ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2797

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 72, 96, 47, 43, 41, 14, 22, 5, 6, 6, 7, 33, 8, 34, 10, 0, 1, 5, 45,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.094, 0.213, 0.333, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.213 std_dev=0.119
C5 B 0, 0.109, 0.434, 0.759, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.434 std_dev=0.325
N3 B 0, 0.156, 0.506, 0.857, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.506 std_dev=0.351
N1 A 0, 0.014, 0.366, 0.717, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.366 std_dev=0.352
N9 B 0, 0.071, 0.520, 0.970, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.520 std_dev=0.449
C6 B 0, 0.143, 0.629, 1.115, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.629 std_dev=0.486
C2 B 0, 0.175, 0.745, 1.315, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.745 std_dev=0.570
N1 B 0, 0.145, 0.768, 1.390, 2.494 max_d=2.494 avg_d=0.768 std_dev=0.622
C2 A 0, 0.058, 0.681, 1.304, 2.452 max_d=2.452 avg_d=0.681 std_dev=0.623
C6 A 0, 0.055, 0.687, 1.319, 2.370 max_d=2.370 avg_d=0.687 std_dev=0.632
N7 B 0, 0.147, 0.797, 1.447, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.797 std_dev=0.650
C2' B 0, 0.181, 0.841, 1.502, 3.149 max_d=3.149 avg_d=0.841 std_dev=0.660
C1' B 0, 0.099, 0.768, 1.436, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.768 std_dev=0.668
C8 B 0, 0.099, 0.813, 1.526, 2.920 max_d=2.920 avg_d=0.813 std_dev=0.713
N6 B 0, 0.208, 0.958, 1.708, 3.075 max_d=3.075 avg_d=0.958 std_dev=0.750
N3 A 0, 0.072, 0.873, 1.674, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.873 std_dev=0.801
O2' B 0, 0.441, 1.291, 2.141, 4.663 max_d=4.663 avg_d=1.291 std_dev=0.850
C5 A 0, 0.033, 0.968, 1.903, 3.554 max_d=3.554 avg_d=0.968 std_dev=0.935
C4 A 0, 0.016, 0.990, 1.964, 3.715 max_d=3.715 avg_d=0.990 std_dev=0.974
O4' B 0, -0.026, 1.033, 2.091, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.033 std_dev=1.059
C1' A 0, -0.168, 0.901, 1.969, 3.849 max_d=3.849 avg_d=0.901 std_dev=1.069
C3' B 0, 0.172, 1.288, 2.403, 5.710 max_d=5.710 avg_d=1.288 std_dev=1.115
O4' A 0, 0.050, 1.170, 2.290, 4.793 max_d=4.793 avg_d=1.170 std_dev=1.120
O2 A 0, -0.023, 1.239, 2.501, 4.808 max_d=4.808 avg_d=1.239 std_dev=1.262
C4' B 0, -0.045, 1.256, 2.558, 6.302 max_d=6.302 avg_d=1.256 std_dev=1.301
O3' B 0, 0.257, 1.733, 3.208, 6.681 max_d=6.681 avg_d=1.733 std_dev=1.475
O4 A 0, -0.051, 1.508, 3.067, 5.868 max_d=5.868 avg_d=1.508 std_dev=1.559
C2' A 0, -0.526, 1.218, 2.962, 6.270 max_d=6.270 avg_d=1.218 std_dev=1.744
C5' B 0, -0.196, 1.548, 3.293, 8.997 max_d=8.997 avg_d=1.548 std_dev=1.744
O5' B 0, -0.168, 1.632, 3.431, 10.572 max_d=10.572 avg_d=1.632 std_dev=1.799
C4' A 0, -0.209, 1.668, 3.544, 6.624 max_d=6.624 avg_d=1.668 std_dev=1.877
C5' A 0, -0.044, 2.110, 4.264, 8.942 max_d=8.942 avg_d=2.110 std_dev=2.154
O5' A 0, 0.008, 2.179, 4.350, 9.173 max_d=9.173 avg_d=2.179 std_dev=2.171
C3' A 0, -0.591, 1.652, 3.894, 7.678 max_d=7.678 avg_d=1.652 std_dev=2.243
O2' A 0, -0.529, 1.737, 4.003, 8.137 max_d=8.137 avg_d=1.737 std_dev=2.266
P B 0, -0.413, 2.039, 4.490, 13.218 max_d=13.218 avg_d=2.039 std_dev=2.451
OP2 B 0, -0.293, 2.280, 4.853, 13.383 max_d=13.383 avg_d=2.280 std_dev=2.573
P A 0, 0.105, 2.813, 5.521, 11.383 max_d=11.383 avg_d=2.813 std_dev=2.708
OP1 A 0, 0.676, 3.454, 6.231, 12.119 max_d=12.119 avg_d=3.454 std_dev=2.778
OP1 B 0, -0.426, 2.435, 5.295, 15.495 max_d=15.495 avg_d=2.435 std_dev=2.860
O3' A 0, -0.790, 2.143, 5.075, 9.811 max_d=9.811 avg_d=2.143 std_dev=2.933
OP2 A 0, 0.436, 3.507, 6.578, 12.169 max_d=12.169 avg_d=3.507 std_dev=3.071

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.25 0.03 0.01 0.18 0.61 0.28 0.25
C2 0.03 0.00 0.21 0.22 0.01 0.13 0.02 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.20 0.02 0.18 0.34 0.90 0.65 0.40
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.15 0.17 0.20 0.03 0.16 0.36 0.01 0.03 0.07 0.02 0.39 0.50 0.40 0.43
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.32 0.01 0.34 0.02 0.31 0.19 0.28 0.24 0.02 0.01 0.34 0.02 0.21 0.39 0.24 0.20
C4 0.03 0.01 0.06 0.32 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.18 0.01 0.04 0.42 1.05 0.94 0.47
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.20 0.08 0.12 0.22 0.27 0.03 0.14 0.01 0.02 0.23 0.22 0.07
C5 0.02 0.02 0.15 0.34 0.01 0.19 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.27 0.01 0.13 0.48 1.05 0.94 0.53
C5' 0.07 0.26 0.17 0.02 0.22 0.01 0.25 0.00 0.25 0.12 0.26 0.39 0.11 0.18 0.24 0.02 0.01 0.22 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.31 0.01 0.20 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.23 0.01 0.19 0.44 0.93 0.71 0.48
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.02 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.10 0.02 0.02 0.27 0.81 0.51 0.32
N3 0.03 0.01 0.16 0.28 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.16 0.02 0.14 0.39 1.00 0.83 0.44
O2 0.05 0.01 0.36 0.24 0.02 0.22 0.02 0.39 0.02 0.02 0.02 0.00 0.35 0.37 0.03 0.31 0.42 0.91 0.68 0.51
O2' 0.02 0.22 0.01 0.02 0.31 0.27 0.37 0.11 0.35 0.18 0.25 0.35 0.00 0.06 0.32 0.19 0.29 0.40 0.37 0.35
O3' 0.25 0.20 0.03 0.01 0.18 0.03 0.27 0.18 0.23 0.10 0.16 0.37 0.06 0.00 0.21 0.18 0.27 0.68 0.37 0.36
O4 0.03 0.02 0.07 0.34 0.01 0.14 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.03 0.32 0.21 0.00 0.06 0.45 1.10 1.06 0.51
O4' 0.01 0.18 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.19 0.02 0.14 0.31 0.19 0.18 0.06 0.00 0.12 0.57 0.30 0.21
O5' 0.18 0.34 0.39 0.21 0.42 0.02 0.48 0.01 0.44 0.27 0.39 0.42 0.29 0.27 0.45 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.90 0.50 0.39 1.05 0.23 1.05 0.22 0.93 0.81 1.00 0.91 0.40 0.68 1.10 0.57 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.65 0.40 0.24 0.94 0.22 0.94 0.36 0.71 0.51 0.83 0.68 0.37 0.37 1.06 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.40 0.43 0.20 0.47 0.07 0.53 0.02 0.48 0.32 0.44 0.51 0.35 0.36 0.51 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.89 1.06 0.84 1.16 0.43 1.37 0.52 1.71 0.84 1.01 1.13 0.75 1.07 0.83 0.69 0.86 1.07 1.26 1.84 2.20 2.18 2.21
C2 0.77 0.70 0.68 0.76 0.33 0.89 0.40 0.97 0.64 0.70 0.77 0.51 0.85 0.61 0.57 0.80 0.79 0.90 0.98 1.08 1.09 1.06
C2' 1.20 1.04 1.21 1.63 0.49 1.90 0.63 2.35 0.88 1.37 1.19 0.67 1.15 1.11 0.98 1.13 1.50 1.71 2.50 2.84 2.75 2.87
C3' 1.40 0.84 1.47 1.97 0.73 2.16 0.97 2.76 0.91 1.85 1.00 0.55 1.22 1.62 1.30 1.27 1.80 1.89 3.10 3.64 3.70 3.71
C4 0.74 0.67 0.73 0.68 0.53 0.79 0.38 0.82 0.37 0.59 0.52 0.69 0.53 0.56 0.61 0.83 0.72 0.80 0.72 0.80 0.72 0.64
C4' 1.09 0.98 1.15 1.56 0.58 1.71 0.79 2.25 0.86 1.48 1.05 0.68 1.13 1.34 0.99 1.07 1.44 1.47 2.55 3.25 3.27 3.21
C5 0.84 0.89 0.81 0.75 0.60 0.83 0.41 0.75 0.53 0.57 0.74 0.87 0.67 0.56 0.63 0.95 0.76 0.88 0.63 0.82 0.98 0.72
C5' 0.92 1.07 1.01 1.30 0.63 1.34 0.89 1.85 0.96 1.44 1.10 0.79 1.24 1.43 0.89 1.05 1.15 1.14 2.27 3.08 3.33 3.04
C6 0.68 0.99 0.67 0.65 0.50 0.67 0.41 0.73 0.62 0.63 0.89 0.86 0.72 0.65 0.48 0.84 0.58 0.71 0.90 1.18 1.50 1.22
N1 0.64 0.90 0.58 0.72 0.34 0.84 0.38 1.05 0.66 0.75 0.91 0.67 0.80 0.65 0.48 0.68 0.65 0.82 1.19 1.43 1.57 1.47
N3 0.65 0.56 0.63 0.54 0.40 0.60 0.40 0.63 0.48 0.58 0.52 0.53 0.67 0.58 0.51 0.77 0.62 0.63 0.64 0.67 0.71 0.58
O2 1.16 0.79 1.05 1.18 0.50 1.38 0.55 1.41 0.83 0.87 0.94 0.60 1.14 0.73 0.82 1.19 1.26 1.37 1.31 1.37 1.20 1.31
O2' 1.09 1.53 1.12 1.58 0.58 1.98 0.71 2.49 1.31 1.03 1.72 1.05 1.58 0.82 0.74 1.14 1.50 1.69 2.45 2.95 2.55 2.84
O3' 1.61 0.85 1.76 2.43 0.74 2.66 0.95 3.43 0.94 1.94 1.06 0.52 1.32 1.63 1.41 1.48 2.33 2.20 3.73 4.55 4.22 4.49
O4 1.01 0.80 1.03 1.09 0.66 1.26 0.56 1.39 0.56 0.88 0.72 0.78 0.79 0.80 0.85 1.05 1.12 1.21 1.29 1.34 1.11 1.20
O4' 0.85 1.05 0.84 1.14 0.51 1.28 0.60 1.68 0.80 1.09 1.07 0.78 1.00 0.98 0.72 0.87 1.04 1.14 1.89 2.41 2.46 2.40
O5' 0.88 1.10 0.97 1.08 0.70 1.05 1.00 1.41 1.06 1.41 1.12 0.86 1.36 1.52 0.86 1.15 0.93 0.96 1.88 2.53 3.06 2.59
OP1 0.99 1.44 0.99 0.97 0.95 0.96 1.07 1.11 1.26 1.12 1.40 1.24 1.53 1.32 0.86 1.23 0.94 0.99 1.49 2.24 2.74 2.15
OP2 0.95 1.29 1.12 1.07 1.02 0.97 1.48 1.13 1.62 1.58 1.45 1.04 2.08 1.91 1.04 1.37 0.97 0.93 1.63 2.22 3.01 2.30
P 0.90 1.25 0.95 0.89 0.77 0.89 1.04 1.00 1.19 1.20 1.24 1.04 1.55 1.44 0.77 1.27 0.83 0.89 1.42 2.07 2.72 2.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.29 0.01 0.27 0.34 0.38 0.27
C2 0.05 0.00 0.37 0.29 0.01 0.23 0.02 0.33 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.34 0.33 0.32 0.57 0.64 0.44
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.21 0.02 0.12 0.20 0.20 0.17 0.31 0.36 0.16 0.09 0.04 0.01 0.03 0.02 0.46 0.56 0.57 0.48
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.27 0.01 0.35 0.03 0.37 0.35 0.34 0.25 0.41 0.39 0.23 0.02 0.01 0.03 0.22 0.33 0.25 0.21
C4 0.02 0.01 0.21 0.27 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.21 0.17 0.36 0.50 0.65 0.44
C4' 0.02 0.23 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.09 0.29 0.15 0.24 0.12 0.25 0.10 0.28 0.04 0.01 0.02 0.19 0.22 0.07
C5 0.02 0.02 0.12 0.35 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.22 0.08 0.54 0.70 0.92 0.66
C5' 0.08 0.33 0.20 0.03 0.16 0.01 0.23 0.00 0.20 0.48 0.24 0.31 0.26 0.44 0.19 0.11 0.20 0.02 0.01 0.19 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.20 0.37 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.26 0.15 0.48 0.68 0.92 0.62
C8 0.02 0.02 0.17 0.35 0.01 0.29 0.01 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.40 0.22 0.20 0.80 0.88 1.06 0.91
N1 0.04 0.01 0.31 0.34 0.02 0.15 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.23 0.29 0.26 0.35 0.59 0.75 0.48
N3 0.05 0.01 0.36 0.25 0.01 0.24 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.28 0.34 0.32 0.30 0.51 0.56 0.39
N6 0.03 0.02 0.16 0.41 0.02 0.12 0.02 0.26 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.28 0.29 0.10 0.59 0.83 1.09 0.76
N7 0.02 0.02 0.09 0.39 0.01 0.25 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.27 0.11 0.80 0.96 1.21 0.96
N9 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.14 0.02 0.45 0.51 0.65 0.50
O2' 0.03 0.29 0.01 0.02 0.16 0.28 0.25 0.11 0.23 0.40 0.23 0.28 0.28 0.39 0.19 0.00 0.08 0.20 0.32 0.47 0.59 0.39
O3' 0.29 0.34 0.03 0.01 0.21 0.04 0.22 0.20 0.26 0.22 0.29 0.34 0.29 0.27 0.14 0.08 0.00 0.21 0.28 0.44 0.40 0.31
O4' 0.01 0.33 0.02 0.03 0.17 0.01 0.08 0.02 0.15 0.20 0.26 0.32 0.10 0.11 0.02 0.20 0.21 0.00 0.13 0.28 0.27 0.20
O5' 0.27 0.32 0.46 0.22 0.36 0.02 0.54 0.01 0.48 0.80 0.35 0.30 0.59 0.80 0.45 0.32 0.28 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.57 0.56 0.33 0.50 0.19 0.70 0.19 0.68 0.88 0.59 0.51 0.83 0.96 0.51 0.47 0.44 0.28 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.64 0.57 0.25 0.65 0.22 0.92 0.25 0.92 1.06 0.75 0.56 1.09 1.21 0.65 0.59 0.40 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.44 0.48 0.21 0.44 0.07 0.66 0.02 0.62 0.91 0.48 0.39 0.76 0.96 0.50 0.39 0.31 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00