177 max_d=3.177 avg_d=0.747 std_dev=1.189
C4 B 0, -0.533, 0.751, 2.034, 3.585 max_d=3.585 avg_d=0.751 std_dev=1.284
C4' B 0, -0.760, 0.994, 2.749, 4.950 max_d=4.950 avg_d=0.994 std_dev=1.754
O5' B 0, -0.644, 1.117, 2.877, 4.873 max_d=4.873 avg_d=1.117 std_dev=1.760
C3' B 0, -0.816, 0.966, 2.748, 4.940 max_d=4.940 avg_d=0.966 std_dev=1.782
O4 B 0, -0.758, 1.108, 2.975, 5.216 max_d=5.216 avg_d=1.108 std_dev=1.867
C4' A 0, -0.717, 1.178, 3.073, 4.908 max_d=4.908 avg_d=1.178 std_dev=1.895
O3' B 0, -0.837, 1.201, 3.239, 5.566 max_d=5.566 avg_d=1.201 std_dev=2.038
C5' B 0, -0.838, 1.213, 3.263, 5.819 max_d=5.819 avg_d=1.213 std_dev=2.050
C2' A 0, -0.863, 1.352, 3.568, 5.629 max_d=5.629 avg_d=1.352 std_dev=2.216
C3' A 0, -0.848, 1.372, 3.592, 5.660 max_d=5.660 avg_d=1.372 std_dev=2.220
O3' A 0, -0.884, 1.430, 3.744, 6.006 max_d=6.006 avg_d=1.430 std_dev=2.314
P B 0, -0.931, 1.564, 4.059, 6.623 max_d=6.623 avg_d=1.564 std_dev=2.495
O5' A 0, -0.950, 1.625, 4.199, 6.132 max_d=6.132 avg_d=1.625 std_dev=2.574
C5' A 0, -0.985, 1.630, 4.244, 6.471 max_d=6.471 avg_d=1.630 std_dev=2.615
OP2 B 0, -0.972, 1.751, 4.474, 6.778 max_d=6.778 avg_d=1.751 std_dev=2.723
O2' A 0, -1.080, 1.710, 4.500, 7.062 max_d=7.062 avg_d=1.710 std_dev=2.790
P A 0, -1.110, 1.877, 4.864, 7.560 max_d=7.560 avg_d=1.877 std_dev=2.987
OP2 A 0, -1.080, 1.935, 4.951, 7.614 max_d=7.614 avg_d=1.935 std_dev=3.016
OP1 A 0, -1.177, 2.048, 5.273, 8.343 max_d=8.343 avg_d=2.048 std_dev=3.225
OP1 B 0, -1.214, 2.056, 5.327, 9.079 max_d=9.079 avg_d=2.056 std_dev=3.270

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.00 0.15 0.02 0.48 0.15 0.18
C2 0.02 0.00 0.53 0.34 0.01 0.26 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.47 0.06 0.52 0.35 0.01 0.40 0.14 0.21
C2' 0.00 0.53 0.00 0.00 0.28 0.01 0.14 0.19 0.25 0.26 0.42 0.63 0.52 0.13 0.03 0.00 0.04 0.01 0.53 0.19 1.08 0.70 0.74
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.31 0.01 0.38 0.01 0.43 0.26 0.41 0.31 0.28 0.35 0.22 0.01 0.01 0.02 0.22 0.46 0.79 0.20 0.40
C4 0.01 0.01 0.28 0.31 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.27 0.21 0.01 0.30 0.15 0.12
C4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.05 0.31 0.14 0.38 0.26 0.27 0.09 0.29 0.01 0.00 0.02 0.10 0.29 0.14 0.07
C5 0.01 0.01 0.14 0.38 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.09 0.11 0.18 0.01 0.18 0.33 0.21
C5' 0.06 0.38 0.19 0.01 0.14 0.01 0.12 0.00 0.12 0.38 0.24 0.53 0.36 0.34 0.09 0.09 0.22 0.02 0.01 0.16 0.10 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.25 0.43 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.21 0.20 0.01 0.19 0.36 0.21
C8 0.01 0.01 0.26 0.26 0.00 0.31 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.60 0.06 0.29 0.30 0.02 0.15 0.35 0.33
N1 0.02 0.01 0.42 0.41 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.10 0.39 0.27 0.01 0.27 0.24 0.14
N2 0.03 0.00 0.63 0.31 0.01 0.38 0.01 0.53 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.69 0.08 0.64 0.45 0.02 0.50 0.15 0.31
N3 0.02 0.00 0.52 0.28 0.00 0.26 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.47 0.10 0.52 0.35 0.01 0.45 0.13 0.23
N7 0.01 0.01 0.13 0.35 0.00 0.27 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.52 0.11 0.16 0.30 0.02 0.21 0.48 0.40
N9 0.00 0.01 0.03 0.22 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.11 0.01 0.13 0.02 0.29 0.13 0.09
O2' 0.02 0.47 0.00 0.01 0.09 0.29 0.18 0.09 0.08 0.60 0.24 0.69 0.47 0.52 0.20 0.00 0.07 0.21 0.33 0.18 1.03 0.78 0.66
O3' 0.34 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.22 0.14 0.06 0.10 0.08 0.10 0.11 0.11 0.07 0.00 0.22 0.15 0.19 0.49 0.12 0.19
O4' 0.00 0.52 0.01 0.02 0.27 0.00 0.11 0.02 0.21 0.29 0.39 0.64 0.52 0.16 0.01 0.21 0.22 0.00 0.11 0.14 0.13 0.23 0.16
O5' 0.15 0.35 0.53 0.22 0.21 0.02 0.18 0.01 0.20 0.30 0.27 0.45 0.35 0.30 0.13 0.33 0.15 0.11 0.00 0.22 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.19 0.46 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.19 0.14 0.22 0.00 0.22 0.48 0.32
OP1 0.48 0.40 1.08 0.79 0.30 0.29 0.18 0.10 0.19 0.15 0.27 0.50 0.45 0.21 0.29 1.03 0.49 0.13 0.02 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.14 0.70 0.20 0.15 0.14 0.33 0.22 0.36 0.35 0.24 0.15 0.13 0.48 0.13 0.78 0.12 0.23 0.02 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.21 0.74 0.40 0.12 0.07 0.21 0.01 0.21 0.33 0.14 0.31 0.23 0.40 0.09 0.66 0.19 0.16 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.74 1.16 0.84 0.53 2.07 0.74 1.98 1.09 1.60 1.20 1.67 0.68 0.79 0.08 2.35 0.87 1.27 2.20 1.65 1.71
C2 0.47 0.37 0.70 0.96 0.90 0.97 0.58 0.99 0.24 0.10 0.85 0.21 1.01 1.24 1.17 0.78 0.74 0.33 0.58 0.56
C2' 1.68 1.93 1.83 1.55 2.53 1.64 2.56 1.96 2.34 2.03 2.23 1.50 1.71 1.06 2.61 1.72 2.12 3.03 2.36 2.51
C3' 1.20 1.27 1.52 1.28 1.82 1.24 1.93 1.56 1.75 1.44 1.49 0.88 1.52 0.85 1.90 1.20 1.69 2.77 1.94 2.14
C4 0.15 0.79 0.17 0.42 1.58 0.60 1.29 0.69 0.87 0.59 1.37 0.47 0.57 0.84 1.93 0.59 0.58 0.96 0.76 0.72
C4' 0.44 0.57 0.88 0.57 1.41 0.42 1.49 0.82 1.20 0.76 0.94 0.14 0.96 0.22 1.63 0.39 1.07 2.32 1.54 1.64
C5 0.26 0.66 0.44 0.82 1.49 0.83 1.14 0.80 0.66 0.38 1.28 0.38 0.79 1.27 1.91 0.64 0.53 0.50 0.56 0.45
C5' 0.22 0.33 0.69 0.38 1.19 0.10 1.24 0.40 0.91 0.48 0.72 0.23 0.86 0.46 1.47 0.14 0.72 2.03 1.30 1.34
C6 0.60 0.42 0.90 1.31 1.16 1.21 0.75 1.16 0.28 0.10 1.03 0.24 1.17 1.73 1.58 0.86 0.84 0.26 0.61 0.58
C8 0.24 0.94 0.27 0.24 1.91 0.48 1.66 0.63 1.17 0.79 1.56 0.54 0.55 0.76 2.36 0.54 0.68 1.35 1.08 1.01
N1 0.73 0.28 1.06 1.41 0.88 1.29 0.50 1.27 0.15 0.18 0.82 0.17 1.33 1.76 1.24 0.95 0.98 0.47 0.76 0.76
N2 0.68 0.16 0.96 1.10 0.46 1.11 0.21 1.16 0.20 0.29 0.47 0.16 1.25 1.23 0.66 0.90 0.95 0.49 0.77 0.78
N3 0.18 0.71 0.16 0.41 1.32 0.64 1.06 0.75 0.73 0.51 1.21 0.43 0.55 0.72 1.56 0.65 0.62 0.88 0.68 0.68
N7 0.14 0.77 0.30 0.66 1.71 0.70 1.38 0.67 0.87 0.54 1.42 0.45 0.68 1.17 2.18 0.56 0.48 0.78 0.71 0.58
N9 0.37 0.99 0.38 0.10 1.89 0.50 1.67 0.73 1.24 0.88 1.57 0.58 0.54 0.51 2.26 0.62 0.82 1.53 1.17 1.15
O2' 2.32 2.49 2.43 2.15 3.12 2.30 3.26 2.68 3.07 2.69 2.76 1.96 2.16 1.58 3.11 2.39 2.85 3.79 3.05 3.26
O3' 1.16 0.98 1.58 1.42 1.38 1.30 1.62 1.62 1.56 1.27 1.06 0.61 1.59 1.02 1.35 1.17 1.68 2.82 1.82 2.13
O4' 0.20 0.44 0.55 0.29 1.48 0.08 1.44 0.42 1.03 0.56 0.96 0.18 0.75 0.61 1.84 0.15 0.70 1.87 1.25 1.27
O5' 0.12 0.45 0.51 0.17 1.45 0.20 1.42 0.35 1.00 0.53 0.95 0.14 0.66 0.56 1.84 0.25 0.68 1.92 1.32 1.30
O6 0.78 0.34 1.14 1.62 1.09 1.47 0.64 1.41 0.20 0.17 0.96 0.20 1.37 2.04 1.54 1.02 1.07 0.63 0.79 0.83
OP1 0.15 0.34 0.56 0.19 1.29 0.20 1.36 0.47 0.98 0.49 0.77 0.23 0.65 0.43 1.64 0.27 0.80 2.15 1.47 1.48
OP2 0.16 0.64 0.45 0.15 1.63 0.39 1.51 0.41 1.04 0.61 1.17 0.28 0.60 0.63 2.06 0.39 0.62 1.73 1.25 1.18
P 0.11 0.47 0.51 0.14 1.50 0.23 1.46 0.34 1.02 0.55 0.99 0.13 0.65 0.56 1.91 0.26 0.68 1.95 1.38 1.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.43 0.18 0.13
C2 0.02 0.00 0.13 0.04 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.10 0.01 0.19 0.20 0.79 0.17 0.27
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.10 0.02 0.10 0.20 0.01 0.02 0.05 0.01 0.25 0.26 0.39 0.12
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.21 0.27 0.30 0.17
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.02 0.08 1.02 0.47 0.30
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.10 0.24 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.24 0.15 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.04 0.01 0.13 0.18 0.97 0.67 0.36
C5' 0.03 0.19 0.05 0.03 0.05 0.01 0.19 0.00 0.23 0.04 0.16 0.34 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.27 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.15 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.04 0.02 0.18 0.22 0.82 0.60 0.34
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.08 0.70 0.31 0.21
N3 0.02 0.00 0.10 0.04 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.09 0.01 0.14 0.17 0.95 0.25 0.29
O2 0.03 0.00 0.20 0.08 0.01 0.24 0.01 0.34 0.02 0.02 0.01 0.00 0.45 0.15 0.01 0.33 0.30 0.72 0.13 0.32
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.08 0.02 0.15 0.05 0.21 0.03 0.23 0.45 0.00 0.05 0.11 0.02 0.27 0.24 0.53 0.17
O3' 0.04 0.10 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.09 0.15 0.05 0.00 0.06 0.04 0.15 0.32 0.26 0.15
O4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.04 0.09 1.09 0.48 0.32
O4' 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.14 0.33 0.02 0.04 0.04 0.00 0.11 0.36 0.23 0.19
O5' 0.07 0.20 0.25 0.21 0.08 0.01 0.18 0.01 0.22 0.08 0.17 0.30 0.27 0.15 0.09 0.11 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.43 0.79 0.26 0.27 1.02 0.24 0.97 0.27 0.82 0.70 0.95 0.72 0.24 0.32 1.09 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.17 0.39 0.30 0.47 0.15 0.67 0.27 0.60 0.31 0.25 0.13 0.53 0.26 0.48 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.27 0.12 0.17 0.30 0.03 0.36 0.01 0.34 0.21 0.29 0.32 0.17 0.15 0.32 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00