ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 27088

back

Distances from reference structure (by RMSD)

29, 35, 35, 21, 24, 27, 8, 2, 1, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.041, 0.148, 0.254, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.148 std_dev=0.106
N1 A 0, 0.038, 0.191, 0.344, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.191 std_dev=0.153
N9 B 0, 0.057, 0.224, 0.392, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.224 std_dev=0.167
C6 A 0, 0.076, 0.251, 0.427, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.251 std_dev=0.175
C4 A 0, 0.075, 0.250, 0.426, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.250 std_dev=0.175
N3 A 0, 0.072, 0.254, 0.436, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.254 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.067, 0.271, 0.474, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.271 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.097, 0.321, 0.546, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.321 std_dev=0.224
C2 A 0, 0.084, 0.318, 0.551, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.318 std_dev=0.233
C1' B 0, 0.058, 0.292, 0.526, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.292 std_dev=0.234
C5 A 0, 0.092, 0.338, 0.584, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.338 std_dev=0.246
O4 A 0, 0.121, 0.378, 0.635, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.378 std_dev=0.257
C2' A 0, 0.110, 0.385, 0.660, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.385 std_dev=0.275
C1' A 0, 0.057, 0.339, 0.621, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.339 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.051, 0.338, 0.624, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.338 std_dev=0.287
C4' A 0, 0.132, 0.422, 0.713, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.422 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.092, 0.394, 0.697, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.394 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.007, 0.322, 0.637, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.322 std_dev=0.315
O3' A 0, 0.156, 0.509, 0.863, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.509 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.110, 0.466, 0.822, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.466 std_dev=0.356
O4' A 0, 0.074, 0.443, 0.812, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.443 std_dev=0.369
C8 B 0, 0.097, 0.502, 0.907, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.502 std_dev=0.405
O2 A 0, 0.138, 0.561, 0.983, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.561 std_dev=0.422
O2' A 0, 0.198, 0.649, 1.100, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.649 std_dev=0.451
N2 B 0, 0.084, 0.568, 1.052, 2.566 max_d=2.566 avg_d=0.568 std_dev=0.484
N7 B 0, 0.126, 0.615, 1.104, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.615 std_dev=0.489
O6 B 0, 0.185, 0.709, 1.233, 3.008 max_d=3.008 avg_d=0.709 std_dev=0.524
C5' A 0, 0.143, 0.711, 1.279, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.711 std_dev=0.568
O5' A 0, 0.100, 0.839, 1.578, 3.403 max_d=3.403 avg_d=0.839 std_dev=0.739
O4' B 0, 0.012, 0.935, 1.858, 2.731 max_d=2.731 avg_d=0.935 std_dev=0.923
C4' B 0, 0.121, 1.208, 2.294, 3.627 max_d=3.627 avg_d=1.208 std_dev=1.087
C2' B 0, 0.111, 1.226, 2.341, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.226 std_dev=1.115
P A 0, 0.117, 1.320, 2.523, 4.489 max_d=4.489 avg_d=1.320 std_dev=1.203
OP2 A 0, 0.231, 1.518, 2.804, 4.476 max_d=4.476 avg_d=1.518 std_dev=1.287
OP1 A 0, 0.225, 1.592, 2.958, 5.405 max_d=5.405 avg_d=1.592 std_dev=1.367
C3' B 0, 0.123, 1.529, 2.935, 3.927 max_d=3.927 avg_d=1.529 std_dev=1.406
O2' B 0, 0.072, 1.777, 3.481, 5.023 max_d=5.023 avg_d=1.777 std_dev=1.704
O3' B 0, 0.213, 2.054, 3.895, 5.632 max_d=5.632 avg_d=2.054 std_dev=1.841
C5' B 0, -0.014, 2.310, 4.635, 6.506 max_d=6.506 avg_d=2.310 std_dev=2.325
O5' B 0, -0.223, 2.710, 5.643, 8.025 max_d=8.025 avg_d=2.710 std_dev=2.933
P B 0, -0.574, 3.702, 7.977, 10.677 max_d=10.677 avg_d=3.702 std_dev=4.275
OP1 B 0, -0.576, 4.048, 8.671, 11.859 max_d=11.859 avg_d=4.048 std_dev=4.624
OP2 B 0, -0.619, 4.186, 8.992, 12.169 max_d=12.169 avg_d=4.186 std_dev=4.806

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.11 0.22 0.11
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.11 0.01 0.04 0.21 0.23 0.31 0.20
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.13 0.19 0.14 0.09
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.12 0.06 0.10 0.14 0.02 0.01 0.12 0.01 0.17 0.26 0.15 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.04 0.31 0.36 0.43 0.30
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01 0.02 0.12 0.18 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.05 0.32 0.35 0.42 0.31
C5' 0.03 0.09 0.02 0.03 0.16 0.01 0.17 0.00 0.14 0.09 0.12 0.08 0.06 0.05 0.17 0.02 0.01 0.15 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.05 0.28 0.27 0.33 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.20 0.20 0.28 0.18
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.01 0.03 0.26 0.30 0.37 0.25
O2 0.04 0.01 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.17 0.02 0.06 0.17 0.19 0.28 0.17
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.14 0.00 0.05 0.08 0.05 0.05 0.16 0.16 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.05 0.14 0.06 0.12 0.17 0.05 0.00 0.15 0.02 0.18 0.36 0.25 0.22
O4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.15 0.00 0.04 0.32 0.40 0.47 0.33
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.08 0.10 0.26 0.15
O5' 0.11 0.21 0.13 0.17 0.31 0.02 0.32 0.01 0.28 0.20 0.26 0.17 0.05 0.18 0.32 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.23 0.19 0.26 0.36 0.12 0.35 0.15 0.27 0.20 0.30 0.19 0.16 0.36 0.40 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.31 0.14 0.15 0.43 0.18 0.42 0.20 0.33 0.28 0.37 0.28 0.16 0.25 0.47 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.09 0.15 0.30 0.05 0.31 0.02 0.24 0.18 0.25 0.17 0.07 0.22 0.33 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.39 0.40 0.26 0.46 0.37 0.33 0.40 0.73 0.42 0.40 0.37 0.51 0.39 0.45 0.37 0.79 0.42 0.26 0.95 0.53 1.31 1.13 1.32
C2 0.22 0.23 0.33 0.91 0.26 0.72 0.39 1.30 0.48 0.34 0.37 0.28 0.21 0.43 0.25 0.59 0.80 0.38 1.52 0.64 1.89 1.82 2.02
C2' 0.26 0.35 0.33 0.63 0.23 0.60 0.28 1.01 0.30 0.32 0.24 0.53 0.31 0.39 0.24 0.75 0.52 0.44 1.29 0.51 1.65 1.40 1.69
C3' 0.29 0.39 0.37 0.59 0.26 0.56 0.24 0.94 0.23 0.28 0.29 0.54 0.36 0.31 0.25 0.80 0.52 0.41 1.25 0.33 1.64 1.36 1.65
C4 0.23 0.27 0.49 1.15 0.28 0.91 0.39 1.61 0.48 0.34 0.40 0.26 0.24 0.42 0.27 0.58 1.07 0.47 1.86 0.61 2.34 2.34 2.47
C4' 0.46 0.48 0.42 0.31 0.42 0.25 0.41 0.51 0.39 0.44 0.42 0.58 0.47 0.45 0.43 0.92 0.36 0.28 0.77 0.41 1.17 0.99 1.09
C5 0.25 0.24 0.35 0.94 0.27 0.72 0.37 1.34 0.44 0.34 0.34 0.26 0.23 0.42 0.27 0.62 0.88 0.35 1.60 0.57 2.07 1.97 2.17
C5' 0.52 0.50 0.46 0.30 0.49 0.26 0.50 0.49 0.48 0.54 0.46 0.56 0.50 0.56 0.51 0.94 0.37 0.36 0.76 0.52 1.17 1.01 1.06
C6 0.30 0.27 0.26 0.75 0.30 0.55 0.38 1.08 0.43 0.36 0.33 0.33 0.27 0.43 0.30 0.67 0.69 0.28 1.34 0.56 1.76 1.61 1.83
N1 0.29 0.28 0.23 0.71 0.29 0.52 0.37 1.04 0.42 0.35 0.33 0.37 0.28 0.42 0.29 0.68 0.63 0.28 1.27 0.57 1.65 1.51 1.73
N3 0.22 0.28 0.48 1.14 0.30 0.92 0.42 1.60 0.52 0.36 0.44 0.25 0.24 0.45 0.28 0.56 1.03 0.49 1.83 0.65 2.26 2.27 2.41
O2 0.21 0.24 0.32 0.89 0.28 0.72 0.44 1.28 0.56 0.37 0.43 0.32 0.20 0.48 0.26 0.58 0.76 0.40 1.47 0.72 1.80 1.74 1.93
O2' 0.28 0.44 0.33 0.48 0.26 0.50 0.31 0.80 0.35 0.35 0.35 0.62 0.37 0.44 0.26 0.80 0.41 0.41 1.05 0.62 1.37 1.14 1.38
O3' 0.41 0.49 0.46 0.66 0.40 0.71 0.42 1.03 0.42 0.45 0.44 0.60 0.46 0.50 0.40 0.83 0.59 0.63 1.35 0.51 1.73 1.43 1.74
O4 0.27 0.34 0.61 1.32 0.33 1.07 0.42 1.83 0.50 0.36 0.45 0.33 0.30 0.43 0.30 0.58 1.25 0.58 2.10 0.62 2.63 2.69 2.76
O4' 0.59 0.54 0.41 0.30 0.58 0.30 0.62 0.53 0.63 0.64 0.55 0.57 0.55 0.67 0.59 0.90 0.35 0.46 0.73 0.71 1.12 0.99 1.02
O5' 0.43 0.41 0.36 0.42 0.40 0.28 0.43 0.64 0.42 0.46 0.38 0.47 0.41 0.49 0.42 0.85 0.43 0.26 0.95 0.49 1.39 1.14 1.35
OP1 0.47 0.43 0.42 0.39 0.44 0.29 0.47 0.59 0.45 0.53 0.40 0.50 0.43 0.56 0.47 0.90 0.44 0.31 0.89 0.51 1.38 1.12 1.29
OP2 0.45 0.43 0.39 0.61 0.43 0.45 0.47 0.88 0.47 0.49 0.42 0.49 0.44 0.52 0.45 0.83 0.62 0.34 1.20 0.55 1.67 1.44 1.68
P 0.52 0.46 0.40 0.39 0.49 0.27 0.53 0.60 0.52 0.57 0.45 0.50 0.47 0.60 0.52 0.90 0.43 0.35 0.91 0.59 1.36 1.14 1.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.25 0.02 0.52 0.49 0.32
C2 0.05 0.00 0.40 1.00 0.01 0.79 0.01 1.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.83 0.39 1.38 0.01 1.49 1.43 1.66
C2' 0.00 0.40 0.00 0.01 0.20 0.03 0.09 0.18 0.16 0.24 0.30 0.49 0.41 0.15 0.04 0.01 0.06 0.02 0.42 0.12 0.80 0.51 0.47
C3' 0.02 1.00 0.01 0.00 0.52 0.01 0.35 0.03 0.53 0.31 0.81 1.21 0.95 0.19 0.14 0.02 0.01 0.03 0.44 0.45 0.73 0.43 0.42
C4 0.03 0.01 0.20 0.52 0.00 0.38 0.00 0.55 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.38 0.21 0.68 0.01 0.82 0.63 0.79
C4' 0.02 0.79 0.03 0.01 0.38 0.00 0.20 0.01 0.35 0.34 0.61 0.97 0.75 0.20 0.06 0.24 0.05 0.01 0.02 0.28 0.30 0.22 0.10
C5 0.02 0.01 0.09 0.35 0.00 0.20 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.25 0.10 0.54 0.01 0.82 0.75 0.68
C5' 0.10 1.28 0.18 0.03 0.55 0.01 0.36 0.00 0.59 0.65 1.00 1.64 1.14 0.48 0.21 0.10 0.17 0.02 0.02 0.49 0.36 0.26 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.53 0.01 0.35 0.01 0.59 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.41 0.17 0.76 0.01 0.98 0.79 0.95
C8 0.02 0.01 0.24 0.31 0.01 0.34 0.01 0.65 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.32 0.21 0.73 0.02 1.11 1.38 0.91
N1 0.04 0.00 0.30 0.81 0.01 0.61 0.01 1.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.67 0.30 1.14 0.01 1.32 1.14 1.41
N2 0.06 0.01 0.49 1.21 0.01 0.97 0.01 1.64 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.44 1.07 0.46 1.73 0.02 1.90 2.02 2.13
N3 0.05 0.01 0.41 0.95 0.00 0.75 0.01 1.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.74 0.39 1.20 0.01 1.24 1.15 1.38
N7 0.01 0.01 0.15 0.19 0.01 0.20 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.20 0.11 0.60 0.02 1.02 1.29 0.80
N9 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.14 0.02 0.37 0.02 0.68 0.69 0.47
O2' 0.02 0.38 0.01 0.02 0.25 0.24 0.28 0.10 0.32 0.26 0.35 0.44 0.35 0.29 0.16 0.00 0.11 0.15 0.22 0.33 0.65 0.34 0.31
O3' 0.22 0.83 0.06 0.01 0.38 0.05 0.25 0.17 0.41 0.32 0.67 1.07 0.74 0.20 0.14 0.11 0.00 0.15 0.44 0.35 0.80 0.60 0.49
O4' 0.01 0.39 0.02 0.03 0.21 0.01 0.10 0.02 0.17 0.21 0.30 0.46 0.39 0.11 0.02 0.15 0.15 0.00 0.33 0.13 0.50 0.43 0.37
O5' 0.25 1.38 0.42 0.44 0.68 0.02 0.54 0.02 0.76 0.73 1.14 1.73 1.20 0.60 0.37 0.22 0.44 0.33 0.00 0.68 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.45 0.01 0.28 0.01 0.49 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.33 0.35 0.13 0.68 0.00 0.97 0.84 0.88
OP1 0.52 1.49 0.80 0.73 0.82 0.30 0.82 0.36 0.98 1.11 1.32 1.90 1.24 1.02 0.68 0.65 0.80 0.50 0.02 0.97 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 1.43 0.51 0.43 0.63 0.22 0.75 0.26 0.79 1.38 1.14 2.02 1.15 1.29 0.69 0.34 0.60 0.43 0.02 0.84 0.01 0.00 0.01
P 0.32 1.66 0.47 0.42 0.79 0.10 0.68 0.03 0.95 0.91 1.41 2.13 1.38 0.80 0.47 0.31 0.49 0.37 0.01 0.88 0.01 0.01 0.00