ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 26021

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 1, 12, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 3, 4, 1, 3, 7, 12, 7, 55,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.740, 1.314, 1.889, 2.240 max_d=2.240 avg_d=1.314 std_dev=0.574
N1 B 0, 0.666, 1.259, 1.853, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.259 std_dev=0.593
C2 A 0, 0.681, 1.341, 2.001, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.341 std_dev=0.660
C6 B 0, 0.736, 1.402, 2.068, 2.353 max_d=2.353 avg_d=1.402 std_dev=0.666
C4 A 0, 0.485, 1.212, 1.939, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.212 std_dev=0.727
N9 A 0, 0.887, 1.615, 2.343, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.615 std_dev=0.728
C1' B 0, 1.196, 2.104, 3.013, 3.955 max_d=3.955 avg_d=2.104 std_dev=0.908
C1' A 0, 0.916, 1.917, 2.917, 4.521 max_d=4.521 avg_d=1.917 std_dev=1.000
C2 B 0, 0.547, 1.552, 2.558, 4.189 max_d=4.189 avg_d=1.552 std_dev=1.006
N1 A 0, 0.452, 1.471, 2.491, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.471 std_dev=1.019
C8 A 0, 0.993, 2.078, 3.163, 4.545 max_d=4.545 avg_d=2.078 std_dev=1.085
O4' B 0, 1.240, 2.339, 3.439, 3.936 max_d=3.936 avg_d=2.339 std_dev=1.100
C5 B 0, 1.101, 2.213, 3.324, 3.637 max_d=3.637 avg_d=2.213 std_dev=1.112
O5' B 0, 1.001, 2.121, 3.241, 4.991 max_d=4.991 avg_d=2.121 std_dev=1.120
C5' B 0, 1.299, 2.435, 3.572, 4.720 max_d=4.720 avg_d=2.435 std_dev=1.136
C2' B 0, 1.415, 2.619, 3.824, 5.560 max_d=5.560 avg_d=2.619 std_dev=1.204
O2 B 0, 1.307, 2.540, 3.774, 5.528 max_d=5.528 avg_d=2.540 std_dev=1.233
C5 A 0, 0.123, 1.424, 2.726, 4.618 max_d=4.618 avg_d=1.424 std_dev=1.302
C4 B 0, 0.856, 2.166, 3.475, 4.385 max_d=4.385 avg_d=2.166 std_dev=1.309
N3 B 0, 0.269, 1.604, 2.938, 4.979 max_d=4.979 avg_d=1.604 std_dev=1.334
O4' A 0, 1.040, 2.387, 3.734, 6.033 max_d=6.033 avg_d=2.387 std_dev=1.347
C4' B 0, 1.152, 2.566, 3.981, 4.728 max_d=4.728 avg_d=2.566 std_dev=1.415
C6 A 0, 0.049, 1.541, 3.032, 5.107 max_d=5.107 avg_d=1.541 std_dev=1.491
N7 A 0, 0.621, 2.114, 3.607, 5.868 max_d=5.868 avg_d=2.114 std_dev=1.493
C3' B 0, 1.349, 2.874, 4.399, 5.659 max_d=5.659 avg_d=2.874 std_dev=1.525
O2' B 0, 2.105, 3.757, 5.409, 8.128 max_d=8.128 avg_d=3.757 std_dev=1.652
C2' A 0, 0.774, 2.439, 4.105, 5.662 max_d=5.662 avg_d=2.439 std_dev=1.665
N4 B 0, 1.434, 3.195, 4.956, 5.749 max_d=5.749 avg_d=3.195 std_dev=1.761
C4' A 0, 0.985, 2.824, 4.664, 7.486 max_d=7.486 avg_d=2.824 std_dev=1.840
OP2 B 0, 1.767, 3.656, 5.545, 7.854 max_d=7.854 avg_d=3.656 std_dev=1.889
P B 0, 0.728, 2.637, 4.546, 6.774 max_d=6.774 avg_d=2.637 std_dev=1.909
OP1 B 0, 1.095, 3.032, 4.969, 7.141 max_d=7.141 avg_d=3.032 std_dev=1.937
O2' A 0, 1.039, 3.032, 5.025, 7.311 max_d=7.311 avg_d=3.032 std_dev=1.993
N6 A 0, 0.281, 2.282, 4.282, 7.108 max_d=7.108 avg_d=2.282 std_dev=2.001
C3' A 0, 0.823, 2.827, 4.832, 6.868 max_d=6.868 avg_d=2.827 std_dev=2.005
OP1 A 0, 3.020, 5.205, 7.390, 11.650 max_d=11.650 avg_d=5.205 std_dev=2.185
C5' A 0, 1.195, 3.384, 5.572, 8.210 max_d=8.210 avg_d=3.384 std_dev=2.189
O5' A 0, 1.400, 3.666, 5.932, 8.560 max_d=8.560 avg_d=3.666 std_dev=2.266
O3' B 0, 2.020, 4.361, 6.703, 7.886 max_d=7.886 avg_d=4.361 std_dev=2.342
OP2 A 0, 2.897, 5.342, 7.787, 11.858 max_d=11.858 avg_d=5.342 std_dev=2.445
O3' A 0, 0.935, 3.459, 5.982, 8.747 max_d=8.747 avg_d=3.459 std_dev=2.524
P A 0, 1.736, 4.351, 6.966, 11.171 max_d=11.171 avg_d=4.351 std_dev=2.615

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.28 0.49 0.44 0.31
C2 0.05 0.00 0.40 0.36 0.02 0.19 0.02 0.33 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.36 0.37 0.29 0.59 0.96 1.06 0.74
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.12 0.17 0.20 0.19 0.32 0.40 0.15 0.11 0.03 0.01 0.04 0.02 0.45 0.66 0.57 0.53
C3' 0.02 0.36 0.01 0.00 0.30 0.01 0.37 0.04 0.40 0.33 0.39 0.31 0.43 0.38 0.23 0.03 0.01 0.02 0.37 0.52 0.44 0.35
C4 0.02 0.02 0.21 0.30 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.22 0.15 0.52 0.83 0.97 0.65
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.28 0.14 0.19 0.18 0.26 0.11 0.28 0.03 0.01 0.02 0.23 0.31 0.14
C5 0.02 0.02 0.12 0.37 0.01 0.15 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.21 0.06 0.65 0.99 1.29 0.86
C5' 0.07 0.33 0.17 0.04 0.22 0.01 0.30 0.00 0.30 0.44 0.30 0.31 0.36 0.44 0.20 0.13 0.21 0.02 0.02 0.28 0.39 0.02
C6 0.03 0.02 0.20 0.40 0.01 0.14 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.27 0.12 0.66 1.07 1.38 0.91
C8 0.03 0.02 0.19 0.33 0.01 0.28 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.40 0.19 0.19 0.75 0.95 1.22 0.93
N1 0.04 0.01 0.32 0.39 0.02 0.14 0.01 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.32 0.32 0.22 0.62 1.03 1.25 0.83
N3 0.05 0.01 0.40 0.31 0.01 0.19 0.01 0.31 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.34 0.35 0.29 0.53 0.85 0.88 0.63
N6 0.03 0.02 0.15 0.43 0.02 0.18 0.02 0.36 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.35 0.30 0.09 0.73 1.18 1.59 1.04
N7 0.02 0.02 0.11 0.38 0.01 0.26 0.00 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.41 0.23 0.11 0.78 1.10 1.49 1.05
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.11 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.49 0.71 0.83 0.58
O2' 0.02 0.36 0.01 0.03 0.23 0.28 0.31 0.13 0.31 0.40 0.32 0.34 0.35 0.41 0.21 0.00 0.08 0.21 0.33 0.63 0.53 0.49
O3' 0.28 0.37 0.04 0.01 0.22 0.03 0.21 0.21 0.27 0.19 0.32 0.35 0.30 0.23 0.12 0.08 0.00 0.18 0.36 0.66 0.42 0.41
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.02 0.12 0.19 0.22 0.29 0.09 0.11 0.02 0.21 0.18 0.00 0.19 0.34 0.37 0.20
O5' 0.28 0.59 0.45 0.37 0.52 0.02 0.65 0.02 0.66 0.75 0.62 0.53 0.73 0.78 0.49 0.33 0.36 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.96 0.66 0.52 0.83 0.23 0.99 0.28 1.07 0.95 1.03 0.85 1.18 1.10 0.71 0.63 0.66 0.34 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 1.06 0.57 0.44 0.97 0.31 1.29 0.39 1.38 1.22 1.25 0.88 1.59 1.49 0.83 0.53 0.42 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.74 0.53 0.35 0.65 0.14 0.86 0.02 0.91 0.93 0.83 0.63 1.04 1.05 0.58 0.49 0.41 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.52 2.95 2.41 2.00 2.88 1.91 2.54 1.43 2.27 2.53 3.03 3.09 3.26 2.79 2.04 2.39 1.11 0.69 0.64 0.49
C2 1.84 2.42 1.44 0.99 2.67 1.15 2.52 1.03 2.26 2.21 2.63 2.79 2.34 1.44 0.88 1.83 0.72 0.68 0.65 0.36
C2' 2.75 2.95 2.82 2.44 2.72 2.29 2.35 1.79 2.20 2.58 2.95 2.93 3.34 3.30 2.47 2.60 1.42 0.96 0.97 0.85
C3' 2.79 2.99 2.92 2.47 2.61 2.29 2.21 1.72 2.09 2.57 2.93 2.81 3.48 3.51 2.57 2.57 1.28 0.87 0.91 0.69
C4 2.17 2.92 1.86 1.37 3.08 1.40 2.75 1.10 2.41 2.50 3.15 3.25 2.98 1.99 1.26 2.06 0.82 0.67 0.59 0.32
C4' 2.88 3.16 2.89 2.44 2.81 2.28 2.42 1.68 2.27 2.72 3.12 2.99 3.66 3.45 2.60 2.66 1.26 0.70 0.78 0.60
C5 2.21 3.17 1.81 1.25 3.45 1.28 3.01 1.01 2.61 2.68 3.52 3.67 3.17 1.88 1.14 2.03 0.73 0.69 0.64 0.31
C5' 2.96 3.34 2.95 2.47 2.99 2.32 2.55 1.71 2.38 2.84 3.32 3.20 3.85 3.51 2.64 2.71 1.30 0.70 0.86 0.67
C6 2.19 3.09 1.71 1.16 3.44 1.27 3.06 1.05 2.66 2.68 3.44 3.66 3.01 1.72 1.12 2.03 0.72 0.73 0.74 0.38
C8 2.36 3.28 2.11 1.56 3.48 1.48 2.96 1.10 2.54 2.71 3.62 3.79 3.44 2.33 1.48 2.15 0.85 0.68 0.61 0.33
N1 2.01 2.72 1.53 1.04 3.06 1.21 2.83 1.07 2.51 2.45 3.00 3.22 2.60 1.52 1.03 1.94 0.72 0.73 0.77 0.43
N3 2.00 2.52 1.72 1.30 2.65 1.39 2.46 1.15 2.20 2.25 2.67 2.77 2.56 1.82 1.19 1.99 0.85 0.67 0.58 0.35
N6 2.34 3.27 1.85 1.30 3.65 1.42 3.20 1.17 2.77 2.81 3.65 3.97 3.23 1.90 1.36 2.13 0.77 0.78 0.83 0.46
N7 2.31 3.37 1.96 1.38 3.66 1.34 3.10 1.01 2.65 2.78 3.79 3.96 3.44 2.09 1.27 2.08 0.76 0.70 0.64 0.30
N9 2.33 3.05 2.12 1.64 3.15 1.59 2.75 1.20 2.40 2.57 3.27 3.38 3.23 2.37 1.59 2.19 0.92 0.68 0.60 0.37
O2' 3.06 3.16 3.14 2.76 2.88 2.55 2.59 1.94 2.47 2.85 3.09 3.04 3.54 3.63 2.83 2.87 1.59 0.91 1.00 0.93
O3' 2.93 2.98 3.19 2.71 2.43 2.43 2.07 1.79 2.04 2.59 2.81 2.55 3.54 3.90 2.86 2.62 1.32 1.06 1.14 0.85
O4' 2.77 3.23 2.65 2.20 3.06 2.10 2.68 1.56 2.45 2.77 3.28 3.26 3.62 3.08 2.32 2.59 1.22 0.71 0.80 0.63
O5' 3.02 3.55 2.98 2.48 3.28 2.30 2.77 1.72 2.57 3.00 3.62 3.51 4.02 3.47 2.59 2.73 1.41 0.90 1.04 0.84
OP1 2.98 3.51 3.01 2.56 3.31 2.34 2.82 1.86 2.60 2.97 3.61 3.60 3.97 3.48 2.73 2.69 1.63 1.35 1.42 1.30
OP2 3.21 3.88 3.09 2.57 3.70 2.51 3.10 2.01 2.86 3.27 4.05 4.00 4.29 3.53 2.59 2.95 1.69 1.25 1.17 1.20
P 3.05 3.63 2.99 2.51 3.43 2.36 2.90 1.83 2.67 3.07 3.75 3.71 4.08 3.46 2.64 2.78 1.52 1.06 1.17 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.34 0.01 0.33 0.46 0.36 0.30
C2 0.03 0.00 0.16 0.23 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.31 0.26 0.13 0.62 0.73 0.58 0.58
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.23 0.15 0.03 0.13 0.08 0.28 0.01 0.04 0.02 0.24 0.39 0.60 0.35
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.40 0.01 0.43 0.02 0.38 0.24 0.31 0.43 0.19 0.02 0.01 0.02 0.18 0.32 0.32 0.18
C4 0.02 0.02 0.07 0.40 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.19 0.05 0.90 1.06 0.97 0.90
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.15 0.00 0.22 0.01 0.22 0.09 0.10 0.17 0.15 0.31 0.03 0.01 0.03 0.25 0.28 0.07
C5 0.02 0.02 0.12 0.43 0.01 0.22 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.37 0.26 0.13 0.97 1.12 1.01 0.96
C5' 0.10 0.13 0.23 0.02 0.22 0.01 0.30 0.00 0.27 0.13 0.16 0.25 0.19 0.13 0.22 0.02 0.01 0.37 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01 0.22 0.00 0.27 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.19 0.16 0.85 0.94 0.75 0.78
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.14 0.02 0.62 0.71 0.52 0.55
N3 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.20 0.10 0.76 0.89 0.77 0.74
N4 0.03 0.02 0.08 0.43 0.01 0.17 0.02 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.36 0.24 0.05 0.97 1.17 1.14 1.01
O2 0.05 0.01 0.28 0.19 0.02 0.15 0.03 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.42 0.45 0.23 0.49 0.59 0.48 0.46
O2' 0.02 0.31 0.01 0.02 0.34 0.31 0.37 0.13 0.33 0.21 0.34 0.36 0.42 0.00 0.08 0.21 0.19 0.36 0.62 0.29
O3' 0.34 0.26 0.04 0.01 0.19 0.03 0.26 0.22 0.19 0.14 0.20 0.24 0.45 0.08 0.00 0.25 0.28 0.52 0.35 0.31
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.05 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.10 0.05 0.23 0.21 0.25 0.00 0.36 0.52 0.33 0.34
O5' 0.33 0.62 0.24 0.18 0.90 0.03 0.97 0.01 0.85 0.62 0.76 0.97 0.49 0.19 0.28 0.36 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.46 0.73 0.39 0.32 1.06 0.25 1.12 0.37 0.94 0.71 0.89 1.17 0.59 0.36 0.52 0.52 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.58 0.60 0.32 0.97 0.28 1.01 0.37 0.75 0.52 0.77 1.14 0.48 0.62 0.35 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.58 0.35 0.18 0.90 0.07 0.96 0.02 0.78 0.55 0.74 1.01 0.46 0.29 0.31 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00