ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2853

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 4, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.041, 0.095, 0.149, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.095 std_dev=0.054
N9 A 0, 0.031, 0.108, 0.185, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.108 std_dev=0.077
C4 A 0, 0.010, 0.093, 0.177, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.093 std_dev=0.084
C4 B 0, -0.018, 0.113, 0.245, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.113 std_dev=0.131
N3 A 0, -0.013, 0.122, 0.257, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.122 std_dev=0.135
C5 B 0, 0.001, 0.137, 0.274, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.137 std_dev=0.136
C6 B 0, 0.007, 0.152, 0.297, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.152 std_dev=0.145
C5 A 0, -0.016, 0.134, 0.284, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.134 std_dev=0.150
N1 B 0, -0.028, 0.132, 0.292, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.132 std_dev=0.160
C8 A 0, -0.003, 0.172, 0.348, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.172 std_dev=0.175
C6 A 0, -0.034, 0.166, 0.365, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.166 std_dev=0.199
N7 A 0, -0.030, 0.182, 0.393, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.182 std_dev=0.211
C2 A 0, -0.040, 0.172, 0.385, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.172 std_dev=0.213
N1 A 0, -0.039, 0.178, 0.394, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.178 std_dev=0.216
N3 B 0, -0.028, 0.197, 0.421, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.197 std_dev=0.224
C2 B 0, -0.019, 0.211, 0.441, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.211 std_dev=0.230
O4 B 0, -0.061, 0.174, 0.408, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.174 std_dev=0.234
O6 A 0, -0.051, 0.217, 0.485, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.217 std_dev=0.268
C1' B 0, -0.085, 0.213, 0.511, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.213 std_dev=0.298
N2 A 0, -0.078, 0.251, 0.581, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.251 std_dev=0.330
O2 B 0, -0.034, 0.332, 0.698, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.332 std_dev=0.366
O4' B 0, -0.153, 0.327, 0.806, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.327 std_dev=0.480
O2' B 0, -0.267, 0.455, 1.177, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.455 std_dev=0.722
C2' B 0, -0.297, 0.429, 1.155, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.429 std_dev=0.726
C4' B 0, -0.323, 0.494, 1.310, 2.461 max_d=2.461 avg_d=0.494 std_dev=0.816
O4' A 0, -0.361, 0.536, 1.433, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.536 std_dev=0.897
C2' A 0, -0.405, 0.563, 1.532, 2.733 max_d=2.733 avg_d=0.563 std_dev=0.968
C3' B 0, -0.411, 0.562, 1.534, 2.944 max_d=2.944 avg_d=0.562 std_dev=0.973
C4' A 0, -0.491, 0.688, 1.866, 3.346 max_d=3.346 avg_d=0.688 std_dev=1.178
C5' B 0, -0.490, 0.714, 1.919, 3.492 max_d=3.492 avg_d=0.714 std_dev=1.205
O3' B 0, -0.534, 0.714, 1.962, 3.783 max_d=3.783 avg_d=0.714 std_dev=1.248
O5' B 0, -0.542, 0.805, 2.152, 3.809 max_d=3.809 avg_d=0.805 std_dev=1.347
C3' A 0, -0.609, 0.775, 2.158, 3.891 max_d=3.891 avg_d=0.775 std_dev=1.384
O2' A 0, -0.640, 0.864, 2.368, 4.143 max_d=4.143 avg_d=0.864 std_dev=1.504
OP1 B 0, -0.574, 1.017, 2.608, 4.474 max_d=4.474 avg_d=1.017 std_dev=1.591
P B 0, -0.665, 0.973, 2.612, 4.509 max_d=4.509 avg_d=0.973 std_dev=1.639
O3' A 0, -0.737, 0.916, 2.569, 4.570 max_d=4.570 avg_d=0.916 std_dev=1.653
OP2 B 0, -0.773, 1.123, 3.019, 5.168 max_d=5.168 avg_d=1.123 std_dev=1.896
C5' A 0, -1.019, 1.263, 3.546, 6.272 max_d=6.272 avg_d=1.263 std_dev=2.282
O5' A 0, -1.142, 1.604, 4.349, 7.512 max_d=7.512 avg_d=1.604 std_dev=2.745
P A 0, -1.899, 2.081, 6.061, 10.559 max_d=10.559 avg_d=2.081 std_dev=3.980
OP1 A 0, -1.895, 2.353, 6.601, 11.462 max_d=11.462 avg_d=2.353 std_dev=4.248
OP2 A 0, -1.974, 2.348, 6.671, 11.699 max_d=11.699 avg_d=2.348 std_dev=4.322

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03 0.00 0.02 0.26 0.01 0.25 0.02 0.31 0.43 0.28
C2 0.06 0.00 0.05 0.05 0.01 0.41 0.02 0.90 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.07 0.41 1.64 0.03 1.86 2.50 2.10
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.15 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.52 0.04 0.54 0.80 0.60
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.25 0.42 0.11 0.15 0.09 0.43 0.22 0.02 0.01 0.02 0.28 0.32 0.37 0.32 0.31
C4 0.02 0.01 0.02 0.12 0.00 0.14 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.04 0.22 0.88 0.02 0.91 1.26 1.06
C4' 0.01 0.41 0.02 0.00 0.14 0.00 0.04 0.01 0.06 0.38 0.26 0.55 0.41 0.30 0.09 0.29 0.01 0.00 0.01 0.04 0.24 0.15 0.06
C5 0.01 0.02 0.02 0.28 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.27 0.12 0.09 0.58 0.01 0.62 0.90 0.73
C5' 0.04 0.90 0.15 0.01 0.34 0.01 0.05 0.00 0.23 0.59 0.62 1.20 0.86 0.46 0.07 0.12 0.18 0.01 0.01 0.10 0.18 0.26 0.02
C6 0.02 0.02 0.03 0.25 0.01 0.06 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.17 0.18 0.86 0.01 0.97 1.34 1.12
C8 0.03 0.02 0.02 0.42 0.01 0.38 0.01 0.59 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.37 0.07 0.24 0.33 0.02 0.34 0.35 0.28
N1 0.04 0.01 0.04 0.11 0.01 0.26 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.31 1.32 0.02 1.54 2.07 1.74
N2 0.09 0.01 0.07 0.15 0.02 0.55 0.03 1.20 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.20 0.08 0.48 1.99 0.04 2.39 3.18 2.66
N3 0.06 0.01 0.04 0.09 0.00 0.41 0.01 0.86 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.05 0.41 1.52 0.02 1.60 2.15 1.84
N7 0.03 0.03 0.02 0.43 0.01 0.30 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.39 0.14 0.12 0.20 0.01 0.16 0.25 0.09
N9 0.00 0.02 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.19 0.05 0.01 0.32 0.02 0.34 0.52 0.37
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.13 0.29 0.27 0.12 0.24 0.37 0.10 0.20 0.09 0.39 0.19 0.00 0.04 0.20 0.20 0.30 0.31 0.64 0.29
O3' 0.26 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.12 0.18 0.17 0.07 0.14 0.08 0.05 0.14 0.05 0.04 0.00 0.16 0.10 0.22 0.24 0.15 0.06
O4' 0.01 0.41 0.02 0.02 0.22 0.00 0.09 0.01 0.18 0.24 0.31 0.48 0.41 0.12 0.01 0.20 0.16 0.00 0.10 0.12 0.24 0.17 0.09
O5' 0.25 1.64 0.52 0.28 0.88 0.01 0.58 0.01 0.86 0.33 1.32 1.99 1.52 0.20 0.32 0.20 0.10 0.10 0.00 0.70 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.04 0.32 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.30 0.22 0.12 0.70 0.00 0.82 1.13 0.94
OP1 0.31 1.86 0.54 0.37 0.91 0.24 0.62 0.18 0.97 0.34 1.54 2.39 1.60 0.16 0.34 0.31 0.24 0.24 0.01 0.82 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 2.50 0.80 0.32 1.26 0.15 0.90 0.26 1.34 0.35 2.07 3.18 2.15 0.25 0.52 0.64 0.15 0.17 0.02 1.13 0.02 0.00 0.01
P 0.28 2.10 0.60 0.31 1.06 0.06 0.73 0.02 1.12 0.28 1.74 2.66 1.84 0.09 0.37 0.29 0.06 0.09 0.01 0.94 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.29 0.55 0.60 0.10 0.38 0.10 0.38 0.14 0.24 0.22 0.35 0.50 0.72 0.11 0.23 0.37 0.26 0.32 0.36
C2 0.54 0.40 0.94 1.02 0.15 0.70 0.17 0.69 0.29 0.40 0.25 0.51 0.90 1.20 0.18 0.45 0.67 0.64 0.64 0.67
C2' 0.22 0.19 0.58 0.66 0.11 0.33 0.13 0.33 0.08 0.15 0.12 0.28 0.52 0.83 0.21 0.13 0.34 0.31 0.34 0.35
C3' 0.55 0.51 0.22 0.20 0.77 0.50 0.85 0.55 0.77 0.61 0.57 0.38 0.26 0.18 0.86 0.72 0.57 0.62 0.60 0.57
C4 0.42 0.33 0.73 0.80 0.12 0.53 0.12 0.53 0.21 0.32 0.22 0.42 0.68 0.93 0.16 0.33 0.52 0.43 0.48 0.51
C4' 0.55 0.47 0.30 0.33 0.85 0.57 0.97 0.68 0.85 0.63 0.56 0.30 0.28 0.23 0.96 0.73 0.77 0.95 0.95 0.85
C5 0.46 0.36 0.77 0.83 0.15 0.57 0.17 0.58 0.26 0.36 0.23 0.43 0.70 0.95 0.17 0.38 0.57 0.48 0.54 0.57
C5' 1.11 0.96 0.78 0.91 1.53 1.21 1.76 1.41 1.59 1.23 1.08 0.65 0.64 0.71 1.68 1.38 1.57 1.80 1.88 1.73
C6 0.57 0.41 0.94 1.00 0.19 0.71 0.23 0.71 0.34 0.44 0.26 0.51 0.87 1.14 0.19 0.49 0.70 0.65 0.67 0.70
C8 0.30 0.26 0.51 0.56 0.09 0.37 0.10 0.38 0.15 0.24 0.19 0.31 0.45 0.65 0.14 0.24 0.38 0.26 0.32 0.37
N1 0.59 0.42 0.99 1.07 0.18 0.75 0.21 0.74 0.33 0.44 0.26 0.53 0.95 1.24 0.18 0.51 0.73 0.71 0.71 0.74
N2 0.58 0.42 1.01 1.10 0.16 0.75 0.18 0.74 0.30 0.43 0.26 0.54 0.99 1.31 0.19 0.49 0.72 0.71 0.69 0.73
N3 0.46 0.35 0.82 0.89 0.12 0.59 0.12 0.58 0.22 0.34 0.22 0.46 0.77 1.05 0.17 0.36 0.57 0.50 0.53 0.56
N7 0.37 0.31 0.61 0.67 0.13 0.47 0.15 0.48 0.22 0.30 0.21 0.35 0.53 0.75 0.17 0.31 0.48 0.36 0.43 0.47
N9 0.33 0.29 0.59 0.65 0.09 0.42 0.09 0.42 0.15 0.26 0.20 0.36 0.54 0.76 0.14 0.25 0.41 0.30 0.36 0.40
O2' 0.80 0.73 1.18 1.32 0.52 0.99 0.53 1.02 0.63 0.73 0.64 0.78 1.07 1.50 0.39 0.71 1.04 1.04 1.09 1.09
O3' 0.29 0.23 0.16 0.19 0.38 0.25 0.47 0.30 0.43 0.31 0.24 0.17 0.15 0.34 0.42 0.46 0.29 0.33 0.31 0.28
O4' 0.24 0.20 0.22 0.20 0.49 0.24 0.58 0.30 0.47 0.29 0.26 0.19 0.26 0.28 0.62 0.34 0.37 0.59 0.54 0.45
O5' 0.86 0.71 0.58 0.71 1.39 0.98 1.66 1.21 1.44 1.01 0.86 0.39 0.43 0.52 1.58 1.13 1.42 1.74 1.84 1.65
O6 0.64 0.44 1.02 1.08 0.22 0.79 0.29 0.79 0.41 0.49 0.28 0.53 0.95 1.20 0.20 0.58 0.78 0.74 0.75 0.78
OP1 1.09 0.84 0.70 0.94 1.62 1.30 2.03 1.65 1.80 1.26 0.99 0.37 0.42 0.66 1.76 1.48 1.93 2.32 2.52 2.26
OP2 1.33 1.06 0.88 1.15 1.99 1.54 2.46 1.91 2.18 1.54 1.25 0.51 0.54 0.81 2.14 1.75 2.23 2.59 2.86 2.58
P 1.06 0.83 0.70 0.94 1.67 1.26 2.06 1.60 1.81 1.25 1.01 0.34 0.40 0.65 1.83 1.43 1.88 2.28 2.48 2.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.15 0.08 0.04
C2 0.03 0.00 0.16 0.19 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.19 0.02 0.03 0.11 0.07 0.07 0.10
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.15 0.25 0.00 0.02 0.11 0.01 0.03 0.21 0.06 0.05
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.16 0.01 0.10 0.01 0.09 0.08 0.19 0.25 0.02 0.01 0.17 0.01 0.06 0.19 0.10 0.05
C4 0.03 0.01 0.10 0.16 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.17 0.01 0.03 0.15 0.16 0.12 0.15
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.09 0.10 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.03 0.13 0.23 0.17 0.16
C5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.13 0.01 0.12 0.00 0.10 0.08 0.12 0.11 0.04 0.02 0.14 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.02 0.03 0.11 0.23 0.16 0.12
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.03 0.01 0.07 0.13 0.05 0.06
N3 0.03 0.01 0.15 0.19 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.21 0.01 0.03 0.14 0.09 0.09 0.13
O2 0.05 0.01 0.25 0.25 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.25 0.03 0.04 0.13 0.06 0.12 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.14 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04 0.15 0.06 0.04
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.17 0.01 0.11 0.02 0.09 0.08 0.21 0.25 0.03 0.00 0.20 0.02 0.10 0.13 0.20 0.07
O4 0.03 0.02 0.11 0.17 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.20 0.00 0.03 0.16 0.17 0.15 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.10 0.13 0.06
O5' 0.03 0.11 0.03 0.06 0.15 0.01 0.13 0.01 0.11 0.07 0.14 0.13 0.04 0.10 0.16 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.07 0.21 0.19 0.16 0.06 0.23 0.09 0.23 0.13 0.09 0.06 0.15 0.13 0.17 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.07 0.06 0.10 0.12 0.03 0.17 0.03 0.16 0.05 0.09 0.12 0.06 0.20 0.15 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.10 0.05 0.05 0.15 0.02 0.16 0.02 0.12 0.06 0.13 0.12 0.04 0.07 0.18 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00