ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 27957

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 2, 2, 32, 31, 5, 35, 74, 139, 22, 49, 13, 18, 44, 6, 3, 0, 4, 11,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.214, 0.369, 0.523, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.369 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.330, 0.512, 0.694, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.512 std_dev=0.182
N9 A 0, 0.552, 0.816, 1.079, 2.003 max_d=2.003 avg_d=0.816 std_dev=0.263
C5 A 0, 0.376, 0.642, 0.908, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.642 std_dev=0.266
N3 A 0, 0.311, 0.590, 0.869, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.590 std_dev=0.279
C2 A 0, 0.565, 0.879, 1.193, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.879 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.416, 0.746, 1.076, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.746 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.400, 0.739, 1.079, 2.354 max_d=2.354 avg_d=0.739 std_dev=0.339
C6 A 0, 0.577, 0.928, 1.278, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.928 std_dev=0.351
N1 A 0, 0.559, 0.961, 1.364, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.961 std_dev=0.402
C8 A 0, 0.732, 1.136, 1.541, 2.974 max_d=2.974 avg_d=1.136 std_dev=0.404
C5 B 0, 0.683, 1.123, 1.564, 2.864 max_d=2.864 avg_d=1.123 std_dev=0.441
C1' A 0, 0.736, 1.196, 1.657, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.196 std_dev=0.461
N2 A 0, 0.933, 1.419, 1.905, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.419 std_dev=0.486
N7 A 0, 0.563, 1.061, 1.559, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.061 std_dev=0.498
N3 B 0, 0.470, 0.970, 1.470, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.970 std_dev=0.500
C4 B 0, 0.655, 1.206, 1.756, 3.518 max_d=3.518 avg_d=1.206 std_dev=0.551
C1' B 0, 0.649, 1.211, 1.772, 3.753 max_d=3.753 avg_d=1.211 std_dev=0.562
O6 A 0, 0.819, 1.385, 1.952, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.385 std_dev=0.567
O2 B 0, 0.662, 1.332, 2.003, 4.235 max_d=4.235 avg_d=1.332 std_dev=0.671
C2' B 0, 0.757, 1.429, 2.101, 4.691 max_d=4.691 avg_d=1.429 std_dev=0.672
C2' A 0, 0.790, 1.532, 2.274, 3.027 max_d=3.027 avg_d=1.532 std_dev=0.742
O4' A 0, 0.875, 1.700, 2.526, 3.845 max_d=3.845 avg_d=1.700 std_dev=0.826
O4' B 0, 0.900, 1.773, 2.646, 4.967 max_d=4.967 avg_d=1.773 std_dev=0.873
O4 B 0, 0.961, 1.850, 2.739, 5.577 max_d=5.577 avg_d=1.850 std_dev=0.889
C3' A 0, 1.062, 2.060, 3.058, 4.321 max_d=4.321 avg_d=2.060 std_dev=0.998
C3' B 0, 1.353, 2.362, 3.371, 7.101 max_d=7.101 avg_d=2.362 std_dev=1.009
C4' A 0, 0.807, 1.896, 2.984, 4.752 max_d=4.752 avg_d=1.896 std_dev=1.088
O2' B 0, 0.983, 2.088, 3.193, 5.652 max_d=5.652 avg_d=2.088 std_dev=1.105
C4' B 0, 1.349, 2.466, 3.582, 7.126 max_d=7.126 avg_d=2.466 std_dev=1.116
O5' B 0, 1.518, 2.838, 4.158, 7.797 max_d=7.797 avg_d=2.838 std_dev=1.320
C5' B 0, 1.548, 2.930, 4.312, 7.875 max_d=7.875 avg_d=2.930 std_dev=1.382
O2' A 0, 0.946, 2.351, 3.755, 4.897 max_d=4.897 avg_d=2.351 std_dev=1.405
O3' B 0, 1.736, 3.176, 4.616, 8.316 max_d=8.316 avg_d=3.176 std_dev=1.440
O3' A 0, 1.469, 2.912, 4.356, 5.846 max_d=5.846 avg_d=2.912 std_dev=1.444
C5' A 0, 1.371, 2.841, 4.310, 7.480 max_d=7.480 avg_d=2.841 std_dev=1.469
O5' A 0, 1.682, 3.221, 4.760, 8.626 max_d=8.626 avg_d=3.221 std_dev=1.539
P B 0, 1.665, 3.376, 5.087, 10.420 max_d=10.420 avg_d=3.376 std_dev=1.711
OP2 B 0, 1.935, 3.693, 5.450, 11.500 max_d=11.500 avg_d=3.693 std_dev=1.757
OP1 B 0, 2.192, 4.121, 6.050, 10.762 max_d=10.762 avg_d=4.121 std_dev=1.929
P A 0, 1.997, 4.351, 6.705, 11.414 max_d=11.414 avg_d=4.351 std_dev=2.354
OP2 A 0, 2.622, 5.043, 7.464, 12.441 max_d=12.441 avg_d=5.043 std_dev=2.421
OP1 A 0, 2.078, 5.132, 8.186, 12.807 max_d=12.807 avg_d=5.132 std_dev=3.054

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.33 0.02 0.56 0.43 0.35
C2 0.04 0.00 0.48 0.72 0.01 0.62 0.01 1.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.54 0.68 0.47 0.77 0.01 1.51 1.01 1.01
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.20 0.21 0.25 0.37 0.58 0.47 0.15 0.04 0.00 0.04 0.02 0.60 0.16 0.78 0.77 0.68
C3' 0.02 0.72 0.01 0.00 0.40 0.01 0.36 0.02 0.44 0.45 0.59 0.88 0.68 0.41 0.23 0.02 0.01 0.02 0.37 0.43 0.68 0.47 0.39
C4 0.02 0.01 0.24 0.40 0.00 0.29 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.30 0.24 0.36 0.01 0.89 0.64 0.42
C4' 0.01 0.62 0.02 0.01 0.29 0.00 0.17 0.01 0.28 0.33 0.48 0.78 0.59 0.23 0.09 0.30 0.03 0.00 0.02 0.23 0.27 0.23 0.07
C5 0.01 0.01 0.12 0.36 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.20 0.11 0.50 0.01 1.02 0.90 0.54
C5' 0.08 1.03 0.20 0.02 0.44 0.01 0.26 0.00 0.46 0.52 0.80 1.32 0.92 0.37 0.12 0.11 0.21 0.02 0.01 0.37 0.33 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.44 0.01 0.28 0.01 0.46 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.41 0.31 0.21 0.44 0.01 1.13 0.91 0.53
C8 0.01 0.01 0.25 0.45 0.01 0.33 0.01 0.52 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.33 0.38 0.26 1.05 0.02 1.37 1.28 1.13
N1 0.03 0.00 0.37 0.59 0.01 0.48 0.01 0.80 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.49 0.52 0.36 0.57 0.01 1.37 0.92 0.78
N2 0.05 0.01 0.58 0.88 0.01 0.78 0.02 1.32 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.64 0.91 0.56 1.08 0.02 1.95 1.34 1.42
N3 0.04 0.01 0.47 0.68 0.01 0.59 0.01 0.92 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.63 0.46 0.66 0.01 1.24 0.83 0.83
N7 0.01 0.01 0.15 0.41 0.01 0.23 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.33 0.14 0.93 0.02 1.36 1.33 1.05
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.13 0.02 0.51 0.02 0.81 0.68 0.51
O2' 0.02 0.54 0.00 0.02 0.34 0.30 0.35 0.11 0.41 0.33 0.49 0.64 0.50 0.35 0.20 0.00 0.07 0.21 0.37 0.42 0.62 0.74 0.53
O3' 0.29 0.68 0.04 0.01 0.30 0.03 0.20 0.21 0.31 0.38 0.52 0.91 0.63 0.33 0.13 0.07 0.00 0.21 0.35 0.29 0.86 0.53 0.46
O4' 0.01 0.47 0.02 0.02 0.24 0.00 0.11 0.02 0.21 0.26 0.36 0.56 0.46 0.14 0.02 0.21 0.21 0.00 0.21 0.15 0.40 0.26 0.21
O5' 0.33 0.77 0.60 0.37 0.36 0.02 0.50 0.01 0.44 1.05 0.57 1.08 0.66 0.93 0.51 0.37 0.35 0.21 0.00 0.50 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.16 0.43 0.01 0.23 0.01 0.37 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.42 0.29 0.15 0.50 0.00 1.19 1.05 0.60
OP1 0.56 1.51 0.78 0.68 0.89 0.27 1.02 0.33 1.13 1.37 1.37 1.95 1.24 1.36 0.81 0.62 0.86 0.40 0.02 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 1.01 0.77 0.47 0.64 0.23 0.90 0.39 0.91 1.28 0.92 1.34 0.83 1.33 0.68 0.74 0.53 0.26 0.02 1.05 0.01 0.00 0.01
P 0.35 1.01 0.68 0.39 0.42 0.07 0.54 0.02 0.53 1.13 0.78 1.42 0.83 1.05 0.51 0.53 0.46 0.21 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 1.00 0.53 0.83 1.20 1.31 1.26 1.73 1.10 0.75 1.16 1.33 0.88 1.17 1.35 1.08 1.58 2.20 1.93 1.94
C2 1.17 0.78 1.10 1.24 0.64 1.50 0.50 1.59 0.62 0.83 0.64 0.99 1.21 1.38 1.01 1.43 1.40 1.73 1.23 1.33
C2' 0.83 1.15 1.06 0.90 1.20 1.03 1.24 1.40 1.06 0.88 1.20 1.54 1.59 1.24 1.34 0.79 1.35 2.02 1.84 1.76
C3' 1.03 1.10 1.17 1.27 1.12 1.44 1.20 1.77 1.11 0.92 1.14 1.47 1.68 1.67 1.26 1.15 1.71 2.18 2.15 2.09
C4 0.61 0.54 0.59 0.85 0.89 1.21 0.76 1.28 0.53 0.38 0.76 0.74 0.69 1.27 1.12 1.07 0.97 1.61 1.02 1.13
C4' 1.03 1.05 0.99 1.47 1.13 1.83 1.24 2.28 1.22 0.93 1.16 1.39 1.31 1.86 1.28 1.50 2.16 2.60 2.52 2.51
C5 0.77 0.41 0.68 1.01 0.94 1.32 0.80 1.30 0.60 0.45 0.75 0.50 0.73 1.54 1.20 1.21 1.02 1.59 0.96 1.10
C5' 1.39 1.12 1.43 2.00 1.14 2.27 1.17 2.60 1.22 1.09 1.22 1.39 1.66 2.51 1.33 1.83 2.49 2.90 2.72 2.77
C6 0.93 0.51 0.83 1.04 0.80 1.30 0.83 1.32 0.71 0.62 0.54 0.79 0.94 1.53 1.07 1.24 1.13 1.60 1.10 1.16
C8 0.93 0.89 0.82 1.29 1.26 1.73 1.08 1.82 0.96 0.81 1.23 0.89 0.81 1.79 1.49 1.50 1.57 2.05 1.55 1.70
N1 1.09 0.73 0.99 1.16 0.55 1.43 0.67 1.56 0.78 0.81 0.52 1.01 1.06 1.42 0.86 1.39 1.42 1.74 1.36 1.40
N2 1.49 1.05 1.43 1.60 0.93 1.89 0.67 2.02 0.87 1.09 1.01 1.21 1.57 1.65 1.30 1.78 1.91 2.10 1.67 1.81
N3 0.93 0.69 0.92 1.00 0.80 1.26 0.67 1.33 0.43 0.59 0.67 0.95 1.12 1.23 1.12 1.13 1.02 1.60 0.99 1.08
N7 0.96 0.73 0.87 1.28 1.23 1.62 1.01 1.57 0.81 0.71 1.09 0.70 0.93 1.89 1.52 1.42 1.31 1.81 1.20 1.39
N9 0.56 0.81 0.51 0.92 1.12 1.38 1.04 1.58 0.87 0.60 1.08 0.98 0.61 1.35 1.30 1.17 1.33 1.93 1.48 1.56
O2' 0.93 1.25 1.24 0.96 1.35 0.96 1.43 1.41 1.20 0.97 1.28 1.68 1.88 1.25 1.52 0.77 1.40 2.23 2.08 1.92
O3' 1.28 1.19 1.50 1.56 1.32 1.63 1.54 1.98 1.44 1.16 1.21 1.51 2.08 1.91 1.44 1.37 2.01 2.40 2.50 2.42
O4' 0.99 1.09 0.88 1.46 1.23 1.95 1.32 2.38 1.31 1.00 1.24 1.35 0.92 1.77 1.35 1.60 2.18 2.59 2.44 2.46
O5' 1.45 1.03 1.62 2.36 1.16 2.52 1.13 2.74 1.17 1.07 1.19 1.21 1.68 2.93 1.40 1.93 2.59 3.04 2.74 2.82
O6 1.02 0.74 0.93 1.12 1.04 1.32 1.09 1.35 0.88 0.75 0.77 1.06 1.16 1.69 1.32 1.25 1.22 1.68 1.29 1.29
OP1 2.25 1.89 2.57 3.03 1.78 2.90 1.72 3.06 1.83 1.91 1.87 2.05 2.82 3.46 1.92 2.36 2.99 3.50 3.14 3.21
OP2 1.84 1.14 2.20 2.85 1.23 2.80 1.17 2.84 1.26 1.29 1.20 1.30 2.45 3.62 1.55 2.19 2.69 3.16 2.79 2.85
P 1.88 1.32 2.22 2.89 1.33 2.82 1.28 2.94 1.40 1.42 1.37 1.47 2.38 3.55 1.57 2.19 2.83 3.31 2.95 3.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.34 0.02 0.01 0.35 0.61 0.45 0.38
C2 0.03 0.00 0.18 0.28 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.24 0.01 0.10 0.55 0.93 0.80 0.64
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.22 0.19 0.03 0.13 0.33 0.00 0.04 0.07 0.02 0.58 0.65 0.71 0.61
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.39 0.01 0.39 0.02 0.33 0.24 0.35 0.26 0.02 0.01 0.42 0.03 0.31 0.41 0.32 0.27
C4 0.02 0.01 0.06 0.39 0.00 0.15 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.20 0.01 0.03 0.75 1.29 1.17 0.93
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.19 0.09 0.11 0.13 0.32 0.03 0.16 0.01 0.02 0.29 0.24 0.08
C5 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.20 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.24 0.01 0.09 0.79 1.33 1.16 0.97
C5' 0.09 0.15 0.22 0.02 0.23 0.01 0.27 0.00 0.24 0.13 0.18 0.21 0.13 0.24 0.25 0.02 0.01 0.30 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.33 0.01 0.19 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.18 0.01 0.12 0.71 1.15 0.94 0.82
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.15 0.01 0.02 0.54 0.89 0.72 0.61
N3 0.02 0.00 0.13 0.35 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.19 0.01 0.08 0.66 1.12 1.01 0.80
O2 0.05 0.01 0.33 0.26 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.41 0.02 0.18 0.49 0.83 0.72 0.58
O2' 0.02 0.26 0.00 0.02 0.40 0.32 0.41 0.13 0.35 0.23 0.34 0.28 0.00 0.07 0.43 0.22 0.38 0.63 0.68 0.46
O3' 0.34 0.24 0.04 0.01 0.20 0.03 0.24 0.24 0.18 0.15 0.19 0.41 0.07 0.00 0.24 0.23 0.26 0.60 0.43 0.34
O4 0.02 0.01 0.07 0.42 0.01 0.16 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.43 0.24 0.00 0.04 0.79 1.38 1.28 1.01
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.08 0.18 0.22 0.23 0.04 0.00 0.25 0.58 0.29 0.29
O5' 0.35 0.55 0.58 0.31 0.75 0.02 0.79 0.01 0.71 0.54 0.66 0.49 0.38 0.26 0.79 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.93 0.65 0.41 1.29 0.29 1.33 0.30 1.15 0.89 1.12 0.83 0.63 0.60 1.38 0.58 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.80 0.71 0.32 1.17 0.24 1.16 0.36 0.94 0.72 1.01 0.72 0.68 0.43 1.28 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.64 0.61 0.27 0.93 0.08 0.97 0.02 0.82 0.61 0.80 0.58 0.46 0.34 1.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00