ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 26948

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 11, 6, 2, 8, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.023, 0.143, 0.262, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.143 std_dev=0.120
N1 B 0, 0.012, 0.142, 0.272, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.142 std_dev=0.130
C4 A 0, 0.070, 0.201, 0.331, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.201 std_dev=0.130
N3 A 0, 0.113, 0.247, 0.381, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.247 std_dev=0.134
C2 B 0, 0.064, 0.198, 0.333, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.198 std_dev=0.134
C6 B 0, 0.092, 0.248, 0.404, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.248 std_dev=0.156
C2 A 0, 0.116, 0.272, 0.429, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.272 std_dev=0.156
C6 A 0, 0.083, 0.243, 0.403, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.243 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.128, 0.336, 0.544, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.336 std_dev=0.208
O2 B 0, 0.141, 0.356, 0.572, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.356 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.031, 0.249, 0.466, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.249 std_dev=0.218
C5 A 0, 0.045, 0.263, 0.481, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.263 std_dev=0.218
O4 A 0, 0.174, 0.394, 0.613, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.394 std_dev=0.220
C1' B 0, 0.070, 0.296, 0.522, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.296 std_dev=0.226
C1' A 0, 0.029, 0.261, 0.494, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.261 std_dev=0.232
C4 B 0, 0.092, 0.340, 0.588, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.340 std_dev=0.248
O2 A 0, 0.157, 0.461, 0.766, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.461 std_dev=0.304
O4 B 0, 0.109, 0.503, 0.898, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.503 std_dev=0.395
O4' A 0, 0.064, 0.504, 0.944, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.504 std_dev=0.440
O4' B 0, 0.191, 0.661, 1.131, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.661 std_dev=0.470
C2' B 0, 0.032, 0.573, 1.114, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.573 std_dev=0.541
O2' B 0, -0.171, 0.519, 1.210, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.519 std_dev=0.690
C2' A 0, -0.104, 0.668, 1.439, 2.289 max_d=2.289 avg_d=0.668 std_dev=0.771
C4' A 0, 0.002, 0.774, 1.546, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.774 std_dev=0.772
C4' B 0, 0.213, 1.009, 1.804, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.009 std_dev=0.795
C3' A 0, -0.078, 0.758, 1.594, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.758 std_dev=0.836
O3' A 0, 0.024, 0.893, 1.762, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.893 std_dev=0.869
C3' B 0, 0.099, 1.038, 1.977, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.038 std_dev=0.939
C5' B 0, 0.361, 1.360, 2.358, 3.880 max_d=3.880 avg_d=1.360 std_dev=0.998
O5' A 0, 0.015, 1.089, 2.162, 3.599 max_d=3.599 avg_d=1.089 std_dev=1.073
O2' A 0, -0.129, 0.949, 2.027, 3.546 max_d=3.546 avg_d=0.949 std_dev=1.078
C5' A 0, -0.023, 1.118, 2.258, 3.370 max_d=3.370 avg_d=1.118 std_dev=1.140
O5' B 0, 0.483, 1.629, 2.775, 4.841 max_d=4.841 avg_d=1.629 std_dev=1.146
O3' B 0, 0.073, 1.430, 2.787, 3.904 max_d=3.904 avg_d=1.430 std_dev=1.357
P B 0, 0.484, 1.944, 3.404, 6.021 max_d=6.021 avg_d=1.944 std_dev=1.460
P A 0, -0.189, 1.324, 2.837, 4.117 max_d=4.117 avg_d=1.324 std_dev=1.513
OP1 B 0, 0.782, 2.426, 4.070, 6.660 max_d=6.660 avg_d=2.426 std_dev=1.644
OP2 B 0, 0.744, 2.591, 4.438, 6.733 max_d=6.733 avg_d=2.591 std_dev=1.847
OP2 A 0, -0.338, 1.742, 3.821, 5.878 max_d=5.878 avg_d=1.742 std_dev=2.080
OP1 A 0, -0.225, 1.870, 3.966, 5.935 max_d=5.935 avg_d=1.870 std_dev=2.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.10 0.03 0.02 0.05 0.10 0.02 0.27 0.05 0.01 0.10 0.60 0.37 0.24
C2 0.06 0.00 0.22 0.29 0.03 0.11 0.03 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.03 0.12 0.24 0.73 0.58 0.15
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.08 0.03 0.11 0.21 0.16 0.04 0.19 0.37 0.01 0.02 0.10 0.02 0.39 0.67 0.54 0.52
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.41 0.01 0.39 0.03 0.33 0.25 0.37 0.26 0.02 0.01 0.45 0.02 0.17 0.27 0.22 0.17
C4 0.04 0.03 0.08 0.41 0.00 0.19 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.03 0.27 0.24 0.01 0.07 0.45 0.87 0.84 0.21
C4' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.19 0.00 0.22 0.01 0.21 0.12 0.14 0.13 0.28 0.03 0.20 0.01 0.03 0.17 0.24 0.08
C5 0.04 0.03 0.11 0.39 0.01 0.22 0.00 0.29 0.01 0.02 0.02 0.04 0.34 0.29 0.01 0.11 0.48 0.91 0.82 0.23
C5' 0.10 0.17 0.21 0.03 0.27 0.01 0.29 0.00 0.23 0.15 0.22 0.17 0.13 0.22 0.29 0.02 0.02 0.20 0.36 0.03
C6 0.03 0.02 0.16 0.33 0.02 0.21 0.01 0.23 0.00 0.01 0.03 0.03 0.32 0.22 0.02 0.14 0.37 0.84 0.63 0.16
N1 0.02 0.01 0.04 0.25 0.02 0.12 0.02 0.15 0.01 0.00 0.02 0.03 0.17 0.09 0.03 0.04 0.22 0.72 0.52 0.16
N3 0.05 0.01 0.19 0.37 0.01 0.14 0.02 0.22 0.03 0.02 0.00 0.02 0.19 0.16 0.03 0.10 0.36 0.80 0.72 0.15
O2 0.10 0.01 0.37 0.26 0.03 0.13 0.04 0.17 0.03 0.03 0.02 0.00 0.24 0.24 0.04 0.19 0.17 0.66 0.52 0.19
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.27 0.28 0.34 0.13 0.32 0.17 0.19 0.24 0.00 0.07 0.28 0.19 0.28 0.58 0.59 0.47
O3' 0.27 0.13 0.02 0.01 0.24 0.03 0.29 0.22 0.22 0.09 0.16 0.24 0.07 0.00 0.30 0.21 0.23 0.58 0.27 0.31
O4 0.05 0.03 0.10 0.45 0.01 0.20 0.01 0.29 0.02 0.03 0.03 0.04 0.28 0.30 0.00 0.07 0.51 0.89 0.95 0.27
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.02 0.14 0.04 0.10 0.19 0.19 0.21 0.07 0.00 0.16 0.51 0.30 0.23
O5' 0.10 0.24 0.39 0.17 0.45 0.03 0.48 0.02 0.37 0.22 0.36 0.17 0.28 0.23 0.51 0.16 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.60 0.73 0.67 0.27 0.87 0.17 0.91 0.20 0.84 0.72 0.80 0.66 0.58 0.58 0.89 0.51 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.58 0.54 0.22 0.84 0.24 0.82 0.36 0.63 0.52 0.72 0.52 0.59 0.27 0.95 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.15 0.52 0.17 0.21 0.08 0.23 0.03 0.16 0.16 0.15 0.19 0.47 0.31 0.27 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.43 0.68 0.89 0.35 0.66 0.44 0.73 0.51 0.49 0.35 0.42 0.69 0.98 0.28 0.48 0.90 1.73 1.79 1.32
C2 0.33 0.29 0.44 0.65 0.26 0.46 0.31 0.55 0.34 0.32 0.26 0.29 0.49 0.65 0.23 0.32 0.85 1.71 1.68 1.29
C2' 1.04 0.83 1.14 1.49 0.66 1.34 0.83 1.47 0.97 0.95 0.69 0.83 1.09 1.61 0.48 1.12 1.13 1.59 1.50 1.20
C3' 0.83 0.73 0.97 1.29 0.61 1.05 0.68 1.15 0.77 0.78 0.65 0.74 0.95 1.45 0.53 0.82 0.94 1.60 1.59 1.17
C4 0.20 0.20 0.31 0.59 0.20 0.35 0.23 0.47 0.22 0.20 0.21 0.22 0.42 0.54 0.21 0.21 0.78 1.65 1.55 1.22
C4' 0.52 0.42 0.75 0.96 0.35 0.63 0.44 0.69 0.52 0.49 0.35 0.41 0.78 1.11 0.31 0.41 0.88 1.70 1.83 1.30
C5 0.23 0.21 0.37 0.66 0.20 0.40 0.25 0.54 0.26 0.22 0.20 0.21 0.43 0.64 0.19 0.22 0.80 1.70 1.63 1.25
C5' 0.48 0.39 0.71 0.94 0.36 0.59 0.43 0.66 0.49 0.45 0.35 0.38 0.73 1.09 0.35 0.37 0.89 1.70 1.82 1.29
C6 0.30 0.24 0.45 0.72 0.22 0.48 0.29 0.61 0.32 0.28 0.21 0.24 0.49 0.74 0.20 0.28 0.85 1.74 1.71 1.29
N1 0.36 0.30 0.50 0.73 0.26 0.52 0.33 0.62 0.37 0.34 0.25 0.29 0.53 0.76 0.22 0.34 0.87 1.75 1.74 1.31
N3 0.24 0.23 0.34 0.58 0.22 0.38 0.24 0.47 0.25 0.23 0.22 0.23 0.44 0.53 0.21 0.25 0.81 1.65 1.57 1.24
O2 0.39 0.35 0.49 0.66 0.29 0.51 0.34 0.57 0.39 0.38 0.30 0.35 0.53 0.68 0.26 0.40 0.89 1.71 1.71 1.32
O2' 1.07 0.75 1.17 1.50 0.49 1.43 0.74 1.60 0.96 0.93 0.55 0.74 1.16 1.65 0.28 1.22 1.23 1.66 1.49 1.29
O3' 0.59 0.49 0.78 1.04 0.37 0.80 0.43 0.94 0.52 0.53 0.41 0.52 0.83 1.26 0.32 0.57 0.86 1.70 1.71 1.26
O4 0.21 0.24 0.30 0.57 0.23 0.32 0.22 0.42 0.21 0.21 0.26 0.27 0.43 0.51 0.25 0.23 0.76 1.59 1.46 1.17
O4' 0.43 0.38 0.65 0.76 0.32 0.46 0.39 0.49 0.45 0.42 0.32 0.37 0.69 0.87 0.28 0.32 1.02 1.85 2.04 1.50
O5' 0.53 0.47 0.73 1.04 0.44 0.73 0.48 0.83 0.52 0.50 0.45 0.47 0.71 1.17 0.43 0.48 0.86 1.69 1.71 1.24
OP1 0.60 0.70 0.64 0.60 0.72 0.49 0.64 0.61 0.62 0.63 0.75 0.74 0.84 0.71 0.79 0.56 0.90 2.02 1.81 1.43
OP2 0.78 0.81 0.97 1.30 0.82 0.89 0.81 0.91 0.81 0.80 0.82 0.82 0.89 1.39 0.84 0.66 0.94 1.53 1.71 1.19
P 0.43 0.35 0.66 0.94 0.33 0.60 0.42 0.70 0.47 0.41 0.32 0.34 0.68 1.05 0.31 0.35 0.83 1.70 1.72 1.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.07 0.02 0.21 0.05 0.01 0.44 0.56 0.52 0.40
C2 0.04 0.00 0.24 0.33 0.03 0.12 0.05 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.03 0.10 0.56 0.84 0.78 0.65
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.09 0.02 0.18 0.14 0.22 0.04 0.18 0.43 0.01 0.03 0.11 0.01 0.52 0.61 0.46 0.51
C3' 0.02 0.33 0.01 0.00 0.35 0.01 0.32 0.03 0.28 0.22 0.37 0.37 0.02 0.01 0.38 0.02 0.26 0.30 0.28 0.19
C4 0.04 0.03 0.09 0.35 0.00 0.19 0.01 0.24 0.03 0.02 0.01 0.05 0.32 0.22 0.01 0.07 0.81 1.29 1.27 1.05
C4' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.19 0.00 0.20 0.01 0.19 0.12 0.15 0.12 0.26 0.03 0.20 0.01 0.03 0.40 0.36 0.16
C5 0.04 0.05 0.18 0.32 0.01 0.20 0.00 0.28 0.01 0.03 0.03 0.07 0.35 0.25 0.03 0.14 0.91 1.39 1.37 1.15
C5' 0.05 0.15 0.14 0.03 0.24 0.01 0.28 0.00 0.25 0.13 0.20 0.16 0.12 0.18 0.27 0.02 0.01 0.23 0.35 0.02
C6 0.03 0.02 0.22 0.28 0.03 0.19 0.01 0.25 0.00 0.01 0.03 0.03 0.30 0.22 0.04 0.17 0.85 1.15 1.15 0.99
N1 0.02 0.01 0.04 0.22 0.02 0.12 0.03 0.13 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.07 0.03 0.04 0.62 0.82 0.81 0.68
N3 0.04 0.01 0.18 0.37 0.01 0.15 0.03 0.20 0.03 0.03 0.00 0.04 0.25 0.22 0.02 0.07 0.67 1.05 1.01 0.84
O2 0.07 0.01 0.43 0.37 0.05 0.12 0.07 0.16 0.03 0.02 0.04 0.00 0.23 0.32 0.06 0.20 0.42 0.71 0.59 0.48
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.32 0.26 0.35 0.12 0.30 0.18 0.25 0.23 0.00 0.06 0.35 0.18 0.26 0.61 0.41 0.30
O3' 0.21 0.19 0.03 0.01 0.22 0.03 0.25 0.18 0.22 0.07 0.22 0.32 0.06 0.00 0.26 0.15 0.37 0.51 0.48 0.36
O4 0.05 0.03 0.11 0.38 0.01 0.20 0.03 0.27 0.04 0.03 0.02 0.06 0.35 0.26 0.00 0.07 0.84 1.39 1.39 1.13
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.07 0.01 0.14 0.02 0.17 0.04 0.07 0.20 0.18 0.15 0.07 0.00 0.32 0.45 0.50 0.25
O5' 0.44 0.56 0.52 0.26 0.81 0.03 0.91 0.01 0.85 0.62 0.67 0.42 0.26 0.37 0.84 0.32 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.56 0.84 0.61 0.30 1.29 0.40 1.39 0.23 1.15 0.82 1.05 0.71 0.61 0.51 1.39 0.45 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.78 0.46 0.28 1.27 0.36 1.37 0.35 1.15 0.81 1.01 0.59 0.41 0.48 1.39 0.50 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.40 0.65 0.51 0.19 1.05 0.16 1.15 0.02 0.99 0.68 0.84 0.48 0.30 0.36 1.13 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00