ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 27223

back

Distances from reference structure (by RMSD)

45, 17, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 36, 4, 5, 7, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 B 0, 0.036, 0.136, 0.236, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.136 std_dev=0.100
C4 B 0, 0.018, 0.172, 0.326, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.172 std_dev=0.154
C1' B 0, -0.009, 0.194, 0.396, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.194 std_dev=0.203
C2' B 0, 0.023, 0.245, 0.468, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.245 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.027, 0.270, 0.513, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.270 std_dev=0.243
N1 A 0, -0.007, 0.264, 0.535, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.264 std_dev=0.271
C8 B 0, 0.041, 0.320, 0.599, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.320 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.012, 0.318, 0.624, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.318 std_dev=0.306
N7 B 0, 0.036, 0.407, 0.777, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.407 std_dev=0.371
O4' A 0, 0.141, 0.535, 0.929, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.535 std_dev=0.394
C2 B 0, -0.003, 0.399, 0.802, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.399 std_dev=0.402
C6 B 0, -0.024, 0.433, 0.889, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.433 std_dev=0.457
N1 B 0, -0.036, 0.456, 0.948, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.456 std_dev=0.492
O4' B 0, -0.102, 0.412, 0.925, 2.577 max_d=2.577 avg_d=0.412 std_dev=0.513
C1' A 0, 0.022, 0.582, 1.142, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.582 std_dev=0.560
C4 A 0, -0.006, 0.601, 1.208, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.601 std_dev=0.607
N6 B 0, -0.031, 0.588, 1.207, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.588 std_dev=0.619
C4' B 0, -0.078, 0.644, 1.366, 3.517 max_d=3.517 avg_d=0.644 std_dev=0.722
C3' B 0, 0.013, 0.764, 1.515, 2.953 max_d=2.953 avg_d=0.764 std_dev=0.751
C4' A 0, 0.035, 0.879, 1.724, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.879 std_dev=0.845
C2 A 0, -0.017, 0.867, 1.752, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.867 std_dev=0.885
O2' B 0, 0.019, 0.934, 1.848, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.934 std_dev=0.915
C5' B 0, -0.129, 0.803, 1.734, 5.387 max_d=5.387 avg_d=0.803 std_dev=0.931
N4 A 0, -0.004, 0.945, 1.895, 2.323 max_d=2.323 avg_d=0.945 std_dev=0.949
O5' B 0, -0.080, 0.922, 1.924, 5.550 max_d=5.550 avg_d=0.922 std_dev=1.002
C5 A 0, -0.034, 1.063, 2.160, 2.510 max_d=2.510 avg_d=1.063 std_dev=1.097
N3 A 0, -0.023, 1.080, 2.184, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.080 std_dev=1.104
C6 A 0, -0.065, 1.094, 2.252, 2.927 max_d=2.927 avg_d=1.094 std_dev=1.159
P B 0, -0.129, 1.140, 2.410, 6.686 max_d=6.686 avg_d=1.140 std_dev=1.269
C2' A 0, 0.030, 1.333, 2.636, 3.172 max_d=3.172 avg_d=1.333 std_dev=1.303
C5' A 0, 0.160, 1.479, 2.798, 3.549 max_d=3.549 avg_d=1.479 std_dev=1.319
O3' B 0, -0.014, 1.322, 2.658, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.322 std_dev=1.336
OP2 B 0, -0.068, 1.339, 2.747, 6.667 max_d=6.667 avg_d=1.339 std_dev=1.407
C3' A 0, -0.061, 1.459, 2.978, 3.684 max_d=3.684 avg_d=1.459 std_dev=1.519
OP1 B 0, -0.199, 1.362, 2.923, 9.088 max_d=9.088 avg_d=1.362 std_dev=1.561
O2 A 0, -0.055, 1.638, 3.331, 3.965 max_d=3.965 avg_d=1.638 std_dev=1.693
O2' A 0, 0.128, 1.859, 3.589, 5.169 max_d=5.169 avg_d=1.859 std_dev=1.731
O5' A 0, 0.000, 1.850, 3.700, 4.722 max_d=4.722 avg_d=1.850 std_dev=1.850
O3' A 0, -0.073, 1.791, 3.655, 5.485 max_d=5.485 avg_d=1.791 std_dev=1.864
P A 0, 0.049, 2.299, 4.549, 6.440 max_d=6.440 avg_d=2.299 std_dev=2.250
OP2 A 0, 0.156, 2.668, 5.179, 7.556 max_d=7.556 avg_d=2.668 std_dev=2.512
OP1 A 0, 0.131, 2.656, 5.182, 7.917 max_d=7.917 avg_d=2.656 std_dev=2.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.19 0.00 0.12 0.28 0.27 0.22
C2 0.03 0.00 0.24 0.18 0.01 0.24 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.16 0.26 0.57 0.77 0.99 0.80
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.11 0.20 0.04 0.19 0.09 0.40 0.00 0.04 0.02 0.30 0.26 0.34 0.27
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.10 0.00 0.15 0.02 0.17 0.05 0.15 0.11 0.33 0.03 0.01 0.01 0.22 0.18 0.54 0.27
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.04 0.22 0.49 0.79 0.51
C4' 0.01 0.24 0.02 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.24 0.03 0.19 0.06 0.46 0.09 0.03 0.00 0.02 0.17 0.31 0.04
C5 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01 0.19 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.14 0.18 0.40 0.59 0.60 0.52
C5' 0.05 0.43 0.11 0.02 0.16 0.01 0.33 0.00 0.39 0.10 0.38 0.17 0.80 0.08 0.10 0.01 0.01 0.15 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.20 0.17 0.01 0.24 0.00 0.39 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.15 0.25 0.47 0.60 0.54 0.53
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.15 0.02 0.16 0.38 0.47 0.35
N3 0.02 0.00 0.19 0.15 0.01 0.19 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.15 0.20 0.51 0.76 1.09 0.80
N4 0.02 0.02 0.09 0.11 0.00 0.06 0.02 0.17 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.16 0.14 0.05 0.23 0.53 0.89 0.56
O2 0.05 0.01 0.40 0.33 0.01 0.46 0.01 0.80 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.50 0.20 0.48 1.04 1.21 1.44 1.26
O2' 0.02 0.30 0.00 0.03 0.15 0.09 0.24 0.08 0.30 0.07 0.27 0.16 0.50 0.00 0.08 0.06 0.30 0.28 0.44 0.30
O3' 0.19 0.16 0.04 0.01 0.14 0.03 0.14 0.10 0.15 0.15 0.15 0.14 0.20 0.08 0.00 0.14 0.19 0.21 0.74 0.32
O4' 0.00 0.26 0.02 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.25 0.02 0.20 0.05 0.48 0.06 0.14 0.00 0.12 0.35 0.26 0.24
O5' 0.12 0.57 0.30 0.22 0.22 0.02 0.40 0.01 0.47 0.16 0.51 0.23 1.04 0.30 0.19 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.77 0.26 0.18 0.49 0.17 0.59 0.15 0.60 0.38 0.76 0.53 1.21 0.28 0.21 0.35 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.99 0.34 0.54 0.79 0.31 0.60 0.25 0.54 0.47 1.09 0.89 1.44 0.44 0.74 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.80 0.27 0.27 0.51 0.04 0.52 0.02 0.53 0.35 0.80 0.56 1.26 0.30 0.32 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.71 0.30 0.45 0.42 0.41 0.50 0.57 0.75 0.21 0.83 0.51 0.92 0.34 0.23 0.60 0.41 0.28 0.69 1.09 1.07 0.93
C2 0.26 0.27 0.16 0.62 0.22 0.45 0.21 0.48 0.28 0.23 0.31 0.23 0.35 0.19 0.23 0.31 0.55 0.39 0.65 0.74 1.02 0.73
C2' 0.36 0.99 0.59 0.35 0.68 0.39 0.80 0.58 1.06 0.45 1.14 0.77 1.25 0.63 0.47 0.86 0.35 0.29 0.64 1.13 0.97 0.92
C3' 0.37 1.00 0.62 0.32 0.69 0.35 0.79 0.53 1.05 0.45 1.14 0.79 1.21 0.61 0.48 0.94 0.31 0.27 0.60 1.08 0.92 0.87
C4 0.16 0.44 0.17 0.59 0.29 0.42 0.36 0.56 0.51 0.16 0.52 0.34 0.61 0.23 0.18 0.43 0.53 0.29 0.80 1.04 1.36 0.98
C4' 0.32 0.88 0.48 0.36 0.59 0.35 0.66 0.52 0.90 0.35 1.00 0.70 1.04 0.48 0.41 0.87 0.35 0.27 0.62 1.05 0.97 0.85
C5 0.40 1.31 0.46 0.42 0.94 0.38 1.12 0.68 1.46 0.48 1.49 1.05 1.69 0.83 0.59 0.79 0.40 0.20 0.88 1.48 1.53 1.26
C5' 0.51 1.23 0.64 0.37 0.86 0.36 0.91 0.52 1.21 0.49 1.35 1.01 1.34 0.65 0.61 1.09 0.39 0.34 0.62 1.09 0.97 0.85
C6 0.37 1.29 0.48 0.39 0.88 0.38 1.04 0.66 1.41 0.44 1.49 1.02 1.66 0.74 0.54 0.82 0.38 0.20 0.82 1.43 1.38 1.19
N1 0.16 0.66 0.26 0.48 0.40 0.41 0.49 0.57 0.73 0.20 0.79 0.49 0.89 0.33 0.22 0.56 0.44 0.28 0.72 1.09 1.16 0.95
N3 0.31 0.34 0.23 0.68 0.32 0.46 0.34 0.47 0.37 0.31 0.37 0.32 0.43 0.32 0.31 0.28 0.60 0.41 0.68 0.68 1.09 0.71
N4 0.17 0.30 0.17 0.67 0.21 0.43 0.23 0.55 0.31 0.15 0.33 0.24 0.35 0.14 0.16 0.34 0.59 0.31 0.86 0.99 1.45 0.98
O2 0.43 0.69 0.28 0.68 0.54 0.47 0.57 0.43 0.69 0.39 0.74 0.60 0.76 0.45 0.45 0.27 0.59 0.48 0.58 0.52 0.86 0.56
O2' 0.31 0.99 0.54 0.41 0.64 0.47 0.77 0.68 1.06 0.41 1.16 0.75 1.27 0.59 0.42 0.72 0.42 0.36 0.72 1.23 1.03 1.01
O3' 0.19 0.82 0.39 0.40 0.47 0.44 0.55 0.61 0.83 0.24 0.95 0.60 0.99 0.36 0.26 0.68 0.39 0.34 0.68 1.14 0.99 0.95
O4' 0.25 0.72 0.35 0.43 0.46 0.37 0.52 0.53 0.74 0.27 0.82 0.56 0.86 0.37 0.31 0.73 0.39 0.28 0.67 1.04 1.06 0.88
O5' 0.68 1.52 0.82 0.42 1.08 0.39 1.14 0.50 1.48 0.63 1.65 1.26 1.64 0.82 0.78 1.28 0.48 0.42 0.60 1.11 0.93 0.82
OP1 0.80 1.71 0.86 0.75 1.18 0.63 1.18 0.71 1.55 0.68 1.82 1.43 1.66 0.82 0.87 1.35 0.85 0.61 0.82 1.28 1.12 0.99
OP2 0.48 1.37 0.60 0.62 0.86 0.59 0.91 0.83 1.29 0.43 1.51 1.08 1.44 0.58 0.56 1.09 0.75 0.40 0.89 1.44 1.15 1.09
P 0.59 1.51 0.70 0.59 0.99 0.50 1.02 0.67 1.40 0.48 1.63 1.23 1.54 0.65 0.67 1.21 0.70 0.40 0.77 1.29 1.08 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.18 0.18 0.22 0.19
C2 0.03 0.00 0.19 0.16 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.48 0.35 0.14 0.12 0.20 0.22 0.19
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.24 0.08 0.12 0.14 0.19 0.07 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.52 0.52 0.68 0.56
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.22 0.01 0.32 0.02 0.30 0.40 0.23 0.13 0.35 0.41 0.25 0.02 0.01 0.02 0.10 0.11 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.10 0.22 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.18 0.08 0.09 0.13 0.16 0.14
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.11 0.18 0.08 0.07 0.13 0.17 0.09 0.33 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.32 0.01 0.12 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.09 0.05 0.12 0.12 0.15 0.12
C5' 0.09 0.11 0.24 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.14 0.10 0.11 0.11 0.15 0.07 0.10 0.25 0.02 0.01 0.06 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.30 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.48 0.10 0.08 0.11 0.14 0.17 0.13
C8 0.02 0.02 0.12 0.40 0.01 0.18 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.30 0.21 0.08 0.21 0.12 0.18 0.12
N1 0.03 0.00 0.14 0.23 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.50 0.21 0.11 0.09 0.17 0.19 0.16
N3 0.03 0.01 0.19 0.13 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.38 0.13 0.14 0.19 0.23 0.19
N6 0.02 0.01 0.07 0.35 0.01 0.13 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.50 0.12 0.07 0.15 0.16 0.21 0.14
N7 0.01 0.02 0.08 0.41 0.01 0.17 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.22 0.05 0.22 0.15 0.24 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.25 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.10 0.02 0.10 0.10 0.13 0.12
O2' 0.02 0.48 0.00 0.02 0.36 0.33 0.41 0.10 0.48 0.30 0.50 0.42 0.50 0.37 0.22 0.00 0.04 0.23 0.39 0.38 0.77 0.47
O3' 0.33 0.35 0.03 0.01 0.18 0.02 0.09 0.25 0.10 0.21 0.21 0.38 0.12 0.22 0.10 0.04 0.00 0.23 0.25 0.37 0.23 0.27
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.08 0.11 0.13 0.07 0.05 0.02 0.23 0.23 0.00 0.08 0.09 0.10 0.09
O5' 0.18 0.12 0.52 0.10 0.09 0.01 0.12 0.01 0.11 0.21 0.09 0.14 0.15 0.22 0.10 0.39 0.25 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.20 0.52 0.11 0.13 0.06 0.12 0.06 0.14 0.12 0.17 0.19 0.16 0.15 0.10 0.38 0.37 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.22 0.68 0.08 0.16 0.06 0.15 0.08 0.17 0.18 0.19 0.23 0.21 0.24 0.13 0.77 0.23 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.19 0.56 0.08 0.14 0.03 0.12 0.02 0.13 0.12 0.16 0.19 0.14 0.15 0.12 0.47 0.27 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00