ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 26019

back

Distances from reference structure (by RMSD)

29, 25, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 24, 8, 3, 70,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.268, 1.072, 1.875, 2.701 max_d=2.701 avg_d=1.072 std_dev=0.803
C1' B 0, 0.130, 1.257, 2.384, 4.275 max_d=4.275 avg_d=1.257 std_dev=1.127
C4 B 0, -0.096, 1.032, 2.159, 3.709 max_d=3.709 avg_d=1.032 std_dev=1.127
N3 A 0, 0.251, 1.387, 2.523, 3.687 max_d=3.687 avg_d=1.387 std_dev=1.136
C2 A 0, 0.261, 1.469, 2.678, 3.648 max_d=3.648 avg_d=1.469 std_dev=1.209
C4 A 0, -0.159, 1.207, 2.572, 4.489 max_d=4.489 avg_d=1.207 std_dev=1.365
O4' B 0, 0.326, 1.692, 3.057, 5.461 max_d=5.461 avg_d=1.692 std_dev=1.365
C1' A 0, 0.122, 1.516, 2.910, 5.101 max_d=5.101 avg_d=1.516 std_dev=1.394
C5 B 0, 0.147, 1.545, 2.944, 5.033 max_d=5.033 avg_d=1.545 std_dev=1.398
C8 B 0, 0.368, 1.770, 3.173, 4.545 max_d=4.545 avg_d=1.770 std_dev=1.403
N9 A 0, 0.023, 1.435, 2.847, 5.100 max_d=5.100 avg_d=1.435 std_dev=1.412
N1 A 0, -0.006, 1.632, 3.270, 4.978 max_d=4.978 avg_d=1.632 std_dev=1.638
N7 B 0, 0.294, 1.933, 3.573, 5.139 max_d=5.139 avg_d=1.933 std_dev=1.639
N3 B 0, 0.022, 1.697, 3.371, 5.413 max_d=5.413 avg_d=1.697 std_dev=1.674
O4' A 0, 0.089, 1.780, 3.471, 6.544 max_d=6.544 avg_d=1.780 std_dev=1.691
C2' B 0, 0.253, 2.024, 3.796, 5.635 max_d=5.635 avg_d=2.024 std_dev=1.772
C5 A 0, 0.313, 2.152, 3.990, 5.533 max_d=5.533 avg_d=2.152 std_dev=1.838
C8 A 0, 0.446, 2.418, 4.390, 6.431 max_d=6.431 avg_d=2.418 std_dev=1.972
C6 A 0, 0.376, 2.354, 4.332, 6.114 max_d=6.114 avg_d=2.354 std_dev=1.978
C4' B 0, 0.311, 2.341, 4.370, 7.016 max_d=7.016 avg_d=2.341 std_dev=2.030
C6 B 0, 0.041, 2.113, 4.186, 7.409 max_d=7.409 avg_d=2.113 std_dev=2.072
C2' A 0, 0.427, 2.579, 4.732, 7.035 max_d=7.035 avg_d=2.579 std_dev=2.153
C3' B 0, 0.259, 2.479, 4.700, 7.875 max_d=7.875 avg_d=2.479 std_dev=2.220
O2' B 0, 0.571, 2.821, 5.071, 6.836 max_d=6.836 avg_d=2.821 std_dev=2.250
C4' A 0, -0.201, 2.078, 4.357, 8.974 max_d=8.974 avg_d=2.078 std_dev=2.279
C2 B 0, 0.152, 2.436, 4.719, 7.193 max_d=7.193 avg_d=2.436 std_dev=2.283
N7 A 0, 0.509, 2.923, 5.337, 6.797 max_d=6.797 avg_d=2.923 std_dev=2.414
O5' B 0, 0.408, 2.866, 5.324, 7.809 max_d=7.809 avg_d=2.866 std_dev=2.458
C3' A 0, 0.198, 2.688, 5.179, 8.923 max_d=8.923 avg_d=2.688 std_dev=2.490
N1 B 0, -0.047, 2.485, 5.017, 8.238 max_d=8.238 avg_d=2.485 std_dev=2.532
N6 B 0, 0.161, 2.717, 5.272, 9.421 max_d=9.421 avg_d=2.717 std_dev=2.555
O3' B 0, 0.026, 2.646, 5.267, 10.055 max_d=10.055 avg_d=2.646 std_dev=2.621
O2' A 0, 0.706, 3.340, 5.973, 7.793 max_d=7.793 avg_d=3.340 std_dev=2.634
C5' B 0, 0.445, 3.128, 5.811, 8.272 max_d=8.272 avg_d=3.128 std_dev=2.683
N6 A 0, 0.671, 3.392, 6.113, 7.791 max_d=7.791 avg_d=3.392 std_dev=2.721
C5' A 0, 0.010, 2.789, 5.569, 10.815 max_d=10.815 avg_d=2.789 std_dev=2.780
O5' A 0, 0.475, 3.409, 6.343, 10.192 max_d=10.192 avg_d=3.409 std_dev=2.934
O3' A 0, 0.342, 3.445, 6.547, 10.506 max_d=10.506 avg_d=3.445 std_dev=3.102
P B 0, 0.527, 3.815, 7.102, 9.730 max_d=9.730 avg_d=3.815 std_dev=3.288
OP1 B 0, 0.563, 3.944, 7.326, 10.266 max_d=10.266 avg_d=3.944 std_dev=3.381
P A 0, 0.793, 4.432, 8.072, 12.139 max_d=12.139 avg_d=4.432 std_dev=3.640
OP1 A 0, 0.820, 4.859, 8.899, 14.042 max_d=14.042 avg_d=4.859 std_dev=4.040
OP2 B 0, 0.762, 4.896, 9.030, 11.712 max_d=11.712 avg_d=4.896 std_dev=4.134
OP2 A 0, 1.060, 5.234, 9.409, 13.859 max_d=13.859 avg_d=5.234 std_dev=4.175

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.23 0.53 0.43 0.25
C2 0.05 0.00 0.36 0.27 0.01 0.25 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.36 0.35 0.37 0.47 0.69 0.76 0.42
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.18 0.02 0.09 0.20 0.16 0.21 0.28 0.36 0.12 0.13 0.03 0.01 0.04 0.02 0.48 0.91 0.68 0.62
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.24 0.01 0.30 0.03 0.32 0.31 0.30 0.23 0.35 0.34 0.21 0.03 0.01 0.02 0.29 0.67 0.39 0.34
C4 0.02 0.01 0.18 0.24 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.21 0.20 0.40 0.60 0.73 0.37
C4' 0.01 0.25 0.02 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.11 0.24 0.18 0.24 0.12 0.20 0.08 0.30 0.03 0.01 0.02 0.33 0.31 0.11
C5 0.02 0.01 0.09 0.30 0.01 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.29 0.16 0.10 0.49 0.67 0.94 0.51
C5' 0.08 0.39 0.20 0.03 0.22 0.01 0.20 0.00 0.24 0.31 0.33 0.37 0.25 0.28 0.13 0.11 0.22 0.02 0.01 0.26 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.16 0.32 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.20 0.18 0.50 0.70 0.99 0.52
C8 0.02 0.02 0.21 0.31 0.01 0.24 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.45 0.18 0.19 0.57 0.70 0.89 0.59
N1 0.04 0.01 0.28 0.30 0.02 0.18 0.01 0.33 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.27 0.29 0.48 0.70 0.89 0.47
N3 0.05 0.01 0.36 0.23 0.01 0.24 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.35 0.36 0.36 0.43 0.64 0.66 0.37
N6 0.03 0.02 0.12 0.35 0.02 0.12 0.02 0.25 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.34 0.21 0.13 0.54 0.76 1.12 0.62
N7 0.02 0.02 0.13 0.34 0.01 0.20 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.44 0.20 0.10 0.59 0.76 1.07 0.67
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.14 0.02 0.37 0.57 0.65 0.35
O2' 0.03 0.36 0.01 0.03 0.21 0.30 0.29 0.11 0.28 0.45 0.29 0.35 0.34 0.44 0.21 0.00 0.06 0.22 0.34 0.89 0.73 0.58
O3' 0.30 0.35 0.04 0.01 0.21 0.03 0.16 0.22 0.20 0.18 0.27 0.36 0.21 0.20 0.14 0.06 0.00 0.21 0.28 0.66 0.37 0.31
O4' 0.01 0.37 0.02 0.02 0.20 0.01 0.10 0.02 0.18 0.19 0.29 0.36 0.13 0.10 0.02 0.22 0.21 0.00 0.16 0.41 0.42 0.27
O5' 0.23 0.47 0.48 0.29 0.40 0.02 0.49 0.01 0.50 0.57 0.48 0.43 0.54 0.59 0.37 0.34 0.28 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.53 0.69 0.91 0.67 0.60 0.33 0.67 0.26 0.70 0.70 0.70 0.64 0.76 0.76 0.57 0.89 0.66 0.41 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.76 0.68 0.39 0.73 0.31 0.94 0.32 0.99 0.89 0.89 0.66 1.12 1.07 0.65 0.73 0.37 0.42 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.42 0.62 0.34 0.37 0.11 0.51 0.02 0.52 0.59 0.47 0.37 0.62 0.67 0.35 0.58 0.31 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.59 3.48 1.70 1.56 2.34 1.33 2.64 1.14 3.33 1.93 3.75 2.76 3.67 2.37 1.79 2.12 1.98 1.33 0.85 0.78 1.36 0.75
C2 1.56 3.28 1.53 1.14 2.44 1.14 2.48 0.93 2.89 1.77 3.28 2.86 2.85 2.09 1.86 1.80 1.24 1.45 0.79 0.75 0.89 0.35
C2' 1.70 3.77 1.84 1.65 2.46 1.55 2.60 1.51 3.29 1.84 3.88 3.04 3.52 2.26 1.85 2.17 1.93 1.53 1.17 0.93 1.28 0.97
C3' 1.64 3.58 1.81 1.68 2.30 1.53 2.49 1.42 3.23 1.75 3.79 2.84 3.53 2.15 1.73 2.21 2.08 1.44 1.06 0.89 1.45 0.92
C4 1.76 3.76 1.75 1.38 2.76 1.24 2.99 0.98 3.61 2.07 4.00 3.13 3.71 2.55 2.11 2.13 1.63 1.49 0.76 0.72 1.04 0.43
C4' 1.67 3.27 1.79 1.76 2.16 1.50 2.47 1.28 3.18 1.94 3.59 2.55 3.62 2.29 1.74 2.26 2.29 1.40 1.00 0.92 1.67 0.98
C5 2.14 4.05 2.07 1.54 3.21 1.35 3.45 0.95 4.07 2.41 4.36 3.49 4.20 2.92 2.53 2.55 1.73 1.75 0.78 0.72 0.92 0.30
C5' 1.78 3.36 1.88 1.81 2.31 1.54 2.64 1.29 3.36 2.08 3.75 2.64 3.81 2.44 1.89 2.38 2.34 1.48 1.02 1.01 1.69 1.01
C6 2.31 3.95 2.26 1.65 3.28 1.43 3.46 0.97 3.95 2.50 4.17 3.52 4.01 2.95 2.68 2.75 1.76 1.91 0.88 0.75 0.86 0.34
C8 2.02 4.12 1.98 1.55 3.08 1.34 3.40 0.99 4.17 2.36 4.53 3.42 4.46 2.92 2.39 2.47 1.87 1.64 0.74 0.71 1.07 0.42
N1 2.01 3.54 1.97 1.39 2.90 1.27 2.97 0.90 3.35 2.16 3.62 3.18 3.31 2.51 2.34 2.34 1.43 1.75 0.84 0.77 0.83 0.34
N3 1.48 3.37 1.52 1.29 2.35 1.20 2.48 1.05 2.99 1.77 3.43 2.81 3.03 2.15 1.75 1.79 1.51 1.35 0.82 0.74 1.08 0.53
N6 2.67 4.13 2.66 2.03 3.54 1.68 3.75 1.12 4.22 2.84 4.35 3.76 4.37 3.32 3.00 3.27 2.16 2.17 1.04 0.80 0.90 0.50
N7 2.27 4.29 2.19 1.66 3.36 1.43 3.66 0.99 4.38 2.57 4.68 3.66 4.65 3.14 2.67 2.72 1.91 1.83 0.79 0.71 0.96 0.31
N9 1.75 3.81 1.77 1.46 2.72 1.28 3.02 1.02 3.73 2.10 4.13 3.10 3.97 2.61 2.08 2.19 1.80 1.46 0.76 0.73 1.16 0.54
O2' 1.76 3.53 1.99 1.85 2.29 1.69 2.39 1.68 2.97 1.88 3.53 2.89 3.21 2.21 1.82 2.27 2.06 1.58 1.36 0.95 1.42 1.13
O3' 1.82 3.35 2.04 2.03 2.15 1.83 2.25 1.69 2.90 1.76 3.47 2.69 3.18 2.02 1.73 2.40 2.43 1.65 1.33 0.99 1.76 1.14
O4' 1.71 3.29 1.80 1.75 2.28 1.44 2.65 1.17 3.35 2.10 3.67 2.58 3.81 2.48 1.86 2.27 2.26 1.40 0.91 0.90 1.66 0.92
O5' 1.94 3.80 2.00 1.75 2.72 1.50 3.04 1.23 3.81 2.24 4.21 3.08 4.23 2.70 2.17 2.50 2.21 1.58 0.94 0.97 1.53 0.90
OP1 2.10 3.63 2.23 2.08 2.66 1.74 2.97 1.43 3.67 2.32 4.02 2.97 4.12 2.72 2.23 2.73 2.54 1.73 1.10 1.00 1.72 1.01
OP2 2.44 4.33 2.45 1.98 3.33 1.71 3.64 1.27 4.39 2.71 4.73 3.67 4.82 3.24 2.73 3.03 2.40 1.98 1.05 1.02 1.19 0.84
P 2.19 3.95 2.26 1.96 2.94 1.64 3.25 1.25 3.99 2.45 4.36 3.28 4.43 2.91 2.41 2.81 2.42 1.77 0.94 0.86 1.37 0.78

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.01 0.03 0.33 0.01 0.31 0.65 0.38 0.39
C2 0.06 0.00 0.46 0.49 0.02 0.65 0.02 1.27 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.35 0.39 0.49 1.33 1.64 1.28 1.42
C2' 0.01 0.46 0.00 0.01 0.23 0.02 0.11 0.19 0.20 0.25 0.35 0.47 0.13 0.15 0.04 0.01 0.04 0.03 0.62 0.82 0.63 0.68
C3' 0.03 0.49 0.01 0.00 0.26 0.01 0.28 0.03 0.31 0.44 0.39 0.47 0.33 0.42 0.20 0.02 0.01 0.02 0.46 0.67 0.36 0.43
C4 0.03 0.02 0.23 0.26 0.00 0.27 0.01 0.52 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.21 0.23 0.25 0.57 0.94 0.55 0.54
C4' 0.02 0.65 0.02 0.01 0.27 0.00 0.13 0.01 0.25 0.42 0.48 0.63 0.18 0.31 0.09 0.25 0.04 0.01 0.02 0.36 0.32 0.12
C5 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.17 0.11 0.47 1.05 0.84 0.62
C5' 0.07 1.27 0.19 0.03 0.52 0.01 0.28 0.00 0.51 0.72 0.97 1.18 0.38 0.54 0.15 0.11 0.19 0.03 0.01 0.38 0.38 0.03
C6 0.03 0.01 0.20 0.31 0.01 0.25 0.01 0.51 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.26 0.23 0.22 0.62 1.15 0.75 0.67
C8 0.03 0.03 0.25 0.44 0.01 0.42 0.02 0.72 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.38 0.16 0.27 1.02 1.50 1.58 1.37
N1 0.06 0.01 0.35 0.39 0.02 0.48 0.02 0.97 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.29 0.32 0.38 1.04 1.44 0.95 1.10
N3 0.07 0.01 0.47 0.47 0.01 0.63 0.01 1.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.34 0.39 0.49 1.20 1.38 1.11 1.21
N6 0.03 0.02 0.13 0.33 0.02 0.18 0.02 0.38 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.30 0.22 0.15 0.56 1.20 0.97 0.72
N7 0.02 0.02 0.15 0.42 0.01 0.31 0.01 0.54 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.37 0.16 0.15 0.84 1.44 1.57 1.24
N9 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.19 0.17 0.02 0.42 0.88 0.71 0.59
O2' 0.03 0.35 0.01 0.02 0.21 0.25 0.26 0.11 0.26 0.38 0.29 0.34 0.30 0.37 0.19 0.00 0.07 0.18 0.60 0.90 0.69 0.74
O3' 0.33 0.39 0.04 0.01 0.23 0.04 0.17 0.19 0.23 0.16 0.32 0.39 0.22 0.16 0.17 0.07 0.00 0.23 0.35 0.73 0.38 0.40
O4' 0.01 0.49 0.03 0.02 0.25 0.01 0.11 0.03 0.22 0.27 0.38 0.49 0.15 0.15 0.02 0.18 0.23 0.00 0.18 0.50 0.28 0.19
O5' 0.31 1.33 0.62 0.46 0.57 0.02 0.47 0.01 0.62 1.02 1.04 1.20 0.56 0.84 0.42 0.60 0.35 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.65 1.64 0.82 0.67 0.94 0.36 1.05 0.38 1.15 1.50 1.44 1.38 1.20 1.44 0.88 0.90 0.73 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.28 0.63 0.36 0.55 0.32 0.84 0.38 0.75 1.58 0.95 1.11 0.97 1.57 0.71 0.69 0.38 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.39 1.42 0.68 0.43 0.54 0.12 0.62 0.03 0.67 1.37 1.10 1.21 0.72 1.24 0.59 0.74 0.40 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00