ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 28726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

16, 179, 162, 50, 53, 29, 10, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.046, 0.105, 0.164, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.105 std_dev=0.059
N1 A 0, 0.063, 0.133, 0.203, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.133 std_dev=0.070
N3 B 0, 0.115, 0.226, 0.337, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.226 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.113, 0.232, 0.351, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.232 std_dev=0.119
N9 B 0, 0.099, 0.220, 0.341, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.220 std_dev=0.121
N1 B 0, 0.114, 0.253, 0.392, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.253 std_dev=0.139
C6 B 0, 0.075, 0.222, 0.368, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.222 std_dev=0.147
C2 B 0, 0.156, 0.304, 0.452, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.304 std_dev=0.148
C2' B 0, 0.139, 0.293, 0.448, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.293 std_dev=0.155
C4 A 0, 0.094, 0.261, 0.429, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.261 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.068, 0.236, 0.404, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.236 std_dev=0.168
C1' A 0, 0.095, 0.268, 0.441, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.268 std_dev=0.173
C5 A 0, 0.078, 0.258, 0.438, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.258 std_dev=0.180
C6 A 0, 0.053, 0.248, 0.442, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.248 std_dev=0.195
C2 A 0, 0.070, 0.282, 0.494, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.282 std_dev=0.212
C8 B 0, 0.188, 0.412, 0.636, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.412 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.135, 0.363, 0.590, 2.464 max_d=2.464 avg_d=0.363 std_dev=0.228
O2' A 0, 0.157, 0.388, 0.620, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.388 std_dev=0.232
N6 B 0, 0.133, 0.367, 0.601, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.367 std_dev=0.234
N7 B 0, 0.197, 0.432, 0.667, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.432 std_dev=0.235
C2' A 0, 0.118, 0.367, 0.616, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.367 std_dev=0.249
N3 A 0, 0.083, 0.354, 0.624, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.354 std_dev=0.271
N4 A 0, 0.142, 0.416, 0.690, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.416 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.122, 0.422, 0.723, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.422 std_dev=0.300
C3' B 0, 0.236, 0.541, 0.847, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.541 std_dev=0.305
O2 A 0, 0.088, 0.469, 0.851, 2.345 max_d=2.345 avg_d=0.469 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.169, 0.558, 0.946, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.558 std_dev=0.389
O3' B 0, 0.358, 0.763, 1.168, 3.072 max_d=3.072 avg_d=0.763 std_dev=0.405
O4' A 0, 0.058, 0.522, 0.986, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.522 std_dev=0.464
C3' A 0, 0.107, 0.616, 1.126, 3.115 max_d=3.115 avg_d=0.616 std_dev=0.509
C5' B 0, 0.234, 0.819, 1.404, 2.561 max_d=2.561 avg_d=0.819 std_dev=0.585
C4' A 0, 0.060, 0.668, 1.275, 3.405 max_d=3.405 avg_d=0.668 std_dev=0.607
O3' A 0, 0.165, 0.849, 1.533, 4.173 max_d=4.173 avg_d=0.849 std_dev=0.684
O5' B 0, 0.342, 1.155, 1.968, 3.374 max_d=3.374 avg_d=1.155 std_dev=0.813
C5' A 0, 0.078, 0.979, 1.880, 4.655 max_d=4.655 avg_d=0.979 std_dev=0.901
O5' A 0, 0.129, 1.050, 1.970, 4.609 max_d=4.609 avg_d=1.050 std_dev=0.921
P B 0, 0.550, 1.683, 2.817, 4.301 max_d=4.301 avg_d=1.683 std_dev=1.134
P A 0, 0.167, 1.409, 2.651, 5.942 max_d=5.942 avg_d=1.409 std_dev=1.242
OP2 A 0, 0.150, 1.395, 2.639, 5.364 max_d=5.364 avg_d=1.395 std_dev=1.244
OP1 B 0, 1.027, 2.282, 3.537, 5.646 max_d=5.646 avg_d=2.282 std_dev=1.255
OP1 A 0, 0.254, 1.758, 3.263, 7.439 max_d=7.439 avg_d=1.758 std_dev=1.505
OP2 B 0, 0.793, 2.408, 4.023, 6.705 max_d=6.705 avg_d=2.408 std_dev=1.615

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.13 0.11 0.13 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.11 0.03 0.27 0.21 0.32 0.22
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.14 0.00 0.02 0.01 0.15 0.20 0.15 0.10
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.11 0.06 0.10 0.11 0.13 0.02 0.01 0.01 0.19 0.30 0.15 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.03 0.40 0.35 0.51 0.36
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.11 0.12 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.04 0.42 0.37 0.50 0.38
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.17 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.05 0.37 0.28 0.36 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.27 0.19 0.27 0.19
N3 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.13 0.03 0.34 0.28 0.43 0.29
N4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.14 0.04 0.43 0.40 0.58 0.41
O2 0.04 0.01 0.14 0.13 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.16 0.06 0.21 0.17 0.27 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.08 0.06 0.14 0.00 0.05 0.05 0.05 0.16 0.11 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.04 0.12 0.06 0.13 0.14 0.16 0.05 0.00 0.02 0.15 0.38 0.21 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.08 0.12 0.14 0.13
O5' 0.13 0.27 0.15 0.19 0.40 0.02 0.42 0.01 0.37 0.27 0.34 0.43 0.21 0.05 0.15 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.21 0.20 0.30 0.35 0.11 0.37 0.17 0.28 0.19 0.28 0.40 0.17 0.16 0.38 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.32 0.15 0.15 0.51 0.12 0.50 0.19 0.36 0.27 0.43 0.58 0.27 0.11 0.21 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.22 0.10 0.16 0.36 0.05 0.38 0.02 0.29 0.19 0.29 0.41 0.16 0.07 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.25 0.20 0.22 0.23 0.22 0.23 0.22 0.24 0.24 0.25 0.23 0.25 0.24 0.23 0.21 0.30 0.26 0.27 0.46 0.51 0.27
C2 0.22 0.26 0.22 0.27 0.22 0.22 0.25 0.23 0.28 0.22 0.29 0.23 0.30 0.24 0.21 0.20 0.36 0.26 0.35 0.56 0.67 0.38
C2' 0.22 0.22 0.23 0.22 0.14 0.28 0.16 0.28 0.20 0.16 0.23 0.15 0.21 0.15 0.16 0.30 0.29 0.28 0.32 0.50 0.47 0.31
C3' 0.25 0.22 0.33 0.36 0.14 0.40 0.15 0.41 0.19 0.17 0.24 0.15 0.21 0.15 0.17 0.45 0.48 0.32 0.39 0.59 0.47 0.41
C4 0.22 0.30 0.19 0.24 0.23 0.22 0.27 0.23 0.34 0.22 0.36 0.23 0.38 0.26 0.21 0.21 0.33 0.28 0.31 0.52 0.62 0.33
C4' 0.29 0.22 0.37 0.42 0.23 0.38 0.24 0.40 0.23 0.30 0.23 0.20 0.24 0.28 0.27 0.40 0.53 0.31 0.38 0.61 0.50 0.41
C5 0.22 0.28 0.19 0.23 0.20 0.24 0.22 0.23 0.28 0.19 0.31 0.21 0.31 0.21 0.19 0.24 0.33 0.27 0.26 0.47 0.52 0.25
C5' 0.31 0.23 0.44 0.54 0.24 0.46 0.26 0.50 0.24 0.33 0.24 0.21 0.26 0.31 0.29 0.46 0.69 0.34 0.49 0.76 0.62 0.54
C6 0.23 0.26 0.21 0.24 0.19 0.25 0.20 0.24 0.24 0.20 0.27 0.21 0.26 0.20 0.20 0.25 0.34 0.27 0.26 0.47 0.50 0.25
N1 0.21 0.25 0.18 0.21 0.19 0.21 0.20 0.21 0.23 0.19 0.26 0.21 0.25 0.20 0.19 0.20 0.30 0.25 0.27 0.47 0.54 0.27
N3 0.23 0.30 0.23 0.29 0.25 0.23 0.30 0.26 0.35 0.25 0.36 0.24 0.39 0.29 0.23 0.20 0.37 0.28 0.37 0.59 0.71 0.41
N4 0.23 0.32 0.20 0.25 0.26 0.23 0.32 0.24 0.39 0.25 0.40 0.25 0.46 0.30 0.23 0.21 0.35 0.29 0.34 0.55 0.66 0.37
O2 0.25 0.26 0.30 0.36 0.25 0.27 0.27 0.30 0.29 0.26 0.29 0.24 0.31 0.27 0.25 0.24 0.45 0.29 0.44 0.66 0.78 0.48
O2' 0.22 0.18 0.27 0.25 0.13 0.27 0.14 0.26 0.15 0.17 0.18 0.14 0.15 0.15 0.17 0.31 0.30 0.26 0.33 0.50 0.50 0.33
O3' 0.33 0.28 0.46 0.53 0.20 0.55 0.22 0.57 0.26 0.25 0.30 0.20 0.29 0.23 0.24 0.63 0.68 0.41 0.55 0.74 0.60 0.59
O4' 0.31 0.32 0.32 0.35 0.31 0.32 0.34 0.33 0.34 0.36 0.33 0.30 0.35 0.36 0.32 0.30 0.42 0.31 0.33 0.53 0.52 0.34
O5' 0.27 0.24 0.37 0.48 0.17 0.45 0.18 0.48 0.20 0.24 0.25 0.18 0.22 0.21 0.22 0.42 0.65 0.33 0.46 0.70 0.57 0.49
OP1 0.34 0.24 0.49 0.66 0.21 0.59 0.21 0.66 0.21 0.31 0.25 0.19 0.22 0.26 0.28 0.52 0.89 0.42 0.67 1.00 0.85 0.76
OP2 0.29 0.29 0.35 0.47 0.19 0.47 0.20 0.51 0.26 0.23 0.32 0.20 0.29 0.21 0.22 0.42 0.66 0.37 0.48 0.74 0.61 0.52
P 0.29 0.24 0.41 0.55 0.18 0.49 0.19 0.54 0.21 0.27 0.25 0.18 0.23 0.23 0.24 0.44 0.74 0.35 0.53 0.81 0.68 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.29 0.49 0.48 0.31
C2 0.03 0.00 0.18 0.21 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.26 0.07 0.49 0.79 0.97 0.57
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.03 0.10 0.09 0.15 0.18 0.09 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.24 0.35 0.40 0.21
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.03 0.18 0.16 0.20 0.19 0.19 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.27 0.33 0.42 0.23
C4 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.04 0.53 0.77 0.97 0.60
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.08 0.07 0.11 0.12 0.06 0.08 0.03 0.00 0.02 0.28 0.22 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.16 0.03 0.66 0.95 1.26 0.78
C5' 0.03 0.12 0.03 0.03 0.14 0.01 0.20 0.00 0.21 0.23 0.17 0.10 0.25 0.25 0.13 0.06 0.05 0.02 0.01 0.22 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.18 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.20 0.04 0.66 1.00 1.32 0.81
C8 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.17 0.06 0.69 0.88 1.18 0.77
N1 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.24 0.06 0.59 0.92 1.17 0.71
N3 0.03 0.00 0.18 0.19 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.23 0.07 0.44 0.70 0.83 0.49
N6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.11 0.02 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.10 0.22 0.05 0.73 1.11 1.49 0.92
N7 0.01 0.01 0.07 0.16 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.18 0.04 0.74 1.03 1.41 0.89
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.51 0.69 0.87 0.55
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.09 0.08 0.08 0.06 0.11 0.08 0.14 0.16 0.10 0.08 0.04 0.00 0.07 0.06 0.10 0.40 0.29 0.16
O3' 0.05 0.26 0.03 0.01 0.15 0.03 0.16 0.05 0.20 0.17 0.24 0.23 0.22 0.18 0.08 0.07 0.00 0.04 0.31 0.54 0.61 0.35
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.01 0.06 0.04 0.00 0.25 0.49 0.40 0.32
O5' 0.29 0.49 0.24 0.27 0.53 0.02 0.66 0.01 0.66 0.69 0.59 0.44 0.73 0.74 0.51 0.10 0.31 0.25 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.49 0.79 0.35 0.33 0.77 0.28 0.95 0.22 1.00 0.88 0.92 0.70 1.11 1.03 0.69 0.40 0.54 0.49 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.48 0.97 0.40 0.42 0.97 0.22 1.26 0.30 1.32 1.18 1.17 0.83 1.49 1.41 0.87 0.29 0.61 0.40 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.57 0.21 0.23 0.60 0.10 0.78 0.02 0.81 0.77 0.71 0.49 0.92 0.89 0.55 0.16 0.35 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00