ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 27951

back

Distances from reference structure (by RMSD)

15, 60, 38, 64, 42, 30, 39, 10, 3, 1, 0, 0, 3, 2, 4, 2, 4, 61, 15, 106,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.114, 0.329, 0.543, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.329 std_dev=0.214
C4 A 0, 0.134, 0.349, 0.564, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.349 std_dev=0.215
N3 A 0, 0.127, 0.710, 1.293, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.710 std_dev=0.583
N3 B 0, 0.139, 0.728, 1.318, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.728 std_dev=0.589
C5 B 0, 0.104, 0.787, 1.470, 3.287 max_d=3.287 avg_d=0.787 std_dev=0.683
C5 A 0, 0.105, 0.828, 1.552, 3.254 max_d=3.254 avg_d=0.828 std_dev=0.723
N9 B 0, 0.086, 0.864, 1.641, 2.800 max_d=2.800 avg_d=0.864 std_dev=0.777
N9 A 0, 0.065, 0.850, 1.635, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.850 std_dev=0.785
C2' B 0, 0.280, 1.076, 1.873, 4.124 max_d=4.124 avg_d=1.076 std_dev=0.796
C6 B 0, 0.184, 1.032, 1.880, 4.688 max_d=4.688 avg_d=1.032 std_dev=0.848
C6 A 0, 0.197, 1.081, 1.965, 4.633 max_d=4.633 avg_d=1.081 std_dev=0.884
N1 A 0, 0.134, 1.056, 1.978, 4.275 max_d=4.275 avg_d=1.056 std_dev=0.922
C2 A 0, 0.090, 1.021, 1.953, 3.362 max_d=3.362 avg_d=1.021 std_dev=0.931
N1 B 0, 0.112, 1.076, 2.041, 4.342 max_d=4.342 avg_d=1.076 std_dev=0.964
C2 B 0, 0.041, 1.047, 2.052, 3.370 max_d=3.370 avg_d=1.047 std_dev=1.005
C1' B 0, 0.210, 1.237, 2.264, 4.474 max_d=4.474 avg_d=1.237 std_dev=1.027
O2' B 0, 0.465, 1.497, 2.529, 6.642 max_d=6.642 avg_d=1.497 std_dev=1.032
C1' A 0, 0.132, 1.193, 2.255, 4.375 max_d=4.375 avg_d=1.193 std_dev=1.061
O2' A 0, 0.296, 1.433, 2.571, 6.614 max_d=6.614 avg_d=1.433 std_dev=1.137
C2' A 0, 0.213, 1.401, 2.589, 4.161 max_d=4.161 avg_d=1.401 std_dev=1.188
O6 B 0, 0.274, 1.580, 2.886, 6.993 max_d=6.993 avg_d=1.580 std_dev=1.306
C3' B 0, 0.261, 1.586, 2.911, 5.673 max_d=5.673 avg_d=1.586 std_dev=1.325
N7 B 0, 0.071, 1.415, 2.758, 5.144 max_d=5.144 avg_d=1.415 std_dev=1.344
C8 A 0, 0.042, 1.399, 2.755, 4.578 max_d=4.578 avg_d=1.399 std_dev=1.357
O3' B 0, 0.460, 1.822, 3.185, 6.407 max_d=6.407 avg_d=1.822 std_dev=1.362
C8 B 0, -0.007, 1.373, 2.753, 4.695 max_d=4.695 avg_d=1.373 std_dev=1.380
N7 A 0, 0.069, 1.450, 2.831, 5.076 max_d=5.076 avg_d=1.450 std_dev=1.381
O6 A 0, 0.258, 1.654, 3.050, 6.903 max_d=6.903 avg_d=1.654 std_dev=1.396
N2 A 0, 0.076, 1.720, 3.365, 5.610 max_d=5.610 avg_d=1.720 std_dev=1.644
O4' B 0, 0.174, 1.896, 3.618, 6.741 max_d=6.741 avg_d=1.896 std_dev=1.722
N2 B 0, 0.035, 1.757, 3.479, 5.603 max_d=5.603 avg_d=1.757 std_dev=1.722
O4' A 0, 0.222, 1.982, 3.741, 6.698 max_d=6.698 avg_d=1.982 std_dev=1.760
C4' B 0, 0.217, 2.109, 4.001, 7.115 max_d=7.115 avg_d=2.109 std_dev=1.892
C3' A 0, 0.365, 2.376, 4.388, 6.196 max_d=6.196 avg_d=2.376 std_dev=2.011
C4' A 0, 0.349, 2.616, 4.884, 7.406 max_d=7.406 avg_d=2.616 std_dev=2.267
O3' A 0, 0.527, 3.019, 5.511, 7.470 max_d=7.470 avg_d=3.019 std_dev=2.492
C5' B 0, 0.174, 2.745, 5.315, 8.613 max_d=8.613 avg_d=2.745 std_dev=2.571
O5' B 0, 0.373, 3.126, 5.880, 9.305 max_d=9.305 avg_d=3.126 std_dev=2.753
C5' A 0, 0.455, 3.382, 6.309, 10.027 max_d=10.027 avg_d=3.382 std_dev=2.927
O5' A 0, 0.091, 3.509, 6.926, 11.296 max_d=11.296 avg_d=3.509 std_dev=3.417
P B 0, 0.514, 4.060, 7.605, 12.165 max_d=12.165 avg_d=4.060 std_dev=3.545
OP2 B 0, 0.666, 4.493, 8.321, 13.216 max_d=13.216 avg_d=4.493 std_dev=3.828
OP1 B 0, 0.599, 4.706, 8.813, 13.462 max_d=13.462 avg_d=4.706 std_dev=4.107
P A 0, 0.153, 4.326, 8.498, 13.998 max_d=13.998 avg_d=4.326 std_dev=4.172
OP2 A 0, 0.230, 4.734, 9.239, 15.349 max_d=15.349 avg_d=4.734 std_dev=4.505
OP1 A 0, 0.243, 4.841, 9.439, 14.128 max_d=14.128 avg_d=4.841 std_dev=4.598

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.25 0.03 0.34 0.46 0.29
C2 0.06 0.00 0.36 0.63 0.01 0.61 0.01 1.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.56 0.47 1.29 0.02 1.49 1.42 1.44
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.15 0.15 0.19 0.27 0.44 0.36 0.13 0.04 0.01 0.04 0.02 0.30 0.12 0.37 0.34 0.22
C3' 0.02 0.63 0.01 0.00 0.34 0.01 0.34 0.03 0.39 0.46 0.51 0.79 0.61 0.44 0.23 0.03 0.01 0.03 0.41 0.40 0.55 0.35 0.32
C4 0.03 0.01 0.18 0.34 0.00 0.27 0.01 0.41 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.26 0.23 0.24 0.66 0.02 0.74 0.78 0.63
C4' 0.01 0.61 0.02 0.01 0.27 0.00 0.18 0.01 0.25 0.42 0.45 0.78 0.58 0.33 0.12 0.26 0.03 0.01 0.02 0.22 0.27 0.33 0.13
C5 0.02 0.01 0.10 0.34 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.23 0.11 0.67 0.02 0.68 1.05 0.63
C5' 0.06 1.01 0.15 0.03 0.41 0.01 0.29 0.00 0.43 0.67 0.76 1.32 0.91 0.55 0.19 0.12 0.18 0.02 0.01 0.38 0.38 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.15 0.39 0.01 0.25 0.01 0.43 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.34 0.27 0.20 0.77 0.01 0.88 1.07 0.77
C8 0.02 0.01 0.19 0.46 0.01 0.42 0.01 0.67 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.40 0.27 1.02 0.04 0.90 1.56 1.10
N1 0.05 0.01 0.27 0.51 0.02 0.45 0.01 0.76 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.41 0.36 1.05 0.01 1.26 1.19 1.16
N2 0.08 0.01 0.44 0.79 0.02 0.78 0.01 1.32 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.52 0.77 0.56 1.65 0.03 1.94 1.97 1.94
N3 0.06 0.01 0.36 0.61 0.01 0.58 0.01 0.91 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.39 0.53 0.47 1.14 0.02 1.26 1.18 1.21
N7 0.02 0.01 0.13 0.44 0.01 0.33 0.00 0.55 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.39 0.16 0.95 0.04 0.87 1.62 1.03
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.12 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.16 0.02 0.50 0.02 0.47 0.79 0.48
O2' 0.02 0.42 0.01 0.03 0.26 0.26 0.31 0.12 0.34 0.33 0.38 0.52 0.39 0.35 0.19 0.00 0.09 0.18 0.26 0.37 0.45 0.36 0.26
O3' 0.26 0.56 0.04 0.01 0.23 0.03 0.23 0.18 0.27 0.40 0.41 0.77 0.53 0.39 0.16 0.09 0.00 0.16 0.41 0.30 0.76 0.59 0.46
O4' 0.01 0.47 0.02 0.03 0.24 0.01 0.11 0.02 0.20 0.27 0.36 0.56 0.47 0.16 0.02 0.18 0.16 0.00 0.19 0.15 0.36 0.48 0.35
O5' 0.25 1.29 0.30 0.41 0.66 0.02 0.67 0.01 0.77 1.02 1.05 1.65 1.14 0.95 0.50 0.26 0.41 0.19 0.00 0.78 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.12 0.40 0.02 0.22 0.02 0.38 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.37 0.30 0.15 0.78 0.00 0.86 1.24 0.78
OP1 0.34 1.49 0.37 0.55 0.74 0.27 0.68 0.38 0.88 0.90 1.26 1.94 1.26 0.87 0.47 0.45 0.76 0.36 0.02 0.86 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 1.42 0.34 0.35 0.78 0.33 1.05 0.39 1.07 1.56 1.19 1.97 1.18 1.62 0.79 0.36 0.59 0.48 0.03 1.24 0.02 0.00 0.01
P 0.29 1.44 0.22 0.32 0.63 0.13 0.63 0.02 0.77 1.10 1.16 1.94 1.21 1.03 0.48 0.26 0.46 0.35 0.01 0.78 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.34 1.36 1.11 1.51 0.93 2.01 1.12 2.50 1.07 1.80 1.30 2.01 0.95 1.63 1.31 1.05 1.43 1.98 2.59 1.17 3.56 2.88 3.08
C2 1.10 0.84 0.97 0.91 0.69 1.07 0.47 1.03 0.54 0.78 0.64 1.05 0.94 0.72 0.84 1.17 0.92 1.15 1.23 0.84 1.60 1.71 1.41
C2' 1.44 0.96 1.29 1.83 0.82 2.30 1.10 2.88 0.87 1.99 0.89 1.61 0.63 1.81 1.39 1.15 1.79 2.15 3.04 1.06 4.04 3.40 3.59
C3' 1.94 0.85 1.80 2.33 1.19 2.78 1.39 3.40 0.93 2.45 0.76 1.51 0.77 2.20 1.86 1.66 2.29 2.62 3.63 1.08 4.63 4.02 4.23
C4 0.93 0.94 0.79 0.99 0.40 1.31 0.55 1.56 0.67 1.14 0.93 1.37 0.59 1.00 0.80 0.85 0.96 1.33 1.61 0.84 2.38 1.90 1.95
C4' 2.22 1.28 2.01 2.42 1.46 2.90 1.53 3.44 1.08 2.57 1.11 1.94 1.22 2.27 2.08 1.95 2.36 2.83 3.62 1.12 4.64 4.01 4.20
C5 1.27 0.68 1.16 1.25 0.65 1.50 0.56 1.62 0.56 1.15 0.74 0.98 0.60 0.89 1.06 1.25 1.24 1.54 1.59 0.81 2.23 1.75 1.80
C5' 2.57 1.27 2.44 2.79 1.62 3.23 1.59 3.70 1.02 2.73 1.03 1.89 1.37 2.36 2.30 2.51 2.80 3.14 3.86 1.02 4.87 4.26 4.41
C6 1.17 0.60 1.07 1.05 0.80 1.22 0.71 1.25 0.59 1.02 0.52 0.74 0.76 0.89 1.02 1.19 1.04 1.27 1.36 0.80 1.81 1.71 1.52
C8 1.87 0.95 1.72 1.95 0.97 2.38 0.86 2.60 0.79 1.71 1.06 1.39 0.80 1.29 1.55 1.80 1.95 2.37 2.44 0.97 3.20 2.39 2.67
N1 1.14 0.61 0.97 0.96 0.81 1.12 0.68 1.12 0.49 0.99 0.44 0.73 0.80 0.88 1.00 1.08 0.92 1.22 1.35 0.65 1.62 1.79 1.47
N2 1.71 0.94 1.54 1.45 1.07 1.65 0.70 1.48 0.68 1.06 0.67 1.07 1.26 0.86 1.31 1.80 1.47 1.75 1.57 1.08 1.59 1.92 1.57
N3 0.73 1.07 0.66 0.69 0.41 0.93 0.51 1.12 0.73 0.84 0.92 1.45 0.89 0.89 0.51 0.89 0.70 0.96 1.31 0.97 2.00 1.82 1.68
N7 1.83 0.77 1.73 1.84 0.95 2.16 0.74 2.26 0.70 1.47 0.89 1.08 0.83 1.06 1.47 1.86 1.85 2.17 2.08 0.98 2.72 2.01 2.23
N9 1.35 1.10 1.17 1.46 0.75 1.89 0.86 2.23 0.85 1.57 1.13 1.64 0.72 1.33 1.21 1.15 1.42 1.89 2.22 0.97 3.07 2.38 2.58
O2' 1.18 1.19 1.07 1.69 0.74 2.18 1.10 2.89 1.04 1.84 1.09 1.85 0.80 1.75 1.18 0.97 1.68 1.95 3.08 1.28 4.23 3.61 3.75
O3' 2.14 0.90 2.06 2.69 1.47 3.11 1.73 3.84 1.25 2.77 0.86 1.42 0.97 2.55 2.12 1.84 2.68 2.85 4.14 1.41 5.25 4.61 4.86
O4' 1.96 1.51 1.72 2.01 1.42 2.47 1.45 2.92 1.18 2.26 1.37 2.16 1.33 2.01 1.87 1.67 1.93 2.47 3.00 1.19 3.92 3.28 3.48
O5' 2.79 1.23 2.71 3.00 1.67 3.42 1.58 3.77 1.00 2.74 1.00 1.80 1.43 2.34 2.40 2.90 3.06 3.30 3.86 1.04 4.79 4.14 4.32
O6 1.37 0.83 1.31 1.25 1.06 1.37 0.98 1.38 0.87 1.18 0.67 0.94 1.06 1.13 1.21 1.49 1.25 1.41 1.52 1.10 1.87 1.91 1.65
OP1 3.31 1.49 3.44 3.73 2.05 4.08 1.86 4.34 1.22 3.03 1.15 1.92 1.85 2.57 2.79 3.80 3.93 3.80 4.36 1.16 5.24 4.56 4.74
OP2 2.63 1.46 2.75 2.97 1.46 3.28 1.23 3.53 0.87 2.32 1.22 2.10 1.52 1.90 2.10 3.16 3.20 3.04 3.57 1.01 4.54 3.85 4.01
P 2.94 1.35 2.99 3.21 1.73 3.57 1.52 3.83 0.90 2.69 1.00 1.92 1.62 2.25 2.44 3.34 3.38 3.38 3.86 0.91 4.76 4.10 4.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.20 0.02 0.48 0.51 0.26
C2 0.04 0.00 0.22 0.25 0.01 0.27 0.01 0.50 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.24 0.26 0.68 0.02 0.87 1.05 0.75
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.02 0.08 0.12 0.11 0.12 0.17 0.27 0.22 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.31 0.10 0.46 0.49 0.32
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.18 0.01 0.23 0.03 0.24 0.26 0.24 0.29 0.22 0.27 0.15 0.03 0.01 0.02 0.39 0.26 0.48 0.39 0.31
C4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.13 0.46 0.01 0.70 0.85 0.53
C4' 0.01 0.27 0.02 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.12 0.21 0.20 0.35 0.25 0.18 0.07 0.18 0.03 0.01 0.02 0.12 0.30 0.32 0.12
C5 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.18 0.07 0.53 0.02 0.83 1.03 0.64
C5' 0.06 0.50 0.12 0.03 0.24 0.01 0.21 0.00 0.27 0.33 0.39 0.65 0.46 0.30 0.14 0.10 0.12 0.02 0.01 0.26 0.29 0.33 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.21 0.11 0.57 0.01 0.87 1.11 0.69
C8 0.01 0.01 0.12 0.26 0.01 0.21 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.18 0.14 0.63 0.03 0.89 1.03 0.72
N1 0.03 0.01 0.17 0.24 0.01 0.20 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.22 0.20 0.62 0.01 0.86 1.09 0.72
N2 0.05 0.01 0.27 0.29 0.02 0.35 0.02 0.65 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.26 0.29 0.31 0.81 0.03 1.01 1.20 0.92
N3 0.04 0.01 0.22 0.22 0.01 0.25 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.22 0.26 0.60 0.01 0.77 0.90 0.64
N7 0.01 0.02 0.09 0.27 0.01 0.18 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.21 0.08 0.64 0.03 0.96 1.18 0.79
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.02 0.40 0.02 0.65 0.75 0.45
O2' 0.02 0.20 0.01 0.03 0.12 0.18 0.17 0.10 0.16 0.23 0.16 0.26 0.19 0.23 0.12 0.00 0.07 0.13 0.19 0.19 0.39 0.44 0.23
O3' 0.16 0.24 0.03 0.01 0.14 0.03 0.18 0.12 0.21 0.18 0.22 0.29 0.22 0.21 0.09 0.07 0.00 0.11 0.37 0.24 0.58 0.46 0.32
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.13 0.01 0.07 0.02 0.11 0.14 0.20 0.31 0.26 0.08 0.02 0.13 0.11 0.00 0.15 0.09 0.48 0.46 0.26
O5' 0.20 0.68 0.31 0.39 0.46 0.02 0.53 0.01 0.57 0.63 0.62 0.81 0.60 0.64 0.40 0.19 0.37 0.15 0.00 0.60 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.26 0.01 0.12 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.19 0.24 0.09 0.60 0.00 0.95 1.22 0.76
OP1 0.48 0.87 0.46 0.48 0.70 0.30 0.83 0.29 0.87 0.89 0.86 1.01 0.77 0.96 0.65 0.39 0.58 0.48 0.02 0.95 0.00 0.02 0.01
OP2 0.51 1.05 0.49 0.39 0.85 0.32 1.03 0.33 1.11 1.03 1.09 1.20 0.90 1.18 0.75 0.44 0.46 0.46 0.03 1.22 0.02 0.00 0.01
P 0.26 0.75 0.32 0.31 0.53 0.12 0.64 0.03 0.69 0.72 0.72 0.92 0.64 0.79 0.45 0.23 0.32 0.26 0.01 0.76 0.01 0.01 0.00