ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 29656

back

Distances from reference structure (by RMSD)

18, 35, 8, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 50, 3, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 B 0, 0.086, 0.326, 0.565, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.326 std_dev=0.240
C5 A 0, -0.013, 0.273, 0.558, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.273 std_dev=0.285
N1 A 0, 0.086, 0.372, 0.658, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.372 std_dev=0.286
C6 A 0, 0.024, 0.338, 0.652, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.338 std_dev=0.314
C2 A 0, 0.097, 0.448, 0.799, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.448 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.099, 0.493, 0.888, 2.293 max_d=2.293 avg_d=0.493 std_dev=0.394
C4 B 0, -0.044, 0.417, 0.878, 3.443 max_d=3.443 avg_d=0.417 std_dev=0.461
C4 A 0, 0.109, 0.599, 1.089, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.599 std_dev=0.490
O2 A 0, 0.108, 0.614, 1.121, 2.719 max_d=2.719 avg_d=0.614 std_dev=0.507
N3 A 0, 0.123, 0.644, 1.166, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.644 std_dev=0.521
C1' A 0, 0.162, 0.708, 1.254, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.708 std_dev=0.546
O4 B 0, -0.048, 0.660, 1.368, 5.178 max_d=5.178 avg_d=0.660 std_dev=0.708
O4' A 0, 0.215, 0.923, 1.631, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.923 std_dev=0.708
C2 B 0, 0.087, 0.857, 1.627, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.857 std_dev=0.770
C5 B 0, 0.070, 0.856, 1.643, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.856 std_dev=0.787
O4 A 0, 0.158, 0.959, 1.760, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.959 std_dev=0.801
C6 B 0, 0.071, 0.955, 1.840, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.955 std_dev=0.884
N3 B 0, 0.076, 0.984, 1.892, 4.099 max_d=4.099 avg_d=0.984 std_dev=0.908
O2' B 0, 0.234, 1.342, 2.449, 4.721 max_d=4.721 avg_d=1.342 std_dev=1.108
C2' B 0, 0.193, 1.332, 2.471, 4.100 max_d=4.100 avg_d=1.332 std_dev=1.139
C4' A 0, 0.267, 1.457, 2.646, 3.537 max_d=3.537 avg_d=1.457 std_dev=1.190
C2' A 0, 0.169, 1.415, 2.660, 2.960 max_d=2.960 avg_d=1.415 std_dev=1.246
O3' A 0, 0.359, 1.741, 3.123, 4.150 max_d=4.150 avg_d=1.741 std_dev=1.382
O2 B 0, 0.152, 1.539, 2.926, 4.501 max_d=4.501 avg_d=1.539 std_dev=1.387
O4' B 0, 0.226, 1.631, 3.036, 4.828 max_d=4.828 avg_d=1.631 std_dev=1.405
C3' A 0, 0.255, 1.682, 3.109, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.682 std_dev=1.427
O2' A 0, 0.330, 1.894, 3.458, 3.990 max_d=3.990 avg_d=1.894 std_dev=1.564
C5' A 0, 0.292, 2.088, 3.883, 4.911 max_d=4.911 avg_d=2.088 std_dev=1.795
O5' A 0, 0.334, 2.316, 4.298, 5.082 max_d=5.082 avg_d=2.316 std_dev=1.982
C4' B 0, 0.307, 2.290, 4.274, 6.886 max_d=6.886 avg_d=2.290 std_dev=1.984
C3' B 0, 0.280, 2.280, 4.279, 6.502 max_d=6.502 avg_d=2.280 std_dev=2.000
O3' B 0, 0.357, 3.146, 5.934, 8.528 max_d=8.528 avg_d=3.146 std_dev=2.789
P A 0, 0.514, 3.484, 6.454, 7.321 max_d=7.321 avg_d=3.484 std_dev=2.970
OP1 A 0, 1.132, 4.117, 7.102, 8.264 max_d=8.264 avg_d=4.117 std_dev=2.985
O5' B 0, 0.387, 3.507, 6.627, 9.416 max_d=9.416 avg_d=3.507 std_dev=3.120
C5' B 0, 0.442, 3.569, 6.696, 9.019 max_d=9.019 avg_d=3.569 std_dev=3.127
OP2 B 0, 0.396, 3.934, 7.473, 12.056 max_d=12.056 avg_d=3.934 std_dev=3.539
OP2 A 0, 1.109, 4.691, 8.273, 9.369 max_d=9.369 avg_d=4.691 std_dev=3.582
P B 0, 0.341, 4.356, 8.371, 11.575 max_d=11.575 avg_d=4.356 std_dev=4.015
OP1 B 0, 0.545, 5.058, 9.570, 11.761 max_d=11.761 avg_d=5.058 std_dev=4.513

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.21 0.03 0.00 0.10 0.38 0.46 0.18
C2 0.02 0.00 0.18 0.17 0.01 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.13 0.02 0.19 0.16 0.65 0.33 0.25
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.05 0.01 0.14 0.12 0.18 0.02 0.13 0.32 0.00 0.02 0.06 0.02 0.28 0.39 0.96 0.43
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.25 0.01 0.24 0.03 0.21 0.15 0.22 0.15 0.02 0.01 0.27 0.02 0.15 0.44 0.80 0.29
C4 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.10 0.01 0.03 0.36 0.93 0.35 0.50
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.22 0.06 0.07 0.24 0.21 0.02 0.11 0.00 0.02 0.41 0.30 0.12
C5 0.02 0.01 0.14 0.24 0.01 0.20 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.13 0.01 0.16 0.47 0.94 0.44 0.58
C5' 0.04 0.15 0.12 0.03 0.17 0.01 0.30 0.00 0.30 0.09 0.12 0.30 0.11 0.15 0.18 0.01 0.01 0.43 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.21 0.01 0.22 0.01 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.39 0.10 0.02 0.20 0.42 0.77 0.44 0.49
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.02 0.01 0.20 0.60 0.35 0.28
N3 0.02 0.00 0.13 0.22 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.09 0.01 0.13 0.24 0.81 0.32 0.36
O2 0.03 0.01 0.32 0.15 0.01 0.24 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.42 0.23 0.02 0.34 0.16 0.56 0.39 0.21
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.25 0.21 0.39 0.11 0.39 0.15 0.18 0.42 0.00 0.06 0.27 0.14 0.23 0.43 1.10 0.43
O3' 0.21 0.13 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.15 0.10 0.08 0.09 0.23 0.06 0.00 0.12 0.14 0.20 0.51 0.78 0.25
O4 0.03 0.02 0.06 0.27 0.01 0.11 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.27 0.12 0.00 0.04 0.40 1.02 0.39 0.55
O4' 0.00 0.19 0.02 0.02 0.03 0.00 0.16 0.01 0.20 0.01 0.13 0.34 0.14 0.14 0.04 0.00 0.13 0.49 0.22 0.20
O5' 0.10 0.16 0.28 0.15 0.36 0.02 0.47 0.01 0.42 0.20 0.24 0.16 0.23 0.20 0.40 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.38 0.65 0.39 0.44 0.93 0.41 0.94 0.43 0.77 0.60 0.81 0.56 0.43 0.51 1.02 0.49 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.33 0.96 0.80 0.35 0.30 0.44 0.28 0.44 0.35 0.32 0.39 1.10 0.78 0.39 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.25 0.43 0.29 0.50 0.12 0.58 0.01 0.49 0.28 0.36 0.21 0.43 0.25 0.55 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.77 0.79 0.25 0.47 0.95 1.04 0.99 1.29 0.98 0.81 0.90 0.80 0.19 0.45 1.00 1.20 1.84 1.34 2.25 1.86
C2 0.65 0.66 0.20 0.33 0.72 0.79 0.72 0.88 0.71 0.65 0.73 0.67 0.19 0.40 0.76 0.96 1.23 0.84 1.52 1.20
C2' 1.09 1.08 0.52 0.65 1.30 1.22 1.39 1.49 1.36 1.16 1.19 1.01 0.35 0.55 1.35 1.49 2.10 1.63 2.69 2.19
C3' 0.96 0.91 0.42 0.64 1.15 1.29 1.30 1.66 1.28 1.01 1.03 0.87 0.32 0.48 1.21 1.47 2.31 1.88 2.92 2.47
C4 0.24 0.54 0.17 0.51 0.44 0.59 0.31 0.85 0.26 0.33 0.56 0.71 0.21 0.78 0.48 0.26 0.47 0.92 0.49 0.56
C4' 0.51 0.66 0.18 0.42 0.78 0.99 0.80 1.38 0.78 0.56 0.79 0.82 0.34 0.43 0.88 1.01 1.95 1.57 2.44 2.07
C5 0.30 0.62 0.15 0.43 0.55 0.46 0.38 0.72 0.31 0.40 0.67 0.77 0.17 0.73 0.61 0.22 0.39 0.86 0.66 0.44
C5' 0.32 0.66 0.23 0.29 0.69 0.74 0.62 1.09 0.57 0.43 0.78 0.87 0.41 0.38 0.81 0.73 1.66 1.30 2.20 1.77
C6 0.47 0.70 0.13 0.22 0.70 0.31 0.58 0.40 0.52 0.55 0.77 0.78 0.15 0.54 0.76 0.52 0.72 0.48 1.17 0.64
N1 0.63 0.72 0.18 0.27 0.79 0.68 0.76 0.78 0.73 0.67 0.80 0.75 0.17 0.42 0.84 0.89 1.25 0.77 1.64 1.21
N3 0.41 0.55 0.12 0.22 0.52 0.31 0.43 0.36 0.39 0.44 0.58 0.63 0.20 0.53 0.55 0.48 0.49 0.38 0.79 0.45
O2 0.82 0.69 0.31 0.67 0.83 1.34 0.92 1.56 0.95 0.79 0.77 0.65 0.23 0.56 0.85 1.35 1.85 1.51 2.01 1.84
O2' 1.45 1.46 0.69 0.73 1.72 1.43 1.83 1.68 1.79 1.56 1.58 1.32 0.45 0.51 1.77 1.87 2.43 1.85 3.12 2.53
O3' 1.10 0.97 0.45 0.75 1.28 1.54 1.49 2.03 1.48 1.15 1.10 0.88 0.32 0.47 1.33 1.72 2.74 2.31 3.36 2.96
O4 0.28 0.47 0.29 0.84 0.34 1.16 0.41 1.54 0.45 0.29 0.46 0.74 0.29 1.02 0.36 0.69 1.13 1.58 0.83 1.25
O4' 0.40 0.66 0.22 0.35 0.72 0.83 0.66 1.14 0.61 0.48 0.79 0.82 0.39 0.45 0.83 0.82 1.66 1.23 2.04 1.69
O5' 0.54 0.67 0.22 0.34 0.81 0.73 0.82 0.96 0.77 0.62 0.79 0.75 0.22 0.33 0.88 0.84 1.55 1.11 2.15 1.62
OP1 0.82 1.05 0.82 0.79 1.06 0.79 0.98 0.90 0.91 0.89 1.12 1.19 0.88 0.88 1.13 0.85 1.37 1.05 2.06 1.46
OP2 0.51 0.60 0.45 0.44 0.74 0.67 0.84 0.88 0.80 0.58 0.69 0.74 0.57 0.49 0.80 0.77 1.62 1.17 2.44 1.73
P 0.51 0.67 0.33 0.41 0.80 0.65 0.82 0.86 0.77 0.60 0.78 0.78 0.39 0.47 0.87 0.76 1.50 1.07 2.22 1.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.13 0.55 0.34 0.17
C2 0.01 0.00 0.11 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.03 0.29 0.84 0.28 0.19
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.05 0.14 0.03 0.07 0.22 0.00 0.02 0.06 0.01 0.25 0.33 0.10 0.08
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.12 0.01 0.19 0.04 0.21 0.07 0.13 0.24 0.02 0.01 0.13 0.01 0.39 0.17 0.28 0.20
C4 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.03 0.45 1.01 0.47 0.27
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.09 0.09 0.04 0.07 0.00 0.02 0.21 0.21 0.08
C5 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01 0.05 0.48 0.97 0.48 0.30
C5' 0.03 0.13 0.05 0.04 0.14 0.01 0.11 0.00 0.08 0.08 0.15 0.14 0.06 0.08 0.16 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.21 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01 0.05 0.43 0.84 0.36 0.25
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.29 0.76 0.29 0.19
N3 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.01 0.02 0.37 0.96 0.36 0.22
O2 0.03 0.00 0.22 0.24 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.27 0.02 0.06 0.22 0.78 0.25 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.09 0.09 0.11 0.06 0.11 0.05 0.08 0.16 0.00 0.04 0.10 0.06 0.11 0.22 0.18 0.07
O3' 0.06 0.13 0.02 0.01 0.12 0.04 0.23 0.08 0.23 0.05 0.10 0.27 0.04 0.00 0.13 0.05 0.37 0.19 0.41 0.29
O4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.13 0.00 0.03 0.47 1.06 0.56 0.30
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.00 0.15 0.50 0.51 0.26
O5' 0.13 0.29 0.25 0.39 0.45 0.02 0.48 0.01 0.43 0.29 0.37 0.22 0.11 0.37 0.47 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.55 0.84 0.33 0.17 1.01 0.21 0.97 0.11 0.84 0.76 0.96 0.78 0.22 0.19 1.06 0.50 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.28 0.10 0.28 0.47 0.21 0.48 0.12 0.36 0.29 0.36 0.25 0.18 0.41 0.56 0.51 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.19 0.08 0.20 0.27 0.08 0.30 0.01 0.25 0.19 0.22 0.16 0.07 0.29 0.30 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00