ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 27948

back

Distances from reference structure (by RMSD)

30, 27, 4, 15, 39, 62, 64, 79, 67, 18, 1, 4, 1, 1, 8, 6, 16, 23, 3, 32,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.132, 0.351, 0.570, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.351 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.168, 0.453, 0.738, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.453 std_dev=0.285
N3 A 0, 0.224, 0.533, 0.843, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.533 std_dev=0.309
C2 B 0, 0.181, 0.653, 1.125, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.653 std_dev=0.472
C2 A 0, 0.304, 0.777, 1.251, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.777 std_dev=0.474
C5 A 0, 0.157, 0.633, 1.109, 2.126 max_d=2.126 avg_d=0.633 std_dev=0.476
C6 A 0, 0.246, 0.752, 1.257, 2.294 max_d=2.294 avg_d=0.752 std_dev=0.505
N9 A 0, 0.163, 0.676, 1.190, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.676 std_dev=0.513
N1 A 0, 0.190, 0.729, 1.268, 2.207 max_d=2.207 avg_d=0.729 std_dev=0.539
C6 B 0, 0.065, 0.686, 1.307, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.686 std_dev=0.621
C1' A 0, 0.250, 0.884, 1.517, 2.650 max_d=2.650 avg_d=0.884 std_dev=0.634
N3 B 0, 0.074, 0.795, 1.516, 3.613 max_d=3.613 avg_d=0.795 std_dev=0.721
O6 A 0, 0.379, 1.125, 1.871, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.125 std_dev=0.746
C4 B 0, 0.162, 0.958, 1.753, 3.975 max_d=3.975 avg_d=0.958 std_dev=0.796
C1' B 0, 0.248, 1.056, 1.865, 4.268 max_d=4.268 avg_d=1.056 std_dev=0.809
C5 B 0, 0.154, 0.985, 1.815, 3.719 max_d=3.719 avg_d=0.985 std_dev=0.831
N7 A 0, 0.262, 1.098, 1.934, 3.942 max_d=3.942 avg_d=1.098 std_dev=0.836
C8 A 0, 0.252, 1.089, 1.925, 3.932 max_d=3.932 avg_d=1.089 std_dev=0.836
N2 A 0, 0.431, 1.288, 2.145, 4.264 max_d=4.264 avg_d=1.288 std_dev=0.857
C2' A 0, 0.647, 1.583, 2.520, 4.331 max_d=4.331 avg_d=1.583 std_dev=0.937
C2' B 0, 0.283, 1.229, 2.174, 4.910 max_d=4.910 avg_d=1.229 std_dev=0.945
O2 B 0, 0.274, 1.228, 2.183, 4.588 max_d=4.588 avg_d=1.228 std_dev=0.955
O3' A 0, 1.132, 2.327, 3.523, 5.627 max_d=5.627 avg_d=2.327 std_dev=1.195
O2' A 0, 1.083, 2.283, 3.482, 5.502 max_d=5.502 avg_d=2.283 std_dev=1.199
C3' A 0, 0.940, 2.147, 3.355, 5.596 max_d=5.596 avg_d=2.147 std_dev=1.208
C3' B 0, 0.730, 1.953, 3.175, 6.297 max_d=6.297 avg_d=1.953 std_dev=1.223
O4' A 0, 0.692, 1.922, 3.151, 5.433 max_d=5.433 avg_d=1.922 std_dev=1.230
O4' B 0, 0.310, 1.603, 2.896, 5.917 max_d=5.917 avg_d=1.603 std_dev=1.293
N4 B 0, 0.218, 1.525, 2.832, 6.491 max_d=6.491 avg_d=1.525 std_dev=1.307
O2' B 0, 0.602, 1.967, 3.332, 7.302 max_d=7.302 avg_d=1.967 std_dev=1.365
C4' A 0, 0.933, 2.426, 3.918, 6.543 max_d=6.543 avg_d=2.426 std_dev=1.492
C4' B 0, 0.516, 2.099, 3.681, 7.819 max_d=7.819 avg_d=2.099 std_dev=1.582
O3' B 0, 0.965, 2.723, 4.482, 8.075 max_d=8.075 avg_d=2.723 std_dev=1.759
C5' A 0, 1.434, 3.709, 5.984, 9.283 max_d=9.283 avg_d=3.709 std_dev=2.275
C5' B 0, 0.371, 2.687, 5.004, 9.476 max_d=9.476 avg_d=2.687 std_dev=2.316
O5' B 0, 0.681, 3.036, 5.390, 9.667 max_d=9.667 avg_d=3.036 std_dev=2.354
O5' A 0, 1.778, 4.548, 7.319, 10.498 max_d=10.498 avg_d=4.548 std_dev=2.770
OP1 B 0, 2.209, 5.265, 8.321, 12.249 max_d=12.249 avg_d=5.265 std_dev=3.056
P B 0, 1.083, 4.179, 7.275, 11.430 max_d=11.430 avg_d=4.179 std_dev=3.096
OP2 B 0, 1.451, 4.718, 7.984, 12.760 max_d=12.760 avg_d=4.718 std_dev=3.267
P A 0, 2.167, 5.577, 8.987, 12.906 max_d=12.906 avg_d=5.577 std_dev=3.410
OP2 A 0, 2.848, 6.826, 10.804, 14.503 max_d=14.503 avg_d=6.826 std_dev=3.978
OP1 A 0, 1.926, 5.953, 9.980, 14.305 max_d=14.305 avg_d=5.953 std_dev=4.027

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.38 0.03 0.48 0.54 0.32
C2 0.06 0.00 0.43 0.66 0.01 0.63 0.01 1.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.63 0.53 1.45 0.02 1.75 1.79 1.56
C2' 0.01 0.43 0.00 0.01 0.23 0.02 0.13 0.24 0.21 0.20 0.34 0.52 0.42 0.11 0.04 0.00 0.04 0.02 0.39 0.17 0.65 0.44 0.44
C3' 0.02 0.66 0.01 0.00 0.40 0.01 0.39 0.02 0.47 0.41 0.58 0.78 0.62 0.40 0.23 0.02 0.01 0.02 0.35 0.47 0.61 0.38 0.36
C4 0.03 0.01 0.23 0.40 0.00 0.28 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.32 0.27 0.93 0.02 1.10 1.13 0.90
C4' 0.02 0.63 0.02 0.01 0.28 0.00 0.17 0.01 0.26 0.38 0.47 0.80 0.60 0.28 0.10 0.31 0.03 0.01 0.02 0.22 0.34 0.39 0.21
C5 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.17 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.23 0.11 0.98 0.02 1.23 1.36 1.02
C5' 0.10 1.06 0.24 0.02 0.44 0.01 0.27 0.00 0.44 0.60 0.80 1.39 0.96 0.47 0.16 0.10 0.23 0.02 0.01 0.37 0.37 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.47 0.01 0.26 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.34 0.33 0.21 1.11 0.01 1.45 1.53 1.19
C8 0.02 0.02 0.20 0.41 0.01 0.38 0.01 0.60 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.43 0.28 0.29 1.08 0.03 1.21 1.43 1.12
N1 0.05 0.01 0.34 0.58 0.01 0.47 0.01 0.80 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.50 0.39 1.30 0.01 1.67 1.69 1.42
N2 0.07 0.01 0.52 0.78 0.02 0.80 0.02 1.39 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.58 0.81 0.64 1.74 0.03 2.12 2.25 1.97
N3 0.06 0.01 0.42 0.62 0.01 0.60 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.43 0.59 0.53 1.29 0.02 1.44 1.47 1.30
N7 0.02 0.01 0.11 0.40 0.01 0.28 0.00 0.47 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.26 0.16 1.09 0.03 1.34 1.60 1.21
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.21 0.17 0.02 0.71 0.03 0.82 0.90 0.65
O2' 0.02 0.46 0.00 0.02 0.27 0.31 0.32 0.10 0.34 0.43 0.39 0.58 0.43 0.42 0.21 0.00 0.07 0.21 0.30 0.37 0.53 0.55 0.41
O3' 0.35 0.63 0.04 0.01 0.32 0.03 0.23 0.23 0.33 0.28 0.50 0.81 0.59 0.26 0.17 0.07 0.00 0.25 0.33 0.32 0.77 0.48 0.39
O4' 0.01 0.53 0.02 0.02 0.27 0.01 0.11 0.02 0.21 0.29 0.39 0.64 0.53 0.16 0.02 0.21 0.25 0.00 0.39 0.15 0.46 0.61 0.41
O5' 0.38 1.45 0.39 0.35 0.93 0.02 0.98 0.01 1.11 1.08 1.30 1.74 1.29 1.09 0.71 0.30 0.33 0.39 0.00 1.13 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.17 0.47 0.02 0.22 0.02 0.37 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.37 0.32 0.15 1.13 0.00 1.53 1.67 1.27
OP1 0.48 1.75 0.65 0.61 1.10 0.34 1.23 0.37 1.45 1.21 1.67 2.12 1.44 1.34 0.82 0.53 0.77 0.46 0.02 1.53 0.00 0.02 0.01
OP2 0.54 1.79 0.44 0.38 1.13 0.39 1.36 0.37 1.53 1.43 1.69 2.25 1.47 1.60 0.90 0.55 0.48 0.61 0.02 1.67 0.02 0.00 0.01
P 0.32 1.56 0.44 0.36 0.90 0.21 1.02 0.02 1.19 1.12 1.42 1.97 1.30 1.21 0.65 0.41 0.39 0.41 0.01 1.27 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.25 0.65 1.20 1.53 0.92 1.74 1.18 1.84 1.14 0.91 0.67 1.17 0.85 1.26 2.00 1.63 1.87 2.32 2.09 2.11
C2 1.11 0.95 1.03 0.97 0.52 1.03 0.52 0.98 0.70 0.91 0.75 0.63 1.15 1.24 1.27 1.08 0.85 1.43 1.30 1.07
C2' 1.32 0.74 1.28 1.69 1.02 1.90 1.35 2.16 1.35 1.05 0.73 1.23 0.86 1.35 2.07 1.75 2.33 2.77 2.67 2.64
C3' 1.51 0.80 1.51 2.03 1.17 2.22 1.54 2.43 1.49 1.15 0.81 1.45 0.93 1.56 2.54 1.96 2.56 3.09 2.99 2.94
C4 0.87 0.46 0.79 0.90 0.59 1.00 0.73 1.04 0.66 0.58 0.39 0.84 0.72 1.00 1.36 1.01 1.10 1.53 1.39 1.29
C4' 1.77 0.90 1.83 2.32 1.14 2.50 1.54 2.58 1.55 1.29 0.81 1.42 1.11 1.89 2.89 2.21 2.52 3.10 2.86 2.84
C5 0.91 0.52 0.83 0.92 0.64 1.06 0.75 1.16 0.70 0.65 0.43 0.89 0.77 1.07 1.31 1.08 1.23 1.49 1.41 1.32
C5' 2.08 1.15 2.25 2.73 1.32 2.83 1.74 2.89 1.79 1.55 0.99 1.60 1.39 2.41 3.36 2.48 2.82 3.36 3.31 3.15
C6 0.92 0.72 0.86 0.86 0.47 1.02 0.57 1.11 0.61 0.70 0.52 0.72 1.00 1.10 1.15 1.03 1.12 1.40 1.37 1.21
C8 1.30 0.78 1.25 1.52 1.06 1.69 1.23 1.85 1.23 1.04 0.81 1.26 0.84 1.36 1.91 1.65 2.00 2.15 2.10 2.09
N1 1.04 0.91 0.97 0.93 0.49 1.02 0.52 1.03 0.69 0.86 0.74 0.57 1.12 1.17 1.19 1.07 0.96 1.36 1.31 1.08
N2 1.48 1.21 1.39 1.33 0.82 1.44 0.84 1.38 1.04 1.23 1.00 0.90 1.41 1.58 1.55 1.48 1.18 1.70 1.58 1.36
N3 0.99 0.72 0.91 0.91 0.47 1.01 0.56 1.00 0.61 0.72 0.54 0.73 0.98 1.12 1.32 1.04 0.93 1.55 1.36 1.21
N7 1.24 0.75 1.17 1.36 0.96 1.57 1.08 1.73 1.06 0.97 0.73 1.19 0.89 1.34 1.69 1.56 1.83 1.94 1.86 1.87
N9 1.08 0.54 1.02 1.27 0.88 1.41 1.08 1.51 1.02 0.79 0.59 1.10 0.70 1.14 1.73 1.37 1.60 1.94 1.81 1.77
O2' 1.39 0.79 1.39 1.79 0.95 2.06 1.25 2.41 1.31 1.07 0.73 1.14 0.96 1.49 2.09 1.85 2.53 3.05 2.79 2.87
O3' 1.66 0.88 1.70 2.30 1.30 2.52 1.69 2.82 1.66 1.30 0.89 1.58 0.93 1.69 2.76 2.16 2.96 3.63 3.28 3.42
O4' 1.75 0.98 1.78 2.13 1.15 2.30 1.51 2.29 1.53 1.31 0.89 1.38 1.15 1.81 2.65 2.10 2.19 2.67 2.37 2.41
O5' 2.07 1.14 2.34 2.95 1.22 2.97 1.52 2.97 1.53 1.42 1.00 1.61 1.50 2.49 3.64 2.45 2.76 3.25 3.26 3.05
O6 1.08 0.84 1.04 1.08 0.60 1.31 0.73 1.47 0.77 0.83 0.63 0.89 1.20 1.27 1.27 1.27 1.47 1.66 1.67 1.56
OP1 2.72 1.78 3.11 3.80 1.66 3.76 1.93 3.78 2.04 2.05 1.54 1.93 2.10 3.30 4.37 3.06 3.44 3.85 3.82 3.62
OP2 2.32 1.64 2.81 3.32 1.48 3.05 1.59 2.97 1.59 1.67 1.48 1.86 2.12 3.11 4.07 2.47 2.81 3.31 3.39 3.08
P 2.45 1.48 2.87 3.53 1.30 3.37 1.59 3.30 1.69 1.72 1.20 1.64 1.90 3.08 4.28 2.74 3.04 3.48 3.49 3.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.32 0.01 0.29 0.49 0.54 0.36
C2 0.03 0.00 0.22 0.31 0.01 0.19 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.37 0.29 0.21 0.51 0.89 0.81 0.64
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.21 0.22 0.03 0.17 0.07 0.40 0.00 0.04 0.02 0.52 0.63 0.87 0.62
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.38 0.01 0.41 0.03 0.38 0.23 0.36 0.42 0.38 0.02 0.01 0.03 0.30 0.55 0.47 0.32
C4 0.02 0.01 0.06 0.38 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.23 0.03 0.62 1.26 1.14 0.91
C4' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.28 0.09 0.17 0.17 0.37 0.30 0.03 0.01 0.02 0.30 0.36 0.13
C5 0.02 0.01 0.17 0.41 0.00 0.26 0.00 0.46 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.29 0.16 0.76 1.40 1.30 1.09
C5' 0.08 0.27 0.21 0.03 0.28 0.01 0.46 0.00 0.46 0.17 0.26 0.31 0.53 0.14 0.23 0.02 0.01 0.29 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.38 0.01 0.28 0.00 0.46 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.25 0.22 0.73 1.17 1.09 0.96
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.16 0.02 0.45 0.79 0.75 0.59
N3 0.02 0.01 0.17 0.36 0.01 0.17 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.38 0.26 0.15 0.56 1.09 0.96 0.76
N4 0.02 0.02 0.07 0.42 0.01 0.17 0.01 0.31 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.38 0.28 0.04 0.66 1.40 1.26 1.00
O2 0.04 0.01 0.40 0.38 0.02 0.37 0.02 0.53 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.54 0.49 0.37 0.70 0.96 0.89 0.78
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.35 0.30 0.37 0.14 0.34 0.21 0.38 0.38 0.54 0.00 0.08 0.21 0.35 0.58 0.96 0.55
O3' 0.32 0.29 0.04 0.01 0.23 0.03 0.29 0.23 0.25 0.16 0.26 0.28 0.49 0.08 0.00 0.23 0.33 0.66 0.62 0.36
O4' 0.01 0.21 0.02 0.03 0.03 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02 0.15 0.04 0.37 0.21 0.23 0.00 0.19 0.42 0.35 0.27
O5' 0.29 0.51 0.52 0.30 0.62 0.02 0.76 0.01 0.73 0.45 0.56 0.66 0.70 0.35 0.33 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.89 0.63 0.55 1.26 0.30 1.40 0.29 1.17 0.79 1.09 1.40 0.96 0.58 0.66 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.54 0.81 0.87 0.47 1.14 0.36 1.30 0.41 1.09 0.75 0.96 1.26 0.89 0.96 0.62 0.35 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.64 0.62 0.32 0.91 0.13 1.09 0.02 0.96 0.59 0.76 1.00 0.78 0.55 0.36 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00