ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 2914

back

Distances from reference structure (by RMSD)

46, 104, 64, 70, 19, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.052, 0.116, 0.181, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.116 std_dev=0.064
N1 B 0, 0.031, 0.104, 0.176, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.104 std_dev=0.073
C4 A 0, 0.056, 0.176, 0.295, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.176 std_dev=0.120
C2 A 0, 0.098, 0.219, 0.340, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.219 std_dev=0.121
C6 A 0, 0.104, 0.229, 0.354, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.229 std_dev=0.125
C1' A 0, 0.092, 0.218, 0.345, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.218 std_dev=0.126
N3 A 0, 0.075, 0.202, 0.329, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.202 std_dev=0.127
C6 B 0, 0.078, 0.211, 0.345, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.211 std_dev=0.133
C5 B 0, 0.076, 0.210, 0.343, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.210 std_dev=0.134
C4 B 0, 0.084, 0.226, 0.368, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.226 std_dev=0.142
C2 B 0, 0.071, 0.215, 0.360, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.215 std_dev=0.144
C1' B 0, 0.054, 0.199, 0.344, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.199 std_dev=0.145
C5 A 0, 0.115, 0.276, 0.436, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.276 std_dev=0.161
C2' A 0, 0.112, 0.284, 0.456, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.284 std_dev=0.172
N4 A 0, 0.092, 0.284, 0.475, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.284 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.074, 0.282, 0.490, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.282 std_dev=0.208
N4 B 0, 0.115, 0.344, 0.573, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.344 std_dev=0.229
O2 B 0, 0.112, 0.347, 0.582, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.347 std_dev=0.235
O2 A 0, 0.166, 0.405, 0.644, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.405 std_dev=0.239
C3' A 0, 0.140, 0.392, 0.645, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.392 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.125, 0.386, 0.647, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.386 std_dev=0.261
O4' A 0, 0.098, 0.369, 0.641, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.369 std_dev=0.272
O4' B 0, 0.114, 0.398, 0.682, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.398 std_dev=0.284
O2' A 0, 0.134, 0.434, 0.733, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.434 std_dev=0.300
O3' A 0, 0.239, 0.563, 0.887, 1.720 max_d=1.720 avg_d=0.563 std_dev=0.324
C4' A 0, 0.119, 0.448, 0.777, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.448 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.168, 0.507, 0.845, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.507 std_dev=0.338
C3' B 0, 0.135, 0.540, 0.946, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.540 std_dev=0.406
C4' B 0, 0.149, 0.558, 0.967, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.558 std_dev=0.409
O5' B 0, 0.246, 0.671, 1.096, 3.526 max_d=3.526 avg_d=0.671 std_dev=0.425
C5' B 0, 0.281, 0.783, 1.286, 2.890 max_d=2.890 avg_d=0.783 std_dev=0.502
P B 0, 0.397, 0.967, 1.538, 4.475 max_d=4.475 avg_d=0.967 std_dev=0.571
C5' A 0, 0.194, 0.778, 1.361, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.778 std_dev=0.583
O3' B 0, 0.127, 0.744, 1.362, 3.468 max_d=3.468 avg_d=0.744 std_dev=0.618
O5' A 0, 0.429, 1.341, 2.253, 2.945 max_d=2.945 avg_d=1.341 std_dev=0.912
OP2 B 0, 0.449, 1.410, 2.372, 5.782 max_d=5.782 avg_d=1.410 std_dev=0.961
OP1 B 0, 0.407, 1.890, 3.372, 6.492 max_d=6.492 avg_d=1.890 std_dev=1.482
P A 0, 0.650, 2.199, 3.748, 4.576 max_d=4.576 avg_d=2.199 std_dev=1.549
OP1 A 0, 0.796, 2.553, 4.310, 5.652 max_d=5.652 avg_d=2.553 std_dev=1.757
OP2 A 0, 0.534, 2.923, 5.312, 7.252 max_d=7.252 avg_d=2.923 std_dev=2.389

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.36 0.25 0.36 0.24
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.10 0.02 0.64 0.27 1.02 0.63
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.12 0.00 0.02 0.01 0.23 0.22 0.21 0.17
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.11 0.05 0.10 0.11 0.12 0.02 0.01 0.02 0.19 0.28 0.19 0.18
C4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.03 0.85 0.46 1.68 1.00
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.26 0.25 0.10
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.88 0.47 1.72 1.04
C5' 0.03 0.10 0.02 0.03 0.17 0.01 0.18 0.00 0.16 0.10 0.14 0.19 0.08 0.05 0.06 0.02 0.01 0.15 0.13 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.79 0.33 1.31 0.83
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.62 0.23 0.92 0.59
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.75 0.37 1.38 0.83
N4 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.15 0.04 0.90 0.55 1.90 1.12
O2 0.03 0.00 0.12 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.15 0.04 0.52 0.26 0.76 0.48
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.08 0.07 0.12 0.00 0.05 0.05 0.06 0.33 0.38 0.17
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.13 0.02 0.15 0.06 0.13 0.06 0.12 0.15 0.15 0.05 0.00 0.02 0.19 0.36 0.41 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.29 0.36 0.21 0.15
O5' 0.36 0.64 0.23 0.19 0.85 0.01 0.88 0.01 0.79 0.62 0.75 0.90 0.52 0.06 0.19 0.29 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.27 0.22 0.28 0.46 0.26 0.47 0.15 0.33 0.23 0.37 0.55 0.26 0.33 0.36 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 1.02 0.21 0.19 1.68 0.25 1.72 0.13 1.31 0.92 1.38 1.90 0.76 0.38 0.41 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.63 0.17 0.18 1.00 0.10 1.04 0.02 0.83 0.59 0.83 1.12 0.48 0.17 0.19 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.24 0.33 0.40 0.26 0.32 0.28 0.37 0.27 0.25 0.23 0.28 0.26 0.34 0.41 0.26 0.38 0.80 0.91 0.34
C2 0.22 0.23 0.26 0.29 0.19 0.23 0.18 0.27 0.18 0.21 0.23 0.20 0.26 0.32 0.32 0.23 0.48 0.99 0.96 0.40
C2' 0.19 0.17 0.22 0.22 0.13 0.17 0.15 0.17 0.15 0.16 0.14 0.16 0.22 0.25 0.25 0.21 0.45 0.96 0.71 0.36
C3' 0.20 0.15 0.23 0.24 0.13 0.17 0.15 0.19 0.15 0.16 0.12 0.16 0.21 0.23 0.28 0.22 0.40 0.91 0.67 0.32
C4 0.21 0.22 0.28 0.33 0.20 0.24 0.19 0.29 0.19 0.20 0.22 0.22 0.26 0.32 0.38 0.23 0.51 1.02 1.01 0.44
C4' 0.27 0.23 0.40 0.50 0.27 0.37 0.30 0.45 0.29 0.26 0.22 0.29 0.25 0.34 0.51 0.27 0.32 0.73 0.83 0.34
C5 0.21 0.21 0.32 0.40 0.21 0.28 0.22 0.34 0.21 0.20 0.21 0.24 0.25 0.33 0.45 0.23 0.47 0.94 1.00 0.42
C5' 0.32 0.26 0.49 0.61 0.29 0.46 0.35 0.56 0.35 0.31 0.24 0.31 0.27 0.41 0.66 0.33 0.37 0.73 0.90 0.41
C6 0.22 0.22 0.34 0.42 0.23 0.30 0.25 0.37 0.23 0.22 0.21 0.26 0.25 0.34 0.47 0.24 0.44 0.88 0.98 0.39
N1 0.22 0.22 0.30 0.36 0.22 0.27 0.23 0.33 0.21 0.21 0.21 0.24 0.25 0.32 0.39 0.23 0.43 0.89 0.95 0.37
N3 0.22 0.24 0.26 0.28 0.20 0.23 0.19 0.27 0.19 0.21 0.24 0.20 0.27 0.32 0.33 0.25 0.52 1.06 0.99 0.45
N4 0.22 0.23 0.27 0.32 0.21 0.25 0.20 0.29 0.20 0.21 0.23 0.22 0.26 0.32 0.38 0.25 0.54 1.07 1.03 0.48
O2 0.24 0.26 0.25 0.25 0.19 0.23 0.18 0.25 0.19 0.23 0.25 0.18 0.29 0.34 0.29 0.26 0.50 1.03 0.94 0.42
O2' 0.18 0.16 0.24 0.24 0.16 0.18 0.15 0.18 0.15 0.15 0.13 0.20 0.21 0.26 0.27 0.19 0.42 0.90 0.66 0.35
O3' 0.34 0.26 0.29 0.27 0.23 0.30 0.28 0.29 0.30 0.30 0.22 0.22 0.29 0.31 0.31 0.39 0.50 0.99 0.58 0.43
O4' 0.36 0.32 0.48 0.59 0.38 0.48 0.43 0.57 0.42 0.37 0.31 0.40 0.31 0.43 0.60 0.38 0.42 0.72 1.01 0.44
O5' 0.19 0.16 0.38 0.49 0.30 0.30 0.32 0.40 0.25 0.18 0.20 0.40 0.23 0.34 0.54 0.18 0.36 0.73 0.91 0.35
OP1 0.36 0.33 0.55 0.64 0.31 0.44 0.33 0.49 0.34 0.33 0.31 0.33 0.38 0.48 0.73 0.33 0.58 0.69 1.05 0.50
OP2 0.81 0.57 1.05 1.04 0.26 0.88 0.31 0.79 0.44 0.59 0.34 0.35 0.79 1.21 1.20 0.73 0.76 0.76 1.13 0.57
P 0.36 0.25 0.59 0.68 0.26 0.48 0.31 0.54 0.29 0.28 0.19 0.35 0.36 0.59 0.77 0.32 0.47 0.65 1.05 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.13 0.00 0.17 0.57 0.39 0.18
C2 0.02 0.00 0.11 0.15 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.06 0.34 0.81 0.56 0.28
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.10 0.13 0.02 0.08 0.05 0.21 0.00 0.03 0.01 0.33 0.50 0.25 0.29
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.16 0.00 0.16 0.03 0.15 0.10 0.17 0.17 0.19 0.02 0.01 0.01 0.33 0.39 0.17 0.23
C4 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.10 0.03 0.44 0.96 0.79 0.36
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.05 0.08 0.06 0.13 0.02 0.00 0.01 0.22 0.30 0.06
C5 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.14 0.06 0.45 0.96 0.84 0.36
C5' 0.04 0.09 0.10 0.03 0.13 0.00 0.14 0.00 0.11 0.07 0.11 0.14 0.09 0.05 0.11 0.01 0.01 0.18 0.41 0.01
C6 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.13 0.07 0.39 0.86 0.69 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01 0.31 0.76 0.54 0.25
N3 0.02 0.00 0.08 0.17 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.04 0.40 0.90 0.68 0.33
N4 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.12 0.03 0.47 1.00 0.87 0.39
O2 0.03 0.01 0.21 0.19 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.21 0.10 0.30 0.74 0.47 0.25
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.17 0.13 0.21 0.05 0.19 0.10 0.12 0.19 0.14 0.00 0.05 0.09 0.18 0.43 0.26 0.23
O3' 0.13 0.12 0.03 0.01 0.10 0.02 0.14 0.11 0.13 0.06 0.11 0.12 0.21 0.05 0.00 0.10 0.27 0.55 0.35 0.27
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.10 0.09 0.10 0.00 0.08 0.52 0.42 0.20
O5' 0.17 0.34 0.33 0.33 0.44 0.01 0.45 0.01 0.39 0.31 0.40 0.47 0.30 0.18 0.27 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.57 0.81 0.50 0.39 0.96 0.22 0.96 0.18 0.86 0.76 0.90 1.00 0.74 0.43 0.55 0.52 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.56 0.25 0.17 0.79 0.30 0.84 0.41 0.69 0.54 0.68 0.87 0.47 0.26 0.35 0.42 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.28 0.29 0.23 0.36 0.06 0.36 0.01 0.31 0.25 0.33 0.39 0.25 0.23 0.27 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00