ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2795

back

Distances from reference structure (by RMSD)

14, 145, 176, 66, 35, 13, 3, 6, 6, 16, 11, 6, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.067, 0.139, 0.210, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.139 std_dev=0.072
N1 B 0, 0.049, 0.182, 0.315, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.182 std_dev=0.133
C6 B 0, 0.073, 0.234, 0.395, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.234 std_dev=0.161
C2 B 0, 0.083, 0.284, 0.486, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.284 std_dev=0.202
C2 A 0, 0.073, 0.277, 0.481, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.277 std_dev=0.204
C1' A 0, 0.046, 0.267, 0.488, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.267 std_dev=0.221
C6 A 0, 0.023, 0.249, 0.474, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.249 std_dev=0.225
C5 B 0, 0.054, 0.328, 0.601, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.328 std_dev=0.274
C2' A 0, 0.048, 0.323, 0.598, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.323 std_dev=0.275
N3 B 0, 0.079, 0.359, 0.639, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.359 std_dev=0.280
N3 A 0, 0.056, 0.342, 0.628, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.342 std_dev=0.286
C3' A 0, 0.051, 0.374, 0.697, 2.206 max_d=2.206 avg_d=0.374 std_dev=0.323
C4 B 0, 0.032, 0.360, 0.687, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.360 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.026, 0.356, 0.687, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.356 std_dev=0.330
C5 A 0, 0.018, 0.370, 0.723, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.370 std_dev=0.353
C4 A 0, 0.029, 0.385, 0.740, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.385 std_dev=0.355
O2 B 0, 0.097, 0.459, 0.822, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.459 std_dev=0.363
O2 A 0, 0.079, 0.458, 0.838, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.458 std_dev=0.379
O4' B 0, 0.037, 0.418, 0.798, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.418 std_dev=0.381
O4' A 0, 0.055, 0.435, 0.816, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.435 std_dev=0.381
O3' A 0, 0.056, 0.466, 0.877, 2.747 max_d=2.747 avg_d=0.466 std_dev=0.411
C4' A 0, 0.070, 0.495, 0.920, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.495 std_dev=0.425
C2' B 0, 0.076, 0.523, 0.970, 3.059 max_d=3.059 avg_d=0.523 std_dev=0.447
O2' A 0, 0.061, 0.528, 0.995, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.528 std_dev=0.467
O4 A 0, 0.052, 0.560, 1.068, 2.946 max_d=2.946 avg_d=0.560 std_dev=0.508
N4 B 0, 0.026, 0.557, 1.087, 2.982 max_d=2.982 avg_d=0.557 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.005, 0.562, 1.118, 4.518 max_d=4.518 avg_d=0.562 std_dev=0.556
C3' B 0, -0.008, 0.623, 1.253, 4.453 max_d=4.453 avg_d=0.623 std_dev=0.630
C5' A 0, 0.110, 0.753, 1.397, 3.436 max_d=3.436 avg_d=0.753 std_dev=0.643
C5' B 0, 0.001, 0.650, 1.300, 5.563 max_d=5.563 avg_d=0.650 std_dev=0.649
O5' B 0, -0.073, 0.602, 1.277, 5.197 max_d=5.197 avg_d=0.602 std_dev=0.675
O5' A 0, 0.108, 0.792, 1.476, 5.121 max_d=5.121 avg_d=0.792 std_dev=0.684
O2' B 0, 0.038, 0.755, 1.472, 4.375 max_d=4.375 avg_d=0.755 std_dev=0.717
P B 0, -0.205, 0.678, 1.561, 6.067 max_d=6.067 avg_d=0.678 std_dev=0.883
P A 0, 0.137, 1.036, 1.935, 6.997 max_d=6.997 avg_d=1.036 std_dev=0.899
O3' B 0, -0.028, 0.906, 1.840, 6.213 max_d=6.213 avg_d=0.906 std_dev=0.934
OP2 B 0, -0.188, 0.806, 1.800, 7.857 max_d=7.857 avg_d=0.806 std_dev=0.994
OP2 A 0, 0.187, 1.200, 2.214, 8.935 max_d=8.935 avg_d=1.200 std_dev=1.014
OP1 A 0, 0.187, 1.283, 2.380, 8.756 max_d=8.756 avg_d=1.283 std_dev=1.096
OP1 B 0, -0.200, 0.903, 2.006, 7.172 max_d=7.172 avg_d=0.903 std_dev=1.103

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.14 0.20 0.28 0.16
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.04 0.25 0.31 0.39 0.25
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.03 0.07 0.15 0.00 0.02 0.06 0.01 0.15 0.23 0.21 0.13
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.14 0.07 0.11 0.14 0.02 0.01 0.13 0.02 0.19 0.28 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.14 0.01 0.03 0.35 0.45 0.56 0.36
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.06 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.16 0.22 0.07
C5 0.02 0.02 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.17 0.01 0.05 0.37 0.45 0.56 0.37
C5' 0.03 0.11 0.03 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.17 0.11 0.15 0.09 0.06 0.05 0.20 0.02 0.01 0.19 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.15 0.01 0.05 0.33 0.36 0.45 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.25 0.28 0.36 0.23
N3 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.03 0.31 0.38 0.48 0.31
O2 0.04 0.01 0.15 0.14 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.18 0.02 0.06 0.22 0.28 0.35 0.22
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.09 0.15 0.00 0.05 0.09 0.05 0.08 0.23 0.22 0.11
O3' 0.04 0.11 0.02 0.01 0.14 0.02 0.17 0.05 0.15 0.06 0.12 0.18 0.05 0.00 0.16 0.04 0.19 0.40 0.30 0.23
O4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.16 0.00 0.04 0.37 0.49 0.61 0.40
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.00 0.13 0.20 0.32 0.19
O5' 0.14 0.25 0.15 0.19 0.35 0.02 0.37 0.01 0.33 0.25 0.31 0.22 0.08 0.19 0.37 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.31 0.23 0.28 0.45 0.16 0.45 0.19 0.36 0.28 0.38 0.28 0.23 0.40 0.49 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.39 0.21 0.21 0.56 0.22 0.56 0.25 0.45 0.36 0.48 0.35 0.22 0.30 0.61 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.25 0.13 0.16 0.36 0.07 0.37 0.02 0.30 0.23 0.31 0.22 0.11 0.23 0.40 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.31 0.28 0.37 0.44 0.43 0.37 0.51 0.27 0.24 0.41 0.56 0.36 0.37 0.32 0.39 0.50 0.57 0.53 0.55
C2 0.38 0.33 0.36 0.34 0.53 0.44 0.48 0.43 0.34 0.25 0.47 0.67 0.39 0.49 0.34 0.45 0.40 0.39 0.44 0.37
C2' 0.37 0.37 0.33 0.47 0.51 0.52 0.46 0.60 0.35 0.32 0.45 0.62 0.37 0.39 0.44 0.46 0.57 0.59 0.50 0.57
C3' 0.40 0.34 0.38 0.58 0.48 0.61 0.42 0.72 0.36 0.33 0.42 0.63 0.34 0.39 0.57 0.53 0.72 0.85 0.76 0.84
C4 0.69 0.55 0.63 0.53 0.28 0.59 0.37 0.50 0.40 0.52 0.39 0.49 0.74 0.78 0.53 0.66 0.46 0.43 0.58 0.45
C4' 0.37 0.34 0.34 0.53 0.49 0.57 0.42 0.69 0.34 0.31 0.44 0.64 0.34 0.36 0.52 0.49 0.69 0.91 0.82 0.87
C5 0.68 0.64 0.61 0.54 0.34 0.58 0.33 0.54 0.45 0.58 0.55 0.38 0.77 0.70 0.50 0.65 0.55 0.57 0.71 0.59
C5' 0.43 0.47 0.40 0.59 0.63 0.60 0.55 0.73 0.47 0.42 0.59 0.79 0.46 0.38 0.58 0.52 0.77 1.07 1.02 1.00
C6 0.53 0.48 0.47 0.48 0.35 0.53 0.27 0.54 0.35 0.43 0.47 0.46 0.57 0.54 0.42 0.56 0.57 0.62 0.71 0.64
N1 0.38 0.30 0.33 0.37 0.38 0.44 0.32 0.48 0.24 0.23 0.38 0.53 0.39 0.43 0.31 0.45 0.48 0.51 0.56 0.51
N3 0.54 0.34 0.50 0.44 0.50 0.53 0.47 0.46 0.35 0.34 0.39 0.71 0.50 0.66 0.47 0.57 0.40 0.36 0.47 0.36
O2 0.38 0.54 0.37 0.34 0.71 0.42 0.63 0.43 0.49 0.42 0.68 0.80 0.53 0.48 0.37 0.40 0.38 0.38 0.37 0.32
O2' 0.50 0.49 0.45 0.52 0.57 0.57 0.53 0.62 0.45 0.46 0.54 0.65 0.52 0.54 0.51 0.55 0.51 0.54 0.34 0.46
O3' 0.44 0.33 0.44 0.68 0.48 0.71 0.43 0.83 0.37 0.35 0.40 0.63 0.32 0.45 0.73 0.58 0.79 1.00 0.76 0.95
O4 0.78 0.67 0.74 0.60 0.36 0.65 0.45 0.53 0.46 0.61 0.46 0.57 0.90 0.92 0.64 0.71 0.46 0.41 0.57 0.43
O4' 0.33 0.32 0.29 0.42 0.43 0.47 0.35 0.57 0.28 0.26 0.41 0.57 0.36 0.35 0.37 0.42 0.58 0.75 0.71 0.72
O5' 0.54 0.65 0.52 0.65 0.77 0.62 0.69 0.73 0.61 0.58 0.75 0.91 0.64 0.47 0.61 0.57 0.82 1.06 1.09 1.02
OP1 0.62 0.80 0.64 0.80 0.99 0.74 0.87 0.88 0.73 0.70 0.96 1.18 0.79 0.57 0.80 0.64 0.96 1.35 1.31 1.21
OP2 0.73 0.93 0.73 0.79 1.05 0.71 0.92 0.79 0.81 0.81 1.06 1.19 0.95 0.68 0.75 0.69 0.89 1.14 1.22 1.08
P 0.60 0.78 0.60 0.71 0.92 0.65 0.81 0.76 0.70 0.67 0.91 1.07 0.78 0.54 0.67 0.60 0.86 1.15 1.20 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.13 0.18 0.26 0.16
C2 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.14 0.05 0.23 0.24 0.33 0.24
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.09 0.03 0.08 0.06 0.17 0.00 0.02 0.01 0.22 0.33 0.34 0.26
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.19 0.01 0.21 0.02 0.19 0.11 0.16 0.20 0.16 0.02 0.01 0.02 0.21 0.29 0.17 0.17
C4 0.02 0.01 0.06 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.04 0.34 0.35 0.46 0.36
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.10 0.07 0.13 0.02 0.01 0.02 0.13 0.19 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.19 0.05 0.37 0.36 0.46 0.38
C5' 0.05 0.09 0.08 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.13 0.18 0.08 0.08 0.10 0.01 0.01 0.13 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.17 0.05 0.32 0.28 0.35 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.07 0.02 0.22 0.22 0.30 0.22
N3 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.14 0.04 0.29 0.29 0.40 0.30
N4 0.02 0.02 0.06 0.20 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.18 0.04 0.37 0.40 0.52 0.41
O2 0.04 0.01 0.17 0.16 0.02 0.07 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.24 0.07 0.19 0.22 0.31 0.21
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.15 0.13 0.15 0.08 0.12 0.09 0.15 0.17 0.17 0.00 0.06 0.10 0.15 0.30 0.38 0.24
O3' 0.12 0.14 0.02 0.01 0.15 0.02 0.19 0.10 0.17 0.07 0.14 0.18 0.24 0.06 0.00 0.08 0.22 0.35 0.21 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.10 0.08 0.00 0.09 0.14 0.26 0.16
O5' 0.13 0.23 0.22 0.21 0.34 0.02 0.37 0.01 0.32 0.22 0.29 0.37 0.19 0.15 0.22 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.24 0.33 0.29 0.35 0.13 0.36 0.13 0.28 0.22 0.29 0.40 0.22 0.30 0.35 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.33 0.34 0.17 0.46 0.19 0.46 0.21 0.35 0.30 0.40 0.52 0.31 0.38 0.21 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.24 0.26 0.17 0.36 0.06 0.38 0.02 0.30 0.22 0.30 0.41 0.21 0.24 0.21 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00