ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2912

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B max_d=1.220 avg_d=0.113 std_dev=0.072
N1 A max_d=1.291 avg_d=0.151 std_dev=0.076
C4 A max_d=1.065 avg_d=0.262 std_dev=0.115
C1' A max_d=1.591 avg_d=0.291 std_dev=0.129
N3 A max_d=1.795 avg_d=0.285 std_dev=0.130
N9 B max_d=1.960 avg_d=0.253 std_dev=0.137
C2 A max_d=1.673 avg_d=0.338 std_dev=0.147
N3 B max_d=1.775 avg_d=0.213 std_dev=0.152
C5 B max_d=1.425 avg_d=0.277 std_dev=0.172
N4 A max_d=1.067 avg_d=0.416 std_dev=0.181
C6 A max_d=2.182 avg_d=0.365 std_dev=0.207
C2 B max_d=2.415 avg_d=0.307 std_dev=0.216
N1 B max_d=2.016 avg_d=0.355 std_dev=0.228
C1' B max_d=2.226 avg_d=0.364 std_dev=0.235
C5 A max_d=1.986 avg_d=0.472 std_dev=0.238
C6 B max_d=1.168 avg_d=0.348 std_dev=0.238
C2' A max_d=1.496 avg_d=0.445 std_dev=0.256
C8 B max_d=2.947 avg_d=0.418 std_dev=0.260
O4' A max_d=2.850 avg_d=0.449 std_dev=0.274
N7 B max_d=2.610 avg_d=0.448 std_dev=0.301
O2' A max_d=1.503 avg_d=0.641 std_dev=0.316
O2 A max_d=2.760 avg_d=0.659 std_dev=0.322
C4' A max_d=3.916 avg_d=0.500 std_dev=0.352
C3' A max_d=3.409 avg_d=0.544 std_dev=0.365
N6 B max_d=1.707 avg_d=0.528 std_dev=0.377
C2' B max_d=2.325 avg_d=0.892 std_dev=0.459
O4' B max_d=4.710 avg_d=0.872 std_dev=0.501
O3' A max_d=4.275 avg_d=0.803 std_dev=0.505
C5' A max_d=5.451 avg_d=0.796 std_dev=0.636
C4' B max_d=5.547 avg_d=1.349 std_dev=0.739
O2' B max_d=3.509 avg_d=1.507 std_dev=0.758
C3' B max_d=4.540 avg_d=1.525 std_dev=0.832
C5' B max_d=8.156 avg_d=1.769 std_dev=0.854
O5' A max_d=7.380 avg_d=1.214 std_dev=0.879
O5' B max_d=9.220 avg_d=2.066 std_dev=1.101
P A max_d=9.036 avg_d=1.763 std_dev=1.203
OP1 A max_d=9.212 avg_d=2.071 std_dev=1.410
O3' B max_d=5.361 avg_d=2.433 std_dev=1.424
OP2 A max_d=9.589 avg_d=2.248 std_dev=1.589
P B max_d=11.734 avg_d=2.856 std_dev=1.681
OP1 B max_d=13.572 avg_d=3.945 std_dev=1.956
OP2 B max_d=11.867 avg_d=3.177 std_dev=2.158

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.20 0.16 0.33 0.22
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.12 0.04 0.39 0.29 0.71 0.45
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.07 0.06 0.17 0.00 0.02 0.01 0.21 0.23 0.34 0.19
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.15 0.06 0.10 0.12 0.16 0.02 0.01 0.01 0.27 0.31 0.42 0.24
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.56 0.43 1.12 0.68
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.14 0.24 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.05 0.59 0.44 1.17 0.71
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.08 0.06 0.04 0.02 0.01 0.17 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.17 0.05 0.52 0.35 0.91 0.58
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.38 0.26 0.65 0.42
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.04 0.48 0.37 0.93 0.57
N4 0.03 0.02 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.15 0.04 0.59 0.48 1.26 0.75
O2 0.04 0.01 0.17 0.16 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.20 0.07 0.31 0.25 0.55 0.35
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.08 0.06 0.16 0.00 0.05 0.05 0.06 0.20 0.26 0.11
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.04 0.17 0.06 0.12 0.15 0.20 0.05 0.00 0.02 0.22 0.43 0.52 0.27
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.14 0.18 0.27 0.20
O5' 0.20 0.39 0.21 0.27 0.56 0.02 0.59 0.01 0.52 0.38 0.48 0.59 0.31 0.06 0.22 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.29 0.23 0.31 0.43 0.14 0.44 0.17 0.35 0.26 0.37 0.48 0.25 0.20 0.43 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.71 0.34 0.42 1.12 0.24 1.17 0.26 0.91 0.65 0.93 1.26 0.55 0.26 0.52 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.45 0.19 0.24 0.68 0.06 0.71 0.02 0.58 0.42 0.57 0.75 0.35 0.11 0.27 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.33 0.47 0.65 0.30 0.43 0.32 0.52 0.29 0.35 0.29 0.32 0.35 0.37 0.32 0.37 0.55 0.43 0.94 1.56 1.34 1.16
C2 0.22 0.29 0.35 0.59 0.22 0.34 0.23 0.45 0.21 0.28 0.27 0.25 0.25 0.30 0.23 0.37 0.50 0.28 0.98 1.66 1.54 1.29
C2' 0.35 0.43 0.50 0.53 0.31 0.41 0.23 0.46 0.22 0.24 0.33 0.41 0.22 0.22 0.30 0.55 0.62 0.47 0.73 1.31 1.20 0.90
C3' 0.45 0.49 0.57 0.57 0.38 0.52 0.29 0.55 0.26 0.31 0.36 0.49 0.24 0.27 0.38 0.63 0.72 0.60 0.70 1.26 1.16 0.86
C4 0.26 0.31 0.38 0.63 0.24 0.37 0.26 0.49 0.24 0.34 0.28 0.28 0.29 0.36 0.27 0.38 0.54 0.31 1.03 1.76 1.65 1.39
C4' 0.38 0.37 0.53 0.62 0.32 0.49 0.30 0.56 0.27 0.36 0.29 0.37 0.33 0.36 0.34 0.46 0.65 0.55 0.82 1.40 1.17 0.99
C5 0.27 0.32 0.42 0.65 0.24 0.36 0.27 0.48 0.24 0.34 0.27 0.29 0.30 0.37 0.27 0.36 0.56 0.32 1.01 1.71 1.58 1.34
C5' 0.41 0.38 0.56 0.65 0.33 0.52 0.32 0.60 0.28 0.40 0.29 0.38 0.34 0.40 0.37 0.49 0.68 0.58 0.82 1.41 1.18 1.01
C6 0.28 0.32 0.44 0.65 0.26 0.38 0.28 0.49 0.25 0.34 0.27 0.29 0.32 0.37 0.28 0.36 0.56 0.35 0.98 1.66 1.49 1.27
N1 0.25 0.30 0.40 0.62 0.24 0.36 0.26 0.47 0.23 0.31 0.26 0.27 0.30 0.33 0.25 0.34 0.52 0.33 0.96 1.62 1.46 1.24
N3 0.26 0.31 0.36 0.62 0.24 0.37 0.26 0.49 0.24 0.32 0.29 0.27 0.28 0.34 0.26 0.41 0.53 0.30 1.03 1.74 1.64 1.37
N4 0.31 0.33 0.39 0.66 0.28 0.41 0.30 0.54 0.27 0.38 0.30 0.30 0.30 0.39 0.31 0.42 0.58 0.35 1.08 1.82 1.73 1.47
O2 0.24 0.31 0.34 0.58 0.23 0.35 0.23 0.44 0.23 0.26 0.29 0.27 0.25 0.28 0.23 0.42 0.49 0.29 0.97 1.63 1.51 1.25
O2' 0.36 0.40 0.55 0.59 0.32 0.46 0.25 0.51 0.23 0.26 0.30 0.40 0.25 0.23 0.31 0.58 0.69 0.50 0.76 1.27 1.14 0.87
O3' 0.69 0.66 0.79 0.76 0.59 0.78 0.46 0.79 0.39 0.52 0.49 0.69 0.31 0.44 0.61 0.90 1.02 0.84 0.76 1.18 1.17 0.84
O4' 0.46 0.39 0.61 0.77 0.42 0.58 0.45 0.66 0.40 0.52 0.35 0.40 0.45 0.52 0.46 0.45 0.68 0.56 1.01 1.60 1.35 1.21
O5' 0.39 0.37 0.54 0.62 0.30 0.49 0.29 0.56 0.25 0.38 0.27 0.37 0.34 0.38 0.34 0.50 0.65 0.57 0.82 1.44 1.26 1.05
OP1 0.49 0.47 0.62 0.69 0.39 0.61 0.35 0.67 0.30 0.44 0.35 0.47 0.35 0.42 0.43 0.62 0.81 0.69 0.80 1.41 1.25 1.03
OP2 0.46 0.49 0.69 0.75 0.38 0.56 0.34 0.61 0.31 0.43 0.37 0.48 0.40 0.44 0.40 0.66 0.81 0.59 0.86 1.48 1.37 1.14
P 0.43 0.40 0.62 0.70 0.33 0.53 0.33 0.59 0.28 0.44 0.29 0.40 0.37 0.44 0.38 0.57 0.72 0.59 0.88 1.47 1.31 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.30 0.01 0.33 0.53 0.54 0.33
C2 0.03 0.00 0.45 0.44 0.01 0.18 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.33 0.48 0.29 0.60 1.01 0.90 0.65
C2' 0.00 0.45 0.00 0.01 0.24 0.02 0.12 0.20 0.22 0.22 0.35 0.45 0.16 0.12 0.03 0.00 0.03 0.02 0.45 0.57 0.83 0.50
C3' 0.01 0.44 0.01 0.00 0.34 0.01 0.39 0.03 0.44 0.35 0.45 0.39 0.46 0.39 0.24 0.02 0.01 0.02 0.34 0.47 0.70 0.37
C4 0.02 0.01 0.24 0.34 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.25 0.15 0.62 1.02 0.90 0.70
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.23 0.15 0.17 0.17 0.22 0.10 0.29 0.03 0.01 0.02 0.29 0.39 0.10
C5 0.01 0.01 0.12 0.39 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.22 0.06 0.81 1.34 1.18 0.97
C5' 0.08 0.25 0.20 0.03 0.14 0.01 0.19 0.00 0.21 0.30 0.22 0.23 0.25 0.30 0.13 0.09 0.21 0.02 0.01 0.38 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.44 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.31 0.12 0.81 1.38 1.22 0.99
C8 0.02 0.02 0.22 0.35 0.01 0.23 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.25 0.18 0.92 1.38 1.16 1.05
N1 0.03 0.01 0.35 0.45 0.01 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.41 0.22 0.71 1.21 1.08 0.83
N3 0.04 0.01 0.45 0.39 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.45 0.29 0.52 0.88 0.78 0.55
N6 0.02 0.01 0.16 0.46 0.01 0.17 0.01 0.25 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.34 0.32 0.08 0.92 1.58 1.40 1.16
N7 0.01 0.02 0.12 0.39 0.01 0.22 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.26 0.10 0.98 1.59 1.36 1.20
N9 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.11 0.01 0.62 0.95 0.83 0.67
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.22 0.29 0.29 0.09 0.29 0.39 0.29 0.32 0.34 0.39 0.21 0.00 0.06 0.20 0.29 0.48 0.78 0.37
O3' 0.30 0.48 0.03 0.01 0.25 0.03 0.22 0.21 0.31 0.25 0.41 0.45 0.32 0.26 0.11 0.06 0.00 0.21 0.29 0.56 0.83 0.40
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.15 0.01 0.06 0.02 0.12 0.18 0.22 0.29 0.08 0.10 0.01 0.20 0.21 0.00 0.30 0.51 0.40 0.29
O5' 0.33 0.60 0.45 0.34 0.62 0.02 0.81 0.01 0.81 0.92 0.71 0.52 0.92 0.98 0.62 0.29 0.29 0.30 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.53 1.01 0.57 0.47 1.02 0.29 1.34 0.38 1.38 1.38 1.21 0.88 1.58 1.59 0.95 0.48 0.56 0.51 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.90 0.83 0.70 0.90 0.39 1.18 0.38 1.22 1.16 1.08 0.78 1.40 1.36 0.83 0.78 0.83 0.40 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.65 0.50 0.37 0.70 0.10 0.97 0.02 0.99 1.05 0.83 0.55 1.16 1.20 0.67 0.37 0.40 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00