ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 28102

back

Distances from reference structure (by RMSD)

14, 212, 147, 71, 23, 11, 3, 10, 8, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.029, 0.113, 0.196, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.113 std_dev=0.083
N3 B 0, 0.063, 0.163, 0.264, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.163 std_dev=0.101
C4 B 0, 0.018, 0.120, 0.223, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.120 std_dev=0.102
C6 A 0, 0.065, 0.193, 0.320, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.193 std_dev=0.127
C2 B 0, 0.061, 0.200, 0.339, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.200 std_dev=0.139
C2 A 0, 0.072, 0.217, 0.362, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.217 std_dev=0.145
C5 A 0, 0.091, 0.262, 0.433, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.262 std_dev=0.171
N3 A 0, 0.097, 0.269, 0.441, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.269 std_dev=0.172
C1' A 0, 0.095, 0.269, 0.443, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.269 std_dev=0.174
C4 A 0, 0.097, 0.277, 0.457, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.277 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.044, 0.229, 0.415, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.229 std_dev=0.185
N1 B 0, 0.040, 0.232, 0.424, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.232 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.062, 0.274, 0.487, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.274 std_dev=0.213
N9 B 0, -0.005, 0.209, 0.424, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.209 std_dev=0.215
O2 A 0, 0.110, 0.366, 0.622, 2.527 max_d=2.527 avg_d=0.366 std_dev=0.256
O4 A 0, 0.153, 0.419, 0.685, 2.669 max_d=2.669 avg_d=0.419 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.005, 0.302, 0.599, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.302 std_dev=0.297
N7 B 0, 0.082, 0.379, 0.676, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.379 std_dev=0.297
C8 B 0, 0.054, 0.352, 0.650, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.352 std_dev=0.298
N6 B 0, 0.112, 0.445, 0.778, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.445 std_dev=0.333
O4' A 0, 0.245, 0.620, 0.996, 2.532 max_d=2.532 avg_d=0.620 std_dev=0.375
C2' A 0, 0.217, 0.647, 1.078, 3.812 max_d=3.812 avg_d=0.647 std_dev=0.430
C3' A 0, 0.327, 0.908, 1.489, 4.497 max_d=4.497 avg_d=0.908 std_dev=0.581
C4' A 0, 0.279, 0.875, 1.471, 3.536 max_d=3.536 avg_d=0.875 std_dev=0.596
C2' B 0, 0.262, 0.870, 1.479, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.870 std_dev=0.609
O2' A 0, 0.192, 0.932, 1.672, 5.720 max_d=5.720 avg_d=0.932 std_dev=0.740
O4' B 0, 0.257, 1.024, 1.791, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.024 std_dev=0.767
C5' A 0, 0.477, 1.288, 2.099, 6.191 max_d=6.191 avg_d=1.288 std_dev=0.811
O3' A 0, 0.520, 1.336, 2.152, 6.263 max_d=6.263 avg_d=1.336 std_dev=0.816
C3' B 0, 0.407, 1.279, 2.151, 3.426 max_d=3.426 avg_d=1.279 std_dev=0.872
O5' A 0, 1.088, 2.070, 3.053, 7.805 max_d=7.805 avg_d=2.070 std_dev=0.983
O3' B 0, 0.598, 1.602, 2.605, 4.585 max_d=4.585 avg_d=1.602 std_dev=1.003
C4' B 0, 0.415, 1.437, 2.459, 3.805 max_d=3.805 avg_d=1.437 std_dev=1.022
O2' B 0, 0.367, 1.409, 2.450, 4.268 max_d=4.268 avg_d=1.409 std_dev=1.041
P A 0, 1.445, 2.659, 3.874, 10.841 max_d=10.841 avg_d=2.659 std_dev=1.214
OP1 A 0, 1.601, 2.833, 4.065, 11.667 max_d=11.667 avg_d=2.833 std_dev=1.232
OP2 A 0, 1.435, 2.871, 4.306, 12.205 max_d=12.205 avg_d=2.871 std_dev=1.436
O5' B 0, 0.510, 2.030, 3.551, 6.971 max_d=6.971 avg_d=2.030 std_dev=1.520
C5' B 0, 0.655, 2.280, 3.905, 5.795 max_d=5.795 avg_d=2.280 std_dev=1.625
P B 0, 0.587, 2.665, 4.742, 9.249 max_d=9.249 avg_d=2.665 std_dev=2.078
OP1 B 0, 0.651, 2.921, 5.191, 11.160 max_d=11.160 avg_d=2.921 std_dev=2.270
OP2 B 0, 0.854, 3.200, 5.547, 9.990 max_d=9.990 avg_d=3.200 std_dev=2.347

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.26 0.03 0.01 0.21 0.25 0.32 0.21
C2 0.02 0.00 0.19 0.24 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.02 0.13 0.34 0.39 0.46 0.36
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.15 0.16 0.19 0.03 0.14 0.34 0.00 0.03 0.08 0.02 0.42 0.50 0.51 0.42
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.02 0.30 0.20 0.29 0.25 0.02 0.01 0.35 0.02 0.28 0.37 0.28 0.22
C4 0.02 0.02 0.07 0.33 0.00 0.14 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.19 0.01 0.04 0.49 0.61 0.73 0.58
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.14 0.00 0.21 0.01 0.21 0.08 0.09 0.16 0.26 0.03 0.16 0.01 0.02 0.19 0.25 0.10
C5 0.02 0.02 0.15 0.34 0.01 0.21 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.25 0.01 0.12 0.54 0.65 0.77 0.64
C5' 0.06 0.13 0.16 0.02 0.21 0.01 0.29 0.00 0.26 0.10 0.14 0.22 0.11 0.18 0.23 0.02 0.01 0.22 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.30 0.01 0.21 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.21 0.02 0.16 0.48 0.51 0.61 0.51
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.11 0.02 0.02 0.32 0.34 0.43 0.33
N3 0.02 0.01 0.14 0.29 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.15 0.02 0.09 0.41 0.50 0.60 0.47
O2 0.04 0.01 0.34 0.25 0.02 0.16 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.33 0.02 0.24 0.34 0.41 0.43 0.37
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.32 0.26 0.39 0.11 0.36 0.18 0.22 0.25 0.00 0.06 0.35 0.18 0.26 0.40 0.53 0.33
O3' 0.26 0.18 0.03 0.01 0.19 0.03 0.25 0.18 0.21 0.11 0.15 0.33 0.06 0.00 0.22 0.18 0.32 0.48 0.41 0.32
O4 0.03 0.02 0.08 0.35 0.01 0.16 0.01 0.23 0.02 0.02 0.02 0.02 0.35 0.22 0.00 0.05 0.52 0.69 0.83 0.65
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.16 0.02 0.09 0.24 0.18 0.18 0.05 0.00 0.13 0.25 0.36 0.24
O5' 0.21 0.34 0.42 0.28 0.49 0.02 0.54 0.01 0.48 0.32 0.41 0.34 0.26 0.32 0.52 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.39 0.50 0.37 0.61 0.19 0.65 0.22 0.51 0.34 0.50 0.41 0.40 0.48 0.69 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.46 0.51 0.28 0.73 0.25 0.77 0.29 0.61 0.43 0.60 0.43 0.53 0.41 0.83 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.36 0.42 0.22 0.58 0.10 0.64 0.02 0.51 0.33 0.47 0.37 0.33 0.32 0.65 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.29 0.42 0.59 0.24 0.56 0.25 0.80 0.28 0.40 0.34 0.23 0.34 0.35 0.32 0.79 0.54 0.49 0.82 0.93 1.14 0.83
C2 0.36 0.22 0.42 0.60 0.23 0.57 0.22 0.78 0.23 0.41 0.27 0.19 0.32 0.35 0.33 0.75 0.53 0.50 0.79 0.91 1.14 0.81
C2' 0.46 0.51 0.45 0.63 0.44 0.56 0.44 0.71 0.49 0.49 0.54 0.46 0.53 0.47 0.45 0.67 0.56 0.54 0.78 0.98 1.21 0.85
C3' 0.56 0.47 0.51 0.71 0.47 0.69 0.44 0.82 0.43 0.56 0.47 0.46 0.43 0.50 0.53 0.70 0.65 0.68 0.86 1.00 1.19 0.85
C4 0.45 0.22 0.55 0.62 0.25 0.73 0.21 0.97 0.27 0.40 0.28 0.23 0.40 0.26 0.37 0.83 0.64 0.73 1.01 1.05 1.29 0.98
C4' 0.39 0.34 0.43 0.61 0.28 0.63 0.28 0.86 0.33 0.42 0.39 0.28 0.39 0.36 0.35 0.77 0.57 0.58 0.89 0.98 1.16 0.85
C5 0.45 0.21 0.56 0.63 0.24 0.76 0.19 1.03 0.25 0.40 0.27 0.21 0.37 0.26 0.36 0.87 0.67 0.76 1.08 1.12 1.35 1.06
C5' 0.46 0.36 0.48 0.64 0.31 0.74 0.30 0.98 0.34 0.45 0.41 0.31 0.41 0.37 0.40 0.82 0.64 0.71 1.02 1.08 1.25 0.96
C6 0.40 0.20 0.51 0.61 0.21 0.70 0.18 0.96 0.22 0.39 0.26 0.17 0.34 0.28 0.33 0.84 0.62 0.67 0.99 1.05 1.27 0.97
N1 0.36 0.22 0.45 0.59 0.21 0.61 0.21 0.85 0.23 0.40 0.28 0.18 0.32 0.32 0.32 0.79 0.56 0.55 0.86 0.95 1.17 0.86
N3 0.39 0.19 0.46 0.60 0.22 0.62 0.19 0.83 0.24 0.41 0.25 0.18 0.37 0.30 0.34 0.76 0.56 0.57 0.84 0.93 1.16 0.84
O2 0.37 0.29 0.41 0.61 0.30 0.51 0.31 0.69 0.28 0.44 0.32 0.27 0.31 0.42 0.36 0.71 0.52 0.43 0.73 0.89 1.12 0.79
O2' 0.46 0.45 0.46 0.62 0.39 0.58 0.39 0.77 0.43 0.51 0.49 0.39 0.49 0.46 0.44 0.69 0.54 0.56 0.88 1.15 1.35 1.07
O3' 0.54 0.56 0.47 0.65 0.49 0.62 0.47 0.73 0.50 0.52 0.57 0.52 0.52 0.48 0.51 0.64 0.59 0.62 0.83 1.04 1.25 0.90
O4 0.51 0.29 0.62 0.65 0.31 0.81 0.28 1.05 0.33 0.42 0.32 0.31 0.44 0.29 0.41 0.86 0.70 0.83 1.10 1.12 1.37 1.08
O4' 0.35 0.38 0.48 0.59 0.29 0.62 0.31 0.90 0.38 0.39 0.44 0.30 0.45 0.35 0.33 0.89 0.58 0.54 0.91 0.98 1.17 0.88
O5' 0.70 0.49 0.70 0.77 0.52 0.88 0.47 1.06 0.45 0.64 0.49 0.51 0.46 0.53 0.62 0.98 0.79 0.91 1.11 1.17 1.33 1.04
OP1 0.86 0.60 0.82 0.87 0.63 1.08 0.56 1.28 0.53 0.76 0.59 0.63 0.54 0.61 0.75 1.09 0.90 1.12 1.33 1.34 1.51 1.24
OP2 1.07 0.76 1.04 1.05 0.83 1.25 0.72 1.40 0.65 0.92 0.70 0.83 0.60 0.76 0.94 1.29 1.09 1.31 1.48 1.55 1.71 1.46
P 0.87 0.58 0.80 0.88 0.63 1.10 0.55 1.29 0.51 0.76 0.56 0.63 0.51 0.61 0.75 1.09 0.91 1.14 1.36 1.34 1.52 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.29 0.53 0.55 0.31
C2 0.05 0.00 0.49 0.43 0.02 0.20 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.41 0.44 0.37 0.53 0.81 0.99 0.70
C2' 0.01 0.49 0.00 0.01 0.26 0.03 0.14 0.22 0.24 0.24 0.39 0.49 0.18 0.13 0.04 0.01 0.05 0.02 0.59 0.71 0.93 0.59
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.36 0.01 0.42 0.03 0.46 0.34 0.46 0.37 0.49 0.41 0.26 0.02 0.01 0.03 0.40 0.57 0.62 0.37
C4 0.02 0.02 0.26 0.36 0.00 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.27 0.19 0.43 0.66 0.87 0.54
C4' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.17 0.29 0.17 0.19 0.20 0.27 0.13 0.32 0.03 0.01 0.02 0.51 0.29 0.24
C5 0.02 0.01 0.14 0.42 0.01 0.17 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.31 0.25 0.09 0.45 0.72 0.99 0.62
C5' 0.10 0.34 0.22 0.03 0.26 0.01 0.35 0.00 0.37 0.45 0.35 0.30 0.42 0.47 0.24 0.13 0.23 0.02 0.01 0.31 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.24 0.46 0.01 0.17 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.31 0.31 0.17 0.49 0.80 1.07 0.71
C8 0.02 0.02 0.24 0.34 0.01 0.29 0.01 0.45 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.48 0.22 0.22 0.48 0.69 0.89 0.57
N1 0.04 0.01 0.39 0.46 0.02 0.17 0.01 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.39 0.29 0.53 0.84 1.06 0.74
N3 0.05 0.01 0.49 0.37 0.01 0.19 0.01 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.40 0.42 0.36 0.48 0.72 0.88 0.60
N6 0.03 0.01 0.18 0.49 0.02 0.20 0.02 0.42 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.36 0.33 0.12 0.51 0.85 1.13 0.76
N7 0.02 0.02 0.13 0.41 0.01 0.27 0.01 0.47 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.46 0.25 0.12 0.49 0.75 1.00 0.64
N9 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.23 0.17 0.02 0.37 0.58 0.76 0.43
O2' 0.03 0.41 0.01 0.02 0.23 0.32 0.31 0.13 0.31 0.48 0.33 0.40 0.36 0.46 0.23 0.00 0.08 0.23 0.40 0.77 0.82 0.51
O3' 0.34 0.44 0.05 0.01 0.27 0.03 0.25 0.23 0.31 0.22 0.39 0.42 0.33 0.25 0.17 0.08 0.00 0.24 0.37 0.75 0.56 0.40
O4' 0.01 0.37 0.02 0.03 0.19 0.01 0.09 0.02 0.17 0.22 0.29 0.36 0.12 0.12 0.02 0.23 0.24 0.00 0.23 0.53 0.40 0.35
O5' 0.29 0.53 0.59 0.40 0.43 0.02 0.45 0.01 0.49 0.48 0.53 0.48 0.51 0.49 0.37 0.40 0.37 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 0.81 0.71 0.57 0.66 0.51 0.72 0.31 0.80 0.69 0.84 0.72 0.85 0.75 0.58 0.77 0.75 0.53 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.99 0.93 0.62 0.87 0.29 0.99 0.32 1.07 0.89 1.06 0.88 1.13 1.00 0.76 0.82 0.56 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.70 0.59 0.37 0.54 0.24 0.62 0.02 0.71 0.57 0.74 0.60 0.76 0.64 0.43 0.51 0.40 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00