ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2763

back

Distances from reference structure (by RMSD)

43, 111, 209, 103, 20, 9, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.040, 0.098, 0.157, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.098 std_dev=0.058
N1 B 0, 0.040, 0.107, 0.174, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.107 std_dev=0.067
C6 B 0, 0.066, 0.177, 0.287, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.177 std_dev=0.110
C2 B 0, 0.039, 0.161, 0.283, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.161 std_dev=0.122
N9 A 0, 0.080, 0.203, 0.326, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.203 std_dev=0.123
N3 A 0, 0.108, 0.249, 0.389, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.249 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.053, 0.205, 0.356, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.205 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.064, 0.216, 0.367, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.216 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.067, 0.221, 0.375, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.221 std_dev=0.154
C4 B 0, 0.070, 0.225, 0.379, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.225 std_dev=0.155
C5 A 0, 0.084, 0.247, 0.409, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.247 std_dev=0.162
N1 A 0, 0.139, 0.313, 0.487, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.313 std_dev=0.174
C1' A 0, 0.136, 0.310, 0.484, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.310 std_dev=0.174
C2 A 0, 0.128, 0.321, 0.513, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.321 std_dev=0.193
C6 A 0, 0.091, 0.293, 0.495, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.293 std_dev=0.202
O2 B 0, 0.046, 0.259, 0.473, 2.872 max_d=2.872 avg_d=0.259 std_dev=0.213
O4 B 0, 0.082, 0.324, 0.567, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.324 std_dev=0.242
C8 A 0, 0.125, 0.380, 0.635, 2.590 max_d=2.590 avg_d=0.380 std_dev=0.255
N7 A 0, 0.142, 0.429, 0.715, 3.299 max_d=3.299 avg_d=0.429 std_dev=0.287
N6 A 0, 0.136, 0.461, 0.787, 3.708 max_d=3.708 avg_d=0.461 std_dev=0.325
O4' B 0, 0.251, 0.673, 1.096, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.673 std_dev=0.422
C2' B 0, 0.258, 0.700, 1.142, 3.374 max_d=3.374 avg_d=0.700 std_dev=0.442
C4' B 0, 0.365, 0.944, 1.522, 3.400 max_d=3.400 avg_d=0.944 std_dev=0.579
C3' B 0, 0.401, 1.023, 1.646, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.023 std_dev=0.623
O4' A 0, 1.160, 1.880, 2.599, 3.176 max_d=3.176 avg_d=1.880 std_dev=0.719
C2' A 0, 1.260, 1.991, 2.721, 3.238 max_d=3.238 avg_d=1.991 std_dev=0.730
O2' B 0, 0.321, 1.064, 1.807, 5.651 max_d=5.651 avg_d=1.064 std_dev=0.743
C5' B 0, 0.510, 1.282, 2.054, 4.335 max_d=4.335 avg_d=1.282 std_dev=0.772
O5' B 0, 1.160, 1.976, 2.792, 4.132 max_d=4.132 avg_d=1.976 std_dev=0.816
O3' B 0, 0.669, 1.596, 2.524, 4.365 max_d=4.365 avg_d=1.596 std_dev=0.927
C3' A 0, 1.475, 2.443, 3.411, 3.921 max_d=3.921 avg_d=2.443 std_dev=0.968
C4' A 0, 1.322, 2.292, 3.261, 3.865 max_d=3.865 avg_d=2.292 std_dev=0.969
O3' A 0, 1.563, 2.716, 3.869, 4.790 max_d=4.790 avg_d=2.716 std_dev=1.153
P B 0, 1.910, 3.107, 4.304, 5.829 max_d=5.829 avg_d=3.107 std_dev=1.197
O2' A 0, 1.573, 2.802, 4.031, 5.077 max_d=5.077 avg_d=2.802 std_dev=1.229
OP1 B 0, 1.235, 2.474, 3.713, 7.150 max_d=7.150 avg_d=2.474 std_dev=1.239
C5' A 0, 2.673, 4.373, 6.073, 6.616 max_d=6.616 avg_d=4.373 std_dev=1.700
OP2 B 0, 2.692, 4.491, 6.291, 7.782 max_d=7.782 avg_d=4.491 std_dev=1.799
O5' A 0, 3.454, 5.437, 7.420, 8.056 max_d=8.056 avg_d=5.437 std_dev=1.983
P A 0, 4.553, 7.251, 9.948, 10.780 max_d=10.780 avg_d=7.251 std_dev=2.698
OP1 A 0, 5.192, 8.081, 10.970, 11.496 max_d=11.496 avg_d=8.081 std_dev=2.889
OP2 A 0, 4.600, 7.833, 11.066, 12.011 max_d=12.011 avg_d=7.833 std_dev=3.233

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.21 0.49 0.38 0.23
C2 0.05 0.00 0.47 0.71 0.01 0.65 0.01 1.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.54 0.67 0.54 1.29 1.74 1.88 1.65
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.19 0.22 0.24 0.36 0.47 0.16 0.14 0.04 0.01 0.04 0.03 0.39 0.59 0.59 0.39
C3' 0.03 0.71 0.01 0.00 0.39 0.01 0.37 0.04 0.43 0.52 0.57 0.69 0.42 0.48 0.24 0.02 0.01 0.03 0.39 0.56 0.53 0.35
C4 0.03 0.01 0.24 0.39 0.00 0.27 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.32 0.28 0.51 0.90 0.80 0.63
C4' 0.03 0.65 0.02 0.01 0.27 0.00 0.16 0.01 0.24 0.48 0.47 0.64 0.19 0.37 0.12 0.28 0.03 0.01 0.02 0.42 0.30 0.16
C5 0.02 0.01 0.12 0.37 0.01 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.27 0.12 0.43 0.88 0.81 0.52
C5' 0.07 1.10 0.19 0.04 0.44 0.01 0.31 0.00 0.44 0.81 0.82 1.03 0.38 0.68 0.24 0.15 0.21 0.03 0.01 0.37 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.22 0.43 0.01 0.24 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.39 0.37 0.24 0.52 1.10 0.94 0.74
C8 0.02 0.02 0.24 0.52 0.01 0.48 0.01 0.81 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.41 0.30 1.11 1.13 1.44 1.14
N1 0.04 0.01 0.36 0.57 0.01 0.47 0.01 0.82 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.47 0.54 0.42 0.95 1.52 1.47 1.30
N3 0.05 0.01 0.47 0.69 0.01 0.64 0.01 1.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.51 0.62 0.54 1.18 1.48 1.61 1.41
N6 0.03 0.02 0.16 0.42 0.01 0.19 0.01 0.38 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.39 0.36 0.17 0.48 1.07 0.97 0.67
N7 0.02 0.02 0.14 0.48 0.01 0.37 0.00 0.68 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.38 0.36 0.16 0.95 1.10 1.41 1.01
N9 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.20 0.02 0.40 0.64 0.61 0.39
O2' 0.02 0.54 0.01 0.02 0.32 0.28 0.33 0.15 0.39 0.40 0.47 0.51 0.39 0.38 0.20 0.00 0.07 0.21 0.32 0.73 0.45 0.38
O3' 0.31 0.67 0.04 0.01 0.32 0.03 0.27 0.21 0.37 0.41 0.54 0.62 0.36 0.36 0.20 0.07 0.00 0.20 0.39 0.79 0.60 0.43
O4' 0.01 0.54 0.03 0.03 0.28 0.01 0.12 0.03 0.24 0.30 0.42 0.54 0.17 0.16 0.02 0.21 0.20 0.00 0.16 0.50 0.39 0.30
O5' 0.21 1.29 0.39 0.39 0.51 0.02 0.43 0.01 0.52 1.11 0.95 1.18 0.48 0.95 0.40 0.32 0.39 0.16 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.49 1.74 0.59 0.56 0.90 0.42 0.88 0.37 1.10 1.13 1.52 1.48 1.07 1.10 0.64 0.73 0.79 0.50 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.88 0.59 0.53 0.80 0.30 0.81 0.39 0.94 1.44 1.47 1.61 0.97 1.41 0.61 0.45 0.60 0.39 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.23 1.65 0.39 0.35 0.63 0.16 0.52 0.02 0.74 1.14 1.30 1.41 0.67 1.01 0.39 0.38 0.43 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.38 0.40 0.31 0.20 0.29 0.24 0.23 0.18 0.22 0.20 0.36 0.44 0.40 0.27 0.52 0.88 1.14 0.72
C2 0.22 0.23 0.30 0.37 0.29 0.21 0.27 0.25 0.24 0.22 0.24 0.26 0.43 0.39 0.35 0.27 0.55 0.84 1.17 0.76
C2' 0.42 0.43 0.35 0.39 0.65 0.45 0.65 0.56 0.57 0.47 0.52 0.36 0.51 0.55 0.75 0.58 0.88 1.20 1.47 1.13
C3' 0.57 0.62 0.52 0.57 0.91 0.59 0.91 0.70 0.79 0.66 0.74 0.52 0.67 0.65 1.04 0.68 1.02 1.25 1.67 1.29
C4 0.17 0.17 0.37 0.37 0.27 0.18 0.25 0.21 0.19 0.16 0.21 0.21 0.35 0.43 0.36 0.24 0.50 0.81 1.07 0.67
C4' 0.48 0.54 0.52 0.60 0.88 0.52 0.88 0.62 0.74 0.59 0.69 0.40 0.46 0.57 1.03 0.56 0.86 0.99 1.59 1.09
C5 0.19 0.17 0.44 0.38 0.25 0.18 0.22 0.19 0.17 0.16 0.20 0.22 0.37 0.47 0.33 0.22 0.45 0.74 0.93 0.57
C5' 0.84 0.92 0.84 0.95 1.48 0.91 1.50 1.09 1.28 1.02 1.16 0.66 0.73 0.92 1.71 0.93 1.36 1.44 2.16 1.63
C6 0.19 0.18 0.42 0.36 0.24 0.17 0.21 0.18 0.17 0.16 0.22 0.24 0.38 0.46 0.31 0.21 0.44 0.70 0.90 0.55
C8 0.20 0.17 0.48 0.40 0.26 0.20 0.23 0.21 0.17 0.16 0.20 0.22 0.39 0.50 0.35 0.25 0.45 0.77 0.95 0.58
N1 0.19 0.19 0.33 0.36 0.24 0.17 0.22 0.20 0.18 0.17 0.21 0.25 0.40 0.40 0.31 0.22 0.49 0.75 1.03 0.65
N3 0.20 0.21 0.31 0.38 0.30 0.21 0.29 0.25 0.24 0.21 0.24 0.23 0.39 0.40 0.38 0.27 0.56 0.87 1.18 0.76
N6 0.25 0.26 0.51 0.39 0.28 0.22 0.25 0.22 0.22 0.23 0.28 0.30 0.45 0.53 0.32 0.25 0.40 0.63 0.76 0.46
N7 0.22 0.19 0.51 0.40 0.25 0.22 0.22 0.22 0.18 0.18 0.21 0.25 0.43 0.52 0.33 0.25 0.43 0.72 0.87 0.53
N9 0.18 0.17 0.40 0.39 0.28 0.18 0.26 0.21 0.19 0.16 0.21 0.20 0.35 0.45 0.37 0.25 0.49 0.82 1.06 0.66
O2' 0.66 0.62 0.61 0.67 0.73 0.72 0.76 0.79 0.72 0.66 0.64 0.58 0.66 0.81 0.79 0.82 1.03 1.36 1.57 1.26
O3' 0.57 0.60 0.50 0.52 0.89 0.57 0.91 0.70 0.79 0.65 0.72 0.49 0.72 0.62 1.03 0.69 1.04 1.31 1.69 1.33
O4' 0.44 0.47 0.60 0.64 0.69 0.46 0.68 0.49 0.59 0.50 0.57 0.40 0.44 0.56 0.79 0.44 0.65 0.77 1.35 0.82
O5' 0.98 1.08 1.05 1.15 1.72 1.05 1.74 1.24 1.49 1.19 1.35 0.79 0.80 0.96 2.00 1.04 1.57 1.61 2.43 1.85
OP1 1.76 1.78 1.83 1.95 2.45 1.88 2.53 2.07 2.28 1.94 2.02 1.48 1.58 1.71 2.70 1.83 2.31 2.36 3.19 2.57
OP2 1.63 1.75 1.64 1.73 2.71 1.72 2.77 2.03 2.39 1.93 2.13 1.34 1.33 1.39 3.10 1.74 2.43 2.49 3.46 2.79
P 1.46 1.56 1.53 1.64 2.37 1.56 2.43 1.81 2.12 1.72 1.89 1.17 1.23 1.37 2.69 1.54 2.17 2.20 3.13 2.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.34 0.03 0.01 0.28 0.44 0.42 0.32
C2 0.03 0.00 0.18 0.24 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.26 0.02 0.11 0.41 0.63 0.80 0.52
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.12 0.21 0.16 0.03 0.14 0.30 0.01 0.04 0.09 0.02 0.57 0.66 0.71 0.61
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.39 0.01 0.41 0.03 0.35 0.23 0.32 0.19 0.02 0.01 0.43 0.03 0.35 0.37 0.50 0.31
C4 0.02 0.01 0.07 0.39 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.36 0.22 0.01 0.04 0.63 0.87 1.36 0.87
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.18 0.08 0.09 0.10 0.31 0.03 0.15 0.01 0.02 0.19 0.21 0.08
C5 0.02 0.01 0.12 0.41 0.01 0.19 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.27 0.01 0.09 0.70 0.89 1.45 0.95
C5' 0.08 0.11 0.21 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.21 0.11 0.14 0.14 0.12 0.24 0.21 0.02 0.01 0.23 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.18 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.20 0.01 0.11 0.63 0.76 1.15 0.79
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.15 0.02 0.02 0.43 0.61 0.78 0.54
N3 0.02 0.01 0.14 0.32 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.31 0.20 0.01 0.08 0.51 0.75 1.08 0.68
O2 0.04 0.01 0.30 0.19 0.02 0.10 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.29 0.44 0.02 0.18 0.32 0.56 0.61 0.39
O2' 0.03 0.25 0.01 0.02 0.36 0.31 0.38 0.12 0.33 0.21 0.31 0.29 0.00 0.07 0.38 0.21 0.37 0.55 0.61 0.45
O3' 0.34 0.26 0.04 0.01 0.22 0.03 0.27 0.24 0.20 0.15 0.20 0.44 0.07 0.00 0.26 0.24 0.34 0.62 0.49 0.40
O4 0.03 0.02 0.09 0.43 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.26 0.00 0.04 0.67 0.93 1.51 0.95
O4' 0.01 0.11 0.02 0.03 0.04 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.08 0.18 0.21 0.24 0.04 0.00 0.13 0.28 0.29 0.18
O5' 0.28 0.41 0.57 0.35 0.63 0.02 0.70 0.01 0.63 0.43 0.51 0.32 0.37 0.34 0.67 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.63 0.66 0.37 0.87 0.19 0.89 0.23 0.76 0.61 0.75 0.56 0.55 0.62 0.93 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.80 0.71 0.50 1.36 0.21 1.45 0.29 1.15 0.78 1.08 0.61 0.61 0.49 1.51 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.52 0.61 0.31 0.87 0.08 0.95 0.03 0.79 0.54 0.68 0.39 0.45 0.40 0.95 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00