ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2760

back

Distances from reference structure (by RMSD)

48, 19, 6, 14, 6, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.110, 0.214, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.110 std_dev=0.104
N1 B 0, 0.001, 0.132, 0.264, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.132 std_dev=0.131
C6 B 0, -0.029, 0.158, 0.346, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.158 std_dev=0.188
C6 A 0, 0.026, 0.277, 0.528, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.277 std_dev=0.251
C5 B 0, -0.064, 0.212, 0.489, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.212 std_dev=0.276
C1' B 0, -0.036, 0.263, 0.563, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.263 std_dev=0.299
C2 B 0, -0.046, 0.269, 0.585, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.269 std_dev=0.316
C4 B 0, -0.081, 0.287, 0.655, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.287 std_dev=0.368
N3 B 0, -0.080, 0.339, 0.759, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.339 std_dev=0.420
O2 B 0, -0.084, 0.408, 0.899, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.408 std_dev=0.491
C5 A 0, -0.173, 0.336, 0.844, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.336 std_dev=0.508
C1' A 0, -0.149, 0.366, 0.880, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.366 std_dev=0.514
N6 A 0, -0.041, 0.477, 0.994, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.477 std_dev=0.517
N4 B 0, -0.120, 0.435, 0.990, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.435 std_dev=0.555
C2' A 0, -0.101, 0.472, 1.045, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.472 std_dev=0.573
O4' B 0, -0.063, 0.541, 1.145, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.541 std_dev=0.604
O2' A 0, -0.047, 0.561, 1.169, 2.444 max_d=2.444 avg_d=0.561 std_dev=0.608
N9 A 0, -0.297, 0.340, 0.977, 2.334 max_d=2.334 avg_d=0.340 std_dev=0.637
N3 A 0, -0.321, 0.395, 1.110, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.395 std_dev=0.715
N1 A 0, -0.287, 0.459, 1.206, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.459 std_dev=0.747
C2' B 0, -0.222, 0.569, 1.361, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.569 std_dev=0.792
O2' B 0, -0.207, 0.673, 1.554, 3.622 max_d=3.622 avg_d=0.673 std_dev=0.880
C3' B 0, -0.244, 0.787, 1.818, 3.425 max_d=3.425 avg_d=0.787 std_dev=1.031
C4' B 0, -0.172, 0.869, 1.909, 3.126 max_d=3.126 avg_d=0.869 std_dev=1.040
C2 A 0, -0.525, 0.545, 1.615, 3.651 max_d=3.651 avg_d=0.545 std_dev=1.070
O4' A 0, -0.503, 0.772, 2.047, 4.555 max_d=4.555 avg_d=0.772 std_dev=1.275
C3' A 0, -0.428, 0.864, 2.157, 5.362 max_d=5.362 avg_d=0.864 std_dev=1.292
N7 A 0, -0.630, 0.688, 2.007, 4.471 max_d=4.471 avg_d=0.688 std_dev=1.319
O3' B 0, -0.391, 0.949, 2.289, 4.559 max_d=4.559 avg_d=0.949 std_dev=1.340
C5' B 0, -0.165, 1.200, 2.565, 3.752 max_d=3.752 avg_d=1.200 std_dev=1.365
C8 A 0, -0.705, 0.663, 2.032, 4.692 max_d=4.692 avg_d=0.663 std_dev=1.369
C4' A 0, -0.496, 0.927, 2.351, 5.760 max_d=5.760 avg_d=0.927 std_dev=1.424
O3' A 0, -0.544, 1.112, 2.767, 6.937 max_d=6.937 avg_d=1.112 std_dev=1.656
O5' B 0, -0.447, 1.489, 3.425, 5.957 max_d=5.957 avg_d=1.489 std_dev=1.936
C5' A 0, -0.892, 1.448, 3.788, 8.598 max_d=8.598 avg_d=1.448 std_dev=2.340
O5' A 0, -0.921, 1.616, 4.152, 8.840 max_d=8.840 avg_d=1.616 std_dev=2.536
P B 0, -0.777, 1.868, 4.513, 7.956 max_d=7.956 avg_d=1.868 std_dev=2.645
OP1 B 0, -0.515, 2.178, 4.871, 7.725 max_d=7.725 avg_d=2.178 std_dev=2.693
OP2 B 0, -0.814, 2.261, 5.335, 9.382 max_d=9.382 avg_d=2.261 std_dev=3.074
P A 0, -1.389, 1.862, 5.113, 10.965 max_d=10.965 avg_d=1.862 std_dev=3.251
OP1 A 0, -1.414, 2.143, 5.701, 13.229 max_d=13.229 avg_d=2.143 std_dev=3.558
OP2 A 0, -1.531, 2.150, 5.830, 12.426 max_d=12.426 avg_d=2.150 std_dev=3.680

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.16 0.20 0.38 0.21
C2 0.04 0.00 0.16 0.25 0.01 0.23 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.26 0.17 0.59 0.53 1.10 0.72
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.05 0.08 0.09 0.12 0.16 0.07 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.26 0.33 0.43 0.18
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.14 0.01 0.14 0.02 0.17 0.19 0.21 0.25 0.17 0.18 0.09 0.02 0.01 0.01 0.32 0.35 0.40 0.19
C4 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.12 0.09 0.45 0.41 0.95 0.62
C4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.01 0.10 0.18 0.17 0.23 0.10 0.15 0.05 0.09 0.03 0.00 0.02 0.32 0.10 0.14
C5 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.13 0.04 0.53 0.60 1.19 0.82
C5' 0.04 0.36 0.05 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.19 0.31 0.27 0.33 0.21 0.28 0.12 0.06 0.07 0.01 0.01 0.12 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.07 0.56 0.65 1.31 0.88
C8 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.18 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.11 0.19 0.12 0.55 0.62 0.99 0.78
N1 0.03 0.00 0.12 0.21 0.01 0.17 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.13 0.58 0.58 1.25 0.81
N3 0.04 0.00 0.16 0.25 0.00 0.23 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.18 0.53 0.45 0.93 0.61
N6 0.03 0.01 0.07 0.17 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.17 0.05 0.61 0.79 1.46 1.00
N7 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.15 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.18 0.08 0.60 0.76 1.25 0.94
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.36 0.33 0.75 0.50
O2' 0.02 0.20 0.01 0.02 0.10 0.09 0.09 0.06 0.12 0.11 0.16 0.19 0.11 0.10 0.05 0.00 0.06 0.08 0.10 0.53 0.17 0.21
O3' 0.07 0.26 0.02 0.01 0.12 0.03 0.13 0.07 0.16 0.19 0.21 0.24 0.17 0.18 0.07 0.06 0.00 0.05 0.27 0.58 0.29 0.20
O4' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.07 0.12 0.13 0.18 0.05 0.08 0.01 0.08 0.05 0.00 0.11 0.25 0.20 0.21
O5' 0.16 0.59 0.26 0.32 0.45 0.02 0.53 0.01 0.56 0.55 0.58 0.53 0.61 0.60 0.36 0.10 0.27 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.53 0.33 0.35 0.41 0.32 0.60 0.12 0.65 0.62 0.58 0.45 0.79 0.76 0.33 0.53 0.58 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.10 0.43 0.40 0.95 0.10 1.19 0.10 1.31 0.99 1.25 0.93 1.46 1.25 0.75 0.17 0.29 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.72 0.18 0.19 0.62 0.14 0.82 0.02 0.88 0.78 0.81 0.61 1.00 0.94 0.50 0.21 0.20 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.34 0.67 0.75 0.19 0.55 0.18 0.46 0.21 0.31 0.23 0.28 0.47 0.51 0.73 0.49 0.56 0.93 1.07 0.38
C2 0.37 0.31 0.70 0.72 0.74 0.38 0.70 0.24 0.42 0.27 0.44 1.12 0.54 0.71 0.78 0.34 0.39 1.44 0.60 0.64
C2' 0.43 0.34 0.71 0.76 0.22 0.49 0.22 0.33 0.16 0.29 0.20 0.41 0.55 0.61 0.75 0.41 0.38 1.16 0.79 0.35
C3' 0.53 0.45 0.72 0.79 0.28 0.59 0.29 0.43 0.31 0.41 0.34 0.36 0.60 0.59 0.75 0.50 0.43 1.04 0.93 0.34
C4 0.38 0.30 0.66 0.73 0.25 0.47 0.23 0.33 0.17 0.26 0.20 0.44 0.48 0.53 0.70 0.40 0.39 1.07 0.80 0.33
C4' 0.47 0.40 0.66 0.77 0.31 0.63 0.32 0.53 0.33 0.39 0.33 0.37 0.50 0.47 0.72 0.55 0.60 0.78 1.22 0.39
C5 0.38 0.30 0.64 0.71 0.15 0.47 0.15 0.33 0.19 0.28 0.19 0.28 0.43 0.45 0.64 0.38 0.38 1.00 0.82 0.34
C5' 0.51 0.44 0.62 0.76 0.50 0.70 0.51 0.63 0.47 0.46 0.43 0.59 0.49 0.43 0.71 0.62 0.66 0.67 1.36 0.50
C6 0.36 0.26 0.65 0.69 0.28 0.40 0.23 0.23 0.13 0.23 0.15 0.53 0.47 0.49 0.63 0.30 0.32 1.17 0.62 0.45
C8 0.41 0.35 0.62 0.72 0.36 0.56 0.37 0.48 0.36 0.36 0.33 0.41 0.39 0.40 0.63 0.48 0.55 0.78 1.14 0.42
N1 0.35 0.26 0.68 0.70 0.70 0.35 0.62 0.16 0.35 0.21 0.41 1.08 0.53 0.65 0.72 0.27 0.34 1.42 0.51 0.63
N3 0.38 0.31 0.70 0.74 0.54 0.44 0.51 0.30 0.32 0.27 0.34 0.83 0.53 0.64 0.77 0.40 0.40 1.28 0.70 0.50
N6 0.38 0.31 0.62 0.67 0.19 0.42 0.17 0.31 0.20 0.29 0.17 0.35 0.45 0.41 0.55 0.31 0.42 1.15 0.71 0.57
N7 0.41 0.36 0.60 0.70 0.41 0.53 0.42 0.46 0.39 0.38 0.36 0.47 0.38 0.38 0.60 0.45 0.52 0.82 1.08 0.45
N9 0.40 0.33 0.65 0.74 0.17 0.53 0.17 0.42 0.21 0.30 0.22 0.25 0.45 0.47 0.69 0.46 0.49 0.91 0.99 0.32
O2' 0.41 0.33 0.72 0.76 0.34 0.47 0.35 0.34 0.23 0.27 0.24 0.55 0.54 0.66 0.78 0.40 0.45 1.24 0.84 0.46
O3' 0.56 0.48 0.76 0.82 0.29 0.59 0.30 0.41 0.32 0.43 0.35 0.38 0.66 0.64 0.77 0.50 0.39 1.12 0.87 0.38
O4' 0.45 0.37 0.65 0.78 0.28 0.65 0.29 0.59 0.31 0.37 0.30 0.31 0.47 0.44 0.72 0.58 0.71 0.71 1.34 0.51
O5' 0.59 0.51 0.51 0.65 0.53 0.74 0.55 0.67 0.52 0.52 0.48 0.63 0.58 0.60 0.74 0.75 0.56 0.95 1.11 0.44
OP1 0.67 0.63 0.63 0.62 0.70 0.74 0.72 0.73 0.67 0.64 0.63 0.80 0.66 0.89 0.76 0.78 0.61 1.19 0.96 0.60
OP2 1.31 1.24 1.21 1.13 1.13 1.30 1.14 1.26 1.17 1.23 1.17 1.12 1.34 1.59 1.36 1.38 1.10 1.73 0.94 1.10
P 0.85 0.80 0.73 0.71 0.79 0.90 0.80 0.87 0.78 0.80 0.77 0.86 0.87 1.05 0.90 0.97 0.73 1.33 0.93 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.26 0.01 0.33 0.71 0.29 0.39
C2 0.02 0.00 0.17 0.22 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.15 0.14 0.33 1.01 0.48 0.47
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.18 0.15 0.03 0.14 0.07 0.29 0.00 0.03 0.02 0.64 0.70 0.56 0.64
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.32 0.01 0.31 0.02 0.26 0.19 0.28 0.34 0.18 0.03 0.01 0.02 0.37 0.25 0.43 0.28
C4 0.02 0.01 0.06 0.32 0.00 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.19 0.04 0.64 1.46 0.94 0.94
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.22 0.07 0.07 0.13 0.20 0.26 0.03 0.00 0.01 0.18 0.20 0.07
C5 0.02 0.01 0.11 0.31 0.00 0.21 0.00 0.39 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.22 0.13 0.86 1.64 1.19 1.19
C5' 0.08 0.10 0.18 0.02 0.26 0.01 0.39 0.00 0.38 0.16 0.14 0.28 0.18 0.11 0.18 0.02 0.01 0.18 0.38 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.26 0.01 0.22 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.17 0.84 1.44 1.01 1.08
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.11 0.02 0.49 1.05 0.55 0.64
N3 0.02 0.01 0.14 0.28 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.14 0.10 0.42 1.21 0.66 0.64
N4 0.02 0.02 0.07 0.34 0.01 0.13 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.29 0.23 0.05 0.66 1.55 1.06 1.01
O2 0.03 0.01 0.29 0.18 0.02 0.20 0.02 0.18 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.33 0.25 0.25 0.25 0.80 0.45 0.27
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.27 0.26 0.35 0.11 0.33 0.16 0.22 0.29 0.33 0.00 0.05 0.18 0.60 0.65 0.58 0.64
O3' 0.26 0.15 0.03 0.01 0.19 0.03 0.22 0.18 0.16 0.11 0.14 0.23 0.25 0.05 0.00 0.19 0.28 0.42 0.35 0.27
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.04 0.00 0.13 0.02 0.17 0.02 0.10 0.05 0.25 0.18 0.19 0.00 0.13 0.46 0.20 0.19
O5' 0.33 0.33 0.64 0.37 0.64 0.01 0.86 0.01 0.84 0.49 0.42 0.66 0.25 0.60 0.28 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.71 1.01 0.70 0.25 1.46 0.18 1.64 0.18 1.44 1.05 1.21 1.55 0.80 0.65 0.42 0.46 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.48 0.56 0.43 0.94 0.20 1.19 0.38 1.01 0.55 0.66 1.06 0.45 0.58 0.35 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.47 0.64 0.28 0.94 0.07 1.19 0.02 1.08 0.64 0.64 1.01 0.27 0.64 0.27 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00