ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2802

back

Distances from reference structure (by RMSD)

13, 172, 142, 76, 30, 24, 15, 10, 5, 4, 3, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.045, 0.136, 0.227, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.136 std_dev=0.091
N1 B 0, 0.055, 0.175, 0.294, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.175 std_dev=0.120
C6 B 0, 0.036, 0.220, 0.405, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.220 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.060, 0.262, 0.463, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.262 std_dev=0.202
C2 A 0, 0.051, 0.275, 0.499, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.275 std_dev=0.224
C6 A 0, 0.008, 0.247, 0.485, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.247 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.072, 0.313, 0.553, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.313 std_dev=0.240
C1' A 0, 0.011, 0.252, 0.494, 2.560 max_d=2.560 avg_d=0.252 std_dev=0.241
N3 A 0, 0.072, 0.337, 0.603, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.337 std_dev=0.265
C5 B 0, 0.036, 0.311, 0.587, 2.467 max_d=2.467 avg_d=0.311 std_dev=0.276
C1' B 0, 0.044, 0.330, 0.615, 2.421 max_d=2.421 avg_d=0.330 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.053, 0.340, 0.627, 2.299 max_d=2.299 avg_d=0.340 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.073, 0.377, 0.682, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.377 std_dev=0.304
C4 A 0, 0.064, 0.382, 0.700, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.382 std_dev=0.318
C5 A 0, 0.025, 0.373, 0.720, 2.801 max_d=2.801 avg_d=0.373 std_dev=0.347
O2 B 0, 0.053, 0.420, 0.786, 3.179 max_d=3.179 avg_d=0.420 std_dev=0.367
O4' A 0, 0.033, 0.410, 0.787, 4.113 max_d=4.113 avg_d=0.410 std_dev=0.377
C4' B 0, 0.054, 0.441, 0.828, 4.978 max_d=4.978 avg_d=0.441 std_dev=0.387
C2' A 0, -0.067, 0.346, 0.759, 5.333 max_d=5.333 avg_d=0.346 std_dev=0.413
C2' B 0, 0.064, 0.485, 0.906, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.485 std_dev=0.421
O2 A 0, 0.022, 0.450, 0.879, 3.196 max_d=3.196 avg_d=0.450 std_dev=0.429
O4 B 0, 0.070, 0.499, 0.928, 3.649 max_d=3.649 avg_d=0.499 std_dev=0.429
C3' B 0, 0.056, 0.520, 0.984, 5.280 max_d=5.280 avg_d=0.520 std_dev=0.464
O4 A 0, 0.082, 0.550, 1.018, 3.975 max_d=3.975 avg_d=0.550 std_dev=0.468
C3' A 0, -0.093, 0.409, 0.911, 7.081 max_d=7.081 avg_d=0.409 std_dev=0.502
C4' A 0, 0.006, 0.515, 1.023, 6.653 max_d=6.653 avg_d=0.515 std_dev=0.509
C5' B 0, 0.052, 0.562, 1.072, 5.977 max_d=5.977 avg_d=0.562 std_dev=0.510
O5' B 0, 0.055, 0.607, 1.160, 6.160 max_d=6.160 avg_d=0.607 std_dev=0.552
O2' A 0, -0.089, 0.534, 1.158, 6.369 max_d=6.369 avg_d=0.534 std_dev=0.624
O3' A 0, -0.148, 0.530, 1.207, 8.658 max_d=8.658 avg_d=0.530 std_dev=0.678
O2' B 0, 0.047, 0.731, 1.415, 5.064 max_d=5.064 avg_d=0.731 std_dev=0.684
O3' B 0, 0.065, 0.762, 1.458, 7.199 max_d=7.199 avg_d=0.762 std_dev=0.697
C5' A 0, 0.060, 0.808, 1.556, 8.653 max_d=8.653 avg_d=0.808 std_dev=0.748
P B 0, -0.194, 0.559, 1.312, 7.564 max_d=7.564 avg_d=0.559 std_dev=0.753
O5' A 0, 0.041, 0.864, 1.687, 8.978 max_d=8.978 avg_d=0.864 std_dev=0.823
OP1 B 0, -0.217, 0.684, 1.585, 8.989 max_d=8.989 avg_d=0.684 std_dev=0.901
OP2 B 0, -0.305, 0.652, 1.608, 8.780 max_d=8.780 avg_d=0.652 std_dev=0.956
P A 0, 0.070, 1.196, 2.323, 10.432 max_d=10.432 avg_d=1.196 std_dev=1.126
OP2 A 0, 0.088, 1.344, 2.599, 9.875 max_d=9.875 avg_d=1.344 std_dev=1.255
OP1 A 0, 0.059, 1.403, 2.748, 12.181 max_d=12.181 avg_d=1.403 std_dev=1.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.03 0.01 0.16 0.24 0.24 0.15
C2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.02 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.02 0.07 0.32 0.40 0.41 0.30
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.08 0.03 0.08 0.16 0.01 0.02 0.07 0.01 0.18 0.29 0.20 0.17
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.16 0.08 0.13 0.16 0.03 0.01 0.16 0.02 0.22 0.31 0.19 0.19
C4 0.03 0.02 0.06 0.14 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.14 0.01 0.04 0.45 0.54 0.65 0.47
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.07 0.13 0.10 0.02 0.10 0.00 0.02 0.18 0.23 0.08
C5 0.02 0.02 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.12 0.16 0.01 0.07 0.50 0.56 0.68 0.53
C5' 0.03 0.14 0.05 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.19 0.10 0.15 0.21 0.07 0.07 0.19 0.02 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.14 0.02 0.08 0.45 0.45 0.53 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.05 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02 0.31 0.34 0.37 0.27
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.13 0.02 0.06 0.38 0.47 0.53 0.38
O2 0.05 0.01 0.16 0.16 0.02 0.13 0.02 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.15 0.19 0.03 0.12 0.31 0.43 0.42 0.32
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.11 0.10 0.12 0.07 0.12 0.06 0.10 0.15 0.00 0.06 0.12 0.07 0.09 0.29 0.21 0.15
O3' 0.08 0.12 0.02 0.01 0.14 0.02 0.16 0.07 0.14 0.07 0.13 0.19 0.06 0.00 0.17 0.06 0.22 0.40 0.27 0.24
O4 0.03 0.02 0.07 0.16 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.02 0.03 0.12 0.17 0.00 0.05 0.47 0.60 0.72 0.52
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.06 0.12 0.07 0.06 0.05 0.00 0.14 0.22 0.28 0.17
O5' 0.16 0.32 0.18 0.22 0.45 0.02 0.50 0.01 0.45 0.31 0.38 0.31 0.09 0.22 0.47 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.40 0.29 0.31 0.54 0.18 0.56 0.20 0.45 0.34 0.47 0.43 0.29 0.40 0.60 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.41 0.20 0.19 0.65 0.23 0.68 0.26 0.53 0.37 0.53 0.42 0.21 0.27 0.72 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.30 0.17 0.19 0.47 0.08 0.53 0.02 0.43 0.27 0.38 0.32 0.15 0.24 0.52 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.33 0.26 0.25 0.43 0.32 0.44 0.38 0.37 0.27 0.40 0.39 0.35 0.24 0.51 0.36 0.36 0.39 0.35 0.35
C2 0.37 0.29 0.32 0.31 0.53 0.41 0.51 0.39 0.38 0.27 0.42 0.35 0.44 0.33 0.64 0.45 0.34 0.30 0.35 0.25
C2' 0.37 0.36 0.30 0.36 0.47 0.44 0.52 0.51 0.49 0.36 0.43 0.39 0.35 0.32 0.53 0.46 0.49 0.49 0.40 0.47
C3' 0.33 0.33 0.33 0.36 0.43 0.40 0.49 0.48 0.44 0.32 0.39 0.40 0.35 0.33 0.50 0.41 0.50 0.57 0.51 0.58
C4 0.63 0.53 0.60 0.51 0.27 0.55 0.30 0.45 0.35 0.49 0.38 0.68 0.74 0.55 0.44 0.60 0.39 0.30 0.43 0.26
C4' 0.27 0.34 0.32 0.31 0.44 0.31 0.46 0.41 0.38 0.27 0.41 0.42 0.37 0.28 0.53 0.33 0.41 0.55 0.49 0.52
C5 0.63 0.62 0.62 0.52 0.36 0.52 0.29 0.43 0.39 0.54 0.53 0.73 0.75 0.56 0.40 0.58 0.41 0.33 0.47 0.31
C5' 0.35 0.47 0.45 0.41 0.57 0.34 0.55 0.39 0.44 0.38 0.54 0.53 0.49 0.39 0.67 0.34 0.43 0.59 0.60 0.55
C6 0.48 0.47 0.49 0.41 0.35 0.41 0.29 0.36 0.29 0.40 0.43 0.57 0.60 0.43 0.43 0.47 0.38 0.34 0.45 0.33
N1 0.33 0.29 0.31 0.27 0.38 0.34 0.38 0.34 0.27 0.22 0.34 0.39 0.43 0.28 0.49 0.39 0.33 0.32 0.37 0.29
N3 0.50 0.31 0.46 0.41 0.47 0.50 0.45 0.43 0.34 0.33 0.33 0.44 0.59 0.44 0.65 0.54 0.36 0.29 0.39 0.24
O2 0.46 0.51 0.39 0.39 0.70 0.47 0.66 0.46 0.57 0.48 0.63 0.48 0.46 0.40 0.77 0.50 0.38 0.36 0.35 0.28
O2' 0.55 0.50 0.48 0.52 0.55 0.60 0.59 0.67 0.59 0.52 0.53 0.53 0.52 0.48 0.59 0.63 0.57 0.55 0.37 0.50
O3' 0.36 0.34 0.36 0.44 0.44 0.48 0.51 0.59 0.48 0.35 0.39 0.40 0.36 0.42 0.50 0.46 0.58 0.71 0.58 0.71
O4 0.75 0.68 0.73 0.62 0.34 0.64 0.39 0.53 0.46 0.62 0.49 0.85 0.87 0.67 0.46 0.69 0.44 0.34 0.46 0.29
O4' 0.27 0.35 0.31 0.27 0.41 0.28 0.40 0.36 0.32 0.25 0.40 0.43 0.40 0.26 0.50 0.31 0.35 0.45 0.41 0.41
O5' 0.52 0.65 0.61 0.55 0.77 0.44 0.73 0.43 0.60 0.57 0.73 0.69 0.66 0.53 0.86 0.46 0.52 0.61 0.68 0.59
OP1 0.69 0.84 0.81 0.78 1.00 0.63 0.92 0.61 0.77 0.74 0.94 0.86 0.85 0.81 1.12 0.60 0.70 0.85 0.90 0.78
OP2 0.72 0.90 0.82 0.72 1.06 0.57 0.92 0.49 0.76 0.78 1.01 0.93 0.92 0.76 1.20 0.60 0.53 0.64 0.72 0.57
P 0.60 0.76 0.72 0.65 0.91 0.50 0.82 0.46 0.67 0.66 0.86 0.79 0.79 0.66 1.03 0.50 0.54 0.66 0.73 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.12 0.03 0.01 0.15 0.19 0.27 0.14
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.02 0.09 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.03 0.09 0.32 0.38 0.39 0.30
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.08 0.09 0.03 0.08 0.16 0.01 0.03 0.07 0.01 0.24 0.29 0.28 0.22
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.17 0.01 0.20 0.03 0.19 0.10 0.14 0.17 0.02 0.01 0.18 0.02 0.25 0.29 0.19 0.20
C4 0.03 0.02 0.06 0.17 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.15 0.01 0.04 0.42 0.40 0.57 0.40
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.15 0.05 0.08 0.17 0.13 0.03 0.10 0.00 0.02 0.16 0.22 0.07
C5 0.03 0.02 0.08 0.20 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.18 0.02 0.08 0.48 0.41 0.63 0.46
C5' 0.05 0.18 0.08 0.03 0.19 0.01 0.25 0.00 0.23 0.11 0.18 0.29 0.07 0.09 0.21 0.02 0.01 0.16 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.15 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.15 0.02 0.09 0.43 0.34 0.52 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.08 0.03 0.02 0.28 0.25 0.36 0.23
N3 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.14 0.02 0.07 0.37 0.42 0.47 0.35
O2 0.05 0.01 0.16 0.17 0.02 0.17 0.02 0.29 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.23 0.03 0.16 0.39 0.51 0.44 0.41
O2' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.15 0.13 0.15 0.07 0.14 0.08 0.13 0.17 0.00 0.06 0.16 0.09 0.14 0.27 0.27 0.17
O3' 0.12 0.14 0.03 0.01 0.15 0.03 0.18 0.09 0.15 0.08 0.14 0.23 0.06 0.00 0.17 0.08 0.24 0.38 0.23 0.24
O4 0.03 0.03 0.07 0.18 0.01 0.10 0.02 0.21 0.02 0.03 0.02 0.03 0.16 0.17 0.00 0.05 0.44 0.45 0.62 0.44
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.07 0.16 0.09 0.08 0.05 0.00 0.12 0.18 0.29 0.15
O5' 0.15 0.32 0.24 0.25 0.42 0.02 0.48 0.01 0.43 0.28 0.37 0.39 0.14 0.24 0.44 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.38 0.29 0.29 0.40 0.16 0.41 0.16 0.34 0.25 0.42 0.51 0.27 0.38 0.45 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.39 0.28 0.19 0.57 0.22 0.63 0.27 0.52 0.36 0.47 0.44 0.27 0.23 0.62 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.30 0.22 0.20 0.40 0.07 0.46 0.02 0.39 0.23 0.35 0.41 0.17 0.24 0.44 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00