ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 27950

back

Distances from reference structure (by RMSD)

10, 4, 3, 10, 29, 30, 34, 21, 33, 19, 74, 24, 11, 10, 4, 2, 22, 37, 34, 87,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.288, 0.472, 0.656, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.472 std_dev=0.184
C4 B 0, 0.246, 0.439, 0.631, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.439 std_dev=0.192
N3 A 0, 0.426, 0.803, 1.180, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.803 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.388, 0.806, 1.223, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.806 std_dev=0.417
C5 A 0, 0.438, 0.972, 1.507, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.972 std_dev=0.535
C5 B 0, 0.405, 0.947, 1.488, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.947 std_dev=0.541
N9 B 0, 0.527, 1.120, 1.712, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.120 std_dev=0.592
N9 A 0, 0.547, 1.140, 1.733, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.140 std_dev=0.593
C2 A 0, 0.570, 1.192, 1.815, 3.321 max_d=3.321 avg_d=1.192 std_dev=0.623
C2 B 0, 0.523, 1.185, 1.846, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.185 std_dev=0.661
N1 A 0, 0.610, 1.286, 1.962, 3.875 max_d=3.875 avg_d=1.286 std_dev=0.676
C6 B 0, 0.522, 1.255, 1.987, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.255 std_dev=0.732
C6 A 0, 0.492, 1.239, 1.987, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.239 std_dev=0.747
N1 B 0, 0.579, 1.341, 2.102, 2.950 max_d=2.950 avg_d=1.341 std_dev=0.761
C1' B 0, 0.712, 1.637, 2.561, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.637 std_dev=0.925
C1' A 0, 0.653, 1.580, 2.508, 4.600 max_d=4.600 avg_d=1.580 std_dev=0.927
C8 A 0, 0.808, 1.746, 2.683, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.746 std_dev=0.938
N7 A 0, 0.757, 1.720, 2.684, 4.480 max_d=4.480 avg_d=1.720 std_dev=0.963
C8 B 0, 0.678, 1.661, 2.643, 3.798 max_d=3.798 avg_d=1.661 std_dev=0.982
N7 B 0, 0.651, 1.652, 2.653, 3.676 max_d=3.676 avg_d=1.652 std_dev=1.001
C2' A 0, 0.615, 1.702, 2.790, 4.510 max_d=4.510 avg_d=1.702 std_dev=1.087
N2 A 0, 0.880, 2.008, 3.135, 5.622 max_d=5.622 avg_d=2.008 std_dev=1.128
O6 A 0, 0.709, 1.888, 3.068, 5.607 max_d=5.607 avg_d=1.888 std_dev=1.179
N6 B 0, 0.784, 1.974, 3.164, 4.441 max_d=4.441 avg_d=1.974 std_dev=1.190
C2' B 0, 0.756, 2.020, 3.283, 5.373 max_d=5.373 avg_d=2.020 std_dev=1.264
O2' A 0, 0.769, 2.154, 3.538, 6.051 max_d=6.051 avg_d=2.154 std_dev=1.384
O2' B 0, 0.977, 2.389, 3.801, 5.865 max_d=5.865 avg_d=2.389 std_dev=1.412
O4' A 0, 0.988, 2.420, 3.852, 6.850 max_d=6.850 avg_d=2.420 std_dev=1.432
C3' A 0, 0.823, 2.299, 3.775, 6.324 max_d=6.324 avg_d=2.299 std_dev=1.476
O4' B 0, 1.127, 2.757, 4.387, 5.813 max_d=5.813 avg_d=2.757 std_dev=1.630
C3' B 0, 1.369, 3.045, 4.720, 7.392 max_d=7.392 avg_d=3.045 std_dev=1.676
O3' A 0, 0.957, 2.655, 4.352, 7.748 max_d=7.748 avg_d=2.655 std_dev=1.698
C4' A 0, 1.033, 2.793, 4.553, 7.758 max_d=7.758 avg_d=2.793 std_dev=1.760
O3' B 0, 1.579, 3.370, 5.162, 7.700 max_d=7.700 avg_d=3.370 std_dev=1.791
C4' B 0, 1.432, 3.472, 5.512, 7.827 max_d=7.827 avg_d=3.472 std_dev=2.040
C5' A 0, 1.359, 3.768, 6.178, 9.752 max_d=9.752 avg_d=3.768 std_dev=2.410
O5' A 0, 1.541, 3.961, 6.380, 9.707 max_d=9.707 avg_d=3.961 std_dev=2.420
C5' B 0, 1.740, 4.517, 7.294, 9.999 max_d=9.999 avg_d=4.517 std_dev=2.777
O5' B 0, 1.521, 4.548, 7.575, 10.655 max_d=10.655 avg_d=4.548 std_dev=3.027
P A 0, 2.073, 5.125, 8.177, 12.157 max_d=12.157 avg_d=5.125 std_dev=3.052
OP1 A 0, 2.801, 5.951, 9.102, 13.944 max_d=13.944 avg_d=5.951 std_dev=3.150
OP2 A 0, 1.919, 5.219, 8.519, 12.396 max_d=12.396 avg_d=5.219 std_dev=3.300
OP1 B 0, 2.442, 6.201, 9.960, 13.637 max_d=13.637 avg_d=6.201 std_dev=3.759
P B 0, 1.956, 5.821, 9.685, 12.675 max_d=12.675 avg_d=5.821 std_dev=3.864
OP2 B 0, 2.952, 6.946, 10.940, 13.176 max_d=13.176 avg_d=6.946 std_dev=3.994

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.24 0.03 0.53 0.43 0.30
C2 0.05 0.00 0.39 0.50 0.01 0.46 0.01 0.82 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.46 0.42 1.13 0.02 1.45 1.65 1.37
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.20 0.02 0.11 0.17 0.18 0.19 0.31 0.47 0.39 0.11 0.03 0.01 0.03 0.02 0.42 0.14 0.58 0.57 0.46
C3' 0.02 0.50 0.01 0.00 0.31 0.01 0.33 0.02 0.38 0.40 0.44 0.61 0.47 0.40 0.22 0.02 0.01 0.03 0.29 0.39 0.43 0.33 0.27
C4 0.03 0.01 0.20 0.31 0.00 0.19 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.23 0.22 0.60 0.01 0.89 0.89 0.68
C4' 0.02 0.46 0.02 0.01 0.19 0.00 0.13 0.01 0.17 0.36 0.33 0.61 0.45 0.29 0.10 0.26 0.03 0.01 0.02 0.16 0.26 0.29 0.10
C5 0.02 0.01 0.11 0.33 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.21 0.09 0.59 0.01 1.01 0.95 0.69
C5' 0.07 0.82 0.17 0.02 0.35 0.01 0.26 0.00 0.35 0.57 0.61 1.09 0.76 0.48 0.17 0.11 0.19 0.02 0.01 0.32 0.30 0.37 0.02
C6 0.03 0.01 0.18 0.38 0.01 0.17 0.01 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.28 0.17 0.68 0.01 1.10 1.13 0.82
C8 0.02 0.01 0.19 0.40 0.01 0.36 0.01 0.57 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.40 0.26 0.25 0.87 0.02 1.23 1.09 0.96
N1 0.04 0.01 0.31 0.44 0.01 0.33 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.37 0.32 0.91 0.01 1.28 1.43 1.12
N2 0.07 0.01 0.47 0.61 0.02 0.61 0.02 1.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.46 0.60 0.51 1.44 0.03 1.87 2.14 1.80
N3 0.05 0.01 0.39 0.47 0.01 0.45 0.01 0.76 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.42 0.42 1.02 0.02 1.24 1.38 1.18
N7 0.02 0.01 0.11 0.40 0.01 0.29 0.00 0.48 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.26 0.14 0.82 0.02 1.27 1.18 0.96
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.14 0.02 0.44 0.02 0.77 0.63 0.48
O2' 0.02 0.34 0.01 0.02 0.18 0.26 0.26 0.11 0.25 0.40 0.27 0.46 0.33 0.39 0.19 0.00 0.07 0.19 0.28 0.29 0.50 0.56 0.37
O3' 0.27 0.46 0.03 0.01 0.23 0.03 0.21 0.19 0.28 0.26 0.37 0.60 0.42 0.26 0.14 0.07 0.00 0.18 0.31 0.29 0.59 0.41 0.33
O4' 0.01 0.42 0.02 0.03 0.22 0.01 0.09 0.02 0.17 0.25 0.32 0.51 0.42 0.14 0.02 0.19 0.18 0.00 0.20 0.12 0.49 0.43 0.30
O5' 0.24 1.13 0.42 0.29 0.60 0.02 0.59 0.01 0.68 0.87 0.91 1.44 1.02 0.82 0.44 0.28 0.31 0.20 0.00 0.68 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.14 0.39 0.01 0.16 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.29 0.29 0.12 0.68 0.00 1.17 1.19 0.84
OP1 0.53 1.45 0.58 0.43 0.89 0.26 1.01 0.30 1.10 1.23 1.28 1.87 1.24 1.27 0.77 0.50 0.59 0.49 0.02 1.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.65 0.57 0.33 0.89 0.29 0.95 0.37 1.13 1.09 1.43 2.14 1.38 1.18 0.63 0.56 0.41 0.43 0.02 1.19 0.01 0.00 0.01
P 0.30 1.37 0.46 0.27 0.68 0.10 0.69 0.02 0.82 0.96 1.12 1.80 1.18 0.96 0.48 0.37 0.33 0.30 0.01 0.84 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.57 1.17 1.45 1.86 0.99 2.23 1.19 2.48 1.17 1.78 1.17 1.00 1.51 1.70 1.39 1.35 2.06 2.17 2.54 3.17 2.58 2.72
C2 1.26 0.86 1.09 1.01 0.85 1.24 0.64 1.28 0.56 0.98 0.68 1.00 0.81 0.85 1.03 1.32 1.00 1.41 1.35 1.70 1.72 1.47
C2' 1.35 1.11 1.28 1.71 0.82 2.06 1.13 2.38 1.22 1.65 1.20 0.85 1.65 1.65 1.19 1.26 1.95 1.97 2.47 3.20 2.73 2.75
C3' 1.64 1.11 1.69 2.17 0.97 2.45 1.20 2.74 1.22 1.81 1.20 0.93 1.64 1.72 1.41 1.71 2.52 2.23 2.76 3.48 2.94 3.01
C4 0.96 0.78 0.76 0.99 0.51 1.27 0.64 1.39 0.73 1.03 0.81 0.60 0.99 0.96 0.81 0.87 1.23 1.38 1.46 2.00 1.57 1.57
C4' 2.09 1.36 2.15 2.64 1.26 2.94 1.34 3.22 1.26 2.10 1.32 1.26 1.60 1.89 1.76 2.14 2.99 2.66 3.17 3.85 3.24 3.37
C5 1.13 0.61 1.06 1.20 0.63 1.32 0.62 1.37 0.64 1.02 0.70 0.58 0.88 0.88 0.94 1.23 1.48 1.38 1.36 1.76 1.46 1.40
C5' 2.35 1.44 2.51 3.01 1.40 3.22 1.41 3.45 1.33 2.22 1.43 1.37 1.63 1.93 1.94 2.61 3.49 2.86 3.33 3.95 3.39 3.49
C6 1.14 0.59 1.10 1.06 0.70 1.10 0.61 1.13 0.57 0.93 0.56 0.71 0.82 0.81 0.94 1.38 1.26 1.20 1.11 1.36 1.48 1.18
C8 1.78 0.98 1.75 2.10 1.11 2.27 1.15 2.34 1.04 1.72 1.06 0.94 1.28 1.52 1.54 1.77 2.40 2.19 2.27 2.69 2.12 2.29
N1 1.22 0.71 1.10 0.97 0.86 1.10 0.72 1.11 0.56 1.02 0.56 0.89 0.72 0.90 1.04 1.37 1.00 1.26 1.15 1.35 1.61 1.25
N2 1.84 1.07 1.71 1.66 1.21 1.88 0.92 1.89 0.76 1.40 0.84 1.32 1.04 1.17 1.50 1.92 1.58 1.99 1.91 2.11 2.25 2.01
N3 1.02 0.92 0.82 0.90 0.61 1.23 0.56 1.36 0.68 0.93 0.81 0.89 1.00 0.88 0.80 1.00 1.00 1.37 1.47 2.01 1.73 1.64
N7 1.66 0.85 1.68 1.93 1.01 2.01 0.95 2.05 0.88 1.46 0.93 0.90 1.11 1.25 1.39 1.80 2.24 1.94 1.97 2.31 1.90 1.97
N9 1.37 0.97 1.24 1.60 0.84 1.88 1.01 2.02 1.01 1.51 1.03 0.78 1.28 1.41 1.22 1.21 1.84 1.89 2.04 2.59 2.01 2.14
O2' 1.38 1.27 1.34 1.77 0.91 2.19 1.24 2.61 1.38 1.73 1.36 1.02 1.88 1.77 1.23 1.31 1.92 2.04 2.75 3.54 3.18 3.14
O3' 1.64 1.24 1.76 2.29 1.03 2.57 1.27 2.95 1.35 1.81 1.32 1.07 1.81 1.77 1.40 1.76 2.63 2.27 3.01 3.80 3.28 3.33
O4' 2.09 1.42 2.06 2.50 1.34 2.84 1.39 3.06 1.27 2.12 1.34 1.34 1.55 1.91 1.80 1.98 2.75 2.65 3.00 3.57 2.94 3.12
O5' 2.34 1.39 2.56 3.04 1.41 3.16 1.42 3.33 1.39 2.16 1.48 1.31 1.68 1.87 1.93 2.73 3.56 2.78 3.16 3.72 3.16 3.26
O6 1.43 0.80 1.48 1.45 0.89 1.43 0.81 1.47 0.79 1.17 0.74 0.94 1.12 1.04 1.17 1.79 1.64 1.45 1.40 1.48 1.83 1.47
OP1 2.91 1.76 3.12 3.59 1.89 3.74 1.75 3.86 1.62 2.50 1.74 1.83 1.79 2.11 2.40 3.43 4.21 3.32 3.68 4.21 3.67 3.77
OP2 2.47 1.68 2.80 3.35 1.56 3.36 1.51 3.54 1.61 2.08 1.80 1.58 1.86 1.79 1.99 3.10 3.99 2.84 3.37 3.84 3.42 3.46
P 2.58 1.53 2.85 3.38 1.55 3.45 1.46 3.58 1.43 2.20 1.58 1.50 1.68 1.84 2.07 3.13 4.03 2.98 3.40 3.90 3.38 3.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.01 0.39 0.64 0.53 0.40
C2 0.05 0.00 0.38 0.54 0.01 0.69 0.01 1.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.54 0.44 0.53 1.05 1.37 1.69 1.34
C2' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.19 0.02 0.09 0.24 0.17 0.20 0.29 0.38 0.12 0.12 0.03 0.01 0.04 0.02 0.54 0.79 0.68 0.59
C3' 0.02 0.54 0.01 0.00 0.34 0.01 0.37 0.02 0.41 0.46 0.47 0.51 0.43 0.45 0.25 0.02 0.01 0.02 0.34 0.58 0.45 0.35
C4 0.02 0.01 0.19 0.34 0.00 0.32 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.23 0.28 0.48 0.85 0.88 0.57
C4' 0.01 0.69 0.02 0.01 0.32 0.00 0.18 0.01 0.30 0.41 0.53 0.67 0.24 0.30 0.11 0.32 0.04 0.01 0.02 0.35 0.33 0.11
C5 0.02 0.01 0.09 0.37 0.01 0.18 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.19 0.12 0.63 1.12 1.05 0.75
C5' 0.10 1.26 0.24 0.02 0.55 0.01 0.33 0.00 0.56 0.66 0.98 1.16 0.44 0.50 0.17 0.11 0.23 0.02 0.01 0.40 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.41 0.01 0.30 0.01 0.56 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.43 0.25 0.23 0.59 1.09 1.15 0.75
C8 0.02 0.02 0.20 0.46 0.01 0.41 0.01 0.66 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.25 0.30 1.25 1.65 1.50 1.40
N1 0.04 0.01 0.29 0.47 0.01 0.53 0.01 0.98 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.50 0.35 0.41 0.79 1.19 1.44 1.05
N3 0.05 0.01 0.38 0.51 0.01 0.67 0.01 1.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.42 0.54 0.93 1.17 1.42 1.13
N6 0.02 0.01 0.12 0.43 0.01 0.24 0.01 0.44 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.44 0.26 0.16 0.67 1.25 1.26 0.85
N7 0.02 0.02 0.12 0.45 0.01 0.30 0.00 0.50 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.25 0.17 1.13 1.66 1.53 1.33
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.15 0.02 0.61 0.94 0.80 0.65
O2' 0.02 0.54 0.01 0.02 0.35 0.32 0.38 0.11 0.43 0.37 0.50 0.50 0.44 0.39 0.23 0.00 0.08 0.23 0.43 0.76 0.70 0.53
O3' 0.35 0.44 0.04 0.01 0.23 0.04 0.19 0.23 0.25 0.25 0.35 0.42 0.26 0.25 0.15 0.08 0.00 0.25 0.41 0.73 0.64 0.48
O4' 0.01 0.53 0.02 0.02 0.28 0.01 0.12 0.02 0.23 0.30 0.41 0.54 0.16 0.17 0.02 0.23 0.25 0.00 0.31 0.53 0.49 0.33
O5' 0.39 1.05 0.54 0.34 0.48 0.02 0.63 0.01 0.59 1.25 0.79 0.93 0.67 1.13 0.61 0.43 0.41 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.64 1.37 0.79 0.58 0.85 0.35 1.12 0.40 1.09 1.65 1.19 1.17 1.25 1.66 0.94 0.76 0.73 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 1.69 0.68 0.45 0.88 0.33 1.05 0.40 1.15 1.50 1.44 1.42 1.26 1.53 0.80 0.70 0.64 0.49 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.40 1.34 0.59 0.35 0.57 0.11 0.75 0.02 0.75 1.40 1.05 1.13 0.85 1.33 0.65 0.53 0.48 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00